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[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 王玉梅  夏建红  唐仁生  喻达辉  
采用同源克隆从大珠母贝外套膜中扩增到2种编码N66类似蛋白的基因,分别命名为N36和N45。N36的开放阅读框为987 bp,编码329个氨基酸,推测分子量为35.7ku。N45的开放阅读框为1 164 bp,编码387个氨基酸,推测分子量为44.6 ku。二者都富含甘氨酸、天冬酰胺和天冬氨酸。N36蛋白不含信号肽,N45蛋白在N-端有一段22个氨基酸的信号肽。N36蛋白和N45蛋白分别有2个和1个糖基化位点,分别有13个和16个潜在的磷酸化位点,它们的二级结构都由α螺旋、β折叠和无规卷曲组成。系统进化分析显示N36和N45与N66进化关系最近,而与其他nacrein蛋白则距离较远。与合浦珠母...
[期刊] 水产学报  [作者] 吴羽媛  郭志颖  梁海鹰  林丽旋  郝瑞娟  焦钰  
为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编
[期刊] 西南农业学报  [作者] 许瑞胜  何奇松  李春英  冯淑萍  易春华  韦达有  胡丽萍  黄胜斌  胡巧云  熊毅  马琳  
【目的】了解广西区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的感染及病毒的遗传变异特点,为更好防控猪流行性腹泻提供科学依据。【方法】应用RT-PCR方法从2012-2016年广西地区25个猪场收集的PEDV病料中扩增出86株PEDV的N基因,并进行序列比对及遗传进化分析。【结果】86株PEDV的N基因核苷酸同源性为94.2%100.0%,与参考毒株核苷酸同源性为94.1%100.0%。N基因遗传进化分析显示广西的PEDV可分为2个群,Cluster2由韩国株DR13、日本株83P-5、中国株CH/S以及本研究的GP35
[期刊] 水产学报  [作者] 胡钰婷  张殿昌  崔淑歌  郭华阳  陈明强  江世贵  
通过EST筛选结合重测序法获得合浦珠母贝一种C-型凝集素cDNA的全长序列(命名为PoLEC1)。PoLEC1全长988 bp,5'-UTR为33 bp,3'-UTR为101 bp,开放阅读框为864 bp,编码287个氨基酸,分子量为31.68 ku,理论等电点约5.83。预测的氨基酸序列中含有信号肽(Met1-Ser19)和糖结合位点。同源性分析结果表明,PoLEC1与其它物种C-型凝集素的的糖识别结构域序列的同源性在18.8%~28.6%,相似性在28.9%~50.0%之间。进化树分析结果表明,PoLEC1与栉孔扇贝聚为一支。组织表达分析表明,PoLEC1 mRNA在消化腺、外套膜、性腺...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 石耀华  王嫣  顾志峰  王爱民  苏树叶  
Rab家族基因在囊泡的形成、转运、黏附、锚定和融合等各个阶段发挥重要作用。在已有的马氏珠母贝RabcDNA片段的基础上,采用RACE方法克隆了该基因的全长。cDNA长度2519bp,编码区长618bp,编码206个氨基酸。编码的蛋白质序列分析表明,该基因具有Rab家族的全部保守结构,与人类等其他生物的Rab7亚家族的同源性最高。RT-PCR结果显示,该基因在马氏珠母贝的鳃、足和胃组织中没有扩增产物,在卵、感染和未感染凿贝才女虫Polydora ciliata的马氏珠母贝的肝脏和血液中均检测到了与预期大小相符的扩增产物,存在组织差异性表达。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 符韶  邓陈茂  黄海立  梁飞龙  邓岳文  劳赞  梁盛  
采用不同术前处理方法、不同贝龄和不同珠核规格的实验条件,探讨珠母贝(Pinctadamargaritifera)育珠效果的影响因素。术前处理方法包括温差促排和阴干促排,贝龄设为1.5龄、2.0龄、2.5龄和3.0龄,珠核直径设为5.5mm、6.0mm、6.5mm和7.0mm。经1个月的休养和21个月的育珠,结果显示,休养与育珠期间,温差促排、阴干促排和未处理组间的成活率没有显著性差异(P>0.05),但留核率、收珠率和优珠率存在显著性差异(P<0.05),其中温差促排组和未处理组分别具有最高和最低的留核率、收珠率和优珠率;4个贝龄组的成活率、留核率和收珠率存在显著性差异(P<0.05),其中1...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 李新福  谢元澄  张庆波  赵兴波  顾垚  朱翔  谢庄  李齐发  
根据黄牛DAZL基因序列设计引物,通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛睾丸组织DAZL基因编码区序列,利用生物信息学软件分析牦牛DAZL基因编码区序列结构以及与其他物种的系统发育关系。结果表明:牦牛DAZL基因cDNA序列长度为1 782 bp,编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,与黄牛的氨基酸序列同源性为98.31%;牦牛DAZL蛋白含有DAZ基因家族所具有的典型的RNA结合域和DAZ重复基序。系统发育分析显示:牦牛与黄牛首先聚为一类,然后与哺乳纲的其他物种相聚,而与鱼纲、爬行纲动物的亲缘关系最远。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 王艳艳  鄢明华  李秀丽  张丽  孙英峰  常维山  
根据GeneBank中流感病毒H1N1亚型M基因和NS基因序列,分别设计扩增M基因和NS基因的特异性引物,采用RT-PCR方法扩增猪流感病毒天津株M基因和NS基因,分别将RT-PCR产物克隆至pMD18-T载体,进行序列测定和分析。结果显示M基因全长1027 bp,其核苷酸序列与参考毒株间的同源性在85.8%~99.7%,NS基因全长890 bp,与参考毒株之间的核苷酸序列同源性在80.7%~99.2%。M和NS基因的系统发育树显示:TJ2、TJ4株与我国香港、上海和广东H1N1亚型猪流感病毒属同一分支,但与上海、广东分离株的亲缘关系更近;与2009年全球流行的人甲型H1N1流感病毒变异株和部...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 陈琨  赖卓欣  刘雅  郝瑞娟  王庆恒  
磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(phosphoenolpyruvatecarboxykinase,PEPCK)是糖异生途径的关键酶,当动植物处于温度胁迫等不良环境条件时,它可通过催化草酰乙酸转化为磷酸烯醇式丙酮酸,继而生成葡萄糖以维持机体的血糖平衡,在抗逆过程中起着重要作用。本研究鉴定了马氏珠母贝(Pinctadafucatamartensii)的PEPCK基因,分析了低温胁迫下PmPEPCK表达量的变化,筛选和比较分析了马氏珠母贝耐低温选育系(lowtemperatureresistantline,R)F3和北部湾野生群体(BeibuGulfwildpopulation,W)的PmPEPCK外显子区的SNP位点。序列分析表明,PmPEPCK基因全长2557bp,5?UTR和3?UTR分别为56bp和466bp,开放阅读框2055bp,编码684个氨基酸。PmPEPCK在所检测组织中均有表达,其中肝胰腺表达量最高(P<0.05),说明PmPEPCK参与贝体的低温响应的过程。对PmPEPCK的外显子区SNP进行分析,共得到108个SNP,其中47个SNP位点的基因型频率在R和W群体间差异显著(P
[期刊] 中国水产科学  [作者] 冯政夫  邵明瑜  孙大鹏  张志峰  
DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open reading frame,ORF)1110bp,编码369个氨基酸,具有dmrt基因家族共有的DM保守结构域。同源比对和系统进化分析结果显示,其为Cf-dmrt4-like基因。半定量RT-PCR结果显示,该基因从受精卵至匍匐幼虫各发育时期均有表达,卵裂期表达量较高;在雄性成体的鳃和精巢以及雌性成体的外套膜、鳃、肾和闭壳...
[期刊] 华北农学报  [作者] 杨大光  王新卫  王泽霖  周欣  
利用RT-PCR技术克隆了10株涵盖不同分离年代和不同毒力的H9N2亚型AIV的NA基因,序列分析表明,10株AIV的NA基因的核苷酸和推导的氨基酸同源性高,进化稳定。系统进化树分析表明,其NA基因都属欧亚大陆禽分支,H9N2流感病毒的分布与地域有相关性。其NA蛋白氨基酸序列潜在的糖基化位点以及氨基酸红细胞吸附位点出现的变化尚不能解释这些毒株生物学特性上的差别。但这些研究结果从理论上丰富了H9N2亚型禽流感的分子流行病学,也为进一步研究该类毒株的进化提供了依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 张淑霞  贺秀媛  崔保安  王建华  
根据GenBank中已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)N基因序列,设计并合成1对特异性引物,用RT-PCR方法扩增IBVHN99株的N基因,并将其克隆入pMD18-T载体,转化感受态大肠杆菌Top10,提取pMD18-T-N重组质粒,进行酶切和PCR鉴定,并对阳性质粒进行测序,将测序结果与H52,Ark99,BJ等参考毒株进行序列分析。结果表明,N基因全长为1230bp,编码1条409个氨基酸组成的多肽;其核苷酸与H52,Ark99和BJ等毒株的同源性为88.4%~90.7%,氨基酸同源性为91.7%~94.4%;HN99株与H52,Ark99和BJ等其他各毒株的亲缘关系均较远,是1株新的...
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 刘金玲  魏澍  支海兵  
从辽宁的本溪、沈阳、抚顺、鞍山等地采集疑似高致病性蓝耳病病料,将采集的肺和淋巴结分别研磨,离心并制备成病毒悬液,用试剂提取RNA,将提取出的RNA反转录成cDNA,然后用特异性引物对目的片段进行克隆扩增,最后将所得目的片段测序并与国内其他分离株进行序列分析。结果获得480bp特异性高致病性蓝耳病病毒N基因片段,与国内其他地区高致病性蓝耳病病毒分离株的N基因相比较,核苷酸序列同源性在91.1%以上,氨基酸序列同源性在98.6%以上,表明高致病性蓝耳病病毒辽宁地区分离株与国内其它分离株亲源关系较近,属于同一分支。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 顾志峰  王嫣  石耀华  方建光  王清印  毛玉泽  王爱民  
在"珍珠贝育种规划(Pearl Oyster Breeding scheme,POBs)"中,马氏珠母贝的两个地理种群——印度养殖种群和三亚野生种群正在作为两个基础群(Basic population)建立专门化品系,通过杂交获得杂种优势,构建杂交配套系以培育优良品种。从形态上看,印度养殖种群体个体大,而三亚野生种群体个体小;三亚野生种群的壳宽系数为0.18,大于印度养殖种群的0.15,三亚野生种群的贝体外形较凸,而印度养殖种群的贝体外形扁平。三亚野生种群的壳重指数(25.30)大于印度养殖群体(18.80)。通过成像色度检测分析系统分析,每个种群都有自己的颜色特征值——三刺激值和颜色参数;比...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 严明理  刘忠松  官春云  陈社员  刘显军  袁谋志  
【目的】分离和克隆芥菜型油菜类黄酮合成相关基因。【方法】采用同源克隆基因的方法,参照拟南芥等植物控制类黄酮合成的基因保守序列设计引物,对扩增片段进行测序并进行BLAST分析。【结果】有13对引物扩增的17个基因拷贝与参考基因序列相符,这些克隆属于13个已知功能基因,其中查尔酮合成酶基因有3个不同的基因拷贝,花色素形成(Production of anthocyanin pigment)基因和查尔酮异构酶基因分别有2个不同的基因拷贝,其余引物的扩增只获得一个拷贝。在GenBank数据库中进行检索表明,所克隆的基因拷贝中的DNA结合/转录因子基因(TT2、TT8、TTG2)、花色素形成基因(PAP...
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