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[期刊] 淡水渔业
[作者]
辛苗苗 张书环 汪登强 汪珂 张磊 霍来江 危起伟
应用荧光引物和自动测序技术,检测了10个自主研发的微卫星分子标记在68个中华鲟(Acipenser sinensis)个体中的遗传多态性。结果表明,10个微卫星标记共检测到124个等位基因,等位基因数为7~22,期望杂合度为0.730 26~0.873 95,Shannon-Wiener多样性指数为1.561 61~2.219 60。基于亲子鉴定排除率不低于0.99的标准,最终确定Asi-75067、Asi-67648、Asi-67123、Asi-73843、Asi-72040、Asi-70421和Asi-56700等7个微卫星标记为中华鲟亲子鉴定的核心体系,其单亲、父权和双亲的累积排除率分别...
[期刊] 水产学报
[作者]
李佳凯 王志勇 韦信键 蔡明夷 刘洋 刘贤德
利用本实验室开发的微卫星标记,通过优化退火温度、引物浓度、循环次数等条件,建立了3组大黄鱼微卫星多重PCR体系,每组包含3个微卫星位点,用3组微卫星多重PCR分析了一个大黄鱼选育群体JD-01的遗传多样性。结果显示,该群体的平均等位基因为12.111,平均有效等位基因为7.408,平均多态信息含量为0.846,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.825、0.868,香农多样性指数为2.165。运用Cervus 3.0软件,对已知系谱关系的9个大黄鱼家系及对应亲本进行了亲子鉴定分析,以验证3组微卫星多重PCR在亲子鉴定中的准确性。结果显示,使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
耿瑞静 谢明辉 王卫民 刘寒
本试验选用8个高质量多态性的微卫星标记对团头鲂(Megalobrama amblycephala)选育世代F1、F2、F3、F4和团头鲂"浦江1号"的357个子代进行了亲子鉴定,主要方法是通过Cervus 3.0.7计算机模拟软件依次进行等位基因频率分析、模拟分析和亲子分析,根据LOD值大小判定亲子关系。结果表明在团头鲂混养家系中,微卫星位点的平均等位基因数为35,平均观测杂合度为0.867,平均期望杂合度为0.94,平均多态信息含量为0.935,最终所有子代准确地找出对应的父母本,亲子鉴定准确率为100%,证实微卫星标记在团头鲂亲子鉴定中的应用价值。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
成为为 杨凯 高银爱 朱思华 李波 王青云 罗峰 夏儒龙 程颖红 邓国乔 郑翠华
利用９个多态性较高的微卫星标记对翘嘴鳜（Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔＳｉ）进行亲子鉴定分析。结果显示，２２个家系翘嘴鳜个体中共观测到９５个等位基因，其观测杂合度和期望杂合度的平均值（范围）分别为０．５７８（０．２１９～０．８００）和０．６０７（０．２００～０．８０６），多态信息含量（范围）为０．５５２（０．１８７～０．７８７）。通过软件ｃｅｒｖｕＳ统计分析得到９个微卫星座位累计排除率为９９．９６５８％，在２７个可能的父母对条件下，混养养殖家系后代个体鉴定准确率为９１％，研究结果表明筛选的这些多态微卫星分子标记可以用于翘嘴鳜优势家系的鉴定和分离，通过验证的微卫星标记建立的亲子鉴定技术为基础选育．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东宇 孔杰 孟宪红 栾生 罗坤 卢霞 曹宝祥
为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本，本研究从已报道的凡纳滨对虾（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ）微卫星位点中选取多态性较高的位点，基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合。通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序，成功建立了１个五重、２个四重和１个三重ｐＣＲ反应体系，并将其应用于１１个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定。结果显示，四组多重ｐＣＲ体系中的１６个微卫星位点在１１个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数（ｎａ）为６，平均多态信息含量（ｐｉＣ）为０．５８１３，平均观测杂合度（Ｈｏ）为０．５１３，平均期望杂合度（Ｈｅ）为０．６３６。利用ＣｅＲｖｕｓ３．０软件，对已知系谱．．．
关键词：
凡纳滨对虾 微卫星多重PCR 亲权鉴定
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘文芬 冯艳微 王卫军 陈建强 杨建敏
本研究对实验室开发的12对短蛸(Amphioctopus fangsiao)高多态性微卫星标记进行优化组合,构建了4组三重PCR体系,对短蛸4个母本(♀1、♀2、♀3和♀4)、104个子代及19个候选父本进行亲权鉴定,分析其交配模式。结果显示,构建的4组三重PCR体系可有效鉴定短蛸的亲权关系,104个子代鉴定率为94.23%。♀1组样品鉴定出12个子代,父本数为3个;♀2组样品鉴定出40个子代,父本数为7个;♀3组样品鉴定出19个子代,父本数为2个;♀4组样品鉴定出27个子代,父本数为4个;并且♂2、♂3、♂7和♂10均与2个以上的母本发生了交配。由此分析得出,短蛸交配模式存在多雌多雄关系。研究结果为高效开展短蛸人工繁育、增养殖及放流工作提供了重要参考。
关键词：
短蛸 微卫星多重PCR 交配模式
[期刊] 水产学报
[作者]
姜群 李琪 于红 孔令锋
为开发一种简单有效的倍性检测方法对长牡蛎三倍体诱导结果进行准确评估,本实验采用细胞松弛素B抑制第二极体释放诱导产生长牡蛎三倍体,选用7个微卫星位点扩增基因组DNA,通过亲子代基因分型进行倍性检测,检测结果采用流式细胞仪加以验证,以评估微卫星标记倍性检测的准确性。另外,本研究探讨了准确鉴定倍性所需的微卫星标记数量与微卫星—着丝粒重组率(y)之间的关系,以期为其他物种采用分子标记进行倍性检测提供理论依据。结果显示,细胞松弛素B诱导产生的115个长牡蛎子代经7个微卫星位点鉴定得到40个三倍体,与流式细胞仪检测结果一致,准确率达到100%,7个微卫星位点的(1-y)的乘积为0.005。随机挑选6个位点...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王新华 俞小牧 冯建新 童金苟
本研究利用１１个高度多态的微卫星标记对２６个黄河鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ Ｃａｒｐｉｏ ｈａｅｍａｔｏｐｅｒｕｓ）全同胞家系中的４１７尾体重较大的正常体色个体（黄河鲤较大个体）和５２尾红色个体（红鲤表型个体）进行了亲子鉴定。１１个微卫星座位的平均等位基因数、平均观测杂合度（ｈ＿ｏ）、平均期望杂合度（ｈ＿ｅ）和平均多态信息含量（ｐｉＣ）分别为８．２、０．７９２、０．７９２和０．７６。当双亲未知且置信度为９５％时，１１个座位的累积排除概率达９９．７９％。除２９尾黄河鲤较大个体以外，３８８尾黄河鲤较大个体和５２尾红鲤表型个体准确地找到了其父母本，实际鉴定率为９３．８２％。通过对子代数目超过２０尾的７个黄．．．
关键词：
黄河鲤 亲子鉴定 微卫星 鉴定率
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘杨 陈火英 魏毓棠
利用番茄材料研究了番茄SSR技术中PCR体系的主要成分对SSR扩增结果的影响,并比较了采用聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明:番茄SSR的反应程序为94℃预变性2min;94℃变性30s,50℃复性30s,68℃延伸30s,35个循环;最后72℃延伸8min为佳。反应体系中,模板DNA的适宜浓度为20～40ng,适宜的引物浓度为0.4μmol·L-1,dNTP的适宜浓度为200μmol·L-1,Mg2+的最适浓度范围为2.0mmol·L-1,Taq聚合酶在15μL反应体系中宜加入0.65U。PCR产物检测时聚丙烯酰胺凝胶的分辨率显著高于琼脂糖电泳。
关键词：
番茄 微卫星标记 反应体系
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周玥玥 陈智勇 黄丽芳 邓果特 蒋建雄 易自力
以五节芒(Miscanthus floridulus)幼穗为外植体,建立了五节芒的离体再生体系:幼穗的最佳愈伤诱导培养基为MS+4.0 mg/L 2,4–D+0.1 mg/L 6–BA,最佳分化培养基为MS+2.0 mg/L 6–BA,最佳生根培养基为MS+1.0mg/L IAA+0.1 mg/L IBA+1.0 mg/L CCC。比较不同浓度秋水仙碱溶液对五节芒愈伤组织诱变的效果,结果显示,以1 000 mg/L秋水仙碱处理愈伤组织72 h,诱导率可达12.48%,形态特征、DNA含量和染色体核型分析表明,诱导获得的再生植株为五节芒四倍体。
关键词：
五节芒 离体再生 秋水仙碱 多倍体
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
孙昭宁 刘萍 李健 何玉英 张秀梅
在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定中国对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于中国对虾的家系识别进行初步探讨。作者以4个谱系清晰的家系为基础,检测两对微卫星标记EN0033和RS062在中国对虾家系鉴别中的应用。结果表明,利用两对微卫星引物产生的DNA指纹图谱,能够有效地区分中国对虾4个家系。根据微卫星数据计算各家系之间的遗传距离,构建UPGMA图,得到的结果与各家系来源情况一致,进一步证明了微卫星技术在进行家系间的遗传分析中的可行性。EN0033和RS062两对微卫星标记的累积个体识别率高达0.989,属于高识别力的遗传标记系...
[期刊] 水产学报
[作者]
聂鸿涛 李琪 孔令锋
为提高微卫星分型效率,从以往报道的皱纹盘鲍微卫星中筛选出易扩增、特异性好的微卫星位点进行组合扩增,并通过优化退火温度、反应体系、引物浓度等条件,开发了4组多重PCR扩增体系。运用CERVUS 3.0软件对12个皱纹盘鲍全同胞家系的372个子代进行家系鉴定,验证了这4组多重PCR在家系鉴定中的效率。结果发现,仅用1组微卫星多重PCR模拟和实际家系鉴定的成功率分别为86%和90%,两组则达到100%。结果表明,微卫星多重PCR技术能准确地把任意子代鉴定至其所属家系,可以进行大批量家系材料分析,具有较好的应用价值。
[期刊] 水产学报
[作者]
谭俊杰 刘科均 吕丽刚 余建波 曾聪 肖调义
洞庭青鲫产于湖南省澧县北民湖,因个体大且背部青灰而得名,其快速生长的特性和异于普通鲫的体型令作者怀疑前人报道的"二倍体群体"结果。为此,从银鲫微卫星文库中筛选9个位点构建微卫星鲫倍性鉴定体系,同时采用流式细胞术和染色体核型分析完成了洞庭青鲫倍性鉴定。结果显示,建立的微卫星鲫倍性鉴定体系能够100%区分二倍体、三倍体和四倍体鲫,微卫星基因分型结果显示136尾洞庭青鲫均为三倍体,各位点的等位基因数为1～3,样本基因型包括AAA、AAB/ABB、ABC 3种类型;洞庭青鲫血细胞DNA平均含量为159.42±5.64,与二倍体红鲫的血细胞DNA平均含量(102.43±3.54)比值(DI)为1.56∶1;流式细胞术与微卫星体系判定结果匹配度100%;染色体核型分析显示洞庭青鲫染色体数为3n=156±,核型公式为3n=39m+36sm+81sta,NF=231。建立了适用于鲫倍性鉴定的微卫星标记体系,且系统地证实了洞庭青鲫为三倍体鲫品种。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘磊 李健 刘萍 高保全 陈萍 戴芳钰 王学忠
以定向交尾技术构建的4个谱系清晰的家系为材料,检测两对微卫星标记Pot17和Pot42在三疣梭子蟹家系鉴别中的应用效果。结果表明,两个位点在4个家系的5个已知父母本和98个后代中共检测出11个等位基因,其中Pot17位点6个,Pot42位点5个。分析显示,上述检出的等位基因频率在0.0291和0.3592之间,Pot17和Pot42位点的期望杂合度分别为0.7740和0.7577,观测杂合度分别为0.6214和0.6796,多态信息含量分别为0.7373和0.7129。根据已知亲本和子代基因型,推断出了4个家系全部亲本的基因型。Pot17和Pot42微卫星标记具有达0.995的较高累积个体识别...
关键词：
三疣梭子蟹 微卫星标记 家系 亲缘鉴定
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
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