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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘伟灿 王骐 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性，筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟ｍｉＲＮＡ、前体ｍｉＲＮＡ及靶基因ｍＲＮＡ荧光定量ＰＣＲ的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料，选择了５个成熟ｍｉＲＮＡｓ和５个传统的看家基因作为候选内参基因，利用ＧｅＮｏＲｍ和ＮｏＲｍＦｉＮｄｅＲ程序对１０个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下，大豆根、叶片中，成熟ｍｉＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分别为ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１６７Ａ，最合适的内参基因组合分别为ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１６７Ａ。前体ｍｉＲＮＡ和靶基因ｍＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曾璟 王平 孙吉康 杨岚鹏 周韬 荣健
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
关键词：
铅 镉 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王倩颖 常鹏杰 申亚梅 张超 董彬 时宝柱
高温对景宁木兰Magnolia sinostellata生长产生严重影响。通过筛选景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因,可以为景宁木兰在高温条件下基因表达研究提供准确数据,达到对目的基因进行准确量化的目的。以热胁迫下景宁木兰1年生实生苗的根、茎、叶组织为材料,从转录组数据库中选取13个管家基因ACTIN-7(肌动蛋白基因-7),CYP(亲环蛋白基因),EF-1α(延伸因子-1α蛋白基因),GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因),GTB(GTP结合蛋白基因),NAC(NAC域蛋白基因),NADP(异柠檬酸脱氢酶基因),TEF(翻译延伸因子基因),UBC(泛素化酶基因),UBQ(多聚泛素蛋白基因),α-TUB(α微管蛋白基因),β-TUB(β微管蛋白基因)和18S(18S核糖体RNA),通过Primer 5.0进行引物设计,琼脂糖电泳和溶解曲线分析验证引物特异性;利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRTPCR)技术和geNorm, NormFinder和BestKeeper等3个内参分析软件研究候选内参基因在热胁迫下不同组织中的表达稳定性,并通过CSLD3和KOR 2个目的基因的表达分析验证其可靠性。13个内参基因的电泳结果均显示单一条带,溶解曲线也均显示单一峰,证明引物特异性良好;13对引物的扩增效率均在100%左右;内参软件综合分析得到,UBC, EF-1α和ACTIN-7是景宁木兰在热胁迫下较为稳定的内参基因,以3个单独的内参基因以及内参组合(EF-1α和ACTIN-7)为参照对CSLD3和KOR的表达模式进行校准,也显示了一致的表达水平。通过qRT-PCR技术和内参软件分析,UBC, EF-1α和ACTIN-7等3个内参基因在景宁木兰热胁迫下不同组织中稳定性较高,CSLD3和KOR等2个目的基因的表达也证实了其可靠性。因此,UBC, EF-1α和ACTIN-7可以作为景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因。图4表3参34
[期刊] 水产学报
[作者]
昌晶 陈陆丹 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
为了筛选不同高光光强胁迫下坛紫菜中表达水平最为稳定的内参基因,本研究采用qRT-PCR技术测定了植物中常用的6种内参基因UBC、TUB、18S、EF2、ACT和GAPDH在不同光照强度下培养的坛紫菜藻体中的绝对表达水平,并采用比较Ct值法、Ge Norm、Bestkeeper和NormFinder软件分析4种方法对6种候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果显示,UBC的Ct值变化范围最小,18S的Ct值变化范围最大;ge Norm软件分析结果显示最稳定的内参基因为UBC和EF2;Bestkeeper和No
[期刊] 草业科学
[作者]
谢程程 马均 李璟 李西
实时荧光定量PCR(Reverse transcription quantitative real-time PCR， qRT-PCR)技术常用于基因表达分析，但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅（Pb）胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根根尖组织稳定表达的内参基因，本研究在前期生理试验基础上，对选用的8个候选内参基因(PP2A、TIP41、CACS、ACT、EF-1α、TUB、UPL7、GAPDH)在6个样本中的表达量进行qRT-PCR分析。结果发现，8个内参基因在不同样本中表达水平存在较大差异，且单个内参基因Ct值在不同样本中变化范围有显著差异。利用ΔCt 算法、NormFinder、BestKeeper和GeNorm程序对内参基因稳定性进行排序，并结合线上工具RefFinder计算得出各内参基因稳定性的综合排名。结果表明，CACS + PP2A为不同浓度褪黑素处理铅胁迫下狗牙根根尖组织最适内参基因组合。该内参基因组合将为解析褪黑素影响狗牙根Pb耐受性和吸收转运的分子机制奠定基础，进一步推动褪黑素在植物修复Pb污染土壤中的实际应用。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曾文韬 柴春月 窦道龙
[目的]选择合适的内参基因是实时荧光定量PCR(qRT-PCR)研究的关键。大豆由于基因组复杂等原因,内参基因的选择尤为重要。[方法]结合实验室先前试验结果及相关文献,选择了10个持家基因(Cons4、ACT11、TUA、Cons15、ACT20、Cons7、CYP2、Cons6、Tubulin and ELF1B),依次用3个统计学软件Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper进行综合分析,研究其在大豆不同组织和大豆疫霉侵染不同时间点根中的表达稳定性。[结果]Cons4、ACT11和TUA在大豆疫霉侵染过程中的大豆根中表达稳定性最好,而Tubulin和ELF1B在大豆的所...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
赵雨 林琳 王群 张国哲 王杰 尚林雪 洪思丹 马清清 顾翠花
【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花，以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料，借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析，并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD，对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用在线软件RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出：在不同组织中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为TUA；在干旱胁迫中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明：上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后，GAPDH是最适合黄薇基因表达的内参基因。图4表4参33
关键词：
黄薇 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 林业科学
[作者]
储文渊 王玉娇 朱东悦 陈竹 严涵薇 项艳
【目的】通过杨树的多个基因芯片数据,筛选出在盐和干旱胁迫下能够稳定表达的基因作为杨树的新内参基因,为挖掘出更稳定、更理想的内参基因提供途径。【方法】利用已公布的基因芯片数据库获取不同生长时期、不同逆境处理下的杨树表达数据,将这些数据进行归一化处理,对基因在不同试验条件下表达量的稳定性进行排序。结合基因的功能注释信息,筛选新的内参基因。为进一步验证基因表达的稳定性,以经过NaCl,PEG处理的南林95杨(组培苗)的叶片材料为研究对象,利用实时荧光定量PCR方法,对6个传统内参基因(PtUKN1,PtUBQ,
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宫建文 李琪 于红
实时荧光定量PCR已广泛用于基因表达的分析,合适的内参基因选择是获得准确分析结果的关键。本研究选用正常生理状态下岩牡蛎(Crassostreanippona)的鳃、外套膜、闭壳肌和内脏团4种组织以及盐度10、20和30暂养1周后的鳃组织为材料,对已报道的常见内参基因(EF1A、GAPDH、RO21、TUB和TUA)的稳定性通过3种方法(geNorm、NormFinder和BestKeeper)进行分析和筛选,发现针对鳃单一组织在不同盐度胁迫下,GAPDH和RO21可以作为合适内参基因,而在不同组织中,需要更多的内参基因联合分析才能获得准确的定量表达结果。本研究是首次利用q-PCR对岩牡蛎进行内参基因的筛选和验证,为今后该物种低盐胁迫相关的基因表达和功能基因的研究提供重要依据。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张薇 崔为体 段星亮 汪瑾 沈文飚 谢彦杰
[目的]在植物代谢通路关键调控基因表达的相关研究中,筛选各种条件下合适的内参基因至关重要。[方法]以UV-B为主要胁迫,运用荧光定量PCR技术以及geNorm和NormFinder软件,对不同取样时间(处理后0、1、2和5d)的紫花苜蓿(MedicagosativaL.)幼苗根、茎、叶组织中Actin2、GAPDH、MSC27、18SRNA、β-tublin、bZIP、UBQ、PPPrep、Ms03_50f03和Ms03_69f07等候选内参基因表达的稳定性进行研究。[结果]geNorm软件显示:紫花苜蓿幼苗根部UV-B胁迫下MSC27和UBQ的稳定值(M)较小,增加第3个内参基因后变异值(V...
[期刊] 林业科学
[作者]
刘文哲 牛明月 李秀云 林二培 黄华宏 童再康
【目的】利用定量ＰＣＲ和表达分析软件研究候选内参基因在光皮桦不同组织中的表达稳定性，并通过目的基因的表达分析验证其可靠性，以获得可用于光皮桦定量ＰＣＲ的稳定内参基因。【方法】选取１６个常用的看家基因作为候选内参基因，设计引物，通过普通ＰＣＲ、溶解曲线及琼脂糖凝胶电泳验证引物的特异性；通过实时荧光定量ＰＣＲ及软件ｇｅ ＮｏＲｍ、ＮｏＲｍ ＦｉＮｄｅＲ和Ｂｅｓｔ ＫｅｅＰｅＲ分析候选内参基因在光皮桦１６个不同组织中的表达稳定性，根据分析结果筛选出最佳的内参基因和组合，并进一步通过２个目的基因ＣｓＬｄ和ＫｏＲ对内参基因的稳定性进行验证。【结果】ＰＣＲ和电泳结果显示，候选内参基因ＰＣＲ目的片段条带清晰．．．
关键词：
光皮桦 内参基因 实时荧光定量PCR
[期刊] 林业科学
[作者]
杨帆 丁菲 杜天真
转录因子是指那些专一性地结合于DNA特定序列上、能激活或抑制其他基因转录的蛋白质(王少峡等,2004)。DREB(dehydration responsive element binding protein)转录因子是一种特异性的转录因子,当植物在干旱、低温及盐等逆境胁迫下,DREB转录
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋雯雯 李文滨 韩雪 高慕娟 王继安
【目的】了解干旱胁迫下大豆幼苗根系的抗旱机制。【方法】利用基因芯片技术,分析在不同干旱胁迫时间下强抗旱品种晋豆23幼苗根部基因的表达情况。【结果】获得了61171个大豆根系基因的差异表达动态图谱。在不同干旱胁迫时间下根部基因的表达发生变化,3个时间点下,下调表达的基因数量均多于上调表达的基因数量。同时对杂交数据进行多种聚类分析。利用实时荧光定量PCR验证4个基因在干旱胁迫条件下的差异表达,其结果和芯片杂交分析的结果基本一致。【结论】初步建立了大豆幼苗根系干旱胁迫应答基因的动态表达谱,并通过其动态表达了解植物与逆境的互作机制,比较全面地获得了干旱胁迫应答基因,从而更完整地揭示了大豆干旱胁迫应答基...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
焦鹏 刘院梅 裴徐梨 冯鹏宇 唐征 荆赞革 李金林 徐谦
【目的】为检测非生物胁迫下常见内参基因的表达稳定性，筛选出青花菜的适内参基因。【方法】以青花菜高代自交系“KU19-3”为试验材料，利用已有的转录组数据和结合现有文献，筛选出31个候选内参基因，对其在不同非生物胁迫下（盐、干旱、渍水、弱光、高温和低温）的表达水平进行荧光定量PCR检测，采用geNorm、Normfinder 和BestKeeper软件分析其表达稳定性，从而筛选出适宜的内参基因。【结果】31个候选内参基因的扩增特异性良好，且表达水平差异明显。其中BOL029171的Ct值最小，表达量最大；而BOL001470的Ct值最大，表达量最小。其他基因的Ct值介于20～40。三种软件综合分析结果表明：BOL034565和BOL008820在高温胁迫下最稳定，BOL043724和BOL005937在弱光胁迫下表达稳定性最好，BOL043724和BOL001470、BOL005937和BOL006136分别在低温和盐胁迫下表达最稳定，BOL024326和BOL025875、BOL008820和BOL001788分别在渍水和干旱胁迫处理下表达最稳定。综合上述得出BOL006136和BOL008820可作为非生物胁迫下青花菜的通用内参基因。【结论】本研究筛选出青花菜叶片在非生物胁迫下通用内参基因是BOL006136和BOL008820，结果可为以后开展青花菜逆境胁迫下相关基因的表达特征研究和青花菜抗逆种质创建提供一定的科学基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周永刚 王骐 刘伟灿 邓宇 李晰亮 靳京 邓文波 赵利旦 王兴超 王南 王法微 李晓薇 董园园 李海燕
【目的】对比大豆PremiRNAs候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性，筛选出适合盐、碱胁迫条件下RTqPCR分析的最稳定内参基因。【方法】选用了6个保守的PremiRNAs基因和4个常规的内参基因作为候选内参基因，通过RTqPCR的方法，利用GeNorm和NormFinder软件，评价了10个候选内参基因在大豆盐、碱胁迫条件下的稳定性。【结果】大豆盐胁迫下，叶中表达最稳定的基因组合是PremiR166和PremiR172，表达最稳定的单一基因是FboX；根中表达最稳定的基因组合是Act11和EF1A，表达最稳定的单一基因是Act11。大豆碱胁迫下，叶中表达最稳定的基因组合是PremiR39...
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