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[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵旺 黄星美 邓正华 温为庚 陈明强 王雨 沈铭辉 夏光远 张钰伟 于刚
美济礁地貌独特、生物资源丰富,其海域微生物与渔业资源正被开发利用。为了解夏季美济礁潟湖海水养殖区细菌多样性及其与环境因子的相关性,试验通过高通量测序技术分析了该海区海水细菌的群落结构组成,探索了主要环境影响因子,并采用PICRUSt对菌群功能进行了预测分析。美济礁潟湖海水细菌群落组成丰富,分属于29个门、57个纲、152个目、256个科、439个属,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)。各个站点的3个水层之间的alpha多样性指数指数均存在差异,但均未达到显著水平。通过冗余分析发现,主要环境影响因子为盐度、COD/NO_3-N、活性硅酸盐、COD。通过PICRUSt功能预测,微生物功能以新陈代谢(氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量产生与转换)、遗传信息处理(蛋白质翻译与修饰、DNA复制重组和修复)及信息处理(信号转导机制、辅酶运输、无机离子运输)为主。该研究分析夏季美济礁潟湖养殖区海水细菌群落结构及其与环境因子的关系,为认识南海微生物多样性与合理开发利用、海域渔业的开发、生态系统的保护修复提供基础数据。
关键词：
美济礁 微生物多样性 功能预测 环境因子
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙藤芹 汪文俊 梁洲瑞 刘福利 孙修涛 曹原 王飞久
采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究,并与环境因子进行关联分析,以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示,长岛海区水环境细菌多样性较丰富,呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示,CDCNS和CDCOS区聚在一起,明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonastetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势,总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH_4~+-N)含量最低,盐度最高。关联分析发现,环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性,如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH_4~+-N浓度具显著正相关性,CDPF区最低,CDCOS区最高;盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性,CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明,紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性,其间的互作机制尚需进一步深入研究。
[期刊] 水产学报
[作者]
马景雪 张培玉 王宗兴 郑明刚 高萍 曲凌云 郑风荣
为了研究近海贝类开放养殖水域、细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系，本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本，分析不同水质因子(水温、盐度、pH、溶解氧、叶绿素a、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化，并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样本和栉孔扇贝组织样本微生物群落结构和多样性的差异，探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示，水样本细菌群落结构共检测到42个门，94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成，其中变形菌门为优势菌门，主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份，细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月；弧菌OTU水平多样性分析结果显示弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化，与水温的变化趋势一致，8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明，叶绿素含量（μg/L）和亚硝酸盐（mg/L）的浓度对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量（mg/L）和DO（mg/L）对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落结构共检测出45个门，软壁菌门为优势菌门，主要包括支原菌属，与磷酸盐含量（mg/L）具有显著正相关。弧菌优势菌分离鉴定结果显示，7—11月养殖环境中的优势菌为溶藻弧菌和哈维弧菌。研究表明，养殖活动通过改变水体中的叶绿素和亚硝酸盐的含量对水体中的微生物群落结构产生了一定的影响，同时磷酸盐和DO的变化对弧菌属水平的群落结构也产生了一定的影响。本研究结果可为贝类疾病的发生提供一定的理论支撑。
关键词：
贝类养殖 环境因子 高通量测序 群落结构
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
梁绪虹 王丛丛 刘必林 刘洋 俞晔伟 宋成辉
西北太平洋黑潮-亲潮交汇区是世界上最高产的渔区之一，鱼类资源众多。为了解交汇区鱼类群落的生物多样性，保护和合理开发利用该海域的渔业资源，利用环境DNA（Environmental DNA，eDNA）技术对夏季西北太平洋黑潮与亲潮交汇区进行鱼类多样性分析，通过22个站点水样的采集、DNA提取及测序，共检测出22目，30科，44属，51种海水鱼类，其中灯笼鱼科种类最多，共17种，占鱼类物种总数的33.33%。此外，相对丰度较高的物种为宽尾臂灯鱼、西钻光鱼、日本背灯鱼、远东拟沙丁鱼、斑点多纪鲀、瓦氏角灯鱼、斑头六线鱼、日本鲭、日本海鰶、黑潮眶灯鱼。站点间Alpha多样性差异较大，总体上呈现高纬度断面生物多样性低，低纬度断面生物多样性高的特点。冗余分析表明，影响交汇区鱼类群落结构的主要环境因子为溶解氧。研究证明了eDNA技术用于监测西北太平洋黑潮-亲潮交汇区鱼类多样性及其空间分布的可行性。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张琛 王岩 郑侠飞 李云梦 任幸
利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了网箱养殖花鲈(Lateolabrax japonicus)和日本黄姑鱼(Nibea japonica)肠道细菌组成，同时分析了配合饲料和网箱中海水的细菌组成以确定鱼类肠道细菌与环境之间的关系。花鲈投喂冰鲜鱼，日本黄姑鱼投喂配合饲料。从花鲈和日本黄姑鱼前肠、中肠、后肠、配合饲料和网箱内海水中共鉴定出886个细菌OTU (operational taxonomic unit)，分别隶属8个门、40个属，其中从花鲈和日本黄姑鱼肠道中鉴定出的550个细菌OTUs分别隶属5个门、15个属。在门的水平上，厚壁菌门(Firmicutes)在两种鱼类肠道中均占优势；在属的水平上，梭菌属(Clostridium＿sensu＿ stricto＿1) 在花鲈肠道中占优势，芽孢杆菌属(Bacillus)在日本黄姑鱼肠道中占优势。花鲈与日本黄姑鱼之间肠道细菌的相似性高于日本黄姑鱼肠道细菌与配合饲料中细菌的相似性，也高于花鲈或日本黄姑鱼肠道细菌与其养殖网箱内海水中细菌的相似性。日本黄姑鱼肠道与配合饲料中共有的细菌OTU数多于日本黄姑鱼肠道与网箱内海水中共有的细菌OTU数。综上所述：(1)花鲈和日本黄姑鱼肠道细菌群落分别独立于其养殖网箱内海水细菌群落，日本黄姑鱼肠道细菌群落独立于其配合饲料中的细菌群落；(2)日本黄姑鱼肠道细菌受配合饲料中细菌的影响大于受网箱内海水中细菌的影响。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张俊 陈作志 蔡研聪 李媛洁 林昭进
珊瑚礁鱼类是诊断和修复退化珊瑚礁新方法的关键组分。为了解环境变化和人类活动胁迫下南海典型珊瑚礁鱼类组成和多样性的演变趋势,本研究根据1998—2018年美济礁瀉湖区鱼类手钓和刺网调查数据,对南海美济礁瀉湖区鱼类种类组成、优势种和物种多样性指数的长期变动进行研究。结果表明,与1998—1999年相比,2012—2018年美济礁瀉湖区鱼类组成和优势种更替明显,鹦嘴鱼科(Scaridae)、刺尾鱼科(Acanthuridae)、蓝子鱼科(Siganidae)等具有重要生态功能的鱼类消失或明显减少;优势种数目下降,但其优势度显著增加,第1优势种的相对优势度和所有优势种的平均优势度均明显增加;1998—2018年采集单位鱼类种类数所需的捕捞努力量和样本量均明显稳定增加;手钓努力量增加对相应物种多样性指数增加有明显影响,刺网努力量增加对多样性指数增加影响不明显;刺网采样方式评估美济礁鱼类物种多样性比手钓采样方式更稳健;基于刺网鱼类样本,与1999年5月相比,2016—2018年美济礁瀉湖区鱼类物种多样性极显著降低。本研究结论认为,人类捕捞和美济礁有效生境面积下降而导致的生态系统承载力下降是鱼类种类或丰度减少及多样性降低的主要原因。为促进南海美济礁鱼类资源恢复和保护,建议及时采取措施保护其资源,改善栖息地质量。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王振毅 张俊彬
以实验室循环水养殖系统养殖金钱鱼1周和1个月后的2组养殖水体样品(分别为A、B)作为研究对象,滤膜抽滤富集水样中的细菌,提取细菌基因组DNA,采用Mi Seq高通量测序方法测序16S r DNA的PCR扩增产物,进行细菌多样性比较分析、物种组成分析及聚类分析。结果表明:从2个样品测序中获得15 259条有效序列,其中A样品为9 092条,B样品为6 167条;在97%相似度下将其聚类,共产生90个OTUs(operational taxonomic units);多样性指数分析表明,A样品细菌群落多样性明显大于B样品的;样本中的细菌种类包含8个门、16个纲、28个目、38个科、48个属,其中A样品以变形菌门(Proteobacteria)的海单胞菌属(Thalassospira)和弧菌属(Vibrio)占优势,相对丰度分别为14.51%和13.29%,B样品以拟杆菌门(Bacteroidetes)的Aureispira和Dyadobacter占优势,相对丰度分别为44.67%和17.63%。表明随着时间的推移,鱼体生长产生的可溶性代谢产物和溶解性有机物逐渐积累以及水体p H的变化,改变了细菌生长的微环境,出现了细菌种群演替和适应的现象。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
金风杰 蒋德明 王亭芳 孙霏 常忠义 赵云龙 高红亮
【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
高权新 李云莉 齐占会 岳彦峰 施兆鸿 彭士明 高阳
近年来,随着海水养殖业的迅猛发展,我国沿海水域生态系统遭受了不同程度的污染。选取我国沿海10个典型养殖水域(大连、唐山、蓬莱、连云港、启东、象山、宁德、东山,湛江、陵水),并以美济礁水域作为对照组(无水产养殖活动),采用宏基因组de novo测序方法系统分析了这些水域微生物的多样性,并进行了对比研究。结果发现,我国典型养殖水域微生物多样性与非养殖水域(美济礁)相比差异较大,美济礁水域微生物多样性明显低于各养殖水域;不同的养殖水域之间,微生物的丰度和多样性亦存在较大的差别;厚壁菌门和变形菌门是这些水域丰度最大的门类,其中厚壁菌门中的芽孢杆菌是其优势菌种。研究结果不仅有助于了解中国沿海典型养殖水域微生物的多样性,并可为评估我国海洋生态系统的污染水平提供基础数据。
关键词：
海水养殖 微生物多样性 de novo
[期刊] 水产学报
[作者]
林能锋 龚晖 许斌福 潘滢 曾红
【目的】为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响。【方法】本研究采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术，对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼、黄姑鱼、鮸状黄姑鱼、鮸鱼和眼斑拟石首鱼)的肠道菌群进行16S rDNA V3-V4区测序分析。【结果】各样本得到unique tags的数目为20 351～43 347，上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个OTUs(operational taxonomic units)，分类注释结果显示，这些OTUs可划归33个门273个属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群，约占总菌量的70%，在大黄鱼肠道菌群中，螺旋菌门细菌占比达26.19%，也是其主要优势菌群；在属分类水平上，Bacillus、Photobacterium、Vibrio、Chryseobacterium、Sphingomonas、Pseudomonas等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。肠道菌群多样性的分析表明，Shannon’s 群落多样性指数：黄姑鱼>鮸状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>鮸鱼>大黄鱼；这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁；对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分析显示，大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼，而黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼间的相似度较高。【结论】综上所述，5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在自身特色的核心菌群，肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似，说明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。【意义】本研究可为开发养殖石首鱼类饲料及益生制剂的开发、病害的防控提供科学依据，并为宿主遗传因素对鱼类肠道菌群的影响研究提供相关实验证据。
关键词：
石首鱼 肠道 菌群结构 16S rDNA
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李靖 廖梅杰 李彬 王印庚 荣小军 张正 范瑞用 刘安然
采用传统细菌培养方法,对养殖刺参(Apostichopus japonicus)早期发育各阶段幼体体内及环境(投入饵料及培育用水)菌群的组成与结构展开研究,对分离的优势细菌进行分子鉴定,在此基础上,进行了刺参幼体体内菌群结构与环境菌群结构相关性分析。幼体各发育期的细菌培养结果显示,在幼体开口前的各发育时期(性腺、卵、受精卵、原肠胚)均无可培养细菌,在投饵以后,耳状幼体、樽形幼体体内可分离到可培养细菌,幼体发育到稚参以后,消化道可培养细菌总数急剧增加,并在4月龄时达到10~8 CFU/g数量级。在幼体体内可培养细菌中,弧菌(Vibrio)占比为2.2%～77.3%。对环境菌群的细菌培养结果显示,培育用水中细菌含量变化不显著,随着幼体发育期饵料的转变,不同时期饵料中细菌含量差异显著。整个养殖系统中共分离到65株优势细菌,16S rDNA鉴定结果显示,所分离的65株优势菌鉴定为14个属43种细菌。相关性分析结果显示,随着幼体的发育,生物饵料中的细菌对消化道中的菌群结构影响越来越大。本研究结果为解析刺参消化道菌群的形成过程和演替规律以及养殖用益生菌的筛选与应用奠定了基础。
关键词：
刺参 早期发育 可培养细菌 菌群特征
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏亚情 吴志祥 杨川 兰国玉
【目的】橡胶林是海南重要的森林植被之一，探究海南岛橡胶林土壤细菌群落多样性的季节变化特征及其环境驱动因子，为天然橡胶产业的可持续发展提供科学依据。【方法】使用Illumina Miseq高通量测序法对海南岛橡胶林旱季和雨季的土壤细菌的α、β多样性和群落结构组成及与环境因子的关系进行了分析。【结果】1）共检测到细菌41门、108纲、247目、465科、876属。细菌群落中，优势菌门依次为变形菌门(Proteobacteria)(33.28%)、酸杆菌门(Acidobacteria)(19.27%)、绿弯菌门(Chloroflexi)(13.63%)、放线菌门(Actinobacteria)(12.41%)。2）橡胶林雨季土壤细菌丰富度和多样性均高于旱季，基于Bray–Curtis距离的PCoA分析表明，不同季节土壤细菌群落β多样性差异显著(P=0.001),PERMANOVA分析结果表明，季节变化解释了细菌群落组成差异的2.48%(R~2=0.024 8,P=0.001)。3）细菌多样性与环境因子的线性分析结果表明，细菌α多样性与pH值、全钾(TK)、有效钾(AK)、温度(Tem)、土壤含水量(WC)、降雨(Pre)显著相关(pH:R~2=0.43,P
关键词：
橡胶林 土壤细菌 多样性 季节变化
[期刊] 水产学报
[作者]
高磊 孔宁 刘冉阳 赵俊彦 邢镇 张子杨 赵宝 李庆嵩 付强 王文彪 李磊 王玲玲 宋林生
为解析夏季环境胁迫和长牡蛎机体响应特征，实验针对2021年北黄海夏季高温降雨期的长牡蛎养殖海区开展了2次调查研究和对比分析。结果显示，7月海区表层水温分别为25.3 ℃和24.9 ℃，盐度分别为26.41和27.87；表层海水中硅藻丰度分别为3.6×10~(3)和3×10~(3 )个/L，低于往年平均水平，甲藻多样性增加，表层海水中细菌的总丰度分别为2.10×10~(9)和2.77×10~(10) 个/L，弧菌丰度分别为3.37×10~(8)和5.40×10~(8) 个/L；长牡蛎肝胰腺糖原含量分别为40.96和31.58 mg/g、闭壳肌糖原含量分别为6.63和8.91 mg/g；鳃MDA含量分别为13.74和8.69 nmol/mg prot、鳃T-AOC分别为0.46和0.77 U/mg prot；海区养殖长牡蛎血淋巴细胞中CgIL17-5和CgTNF-1的mRNA表达量在第一次调查时相对室内暂养长牡蛎均剧烈升高；血淋巴细胞中CgCaspase3的mRNA表达量升高但差异不显著。综上，2021年北黄海贝类养殖区在经历6—7月夏季高温降雨期后出现水温升高和盐度降低现象，硅藻丰度较往年平均水平下降而甲藻多样性增加，细菌总丰度较入夏前水平降低而弧菌丰度显著升高。与室内暂养对照组长牡蛎相比，海区养殖长牡蛎的糖原含量下降，并发生轻度氧化应激。研究结果有助于我们进一步理解夏季养殖环境的变化规律和长牡蛎机体响应特征，为预防夏季大规模死亡发生提供理论依据和参考。
关键词：
长牡蛎 高温 降雨 糖原 免疫 北黄海
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李革雷 陈昌福 高宇 刘振兴 谭晶晶
采用16SrDNA克隆文库技术,对位于武汉市少潭河水库养殖基地3种养殖模式[根据放养鱼所占比例,草鱼75%、鲢15%、鳙6%、异育银鲫4%,为模式1(MSH1);草鱼75%、鲢15%、鳙3%、匙吻鲟3%、异育银鲫4%,为模式2(MSH2);草鱼75%、鲢15%、匙吻鲟6%、异育银鲫4%,为模式3(MSH3)]水体中细菌多样性进行研究。系统发育分析结果表明:3种养殖模式中细菌的16SrDNA克隆文库的序列总共分布于10个门,分别是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、疣...
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