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[期刊] 中国农业科学
[作者]
李晨 闫晓红 周新安 沙爱华 单志慧 周蓉 魏文辉
【目的】为获得大豆种子发育相关基因,并为大豆基因组资源提供材料。【方法】采用SMART(switching mechanism at 5′end of RNA transcript)与DSN(duplex-specific nulease)均一化相结合的技术,构建了全长均一化cDNA文库,采用涂平板测定和PCR快速鉴定的技术分析文库质量,用3730测序仪对文库克隆进行测序。【结果】构建了大豆种子不同发育时期全长均一化cDNA文库,最大限度地获得了大豆种子不同发育阶段表达的基因序列,原始文库的库容为6.0×105cfu/mL,重组率接近100%,插入片段大小在0.6—2.0kb之间,平均长度超过...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈华 邓烨 张冲 蔡铁城 郑奕雄 庄伟建
【目的】深入了解花生胚发育的分子机制,获得花生胚发育相关基因。【方法】以优质花生品种闽花6号为材料,分别取花生果针入土后10、20、30、40、50和60 d(day after pegging,DAP)的胚作为试验材料,用CTAB法提取花生胚总RNA,采用SMART(Switching Mechanism At 5’end of RNA Transcript)技术合成双链cDNA,经SfiⅠ酶切后胶回收纯化双链cDNA,连接到质粒载体pDNR-LIB上,电击转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,构建不同发育时期花生胚混合全长cDNA文库,进行小规模测序。采用生物信息学分析手段对所获得的EST进行功...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
迟吉娜 蔡肖 张建宏 甄军波 刘琳琳 田海燕 唐丽媛 刘存敬 崔瑞敏 张香云
【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数，提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率，为公共数据库提供丰富的陆地棉ＥＳＴ资源。【方法】以优质陆地棉冀２２８开花后８—４０ Ｄ纤维为材料，将纤维全长ｃＤＮＡ与ＧＡＴＥｗＡｙ供体载体ｐ ＤＯＮＲ２２２重组，构建了棉花纤维的非剪切型全长ｃＤＮＡ原始文库。利用均一化技术获得均一化全长ｃＤＮＡ文库，进而测序获得大量的ＥＳＴ序列。采用生物信息分析手段，对所测ＥＳＴ进行拼接、比对、ｃＯＧ功能注释和ＧＯ注释。【结果】构建了优质陆地棉冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，该文库初级文库库容为１．０６×．．．
关键词：
陆地棉 纤维 均一化 cDNA文库
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
明付焕 张党权 宋志丹 谷振军 祝全东 韩欣 郭林林
以绵毛优若藜叶片和嫰茎为材料,对盆栽的绵毛优若藜小苗进行梯度低温胁迫处理后,采用SMART(switching mechanism at 5′end of RNA transcript)与DSN(duplex-specific nuclease)均一化相结合技术构建绵毛优若藜冷胁迫均一化全长cDNA文库。经测定,原始文库的库容量为1.4×106pfu。PCR检测结果显示:插入片段的长度在0.5~3 kb之间,平均大于1 kb,表明文库构建效果较好。该文库包含有大量的未知基因,有待进一步的发掘和研究。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马建辉 刘记 范术丽 宋美珍 庞朝友 魏恒玲 喻树迅
【目的】深入了解棉花花药发育的分子机制,并为其不育机理的研究提供参考序列。【方法】构建棉花花药全生育期的均一化全长cDNA文库并测序获得9 896条高质量的EST,利用生物信息学和荧光定量相结合法对所得数据进行系统分析。【结果】该cDNA文库库容为1.2×107,插入片段分布在1—3 kb。将所测得的高质量EST进行拼接得到6 643条unigenes,平均长度为779 bp。经过序列比对注释和生物信息学分析,得到一系列在棉花花药发育过程中起重要作用的基因,并获得28条参与花粉壁合成的基因。荧光定量结果表明,这些基因均在花药发育前期优势表达,尤其是在四分体时期表达量最高。【结论】获得大量的棉花...
关键词：
陆地棉 cDNA文库 花药 花粉壁
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭九峰 孙国琴 乔慧蕾
柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×106 cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0～2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5'测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王玉荣 张雪妍 刘传亮 陈亚娟 李付广
【目的】构建二倍体亚洲棉石系亚1号全生育期均一化全长cDNA文库,建立亚洲棉功能基因组学研究基础平台,发掘亚洲棉发育、抗逆等相关基因。【方法】取石系亚1号子叶期、苗期、蕾期、花铃期不同组织器官,提取总RNA并分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录全长双链cDNA。用DSN(duplex-specificnuclease)法对全长双链cDNA进行均一化,均一化的cDNA连接到λZAPⅡ载体,包装蛋白包装后构建石系亚1号全生育期均一化全长cDNA文库。【结果】初级文库滴度4×106pfu·ml-1,库容2×106个独立克隆,重组率大于95%,插入片段平均长度大于1.5kb。随机挑取192个克隆...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
曾日中 段翠芳 聂智毅 代龙军 黎瑜
【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了橡胶树胶乳的非剪切型全长cDNA原始文库,经检测原始文库的滴度为6.0×106 cfu/mL,平均插入片段长度大于1.5 kb,重组率约为100%,全长cDNA比例约为76%;利用基因组DNA饱和杂交技术对胶乳原始cDNA文库进行均一化处理,构建橡胶树胶乳的均一化全长cDNA文库。【结果】胶乳均一化全长cDNA文库的总库容量(总CFU)为1...
关键词：
橡胶树 胶乳 均一化 全长cDNA文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
吴幼容 潘瑞 郑郁善
将DSN(duplex-specific nuclease)均一化技术与SMART(switching mechanism at 5'end of RNA transcript)建库技术相结合,构建观音竹(Bambusa multiplex var.riviereorum)盐胁迫幼叶的均一化cDNA文库.经检测该原始文库滴度为1.7×106 cfu.mL-1,文库重组率达97%,插入片段的平均长度为1.5 kb.同时对文库中随机的600个单克隆进行测序,获得543个非重复序列,包括30个片段重叠群和513个单基因;文库冗余率为5.4%.表明观音竹盐胁迫幼叶均一化全长cDNA文库构建成功.
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
肖钢 张秀英 张振乾 官春云
以授粉后27d的种子mRNA为目标群体,授粉后7d的种子mRNA为对照,构建甘蓝型油菜种子发育期基因差异表达文库.文库包括560个克隆,经菌落PCR检测,456个菌落含有插入片段,占全部克隆的91.2%,片段大小200～600bp.对PCR阳性克隆进行斑点杂交,得到201个上调的阳性斑点杂交阳性克隆,对其进行测序,得到有效ESTs序列198个.BLASTN结果显示,134个ESTs序列没有同源序列,可能是新基因,另外64个ESTs序列在油菜或拟南芥核酸数据库中存在同源序列.这64个ESTs序列和已知功能(主要是能量代谢、物质代谢、基因调控、衰老及抗性等)的蛋白有高度相似性.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王尉 胡玉林 莫亿伟 孙德权 谢江辉
【目的】研究防御基因表达模式,筛选抗枯萎病候选基因,进一步阐明抗病机制。【方法】以4号枯萎病生理小种诱导的‘农科1号’香蕉为试材,利用DSN(duplex-specific nuclease)均一化酶结合SMART(switching mechanism at 5′end of the RNA transcript)技术构建香蕉根的均一化全长cDNA文库;并用多重半定量RT-PCR技术研究防御基因的表达模式。【结果】经检测,文库滴度为3.1×106 cfu.mL-1,扩增后库容为2.8×108 cfu.mL-1。随机挑选580个克隆进行测序,去除低质量序列后获得421个unigenes,片段分...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王永锋 马赛飞 裴桂英 刘健
通过用3种包衣剂对大豆种子包衣的研究,结果表明:大豆种子包衣后,种子的发芽势、发芽率、活力指数均优于不包衣种子,其中包衣与不包衣种子的发芽率差别达显著水平,发芽势、活力指数差异达极显著水平.3种包衣剂都能协调大豆的营养生长和生殖生长的关系,增加产量,其中2号包衣剂产量增加8.65%,差异达极显著水平,1号包衣剂产量增加5.35%,差异达显著水平,3号包衣剂增产2.29%,差异不显著.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周瑞莲 杨树德 赵哈林 Westgate E.Mark
【目的】通过测定变温处理过程中种子生长速率、蛋白质、脂肪和淀粉含量,以期了解发育早期变温对种子发育和组分的影响。【方法】采用液体组培法在种子发育早期的分裂期(开花10～20d)和积累期(开花20～32d)对种子和子叶进行变温处理。具体做法:将盆栽的3个不同基因型大豆品种(Evans,低蛋白品种;Proto,高蛋白品种;PI132.217,高蛋白质稳定品种)置于均温为24℃[昼/夜温度,27/20℃(Mo)]的生长箱中培养。在开花后10d,将它们分别置于温度为31℃[35/27℃(Ho)]、24℃[27/20℃(Mo)]和16℃[20/12℃(Lo)]的生长箱中。在开花后20d,从生长在不同温度...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
韩英鹏 滕卫丽 杜玉萍 孙德生 张忠臣 徐香玲
【目的】在不同发育时期,探索影响大豆籽粒干物质积累QTL的加性效应、上位性效应和环境互作效应及其对大豆籽粒干物质积累的影响,可加深大豆育种工作者对产量形成的理解和加速育种进程。【方法】以美国大豆品种Charleston为母本,东农594为父本及二者杂交所得F5所衍生的143个F5:9、F5:10和F5:11重组自交系为研究材料,研究不同发育时期控制大豆籽粒干物质积累的QTL及其遗传效应对大豆籽粒干物质积累的影响。【结果】在不同发育时期检测到与大豆籽粒干物质积累相关的13个加性QTL和14对上位性QTL,其中8个加性QTL和8对上位性QTL存在与环境互作效应。另外,在本研究中仅有加性QTLdma...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郑嫩珠 陈晓燕 卢立志 朱志明 缪中纬 辛清武 陈晖 肖天放
【目的】分离半番鸭羽色相关基因,探索半番鸭羽色基因表达调控的分子机制。【方法】以半番鸭白羽皮肤和黑羽皮肤分别作为试验组(tester)和驱动组(driver),利用双链特异性核酸酶(duplexspecificnuclease,DSN)介导的均一化消减杂交方法,构建半番鸭羽色相关基因消减cDNA文库,同时采用实时荧光定量PCR方法对文库质量进行验证。【结果】①从文库中随机选取144个阳性克隆进行测序分析,最终共获得64条有效序列,平均长度为1 031 bp;经BLAST比对发现,21条具有同源序列,且同源性平均为92.8%;43条未找到匹配序列,推测可能为羽色相关新基因;②Geneontolo...
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