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[期刊] 中国农业科学
[作者]
金艺鹏 刘巧荣 孙明 乔雁超 乔明明 刘伯华 林德贵 陈西钊
【目的】对首次暴发的大熊猫源性犬瘟热病毒(panda derived-canine distemper virus,P-CDV)全基因组进行克隆测序,以了解大熊猫源CDV的全基因组遗传变异情况,进一步追踪感染源,为大熊猫犬瘟热防控提供理论依据。【方法】根据Gen Bank公布的CDV全基因组序列设计17对特异性引物,利用RT-PCR技术,从感染犬瘟热病毒的大熊猫肺渗出液中分片段扩增CDV全基因序列,并克隆到p MD19-T载体中;经测序、拼接,获得第一个P-CDV全长c DNA序列;利用DNAman生物学分析软件分别对全基因组序列、H蛋白基因序列、F蛋白基因序列、P蛋白基因序列、M蛋白基因序列...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王君玮 姜平 王志亮 张维 李林 赵永刚
为研究鼬科动物犬瘟热病毒(CDV)毒株的变异特性,对来自不同地区的貉、狐、貂的5个CDV分离株(其中HD-m、LN-m为貂源,HTp-r、THD1-r为貉源,HB-f为狐源)和1个CDV国内弱毒疫苗株(vCh)的N基因和部分H基因进行了核苷酸测序,并构建系统发生树。结果表明,5个分离株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,而N基因为94.5%~99.8%。vCh与5个分离株的H基因和N基因核苷酸序列同源性普遍较低(H基因:90.5%~91.8%;N基因:90.9%~93.5%),而与国外疫苗株vCon和vOnder的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%。分离株之间H蛋白氨基酸同...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔正秀 孙柳清 肖苗苗 王燕飞 罗永平 赫娟 玉山江·麦麦提 陈伟
【目的】研究南瓜蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus, CABYV)的分子特征、遗传结构和进化机制，对于明确该病毒病在田间发生的流行规律和制定长期可持续的防控策略具有重要意义。【方法】从新疆阿克苏市随机采集了疑似感染CABYV的120份甜瓜叶片，采用RT-PCR方法进行病毒检测，序列采用MEGA 7.0构建系统发育树，使用DnaSP v5.10分析不同序列之间的遗传多样性，采用RDP v.4.31软件分析CABYV序列可能发生的重组事件。【结果】经RT-PCR验证，38个样品为CABYV阳性，检出率为31.67%。从这些阳性样品中分离、测序、克隆得到了一个新的CABYV-2分离物。该分离物基因组长度为5497 bp,编码6个开放阅读框。与NCBI数据库中的来自不同国家的23个CABYV分离物相比，CABYV-2与KR231942.1的同源性最高，与JF939812.1的同源性最低。进化树分析结果表明，24个分离物由于地理因素的不同被分为2个分支，其中CABYV-2与KR231942.1聚在一起，属于分支1。遗传多样性与中性检验结果说明CABYV存在高度变异且种群不断扩展。重组分析结果表明，有EU636992.1和KR231949.1两个重组事件，重组加剧了CABYV的变异。【结论】CABYV在我国分布广泛且种群不断扩展，成为瓜类植物生产的限制因素。CABYV新疆阿克苏市分离株与韩国分离株KR231942.1亲缘关系最近，与来自欧洲国家的分离株亲缘关系最远，分支1和分支2分离株之间存在较大的遗传差异，CABYV在不同宿主间的重组加剧了CABYV的变异，重组和负选择可能是影响CABYV遗传变异的重要原因。
关键词：
CABYV 基因组克隆 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨笃宝 吕品 胡传伟 贾赟 谢之景 曹涤非 任月 刘海防
从具有疑似犬瘟热症状的病狐血液中分离到1株病毒,该病毒在MDCK细胞上生长良好,并能形成稳定的CPE。经电镜观察、理化特性、滴度测定、动物回归试验、RT-PCR和荧光定量RT-PCR鉴定,证实分离到的病毒为1株犬瘟热病毒强毒株,命名为CDV-FOX-TA。
关键词：
狐狸 犬瘟热病毒 分离 鉴定
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈豪泰 张杰 孙德惠 马丽娜 刘湘涛 刘永生
【目的】明确口蹄疫病毒基因组的结构特征及其变异与结构、功能的关系以及系统发生关系。【方法】利用DNAstar和Clustalx程序进行184个口蹄疫病毒基因组序列的同源性分析、多重排比。【结果】口蹄疫病毒基因组ORF大小有所差异,范围为6963～7120 nt,编码2320～2339 aa的多聚蛋白。核苷酸和氨基酸序列的同源性,7个不同血清型间>77.6%和>78.3%,本研究发现了可能和生物学功能相关的新的保守和变异区域。【结论】口蹄疫病毒RNA的变异类型丰富和多样性程度较高,自然界存在的毒株可能大于血清学和测序发现的FMDV的毒株数目。
关键词：
毒株数目 口蹄疫 遗传变异
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨应丽 杨兵 赖平安 王金洛 徐福洲
采用RT-PCR方法自犬瘟热病毒Lederle株基因组RNA中扩增出H基因(1 911 bp)和N基因(1 707 bp)片段,序列测定和分析表明与Onderstepoort株、CDV3株等疫苗毒株的同源性在95%以上,而与野外分离株的同源性介于90%～95%;以获得的H,N全基因片段为模板,分别扩增H基因近3′端996 bp的基因片段以及N基因中间高度保守区562 bp的基因片段,经克隆测序后分别插入原核表达载体pET-32a中进行表达,结果显示H片段和N片段分别表达大小约为57 kD和37 kD的融合蛋白,Western blotting检测结果显示,表达蛋白均可与CDV抗血清发生阳性反应...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘子宁 魏津 汤新明 梁琳 崔尚金
为分析本实验室分离的犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组序列与其遗传变异情况,对CPIV-BJ01株全长进行分段扩增并测序,拼接获得全基因组序列,与GenBank发布的27株副流感病毒5型分别进行全基因组和包膜糖蛋白(F、SH和HN)核苷酸及氨基酸序列的相似性比对,分析其遗传进化关系。结果显示,CPIV-BJ01毒株与犬源PIV5 1 168-1亲缘关系最近,核苷酸相似性为99.9%,氨基酸相似性为99.8%。CPIV-BJ01的F和HN基因序列变化较为保守,核苷酸和氨基酸变化均在4%以内,其中F蛋白的氨基酸变化形成一处新的O-糖基化位点;CPIV-BJ01株的SH基因序列与其他演化分支毒株差异显著,核苷酸相似性为84.4%～97.0%,氨基酸相似性为31.8%～95.6%。综上,CPIV-BJ01株基因组序列与前人报道的毒株相比,在F、HN基因和部分非编码区存在核苷酸或氨基酸序列的改变,同时F蛋白存在糖基化修饰的改变,均为该毒株所特有,该研究结果丰富了中国CPIV流行株的基因组信息。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭爱珍 陆承平
利用犬瘟热病毒 (caninedistempervirus,CDV)弱毒标准株OP CDV感染敏感细胞系非洲绿猴肾细胞 (Vero) ,应用缺口末端标记法 (TdT mediateddUTPnickendlabeling ,TUNEL)分析感染细胞的凋亡。结果在感染后 48h的Vero细胞中检出了凋亡阳性细胞 ,而对照细胞内未检测到凋亡细胞。感染后 2 4h的细胞尚未出现细胞病变 ,这一时期的细胞内也未检测到凋亡细胞。表明CDV能诱导细胞调亡 ,且凋亡细胞的检出时间与细胞病变的出现时间呈正向相关。
关键词：
犬瘟热病毒 细胞凋亡 缺口末端标记法
[期刊] 林业科学
[作者]
巩文 任继文 赵长青 李晓鸿
根据2000—2001年甘肃省第3次大熊猫调查资料,利用SPSS和SAS软件,对甘肃省大熊猫栖息地生境进行了统计分析。结果表明:甘肃省大熊猫主要栖息在以缺苞箭竹为优势的下木种群森林群落中,其垂直活动范围主要集中在海拔1600~2800m处,水平分布在文县和迭部一带;竹类种群的特性、地理环境和森林群落的完整性是大熊猫栖息生存的3个主要综合要素;甘肃省大熊猫的生境特征基本稳定,但该区竹类种群的正态性分布和人为干扰强度是构成其生境不稳定的重要潜在因素。
关键词：
大熊猫 生境 稳定性 调查分析 甘肃省
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
苏凤艳 宗春苗 王卓聪 丁庆东 王全凯
为了构建犬瘟热病毒F基因真核表达载体,利用RT-PCR方法扩增出水貂源犬瘟热病毒分离株的F基因,将其克隆至pMD-18T载体上,用BamHⅠ和KpnⅠ进行双酶切,回收目的基因。将目的基因亚克隆至pcD-NA3.1(+)中,获得真核重组质粒pcDNA3.1-CDVF。通过脂质体介导法将pcDNA3.1-CDVF转染至BHK-21细胞中,并利用间接免疫荧光试验和RT-PCR法检测pcDNA3.1-CDVF在BHK-21细胞中的表达情况。结果表明,真核重组表达质粒pcDNA3.1-CDVF构建成功,F基因可在BHK-21细胞中表达。
关键词：
水貂 犬瘟热病毒 F基因 真核表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄娟 隋晓梅 王怡男 单虎
为了弄清是否有新基因型犬瘟热病毒出现，对山东省不同地区的免疫水貂、狐狸和犬进行了犬瘟热病毒检测，扩增了病毒核衣壳基因和血凝素基因（Ｈ），并对１３个犬瘟热病毒山东株（８株貂源，２株狐狸源，３株犬源）血凝素基因进行了测序。结果表明，１３个犬瘟热病毒山东株之间Ｈ基因核苷酸同源性为９９．１％～１００．０％，均为ＡｓｉＡ－１型，这也是我国目前水貂犬瘟热病毒唯一的基因型。与２０１２年之前的犬瘟热病毒中国分离株及疫苗株相比，１３个毒株Ｈ基因有４个氨基酸的一致性变异，即Ｐ２００ｓ、Ｍ２６３ｉ、ｉ５４２Ｎ和Ｙ５４９Ｈ，Ｎ－糖基化位点比ＯＮｄｅｒｓｔｅＰＯＯｒｔ株多６或７个，比ＣｄＶ３株多３或４个。抗原性分析表明．．．
关键词：
犬瘟热病毒 血凝素基因 免疫失败
[期刊] 北京林业大学学报(社会科学版)
[作者]
赵寅开 贺超
大熊猫保护研究国际合作既是一项拯救濒危物种的科学活动，又是具有广泛社会影响的公共活动。国内公众对大熊猫保护研究活动的高度关切频繁形成热点舆情，对国际合作事项的落实与推进产生了多方面的影响。运用多维度文本分析技术对大熊猫保护研究国际合作活动及事项相关的传统媒体和自媒体报道与舆情进行了研究，结果发现：(1)传统媒体全面报道了大熊猫保护研究国际合作30年来产生的社会经济效益、生态环境效益、外交及中外民间交流效益，自媒体平台着重实时更新旅居大熊猫的日常生活；(2)自媒体平台在舆情放大和传播方面具有主导作用，少部分负面舆情在一定程度上冲淡了大熊猫保护研究国际合作带来的正面效益。建议传统媒体更关注大熊猫本身，塑造大熊猫生态保护的新型文化形象。官方部门应对大熊猫保护研究国际合作项目开展整体和分项目的成效评估，利用多媒体平台及时回应公众关注的舆论焦点，进一步提高对网络舆情主动应对、引导的认识与重视程度，同时淡化大熊猫的商业色彩，避免公众误解，营造良好、正确的大熊猫保护氛围，更好地发挥中国大熊猫保护研究国际合作的综合效益。
[期刊] 北京林业大学学报(社会科学版)
[作者]
赵寅开 贺超
大熊猫保护研究国际合作既是一项拯救濒危物种的科学活动，又是具有广泛社会影响的公共活动。国内公众对大熊猫保护研究活动的高度关切频繁形成热点舆情，对国际合作事项的落实与推进产生了多方面的影响。运用多维度文本分析技术对大熊猫保护研究国际合作活动及事项相关的传统媒体和自媒体报道与舆情进行了研究，结果发现：(1)传统媒体全面报道了大熊猫保护研究国际合作30年来产生的社会经济效益、生态环境效益、外交及中外民间交流效益，自媒体平台着重实时更新旅居大熊猫的日常生活；(2)自媒体平台在舆情放大和传播方面具有主导作用，少部分负面舆情在一定程度上冲淡了大熊猫保护研究国际合作带来的正面效益。建议传统媒体更关注大熊猫本身，塑造大熊猫生态保护的新型文化形象。官方部门应对大熊猫保护研究国际合作项目开展整体和分项目的成效评估，利用多媒体平台及时回应公众关注的舆论焦点，进一步提高对网络舆情主动应对、引导的认识与重视程度，同时淡化大熊猫的商业色彩，避免公众误解，营造良好、正确的大熊猫保护氛围，更好地发挥中国大熊猫保护研究国际合作的综合效益。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑乾明 王小柯 马玉华
【目的】分离侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒（Zygocactus virus X，ZyVX）和火龙果X病毒（Pitaya virus X，PiVX）基因组序列，探讨其序列差异和遗传变异。【方法】利用RT-PCR筛选含有ZyVX和PiVX的火龙果样品，然后通过RNA-seq获得ZyVX和PiVX基因组相关序列，进行序列组装、一致性比较、基因重组和系统进化分析。【结果】获得4条ZyVX贵州分离物和3条PiVX贵州分离物基因组近全长序列，长度分别为6 570～6 600 bp和6 649～6 657 bp，分别覆盖参考基因组序列的99.2%～99.6%和99.3%～99.8%。4条ZyVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为96.7%～99.5%，与其他已报道分离物的序列一致性为91.4%～96.9%，其ORF编码的氨基酸序列一致性为93.8%～100%。3条PiVX贵州分离物之间基因组序列一致性为98.2%～98.5%，与其他已报道分离物序列一致性为98.0%～99.1%，其ORF编码的氨基酸序列一致性为97.8%～100%。ZyVX和PiVX贵州分离物基因重组分析表明未发现明显的重组事件，系统进化分析表明未发生明显的遗传分化。【结论】当前贵州ZyVX和PiVX群体的基因组序列一致性高，其变异均为单核苷酸变异，未发生基因重组和遗传分化。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘宇 郑勇奇 李长红 林富荣 黄平
[目的]本研究旨在分析刀状黑黄檀基因组基本特征，发掘一套多态性好、重现性高的基因组SSR分子标记并用于评估其野生种群遗传变异程度。[方法]利用二代测序（NGS）方法初步评估刀状黑黄檀基因组大小、杂合度和重复序列；利用MISA对基因组上潜在的SSR位点进行检索，解析SSR类型与特征；利用Primer Premier v 5.0设计合成300对引物，通过琼脂糖凝胶电泳、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对潜在的SSR位点进行初筛与复筛，最后采用荧光标记毛细管电泳进行SSR位点多态性与种群遗传多样性分析。[结果]刀状黑黄檀基因组特征分析结果显示：其基因组大小约为706.92 Mb，杂合度为1.26%，重复序列比率为55.74%。通过筛选实验，发掘了27个具有良好多态性的SSR标记，并进行了验证。结果显示27个SSR位点共扩增得到117个等位基因，多态性信息含量（PIC）介于0.149～0.803。对3个野生种群遗传多样性分析结果显示：种群水平的平均期望杂合度（H_e）为0.504，遗传分化系数（F_(ST)）为0.034;AMOVA分析显示：种群间变异占比3.46%，种群内变异占比96.54%，这表明遗传变异主要来源于种群内。[结论]刀状黑黄檀基因组属于高杂合、高重复的复杂基因组，研究结果为制定基因组精细组装策略提供了参考依据；发掘与验证的27个SSR标记具有较好的多态性与扩增稳定性；3个野生种群具有中等遗传多样性和较低的遗传分化，本研究为开展刀状黑黄檀的种质资源收集保存与分析评价提供科学依据。
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