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[期刊] 华北农学报
[作者]
李曼 史晓蕾 邸锐 刘志芳 孟庆民 付才 杨春燕 王冬梅 张孟臣 张洁 闫龙
为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记，以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料，通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记，并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建。结果表明，在参试材料中，共检测到插入/缺失片段长度大于20 bp的InDel标记66 561个，平均每条染色体InDel标记的数量为3 262个；位于内含子的InDel占比12.35%,位于基因上游序列和下游序列的InDel占比分别为25.83%,20.44%,位于基因间隔区的InDel占比34.39%,位于外显子的InDel占比0.19%,位于5′-UTR和3′-UTR的InDel占比分别为0.93%和1.51%;片段长度介于20～40 bp的InDel数量为42 453个，41～60 bp为13 044个，61～80 bp为5 034个，81～100 bp为2 285个，大于100 bp为2 413个；从检测到的66 561个InDel位点中，根据插入/缺失片段长度，在基因组中随机选区160个InDel位点，利用引物设计、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术，在55℃的退火温度条件下，开发出32个有且仅有2个等位变异、基于1%琼脂糖凝胶电泳技术易于分辨的长片段插入/缺失标记。应用新开发的32个标记，构建了2018年黄淮海大豆多点鉴定96个参试品系DNA指纹图谱，参试的大豆材料纯度为96.84%,没有同物异名现象发生。研究开发的InDel标记稳定可靠、操作简便，可应用于大豆DNA指纹图谱构建、种子纯度检测等工作。
[期刊] 水产学报
[作者]
张猛 沈玉帮 徐晓雁 王荣泉 冷向军 李家乐
对草鱼生长性状进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位过程中,在15号连锁群中定位到一个与体质量相关的QTL,本研究根据已有的草鱼遗传连锁图谱和基因组序列,拟用短片段重复序列(short tandem repeat,STR)分型技术对该连锁群的3个scaffolds中插入/缺失型突变位点进行筛选,以降低分型成本,同时将筛选出的7个多态性位点与草鱼幼鱼生长性状进行关联分析。结果显示,(1)草鱼3个scaffolds中44个插入/缺失型突变位点中有17个简单重复序列(又称微卫星,simple sequence repeats,SSRs),2个位点引物设计不成功,设计的25对引物中仅22对扩增和分型成功;(2) 22个位点中仅有7对引物在4个亲本中存在多态性,直接测序结果发现,STR分型技术不仅可准确对插入/缺失型突变位点进行分型,同时可降低分型成本;(3)将7个插入/缺失型突变位点与323尾选育F2草鱼的生长性状进行关联分析发现,除了位点ID-10H和ID-41F以外,其余5个位点都与草鱼幼鱼的一个或多个生长性状显著相关,其中ID-6H与幼鱼肥满度性状显著相关,位点ID-11F、ID-15F、ID-32F和ID-39F分别与草鱼幼鱼体质量、体长、体宽和体高性状显著相关,可将以上5个与草鱼幼鱼生长性状相关的突变位点用于草鱼生长性状QTL加密和分子标记辅助育种。
关键词：
草鱼 突变 多态性 生长 关联分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
姜润深 徐桂云 李俊英 王晓亮 杨宁
以笼养绿壳蛋鸡和农大3号矮小型蛋鸡为试验材料,探索蛋鸡在非就巢状态下催乳素基因5′-调控区24-bp插入/缺失(-377~-354 bp)变异与血浆PRL水平和产蛋性能的关系。结果表明,该位点不同基因型(PRL+/+、+/-和-/-型)对非就巢蛋鸡300日龄前的血浆PRL水平和300日龄(40周龄)产蛋性能均无显著影响(P>0.05),表明鸡在非就巢状态下,PRL调控区的24-bp插入/缺失变异与早期血浆PRL水平和产蛋性能无直接关系。
[期刊] 价格理论与实践
[作者]
张俊
我国大豆定价权的缺失,不利于大豆产业的长期发展和油脂产业安全。本文阐述了当前世界大豆定价权的形成体系,分析了导致我国大豆定价权缺失的重要原因,提出应从发展大豆生产、完善储备制度、做大做强国内商品市场和期货市场、鼓励企业和合作组织参与期货保值等方面争取大豆定价权。
关键词：
大豆 定价权缺失 期货市场
[期刊] 价格理论与实践
[作者]
王文涛
大豆作为一种主要的粮食作物,是蛋白质、饲料、食用油的重要来源。我国虽为世界上最大的大豆进口国,但却表现为对大豆定价权的缺失。本文从价格波动趋势和价格调控手段两方面列举了我国定价权缺失的表现,多角度分析了我国大豆定价权缺失的原因,并最终提出争夺大豆定价权的对策建议。
关键词：
大豆定价权 价格调控 跨国粮商
[期刊] 价格月刊
[作者]
李志
我国作为全球主要大豆进口国,在全球大豆处于买方市场的背景下,一直以高于国际市场的价格进口大豆,显示出我国大豆进口定价权缺失。在分析我国大豆定价权缺失现实表现的基础上,研究了导致大豆进口定价权缺失的主要原因,进而提出了构建我国大豆进口定价权的政策建议。
关键词：
大豆进口 定价权 缺失
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
傅蕙英 曾王勇 陈珈
针对重组子中100bp左右的小插入片段与载体不能同时在普通琼脂糖胶上呈现而无法用内切酶图谱鉴定此类重组子的问题，提出了小插入片段间接内切酶图谱，并用普通琼脂糖凝胶电泳研究分析了此类图谱，获得了通过间接内切酶图谱的间接比较来鉴定此类重组子的实验依据，为在国内普通实验室条件下，经济有效地进行小插入片段基因重组研究提供了有益的启示和参考。
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
汪梦旭 胡原 李兵 杨万年
为解决"大豆生长发育光周期响应"实验周期长的问题,将该实验转化为可突破时间与空间限制的虚拟仿真实验。在阐明实验原理、实验目的及实验步骤的基础上,介绍了该虚拟仿真实验的功能与效果及其建设方法。学生通过虚拟仿真实验能够理解光周期在植物生长发育中的调控功能,并提高生物实验素养。该文还讨论了虚拟仿真实验存在的优势与不足,并提出了教学建议。
关键词：
光周期 虚拟仿真 大豆生长实验 实验教学
[期刊] 统计与决策
[作者]
潘传快 韩京芳 熊巍 祁春节
农业经济调查缺失数据是一个很常见而又很容易被忽略的问题。在一般缺失模式下,文章利用多元正态模型下的联合分布法对其进行多重插补,拥有很好的估计检验效果。模拟分析显示,根据该方法多重插补后的汇总估计量跟完整数据的估计量非常接近,只是由于数据缺失造成的误差增加使检验显著性下降。跟成列删除后数据的估计检验结果相比,其估计准确性和检验显著性都更高。
[期刊] 统计与决策
[作者]
杨帆 庞新生
随着研究中对数据质量要求的提高,缺失数据相关问题也越来越受到重视。文章主要论述了处理缺失数据的方法之一——分数插补法的理论基础,并在此基础上研究了分数热卡插补法及其方差估计,同时使用模拟数据,对分数热卡插补法的实现过程做了模拟研究。通过对比实验,可以得到分数热卡插补法能够在保证原有数据分布的基础上,减少因插补造成的偏差,提供更加准确的插补结果。
[期刊] 统计与决策
[作者]
庞新生
文章将抽样调查中由于项目无回答所形成的缺失数据作为研究着眼点,从矩阵运算的角度分析了此类缺失数据带来的危害,在此基础上,对缺失数据插补处理方法的基本问题进行了讨论,分析了各种单一插补方法特点及局限性,并介绍了简单随机抽样、分层随机抽样条件下缺失数据多重插补的抽样推断方法,在此基础上,对常用的单一插补和多重插补方法进行了比较,并对简单随机抽样、分层随机抽样条件下缺失数据单一插补与多重插补方法的效率进行了实证研究与比较。
[期刊] 统计与决策
[作者]
杨帆 庞新生
随着研究中对数据质量要求的提高,缺失数据相关问题也越来越受到重视。文章主要论述了处理缺失数据的方法之一——分数插补法的理论基础,并在此基础上研究了分数热卡插补法及其方差估计,同时使用模拟数据,对分数热卡插补法的实现过程做了模拟研究。通过对比实验,可以得到分数热卡插补法能够在保证原有数据分布的基础上,减少因插补造成的偏差,提供更加准确的插补结果。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东明 杨爱国 吴彪 孙秀俊 周丽青 刘寒苗 张广明
本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2%,平均9.01 kb出现1个SSR位点。设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析。结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张雪云 张晓龙 李娜 孔青洋 于超 潘会堂 张启翔 罗乐
【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种，目前已被列为国家二级濒危保护植物，开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑，为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v1.3软件对单叶蔷薇全基因组序列中1～6核苷酸重复的SSR位点进行搜索并分析其序列特征，进而采用Primer Premier3.0软件设计引物。选取16个单叶蔷薇样本通过琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性。最后用POPGENE32软件和PowerMarker3.25软件对高多态性引物扩增产物数据进行遗传参数分析，利用软件NTSYS-pc2.10对16个单叶蔷薇样本进行聚类分析。【结果】单叶蔷薇基因组序列上共识别出142 083个SSR位点，其中二核苷酸重复类型数目最多，占比46.95%。单核苷酸至六核苷酸重复型中占比最高的基序类型分别为A/T、AT/AT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT，充分表明A/T为优势碱基。单叶蔷薇基因组SSR序列长度变化范围为12～1 026 bp，不同的核苷酸重复类型均呈现长度越长数量越少的规律，区间长度为10～15 bp的SSR位点数量最多，占比47.42%。合成的140对引物中112对可以获得清晰的目的条带，引物有效率为80%；最后筛选出多态性高、稳定性好的14对引物在16份单叶蔷薇样本中检测到等位基因58个，PIC值在0.314 3～0.675 9之间，等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon信息指数（I）及PIC值平均分别为4.142 9、2.576 9、1.080 8和0.529 2。Pearson相关分析结果表明所筛选引物的PIC值与SSR长度间并无显著相关性。通过聚类分析发现，筛选出的14对引物能够将基于不同居群的单叶蔷薇进行较好地区分，遗传相似系数在0.45～0.86之间。【结论】利用单叶蔷薇全基因组大规模开发的SSR标记数量丰富且类型多样，筛选出的高多态性SSR位点将为后续单叶蔷薇居群遗传多样性研究发挥重要作用。
关键词：
单叶蔷薇 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 林业科学
[作者]
张圣 黄华宏 林二培 童再康
简单序列重复(Simple Sequence Repeats,SSR)标记是基于SSR中核苷酸单位串联重复次数不同而开发的一种分子标记技术,具有多态性丰富、呈共显性遗传、易于PCR检测,在基因组上分布均匀等特点(Powell et al.,1996)。直接利用现有的EST(Expressed Sequence Tag)序列开发SSR标记就是目前采用较多的一种策略。
关键词：
杉木 台湾杉 EST SSR 遗传多样性
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