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[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘洋 陈松林 孟亮 张玉喜
趋化因子是一类趋化性细胞因子的总称,它们在白细胞的趋化反应中起着重要作用。本研究从构建的大菱鲆(Scophthalmus maximus)脾脏cDNA文库中筛选到一种大菱鲆CXC趋化因子,经过5′-RACE和3′-RACE扩增得到了它的全长cDNA。该趋化因子的全长cDNA含有1个79 bp的5′UTR,1个372 bp的开放阅读框(ORF)和1个227 bp的3′UTR。开放阅读框编码123个氨基酸残基。此CXC趋化因子基因内含有4个外显子和3个内含子,3个外显子的碱基长度分别为591 bp、86 bp和372 bp。Blast分析和系统发生分析都表明这个趋化因子和已知的脊椎动物的CXCL1...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张永珍 陈松林 王磊
趋化因子是一类具有化学趋化功能的小分子分泌性蛋白,能够引导白细胞到损伤或者感染的部位,参与免疫调节和病理反应。为丰富鲆鲽鱼类趋化因子的相关基础研究,本研究克隆了牙鲆(Paralichthys olivaceus)趋化因子基因CXCL9,其全长为910 bp,开放阅读框为408 bp,编码135个氨基酸。该基因具有趋化因子超家族的典型特征,在35、37、60和77个氨基酸位置具有4个保守的半胱氨酸残基,形成两个二硫键。氨基酸序列分析表明,该基因与大菱鲆(Scophthalmus maximus)、半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)的CXCL9基因具有较高的同源性,分别为78.5%和71.0%。实时荧光定量PCR结果显示, CXCL9在正常牙鲆肝脏和脾脏中的表达量非常高,在皮肤和鳃等组织中表达量次之,说明CXCL9特异性地在免疫相关组织中表达。经迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)感染后,牙鲆肝脏中CXCL9 mRNA表达量在感染后6 h即出现高峰值,而头肾和脾脏中的高峰值出现较晚。经鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染后6 h,牙鲆肝脏中CXCL9 mRNA的表达量升高近8倍,头肾中的表达高峰值出现在感染后24 h,而脾脏中CXCL9 mRNA的表达量在感染后6 h迅速升高10倍,逐渐降低后48 h又出现高峰,为正常水平的20倍。上述研究结果说明CXCL9基因在病原菌感染过程中有快速响应,可能参与了免疫防御过程,将有可能发展为一种牙鲆细菌性疾病的生物标记。本研究为牙鲆趋化因子超家族免疫机制的深入研究奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孟艳青 刘晓飞 刘洋 常亚青 王秀利 姜志强
本实验克隆了大菱鲆趋化因子受体基因CCR3和CCR9的全长cDNA,并进行了鉴定。其中,全长cDNA的克隆采用了5′和3′-RACE。CCR3 cDNA全长1 451 bp,包括92 bp的5′非编码区,276 bp的3′非编码区以及编码360个氨基酸的1 083 bp的开放阅读框。CCR9 cDNA全长1 441 bp,包括59 bp的5′非编码区,278 bp的3′非编码区,以及编码367个氨基酸的1 104 bp的开放阅读框。两种受体均具有7次跨膜结构,符合G蛋白偶联受体的序列特征。系统进化分析表明,大菱鲆CCR3与其他鱼类CCR3聚为一支,大菱鲆CCR9也与其他鱼类的CCR9聚为一支;...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵晓杰 陈松林 王娜 王贤丽 邢士超
通过RT-PCR方法从大菱鲆肝组织克隆了胰岛素样生长因子-I(IGF-I)成熟肽片段,分析表明,此成熟肽由70个氨基酸残基组成,含有3个链内二硫键。将扩增片段克隆到原核表达载体pGEX-4T-1上,实现了IGF-I成熟肽和GST蛋白在Escherichia coli BL21(DE3)plysS中的融合表达。融合蛋白分子量约为34ku,诱导4h时占菌体总蛋白的59%,主要以包涵体形式存在。Western-blotting免疫印迹表明,融合蛋白可以特异性地被anti-GST抗体识别。包涵体经6mol/L盐酸胍变性溶解及脉冲法稀释复性后,通过GSTrapFF亲和预装柱纯化,获得了电泳分析纯的融合蛋...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张家荣 秦宏宇 谢婷 张效宇 李飞霞 吕俊贤 贾玉东
类胰岛素生长因子3 (insulin-like growth factor 3, IGF3)在硬骨鱼类性别分化过程中扮演重要角色,但其是否影响卵巢发育尚不明确。本研究以欧亚养殖良种大菱鲆(Scophthalmus maximus)为实验材料,通过RACE (rapid-amplification of cDNA ends)克隆技术,获得了IGF3全长cDNA序列,分析了其生物信息学特征,预测了其与IGF特异性受体(IGF receptors, IGF-1R, IGF-2R)结合情况,查明了其组织和卵巢不同发育时期表达规律。结果显示,大菱鲆IGF3 cDNA全长为1 255 bp,编码259个氨基酸。生物信息学分析发现,IGF3为亲水性蛋白,具有典型的IGF特异性结构域和信号肽序列,同大西洋庸鰈(Hippoglossus stenolepis)同源性最高;蛋白质三级结构域由3个α螺旋串联而成,同IGF-1R和IGF-2R紧密结合。组织表达分析显示,igf3在大菱鲆各个组织中均有分布,雌、雄大菱鲆表达规律显著不同,但皆在脑组织中表达最高。在卵巢发育过程中,igf3在卵黄生成后期表达量显著上升,在核迁移期达到最高,在闭锁期显著下降。以上结果表明,大菱鲆IGF3具有典型的IGFs家族结构特征,作为局域性内分泌因子,在组织中广泛分布且具有显著的性别二态性,同时参与调控了卵巢发育和成熟。相关结果为深入解析IGF3对大菱鲆卵巢发育和卵母细胞成熟的影响及其作用机制奠定了基础,同时也为探究鱼类IGF3新功能提供了重要思路。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈林 姚晓华 苏乐平 姚有华 魏婵 吴昆仑
为探究HvnANT1基因在青稞粒色形成过程中的基因表达模式,以紫粒青稞‘涅如姆扎’和白粒青稞‘昆仑10号’为试材,利用简化基因组GBS(Genotyping-by-Sequencing)对青稞紫粒进行基因定位,克隆到HvnANT1基因,对其进行生物信息学分析。结果表明:1)在7H染色体的84.30—86.00cM获得1个MYB类转录因子,命名为HvnANT1。2)该基因长1 033bp,其完整开放阅读框为762bp,编码253个氨基酸。HvnANT1蛋白分子量为27.14kU,是亲水性的不稳定碱性蛋白且不存在跨膜结构,无信号肽。该蛋白的二级结构主要是由无规卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角组成,具有2个SANT结构域(分别位于第13—第63个;第66—第114个氨基酸)。3)同源比对与系统进化分析表明:青稞HvnANT1蛋白与大麦、乌拉尔图小麦、高梁、玉米、二型花、小米、水稻、土瓶草、车轴草和杨梅10种植物的ANT1蛋白序列相似性分别为100.00%、88.85%、54.64%、60.95%、60.82%、58.46%、57.61%、37.76%、36.05%和36.33%;这些序列都具有2个高度保守的2个SANT结构域;与大麦的亲缘关系最近,其次是与乌拉尔图小麦,与水稻最远。4)亚细胞定位结果表明,该基因定位在细胞核内。5)实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示:与籽粒颜色形成的乳熟早期和乳熟晚期相比,软面团期的HvnANT1基因在‘涅如姆扎’中表达量极显著上调,而在‘昆仑10号’中各时期的表达量较低且差异不显著;且软面团期的‘涅如姆扎’籽粒HvnANT1基因的表达量极显著高于‘昆仑10号’(P<0.01)。花青素合成相关的结构基因HvnCHI、HvnANS和HvnDFR与该基因表达量模式相似。综上,青稞HvnANT1蛋白结构中的SANT结构域在物种进化过程中比较保守;该基因定位在细胞核内,符合转录因子特性;HvnANT1基因表达模式与结构基因HvnCHI、HvnANS和HvnDFR相似,在籽粒颜色形成的软面团期表达量极显著升高。
[期刊] 水产学报
[作者]
翟万营 张俊玲 施志仪 李巍
利用RACE-PCR技术,从牙鲆肝脏组织总RNA中克隆得到胰岛素样生长因子结合蛋白-1(insulin-like growth factor binding protein 1,IGFBP-1)基因的全长cDNA序列,该cDNA全长为1 070 bp,开放阅读框为729 bp,编码242个氨基酸。通过系统进化树分析,牙鲆IGFBP-1与鱼类IGFBP-1基因紧密聚为一支;通过同源性比对,牙鲆IGFBP-1基因的核苷酸序列与大菱鲆同源性最高,为95%,而其推导的氨基酸序列与其它鱼类如大菱鲆、五条、黄金鲈、红点鲑、鲤和斑马鱼的同源性分别为89%、89%、84%、79%、67%和67%。半定量RT-...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
梁宏伟 李忠 罗相忠 邹桂伟
为研究黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)胰岛素样生长因子结合蛋白1基因(IGFBP1)的特征,阐明IGFBP1基因在不同性别黄颡鱼组织中的表达特征和IGFBP1蛋白在雌、雄黄颡鱼肌肉中的表达差异,克隆IGFBP1基因的c DNA全长,并进行实时荧光定量PCR检测和Western Blot分析。结果表明:黄颡鱼IGFBP1基因c DNA全长为1 259 bp,其开放阅读框长度为714 bp,编码237个氨基酸,3'端和5'端非翻译区分别为407 bp和138 bp;黄颡鱼IGFBP1基
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙珍霞 王娜 王启龙 徐田军 王磊 董晓丽 陈松林
髓样分化因子(Myeloid differentiation factor88,MyD88)是Toll/IL-lR家族成员,是TLR信号通路中的一个关键接头分子,在天然免疫系统中具有重要作用。迄今,在重要海水养殖鱼类半滑舌鳎中尚未见有关MyD88的研究报道。本研究克隆了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)MyD88基因,并对其表达模式进行了初步研究。半滑舌鳎MyD88基因的cDNA全长为1612bp,其中包括132bp的5′非翻译区(UTR),590bp的3′UTR和编码285个氨基酸残基的858bp的开放阅读框(ORF)。MyD88蛋白在N端具有死亡结构域(Death D...
[期刊] 水产学报
[作者]
朱成科 王建 陈灵涵 周朝伟 雷骆 邓星星 刘春 郑宗林
趋化因子是一类能够吸引白细胞移行到感染部位的低分子量(810 ku)蛋白质,在炎症反应、非特异性免疫反应中具有重要作用。实验克隆了剑尾鱼2个趋化因子基因(CCL4、CCL19)c DNA序列,运用荧光定量PCR技术检测其在健康组织和嗜水气单胞菌感染后肝、脾中的表达情况。结果显示,剑尾鱼CCL4和CCL19开放阅读框长度分别为294和333 bp,分别编码97和110个氨基酸,推导氨基酸序列均含有趋化因子CC家族标志性的4个半胱氨酸残基,与其他物种尼罗罗非鱼、鼠、狗、人、鸡的氨基酸序列相似性比较,CCL4相
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王法微 刘洋 吴学彦 李晓薇 李海燕
【目的】克隆山葡萄(Vitis amurensis)CBF1转录因子基因(VaCBF1),为其功能的深入研究及其在植物抗寒基因工程中的应用奠定基础。【方法】根据植物CBF基因AP2/EREBP保守区设计1对简并引物,利用PCR法从山葡萄cDNA中扩增VaCBF1基因的中间片段。再根据中间片段区域设计2对特异引物,采用反向PCR法扩增VaCBF1基因的5′端和3′端序列。将中间片段与5′端和3′端序列拼接后得到山葡萄VaCBF1基因的cDNA全长序列,据此设计1对特异引物,PCR扩增VaCBF1基因编码区的全长序列,并对其进行生物信息学分析。同时,利用荧光定量PCR分析山葡萄VaCBF1基因在不...
关键词:
山葡萄 CBF转录因子 基因克隆与表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李敏 刘冬梅 廖小芳 汤丹峰 陈鹏 周瑞阳
结合RACE技术与hi-TAiL PCR技术克隆得到1个新的棉花bZiP转录因子的CDNA序列,暂命名为GhbZiP1。该基因包含1个完整的包含471bP的开放阅读框,编码156个氨基酸。GhbZiP1蛋白具有典型的bZiP保守结构域,与拟南芥等植物bZiP1蛋白的保守区相似性较高,推测棉花GhbZiP1与拟南芥ATbZiP1功能类似。此外,qPCR分析表明GhbZiP1基因在"洞A"可育株花药的4个主要时期(小孢子单核早期、小孢子单核期、双核期及花粉形成期)的表达均明显高于不育株。由此提示,GhbZiP1基因可能与棉花雄性不育相关。
关键词:
陆地棉 bZIP转录因子 基因表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
张晋玉 晁毛妮 杜弘杨 喻德跃 黄方
为了揭示大豆ZF-HD基因的生物学功能,通过PCR的方法,从大豆栽培豆科丰1号中克隆了ZF-HD转录因子Glyma.02g040100,命名为GmZHD1。生物信息学分析表明,该基因的c DNA全长为888 bp,编码295个氨基酸,GmZHD1蛋白分子量约为32.64 k Da,等电点为7.69;序列分析表明,GmZHD1含有ZF-HD家族保守的锌指结构域和同源异形盒结构域,GmZHD1与Ft HB2蛋白序列一致性最高,为44.4%;亚细胞定位结果显示GmZHD1定位于细胞核;荧光定量PCR结果表明,G
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周精华 揭雨成 邢虎成 钟英丽 余伟林
【目的】克隆苎麻转录因子基因BnbZIP1,分析其序列及表达特征,同时进行原核表达以及亚细胞定位分析。【方法】根据苎麻转录组测序中的Unigene48047片段序列,采用RT-PCR结合RACE技术克隆该基因的全长cDNA序列,并进行生物信息学分析;利用Real-time PCR分析该基因在不同组织和不同胁迫条件下表达特征;构建原核表达载体,进行原核表达;构建含EGFP的融合表达载体,观察其亚细胞定位情况。【结果】苎麻BnbZIP1的cDNA全长为2 071 bp,开放读码框为1 407 bp,编码468个氨基酸,推导该多肽的等电点和分子量为7.12和51.57kD,与毛果杨(XP_00230...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
黄国文 管天球 赵雨云 陈莫林 刘宏辉
[目的]克隆油茶的SOC1同源基因(CoSOC1-like),分析其序列特征和表达模式及其蛋白进化。[方法]以3年生油茶嫩叶为材料提取RNA,利用RT-PCR和RACE方法克隆油茶的CoSOC1-like基因,用生物信息学工具分析其序列特征,用荧光定量PCR分析其表达模式,用基因瞬时表达法分析其蛋白的亚细胞定位。[结果]油茶CoSOC1-like基因的CDS全长为654 bp,推测蛋白质由127个氨基酸组成,蛋白分子量为24.958 kD,等电点(pI)为6.8,基因库的登录号为MT036382。CoSOC1-like具有植物Ⅱ型MADSbox基因的蛋白结构,且C末端含有MOTIF结构域,是一个MADS-box家族转录因子。CoSOC1-like蛋白有31个磷酸化位点,建立在二级结构基础上的CoSOC1-like蛋白的三级结构具有明显活性部位;CoSOC1-like基因瞬时表达分析表明,油茶CoSOC1-like蛋白定位于细胞核,符合转录因子的细胞核定位特征。系统进化分析表明:油茶CoSOC1-like与茶树SOC1-like蛋白聚类在同一个进化支上。荧光定量PCR分析表明:CoSOC1-like基因存在于油茶所有的器官中,尤其在花芽中的相对表达量最多。[结论]CoSOC1-like基因在油茶的花芽分化中起重要作用,也可能参与根、茎、叶和种子等器官的生长发育。本结果为进一步研究油茶成花的分子机制奠定了基础。
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