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[期刊] 华北农学报
[作者]
李蕊 孟宪萍 胡英考 蔡民华 李雅轩
电子克隆(In silicocloning)是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列(GenBank登陆号为DQ139265)。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,20~955 bp),编码311个氨基酸...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾亚军 王晓婷 许娜 郭娜 邢邯
【目的】对大豆(Glycine max)水杨酸结合蛋白基因Gm SABP2进行克隆与表达分析,并转化拟南芥进行耐盐、耐干旱分析,进一步了解该基因耐盐、耐干旱的分子机制。【方法】以拟南芥SABP2为探针,搜索大豆基因组数据库,从中挑选出同源性最高的序列,将其命名为Gm SABP2。利用电子克隆技术,从大豆叶子中克隆得到大豆水杨酸结合蛋白基因Gm SABP2。通过DNAMAN程序进行氨基酸的多序列比对,利用NCBI的CD-search进行氨基酸的保守结构域分析,应用MEGA程序进行系统进化树分析。对大豆幼苗进行盐和干旱胁迫处理来分析其在胁迫下的表型变化。通过Real time-PCR分析大豆幼苗在...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈华涛 陈新 顾和平 张红梅 袁星星 崔晓艳
从抗大豆花叶病毒病(SMV)大豆材料科丰1号中克隆到2个编码PR10蛋白的新基因Glyma09g04530和Glyma15g15590,Glyma09g04530和Glyma15g15590基因的ORF全长均为477 bp,编码158个氨基酸。序列比对与系统发生树分析结果表明:Glyma09g04530和Glyma15g15590是大豆中2个编码PR10蛋白的新基因。Glyma09g04530和Glyma15g15590基因在大豆的根、茎及叶中均有表达;接种大豆SMV后,Glyma09g04530和Glyma15g15590基因在大豆科丰1号的叶片中的表达均被强烈诱导并高效表达,显示Glyma...
关键词：
大豆 PR10蛋白 基因克隆 表达分析
[期刊] 水产学报
[作者]
陈文波 李卫国 赵亚军
为深入研究胰蛋白酶在鱼类中的生理功能和作用机制,利用生物信息学的方法,成功获得了鲤3种胰凝乳蛋白酶原cDNA序列(ccTRP1、ccTRP2和ccTRP3)并对其进行了序列分析。结果表明,三者均含有一个长度为729bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码由242个氨基酸组成的胰蛋白酶原,其中包括15个氨基酸组成的信号肽和5个氨基酸(LDDDK)组成的激活肽。总平均亲水性GRAVY(grand average of hydropathicity)分析表明,三者均是亲水性蛋白。氨基酸比对结果显示,三者具备胰蛋白酶原的保守结构特征,如含有催化三联体氨基酸(His-57、...
关键词：
鲤 胰蛋白酶原 表达序列标签 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
孟宪萍 李晓晓 李雅轩 蔡民华 胡英考
采用基于EST的电子克隆方法,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)的尿黑酸叶绿基转移酶基因(Homogentisate phytyltransferase,HPT)cDNA序列为信息探针,对大豆的EST数据库进行同源检索筛选,获得了1 777 bp长大豆HPT基因的cDNA序列(GenBank登录号为:AY956421),经RT-PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,表明与电子克隆序列一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,173～1 408 bp),推测编码411个氨基酸的蛋白。该蛋白与拟南芥(Ara-bidopsis thaliana)、苜蓿(Medicago sativ...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
栾慎顺 魏玉荣 张敏 金苗苗 沈国顺
根据GeneBank中报道的NDV融合蛋白基因(F)序列,设计了一对特异性引物,用该引物对NDVLN-SN株进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T连接得到重组质粒pGEM-F,用于核苷酸序列测定。结果该基因ORF长1662bp,编码553个氨基酸;将LN-SN毒株与GeneBank中已报道的NDV毒株进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.4%~99.9%之间,推导的F蛋白氨基酸序列的同源性在88.4%~99.8%之间。
关键词：
新城疫病毒 融合蛋白基因 克隆 序列分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
陈晓月 梁华 刘明春 王建民 于立辉 范宏发 赵玉军
根据GenBank登陆的鹅细小病毒B株全基因组的核苷酸序列,设计合成一对引物,用PCR方法对GPV LN-1/06株的主要结构蛋白基因进行克隆,并对克隆的片段进行序列测定,用生物信息学软件进行序列分析。结果表明:所扩增的GPV LN-1/06株的基因长度为1605bp,包括VP3完整的开放阅读框,共编码534个氨基酸。与登录的20株国内和国外的GPV的VP3基因序列进行同源性分析表明,GPV LN-1/06株与其他20株VP3基因的核苷酸同源性较高,从93%至99%,说明GPV的VP3基因较为保守。系统进化树分析表明GPV-LN01/06病毒株与HG5/82为一组,具有较近的亲缘关系。本试验首...
关键词：
鹅细小病毒 结构蛋白基因 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
舒灿伟 曹琦琦 赵美 江绍锋 周而勋
为了揭示立枯丝核菌不同融合群菌株G蛋白β亚基基因的差异,利用同源克隆的方法,克隆了立枯丝核菌8个融合群共13个菌株的G蛋白β亚基基因,并进行分子进化分析。序列分析结果发现,不同融合群的立枯丝核菌的G蛋白β亚基基因的内含子和开放阅读框数目一致,编码氨基酸均为347个。但氨基酸序列存在14个位点的突变。同源性分析表明,立枯丝核菌各个融合群G蛋白β亚基基因之间的同源性较高,同一亚群的菌株同源性达到100%,不同融合群之间存在差异。分子进化分析表明,不同物种的G蛋白β亚基基因在进化上仍具有一定的保守性,不同融合群
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周小琼 丁一琼 左丽 喻德跃
【目的】硫转运蛋白(sulfate transporter,SULTR)参与根系对外界环境中硫酸根(SO42-)的吸收与转运。大豆硫转运蛋白基因GmSULTR1;2b在根中特异表达,其功能是将外界的SO42-吸收转运到植物根系中。文章克隆大豆硫转运蛋白GmSULTR1;2b的启动子,研究该启动子的驱动活性和组织表达情况,从而了解GmSULTR1;2b的调控机制,为提高大豆含硫氨基酸含量提供分子依据。【方法】根据NCBI中GmSULTR1;2b的序列,分析预测该基因上游2 259 bp为启动子,并利用在线数据库PLACE和Plant-CARE预测该启动子序列的调控元件。以大豆品种南农N2899的...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵艳 孙天国 王慧 张梅娟 崔巍 沙伟
【目的】克隆大豆天冬氨酸蛋白酶基因(soyAP1)启动子,并对其表达方式及活性进行分析。【方法】利用TAIL-PCR方法从大豆基因组DNA中克隆soyAP1基因启动子片段。利用启动子在线预测工具分析soyAP1基因启动子片段的启动子元件,并用克隆得到的SAP片段替换pCAMBIA1301中的CaMV35S启动子,构建表达载体pCAM-SAP。通过农杆菌介导法,使其在大豆各组织中进行瞬时表达,用GUS组织化学染色法分析SAP在各组织中的表达活性。【结果】克隆获得了大豆soyAP1基因的启动子片段,长1 650bp,并将之命名为SAP,其转录起始位点可能是553bp处的A;PLACE分析表明,SA...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李玉阁 邢冉冉 崔一飞 李锁平
α-醇溶蛋白是小麦籽粒贮藏蛋白的重要组分,其组成与含量对小麦加工品质具有重要影响。利用PCR从郑丰5号基因组中克隆α-醇溶蛋白基因,并对其序列进行分析。经克隆共获得32个α-醇溶蛋白新基因(ZF5A-1～ZF5A-32,GenBank注册序列号为JX828280～JX828311),其中15个为假基因,17个(ZF5A-1～ZF5A-17)具有完整开放阅读框。17个α-醇溶蛋白新基因中,除ZF5A-1、ZF5A-3、ZF5A-6、ZF5A-9、ZF5A-10、ZF5A-11、ZF5A-15编码的蛋白在特征Ⅱ区含有1个额外的半胱氨酸(C)外,其他10个基因编码的蛋白均具有α-醇溶蛋白的典型结构。...
关键词：
α-醇溶蛋白 郑丰5号 克隆 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
蒲至恩 龙海 魏育明 颜泽洪 郑有良
【目的】进一步了解斯卑尔脱小麦(Triticum spelta L.)α-醇溶蛋白基因序列信息。【方法】根据已知的普通小麦α-醇溶蛋白基因序列设计引物,采用PCR方法,克隆基因并进行序列分析。【结果】从NGB5149中克隆得到两个α-醇溶蛋白基因序列Gli-Spelt-1和Gli-Spelt-2(GenBank登录号分别为DQ234066和DQ234067)。它们具有α-醇溶蛋白基因的典型结构特征,但Gli-Spelt-1是一个假基因。Spelt-Gli-2编码区全长849bp,编码263个氨基酸。【结轮】氨基酸序列比较显示,Gli-Spelt-1和Gli-Spelt-2与已报道的α-醇溶蛋白...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张剑韵 石瑞君 黄硕豪 黄龙全
【目的】了解家蚕维生素B6关键代谢酶磷酸吡哆醇氧化酶(PNPO)的基因结构。【方法】利用生物信息学原理和PCR方法,克隆出编码家蚕(Bombyx mori)PNPO的cDNA(GenBank登录号:DQ452398);采用T7启动子/T7RNA聚合酶原核表达系统对cDNA进行体外表达,并通过酶活检测进行表达产物的功能鉴定;依据家蚕基因组数据库信息和得到的cDNA,对家蚕PNPO基因结构进行分析。【结果】克隆到的cDNA含有771bp的完整可读框,编码一条分子量为29.86kD、含257个氨基酸残基的蛋白质。序列比对显示此蛋白质与人类PNPO具有51.44%的同源性,包含PNPO家族共有的保守序...
[期刊] 华北农学报
[作者]
章文贤 蒋咏梅 贺望兴 郭文燕 黄晓菊 郑素云
通过电子克隆技术,获得14-3-3基因的cDNA序列全长,并采用生物信息学方法,借助电子计算机和相关的生物信息学软件,对该基因编码蛋白从基本理化性质、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜区结构、信号肽、高级结构及系统发育树分析等进行了预测和分析。该cDNA编码蛋白由257个氨基酸组成,相对分子质量为29.014 5 kDa,亲水性和疏水性比较平衡,定位于细胞质,不存在信号肽,无跨膜螺旋区,且二级结构由6.23%无规则卷曲,66.54%α-螺旋和27.24%延伸链组成。同源比对分析显示,该酶基因编码的氨基酸序列与污叉丝孔菌、双孢菇和木耳等蘑菇类高等真菌中的14-3-3基因所编码的氨基酸序列高度同源。...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
林景卫 关山越 钟鸣 陈丽静 李浩戈 张丽 范文丽 李天来
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