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[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭刚刚 董国清 周进 达瓦顿珠 袁兴淼 张京
【目的】从大麦BAC文库中快速筛选包含目的基因HvGW2的阳性BAC克隆。【方法】构建BAC文库三维混合池,设计2对HvGW2特异性引物,进行BAC文库筛选,对含有目的基因HvGW2的阳性BAC克隆进行测序,获得编码大麦GW2蛋白的基因组DNA序列,并与禾本科中的GW2进行同源进化分析。【结果】构建了大麦BAC文库的三维混合池160个,文库空载率为0.18%;筛选到含HvGW2的阳性BAC克隆3个,其中,BAC克隆196M02包含完整编码该基因的序列;HvGW2包含8个外显子和7个内含子,具有与其它植物GW2相似的结构特征和保守的功能结构域;同源进化分析结果显示,大麦与小麦的GW2蛋白同源性最...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
潘腾飞 潘东明 姜翠翠 陈桂信 郭志雄
【目的】构建琯溪蜜柚BAC文库,利用该文库筛选与汁胞粒化相关的基因。【方法】用温和的物理方法获得高分子量DNA,部分酶切后进行回收、连接、转化,超低温保存阳性克隆。构建DNA样品混合样,PCR法筛选文库,生物信息学分析DNA序列。【结果】改进了适合琯溪蜜柚BAC文库构建的方法;构建的琯溪蜜柚BAC文库含有26112个单克隆,空载率小于1%,叶绿体DNA的污染率不超过1%,插入片段平均大小大约120kb,覆盖8倍的琯溪蜜柚基因组。利用与琯溪蜜柚汁胞粒化相关的EST序列设计PCR引物筛选文库,得到一段大小为1088 bp的DNA序列,该序列含有两段大小分别为122bp和172bp的内含子,经同源比...
关键词：
琯溪蜜柚 BAC文库 粒化 文库筛选
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘家栋 王革娇 罗美中
为进一步阐明阿维菌素的生物合成路径和调控途径，提高阿维菌素的产量，采用ＢａｍＨⅠ限制性内切酶酶解阿维链霉菌基因组ＤＮａ的方法，构建了阿维链霉菌的细菌人工染色体（ＢａＣ）文库。该文库共包含２ ３０４个克隆，平均插入片段为１０１ｋＢ，空载率约９％，覆盖了该菌基因组的２５．９倍。该文库的成功构建可以为其他微生物尤其是基因组具有磷硫酰化修饰的微生物的文库构建提供参考。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贾玉艳 陈宏 邓继先
BAC(bacterialartificialchromosome,细菌人工染色体)是一种新发展起来的构建高等生物基因组文库的重要方法。由于关中奶山羊产奶性能好,成为制备乳腺生物反应器的理想动物之一,故对关中奶山羊BAC文库的构建条件进行了研究。用BamH 部分酶切关中奶山羊的基因组,用CHEF(箝位匀强电场)凝胶电泳分离大片段DNA,以电透析法回收DNA后,与酶切脱磷的pBeloBAC11载体连接,然后电激转化感受态细胞DH10β,得到了数千个阳性克隆,插入片段平均为30～40kb。在此过程中摸索了BAC载体制备、高分子量DNA制备、酶切、连接和电激转化等一系列环节对高效转化产生大片段DN...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈华 邓烨 张冲 蔡铁城 郑奕雄 庄伟建
【目的】深入了解花生胚发育的分子机制,获得花生胚发育相关基因。【方法】以优质花生品种闽花6号为材料,分别取花生果针入土后10、20、30、40、50和60 d(day after pegging,DAP)的胚作为试验材料,用CTAB法提取花生胚总RNA,采用SMART(Switching Mechanism At 5’end of RNA Transcript)技术合成双链cDNA,经SfiⅠ酶切后胶回收纯化双链cDNA,连接到质粒载体pDNR-LIB上,电击转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,构建不同发育时期花生胚混合全长cDNA文库,进行小规模测序。采用生物信息学分析手段对所获得的EST进行功...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
冯炘 裴宇航 周晓飞 解玉红
【目的】从土壤中筛选纤维素降解菌,对其进行组合培养获得可高效降解纤维素的混合菌群,为微生物混合培养降解纤维素提供理论基础。【方法】采用刚果红纤维素琼脂平板培养基从土样中初步筛选纤维素降解菌,再以内切酶(CMC)、纤维素全酶(FPA)、外切酶(C1)和β-葡萄糖苷酶(β-Gase)4种酶活性为指标进行复筛,对复筛获得的高效菌株进行组合培养,筛选高效组合菌群。对复筛后的菌株通过菌落和菌体形态进行初步鉴定。【结果】筛选获得了y3、yi-71、ye-9、er-72和se-93等5株活性较高的纤维素降解菌,对其进行组合培养,得到1个较好组合ye-9/er-72/se-93,其CMC、FPA、C1和β-G...
关键词：
纤维素 放线菌 混合菌群 纤维素酶活性
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
么敬静 赵有文 邹霞 崔翠 何进 喻子牛
从采集到的污水样品中分离得到1株高效降解2-甲基异茨醇(2-methylisoborneol,2-MIB)的菌株Z5,通过16S rDNA序列分析,鉴定为阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)。该菌在以2-MIB为唯一碳源的培养基中能正常生长代谢。经气相色谱-质谱分析,发现该菌对2-MIB的降解率高达89.7%。同时,测定了Z5在不同质量浓度2-MIB中的生长情况,结果表明:当2-MIB质量浓度为16μg/L时,其生长状况与在LB中最为接近。为了克隆降解2-MIB关键酶的编码基因并进一步研究其降解途径,本研究构建了E.cloacaeZ5的全基因组BAC文库,该文库覆盖了大约8倍的...
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
管宇
池设计(pooling design)是基于克隆文库筛选(clone library screening)的一种实验设计,要求从大量的克隆体中筛选出其中含有某组特定核苷酸串的克隆体,它属于组合群试。一个池设计方案用一个二元关联矩阵(称为分离矩阵)表示,行对应于试验,列对应于克隆集合的体;考虑到生物实验存在误差,分离矩阵还需要有查错和纠错能力。利用子集或子空间之间的包含关系可以构建出分离矩阵,它的每行和每列中元素1的个数分别都一样,但试验总次数即行数明显大于信息下界。参13
关键词：
克隆文库 池设计 群试 分离矩阵 信息界
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵圣国 王加启 卜登攀 刘开朗 李旦 于萍 魏宏阳 周凌云 李发弟
利用脲酶选择性培养基,从奶牛瘤胃微生物BAC文库的15 360个克隆中筛选得到了12个脲酶克隆。利用酚-次氯酸法对脲酶克隆子的酶学性质分析,表明均具有不同的尿素分解能力,酶的活力范围是30~2 466 U/mg。脲酶阳性克隆插入片段大约是60 kb,限制性内切酶HindⅢ酶切图谱表明,各个克隆具有不同DNA片段,其中脲酶Urease 1、Urease 3、Urease 4和Urease 9的最适pH8.0,最适温度为60℃。本研究从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选到了具有脲酶酶活特性的克隆。
[期刊] 运筹与管理
[作者]
王家桢 马良 张惠珍
Steiner最小树问题是组合优化中经典的NP难题,在许多实际问题中有着广泛的应用,而三维欧氏Steiner最小树问题是对二维欧氏Steiner最小树问题的推广。由于三维欧氏Steiner树问题的求解非常困难,至今为止的相关成果较为少见。本文针对该问题,利用Delaunay四面体网格剖分技术,提出了一种混合型智能求解方法,不仅可以尽量避免拓扑结构陷入局部最优,且对较大规模的问题求解亦有良好的效果。算法在Matlab环境下编程实现,经实例测试,获得了满意的效果。
[期刊] 教育与职业
[作者]
吴坤埔
文章通过分析混合式学习的内涵及重要性,提出构建适合高职教学实际的"学前导学+学中助学+学后促学"三维互动混合式学习模式,阐述了该模式指导下的网络课程开发原则和方法,并以课程应用实例论证了该模式在教学中的可行性。
关键词：
混合式学习 三维互动 课程开发 应用
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
罗松予 罗美中 刘忠松
为促进黄籽油菜的基因组研究和利用,构建了芥菜型油菜黄籽品种四川黄籽的高质量BAC文库。该文库由82 944个单克隆组成,被保存在216块384孔板中。质粒酶切检测结果表明,文库的平均插入片段大小约为140kb,空载率约为2.5%,按照芥菜型油菜基因组1 000 Mb计算,文库覆盖度约为油菜基因组的11.6倍。BAC末端序列比对分析结果显示,克隆被均匀比对到芥菜型油菜的18条染色体上,并且无任何叶绿体、线粒体和细菌基因组DNA污染。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘果 谢耀坚 张党权 谷振军
林木SSR标记的引物筛选工作量大,十分费时且消耗大量实验材料。采用基因组DNA混合池技术,将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后,作为单一模板进行SSR的PCR扩增,能显著降低实验的工作量和成本。以选择的150对EST-SSR引物为对象,对6个桉树基因组DNA样品进行等量混合,进行PCR扩增筛选引物,结果表明,与常规筛选方法相比,基因组DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期,显著减少了基因组DNA的消耗,可用于大量林木SSR引物的快速高效筛选。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵圣国 王加启 卜登攀 刘开朗 朱雅新 周凌云
【目的】从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选含乙酰CoA羧化酶(ACCase)基因的克隆子,并对其全长测序和生物信息学分析。【方法】利用PCR序列驱动筛选法,从瘤胃微生物BAC文库中筛选ACCase基因,鸟枪法测定基因序列后,进行基因注释、比对和系统发育分析。【结果】筛选得到了含ACCase基因的克隆(U12),其插入片段序列(URE12)全长43 358 bp,GC含量为43.75%,经GeneMark程序预测含有38个基因,经Signature程序预测属于变形菌门。ACCase基因(Acc-32)编码159个氨基酸,与Elusimicrobium minutum的ACCase基因具有41%的相...
[期刊] 草业科学
[作者]
宋士伟 焦德志 杨允菲
为了研究盐碱胁迫下野大麦(Hordeum brevisubulatum)的生理响应及耐盐碱基因的发掘,采用不同浓度NaCl与NaHCO3混合液胁迫处理45日龄幼苗,通过理化分析方法确定野大麦盐碱逆境胁迫临界值,通过转录组测序技术(RNA-Seq)分析基因表达情况。结果表明,不同浓度(100、200、300、400、500 mmol·L~(–1))混合盐碱胁迫2 d后,野大麦叶片可溶性蛋白含量、超氧化物歧化酶(SOD)活性呈先升高后降低的趋势,均在300 mmol·L~(–1)达到最大值,脯氨酸、可溶性糖含量呈连续上升趋势。选取300 mmol·L~(–1)处理组的野大麦叶片进行转录组测序分析,与对照组(无盐碱处理)相比有4 163个基因上调,1 936个基因下调;对差异表达基因进行GO功能分类,可分为生物过程、细胞组分和分子功能3个主类52个小类;4 405个差异基因被注释到132个通路中,主要涉及蔗糖合成、脯氨酸合成、过氧化物酶体等代谢途径,蔗糖合成酶(SuS)、鸟氨酸转氨酶(OAT)、谷氨酸激酶(ProB)、谷氨酸-5-半醛脱氢酶(ProA)、超氧化物歧化酶(SOD)等的编码基因上调表达。野大麦可以通过提高某些渗透调节物质含量适应盐碱逆境胁迫,这种代谢过程调节蕴涵相关基因表达调控的生理机制。
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