【目的】开发大豆疫霉基因组SSR标记,为从分子水平深入研究大豆疫霉及其近缘种提供一种理想的分子标记。【方法】用FPCR软件从大豆疫霉全基因组序列中查询SSRs,选择合适的SSR序列用Primer5.0软件设计引物。【结果】从发现的1234个含有2～4个碱基重复单元的完全SSRs中选出260段设计引物,经10个大豆疫霉分离物基因组DNA检测,有213对(81.9%)扩增出SSR特征条带,其中114(53.5%)对引物扩增出多态性。通用性检测表明,14.6%～28.6%引物分别在选择的8个疫霉种中有效扩增。基于10个SSR标记数据进行聚类分析,结果表明表明这些标记可以完全区分大豆疫霉及其它疫霉。【...

【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1～6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10～252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007～0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。

【目的】单叶蔷薇是蔷薇属唯一的单叶物种，目前已被列为国家二级濒危保护植物，开发高效的分子标记可以为单叶蔷薇居群遗传多样性分析、克隆生长格局等研究提供重要的数据支撑，为其居群遗传资源的保育提供理论指导。【方法】利用Krait v1.3软件对单叶蔷薇全基因组序列中1～6核苷酸重复的SSR位点进行搜索并分析其序列特征，进而采用Primer Premier3.0软件设计引物。选取16个单叶蔷薇样本通过琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性。最后用POPGENE32软件和PowerMarker3.25软件对高多态性引物扩增产物数据进行遗传参数分析，利用软件NTSYS-pc2.10对16个单叶蔷薇样本进行聚类分析。【结果】单叶蔷薇基因组序列上共识别出142 083个SSR位点，其中二核苷酸重复类型数目最多，占比46.95%。单核苷酸至六核苷酸重复型中占比最高的基序类型分别为A/T、AT/AT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT，充分表明A/T为优势碱基。单叶蔷薇基因组SSR序列长度变化范围为12～1 026 bp，不同的核苷酸重复类型均呈现长度越长数量越少的规律，区间长度为10～15 bp的SSR位点数量最多，占比47.42%。合成的140对引物中112对可以获得清晰的目的条带，引物有效率为80%；最后筛选出多态性高、稳定性好的14对引物在16份单叶蔷薇样本中检测到等位基因58个，PIC值在0.314 3～0.675 9之间，等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon信息指数（I）及PIC值平均分别为4.142 9、2.576 9、1.080 8和0.529 2。Pearson相关分析结果表明所筛选引物的PIC值与SSR长度间并无显著相关性。通过聚类分析发现，筛选出的14对引物能够将基于不同居群的单叶蔷薇进行较好地区分，遗传相似系数在0.45～0.86之间。【结论】利用单叶蔷薇全基因组大规模开发的SSR标记数量丰富且类型多样，筛选出的高多态性SSR位点将为后续单叶蔷薇居群遗传多样性研究发挥重要作用。

【目的】基于全基因组重测序结果,开发与高蛋白、耐荫、抗倒伏等性状紧密相关的分子标记,同时利用开发的分子标记构建遗传连锁图谱,并对籽粒蛋白质含量进行QTL定位,为后续高蛋白、耐荫、抗倒育种研究提供参考和分子标记资源。【方法】以大面积栽培品种南豆12和地方品种十月黄为亲本,构建F2分离群体。对亲本材料进行覆盖度约为40×的全基因组重测序,用BWA、GATK及Breakdancer等软件比对,检测亲本材料在全基因组范围内的突变类型,挖掘相关变异基因。结合种子不同发育时期和荫蔽处理获得的转录组数据,结合qRT-PCR对发生突变的储藏蛋白、环境适应相关基因进行表达规律分析。同时,基于重测序数据,挖掘亲本间存在于基因编码区的SNP位点,对其进行酶切位点分析,将SNP标记转化为CAPS或dCAPS标记。此外,搜索亲本间存在的插入/缺失变异位点,在插入/缺失位点两侧高度保守的区域设计引物开发InDel标记。对开发的CAPS标记和InDel标记进行多态性筛选,选取具有多态性的CAPS分子标记和InDel标记,对F2材料进行基因分型。根据分型结果,利用JoinMap 4.0软件进行遗传连锁图谱的构建。依据构建的遗传图谱,结合近红外分析获得F2材料的籽粒蛋白质含量数据,使用Windows QTL Cartographer V2.5软件对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL分析。【结果】测序结果显示,南豆12大量储藏蛋白、环境适应相关的重要基因或同源基因发生突变。转录组数据分析结果显示部分变异基因呈现不同的表达模式且差异显著,qRT-PCR分析进一步验证了该结果。此外,经检测开发的540个CAPS分子标记中有332个具有酶切多态性,300对InDel引物中有201对引物能扩增出多态性。基于533个多态性分子标记构建了一张包含20个连锁群的遗传连锁图谱,覆盖长度2 973.87 cM,标记间平均遗传距离5.58 cM。利用此图谱对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL定位,共检测到QTL位点6个,可解释4.68%—18.25%的表型变异。【结论】基于亲本间的变异位点,共开发了533个多态性分子标记(包含8个基因特异性分子标记),检测到6个大豆籽粒蛋白质含量QTL位点,其中,主效QTL位点1个(qSPC-6)。

研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系，高通量开发月季ＳＳＲ共显性标记。利用ＭＩＳＡ软件对总长２０６．８Ｍｂ的草莓基因组序列进行扫描，共识别４９ ０２９个ＳＳＲ位点，平均每４．２ ｋｂ包含１个ＳＳＲ位点。利用ｐＲＩＭｅＲ３软件成功对２１ ２８８个ＳＳＲ位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’（ＲｏＳＡ ｃｈＩｎｅｎＳＩＳ‘ｏｌｄ ｂｌｕＳｈ’）和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’（ＲｏＳＡ ｗＩｃｈｕＲＩＡｎＡ‘ｂＡＳｙｅ’Ｓ ｔｈｏＲｎｌｅＳＳ’），随机选取３００对ＳＳＲ引物进行ｐｃＲ扩增，４０对引物获得清晰条带，扩增率为１３．３％，发现其中８个可转移的ＳＳＲ位点位于草莓基因组第六染色体６３ ．．．

为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1 7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3%。从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34%,其次为二核苷酸(20.47%),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29%、23.89%、0.77%、0.13%、0.10%和0.01...

基于SSR标记研究凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构，为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。本研究利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记，基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星，约占基因组序列总长度的18.56%，其中，二碱基微卫星最丰富，占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体桂海1号（CG）、海兴农2号（CH）和山东养殖群体（CT），及3个国外群体厄瓜多尔1号（FO）、厄瓜多尔2号（FT）和墨西哥群体（FM）的遗传特征，结果表明，14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异，等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918；遗传多样性丰富程度从高到低分别为CH > FO > FM > CT > FT > CG。桂海1号与山东养殖群体、3个国外群体间属于中等程度的遗传分化；聚类分析显示，国内群体桂海1号和海兴农2号聚为一大类，山东养殖群体与国外群体厄瓜多尔1号、厄瓜多尔2号和墨西哥群体聚为一大类。本研究结果表明，筛选的14个SSR标记可用于凡纳滨对虾群体遗传多样性的评估；3个国外群体的遗传多样性相对较高，且与国内群体桂海1号和海兴农2号的亲缘关系较远。本研究对凡纳滨对虾种质资源的开发利用与新品种选育具有十分重要的意义。

[目的]基于黄瓜线粒体父系遗传特性,研究线粒体基因组SSR(mitochondria genome simple sequence repeat,mt SSR)标记技术在黄瓜杂交种纯度鉴定上的可行性。[方法]根据黄瓜线粒体基因组序列开发特异性标记,选用不同生态型的黄瓜品种对标记进行筛选,利用多态性引物对人为掺假的黄瓜F1种子进行纯度检测。[结果]从72对标记中,共筛选出4对在30份黄瓜品种呈现出多态性的引物,其中mt SSR4引物扩增出102和107 bp的多态性片段;mt SSR10引物扩增出196、224和242 bp的多态性片段;mt SSR29引物扩增出226、239和280 bp的多...

【目的】分析望春玉兰基因组微卫星序列和分布特征，开发多态性高和稳定性好的SSR引物，并构建玉兰商业品种指纹图，为玉兰属植物群体遗传结构和遗传多样性研究提供分子标记资源，也为玉兰优良品种的遗传真实性鉴别和育种工作者知识产权保护提供技术支撑和科学依据。【方法】基于已公布的望春玉兰基因组序列信息，采用MISA软件对全基因组微卫星序列进行查找和分析，使用Primer Premier 5.0软件设计SSR引物。随机合成203对引物，利用6株不同望春玉兰的基因组DNA进行筛选，并进一步利用筛选出的多态性SSR引物构建26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱。【结果】望春玉兰基因组中共检测出2 820 303个SSR位点，6碱基重复类型占比最高（62.13%），其次是2碱基（12.02%）和单碱基重复（9.98%）；共发现501种重复基序，其中出现频率高的基序为AAACCT/AGGTTT(16.46%)，其次是A/T(8.63%)和AG/CT(5.9%)。在随机合成的203对引物中，有94对（46.31%）能够对6株不同望春玉兰的基因组DNA进行有效扩增，有25对引物（12.32%）的扩增谱带清晰、易于判读、多态性高，多态信息量（PIC）在0.24～0.72之间。利用PIC值最高的前10对引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱数据库，共扩增出85种基因型，每对引物产生的基因型在4～18之间；引物鉴别力在0～13之间，最少采用3对引物即可将26个玉兰品种完全区分开。【结论】本研究在望春玉兰全基因组微卫星序列统计和分析的基础上，开发了10对条带清晰、多态性高、重复性好的SSR引物，并利用这些引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱，DNA指纹图比对结果显示本研究所涉及的26个玉兰品种不存在同种异名或异种同名现象。

微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗

青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai)广泛分布于青藏高原及其毗邻地区,对高海拔极端环境具有极强的适应性。本研究利用高通量转录组测序数据,对青藏扁蓿豆的EST-SSR标记进行了开发。结果发现,随机选取的477对引物中,350对可在青藏扁蓿豆中有效扩增,其中346对引物在扁蓿豆(M. ruthenica)中可实现跨物种扩增。利用其中64对独立遗传且符合哈迪–温伯格平衡的标记引物对青藏扁蓿豆和扁蓿豆野生群体的遗传多样性和群体遗传结构分析发现,两个物种存在明显的种间和种内的遗传分化,且提示种内群体间的遗传分化与地理隔离或环境选择有关。本研究所开发的EST-SSR标记为今后进一步评价青藏扁蓿豆和扁蓿豆的遗传多样性以及解释其适应极端环境的遗传机制提供了重要的研究工具。

【目的】建立快速、准确的大豆疫霉菌检测和病害早期诊断分子技术。【方法】基于大豆疫霉菌SSR标记Psc239设计两对引物Psc239EF/Psc239ER和Psc239F/Psc239R,建立特异性检测大豆疫霉菌的巢式PCR方法。【结果】用36个大豆疫霉菌分离物和25个其他卵菌和真菌分离物基因组DNA评价引物及巢式PCR的专化性,引物对Psc239EF/Psc239ER、Psc239F/Psc239R和巢式PCR反应只在大豆疫霉菌中分别扩增出519、242和242bp的特异片段,在其它卵菌和病原真菌中不扩增片段;用两对引物进行常规PCR扩增,检测大豆疫霉菌DNA的灵敏度均为50pg·μl-1,而...

为明确大豆GmGLRs基因家族的结构特征以及不同组织的表达模式,利用生物信息学的方法,从全基因组水平鉴定了大豆GmGLRs基因家族,并对其染色体定位、系统进化关系、基因结构、跨膜结构域及组织表达模式进行分析。结果表明,在大豆基因组(Wm82.a2.v1)全基因组信息中共鉴定出17个GmGLRs基因。基因定位显示,这些基因不均匀的分布在10条染色体上,有5条染色体各分布1个GmGLRs基因,有3条染色体各分布2个GmGLRs基因,有2条染色体各分布3个GmGLRs基因。系统进化树分析将这些基因分为2个亚族,有2个GmGLRs基因在一个亚族,其他15个GmGLRs基因在另一个亚族,这些基因在系统进化关系上成对出现,表现出很高的同源性。基因结构分析表明,这些基因基本上都具有6个外显子,只有1个基因有7个外显子。此外,大豆GmGLRs基因的CDS序列长度差异不大,最长的CDS长度是2 844 bp,最短的CDS长度是2 409 bp,平均长度为2 748 bp。跨膜结构域预测结果表明,10个GmGLRs蛋白有3个跨膜结构域,4个GmGLRs蛋白有4个跨膜结构域,2个GmGLRs蛋白有5个跨膜结构域,1个GmGLR蛋白有2个跨膜结构域。组织表达模式研究显示,这些基因没有表现出组织特异性的差异,但是在表达丰度上存在显著差异,高、中、低丰度表达基因数分别为8,5,4个。结果为大豆GmGLRs基因的克隆和功能研究提供了理论基础。

基于水稻增产基因OsTAW1,从大豆全基因组中鉴定出23个GmTAW1同源基因家族成员,分析了大豆GmTAW1基因家族成员的保守结构域,并利用MEGA 4.1软件构建了系统发生树。研究了大豆GmTAW1基因成员的表达特征,为大豆产量性状的分子技术改良提供了候选基因资源。

【目的】传统的油茶育种工作效率低、周期长，分子标记辅助育种已成为推动油茶遗传改良的必要方法，对油茶基因组SSR位点进行整体统计分析，为提高油茶的选育效果、缩短选育周期提供了一条有效途径。通过对四倍体油茶基因组SSR位点进行搜索，统计分析其基因组SSR序列的分布模式及特征，获得优质、有价值的SSR分子标记位点，为进一步开展油茶品种的遗传分析、分子标记辅助育种、指纹鉴定等研究工作提供便利条件。【方法】本研究基于已获得的四倍体油茶全基因组数据，使用MISA软件全面搜索基因组中1～6核苷酸各重复类型的SSR位点，统计分析其分布模式及特征，通过Primer3.0软件进行批量SSR引物设计。【结果】在全长为11 069 152 038 bp的四倍体油茶全基因组中共搜索到不同类型SSR位点6 254 681个，一共鉴定出463个不同重复基元，平均1.77 kb出现一个SSR位点；出现频率最高的是单核苷酸重复类型SSR位点，占比62.08%，六核苷酸重复类型SSR位点数量最少，仅占比0.46%；在四倍体油茶基因组SSR序列中A、T碱基占据绝对优势，而G、C含量较少，具有碱基偏好性。四倍体油茶基因组各类型SSR序列的整体长度区间为10～187 bp，平均长度15.57 bp；除单核苷酸重复类型，长度≥20 bp的SSR序列占全部SSR序列的15.75%，其中二、三、四核苷酸三种重复类型SSR长度变异程度显著高于五、六核苷酸重复类型，因此，二、三、四核苷酸重复类型为设计SSR引物的主要标记来源；基于四倍体油茶基因组SSR位点数据，共开发引物1 358 248对。【结论】本研究首次对四倍体油茶全基因组中SSR位点的分布模式与特征进行整体统计分析，并批量开发SSR引物，为油茶分子标记辅助育种提供参考。