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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张瑾1 2 岳超1 3 章元明1
利用广泛使用的基因芯片技术产生的数万个基因表达数据,通过生物信息学分析方法,可揭示基因的功能和相互作用。聚类分析是一种主要的生物信息学分析方法,能高效地发掘功能一致的基因。针对基因表达谱聚类分析方法较多、应用者选择方法困难的问题,本研究利用三组基因表达谱模拟数据和一组酵母菌基因表达实际数据,通过Caliski-Harabasz指数、灵敏值和正确分类百分数三种指标,比较了平滑样条聚类、数量性状关联聚类和局部逼近模糊聚类法三种经典方法。结果表明:平滑样条聚类法的Caliski-Harabasz指数平均数最大、灵敏值平均数最小和正确分类百分数最大,为最优方法;关联聚类次之,局部逼近模糊聚类最差。这一...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张瑾 岳超 章元明
通过生物信息学分析方法,利用广泛使用的基因芯片技术产生的数万个基因表达数据,揭示基因的功能和相互作用。聚类分析是一种主要的生物信息学分析方法,能高效发掘功能一致的基因。针对基因表达谱聚类分析方法较多、应用者选择方法困难的问题,本研究利用3组基因表达谱模拟数据和1组酵母菌基因表达实际数据,通过Caliński-Harabasz指数、灵敏值和分类正确率3个指标,比较了平滑样条聚类、数量性状关联聚类和局部逼近模糊聚类法3种经典方法。结果表明:平滑样条聚类法的Caliński-Harabasz指数平均数最大,灵敏值平均数最小,分类正确率最大,为最优方法;数量性状关联聚类次之,局部逼近模糊聚类最差。这一...
[期刊] 会计之友
[作者]
蔡晓琰 丁岳维
相对比较评估方法是企业价值评估的一种重要方法,但是该方法在使用时存在可比公司难以选择、评估结果容易被操纵的问题。文章针对这一问题,利用因子分析和聚类分析模型建立可比公司的相似度模型,提出能提高可比公司相似度的相对比较评估方法,并利用SPSS统计软件进行实证,验证该方法的可行性和准确性,为相对比较评估方法在我国的应用提供实证依据。
[期刊] 统计研究
[作者]
张福宝
聚类分析是数值分类学的一个年青的分枝,是研究如何对样本(或指标)进行分类的统计方法。过去,人们对样本(或指标)进行分类主要靠经验和专业知识来进行,随着生产技术和科学的发展,分类越来越细,只凭经验和专业知识有时不能确切分类。近
[期刊] 统计与决策
[作者]
林盛 白寅
本文提出的基于PLS的系统聚类分析的改进方法,能合理地降低聚类指标的维度,提取重要成分,实现了数据结构的简化;同时可以在二维和三维图上对多维数据的特性进行观察,使得聚类直观。
关键词：
偏最小二乘 系统聚类 欧氏空间 欧氏距离
[期刊] 统计与决策
[作者]
张林 刘辉
Dirichlet过程作为一种典型的变参数贝叶斯模型,基于该过程进行的聚类分析无需预先确定聚类数,聚类数作为模型中的参数由模型和数据自主计算得出,因而成为机器学习研究领域中的一个研究热点,可用于海量数据的聚类分析。文章建立Dirichlet过程无限混合模型对DNA基因表达数据展开了聚类分析。模拟测试数据集和急性白血病的DNA基因表达测试数据集的实验结果表明,Dirichlet过程无限混合模型能够准确地估计出数据中的聚类数。
[期刊] 数理统计与管理
[作者]
王琳 吴培
大数据时代为科学研究带来了总量巨大、来源多样、特征多样的实验数据。随着高通量基因组技术的发展,基因表达数据成爆炸性增长,如何对这些数据进行有效快速地荟萃分析成为数据分析面临的重要问题。为了解决这一问题学者们提出了很多方法,本文就一些主要的数据荟萃分析方法和评价标准进行总结综述,为这一问题的研究提供一些参考,并对今后一些可能的研究方向进行初步展望。
关键词：
大数据 基因表达数据 荟萃分析 综述
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖静 杨泽峰 徐辰武
【目的】比较不同监督聚类方法的优劣及其适用场合。【方法】应用2种高斯混合模型聚类法(GMM)、K-最近邻居法(KNN)、二分类支持向量机器法(SVMs)以及5种多分类支持向量机器法(MC-SVMs),分别对计算机模拟数据以及两组实际微阵列数据进行聚类分析,采用假阳性(FP)、假阴性(FN)、聚类的准确性以及马修斯相关系数(MCC)等指标进行评价。【结果】(1)对成千上万基因表达谱数据,在服从高斯分布条件下,2种GMM法聚类准确性最高,且在训练样本容量较小的情况下,GMM-II法聚类准确性优于GMM-I法。(2)相比较而言,多分类MC-SVMs法稳健性较高,适用性最广,其对高维数据不敏感。不仅适...
[期刊] 统计与决策
[作者]
刘兵
面板数据的聚类分析可以进行压缩的预处理也可以不进行压缩,文章提出可以根据样品中各个指标的时序数据的趋势特征来考虑是否应该进行压缩或如何进行压缩。然后考虑聚类的统计量的设置,再后给出系统聚类法的计算公式。
关键词：
面板数据 聚类分析 时间序列趋势外推预测
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐维华 郑秋玲 刘万好 沙玉芬 范书亭 唐美玲
为了研究FT/TFL类基因山葡萄雌花和雄花中的表达模式,以山葡萄3个雄花品系和3个雌花品系为材料,根据Gen Bank上已经发表的3个葡萄FT/TFL类基因设计引物,利用实时荧光定量PCR技术研究Vv FT、Vv TFL1A和Vv TFL1B这3个基因在山葡萄雌花和雄花中的表达。3个基因在山葡萄雌花和雄花中都有表达。Vv FT基因在雌花中的表达量显著高于雄花。而Vv TFL1A和Vv TFL1B这2个基因在雄花中的表达量略高于雌花。Vv FT基因的表达高峰出现在花序刚开始展露期(5月14日);而Vv TFL1A和Vv TFL1B表达高峰出现在芽体膨大期(4月30日)。结果表明,这两类基因在山葡...
[期刊] 华北农学报
[作者]
周硕 刘永伟 董福双 杨帆 赵和 柴建芳 吕孟雨 孙果忠 王海波
为了研究小麦类钙调素基因的功能和在植物逆境响应中的分子机制，以电子克隆结合ＲＴ－ＰＣＲ的方法，在小麦中克隆到一个类钙调素基因ＴａＣＭＬ７９。该基因的开放阅读框长度为５８８ｂＰ，编码的蛋白长度为１９５个氨基酸，推测的分子量为２０．４５ｋＤａ，等电点为４．６，属于酸性蛋白，具有２个典型的和一个不完整的ＥＦ－ｈａｎＤ结构域。多序列比对和系统进化树分析表明，ＴａＣＭＬ７９与野生稻的ＯｂＣＭＬ３５和水稻的ＯｓＣＭＬ１０亲缘关系较近，相似性分别为８４．６％和８６．８％。该基因的表达在根和地上部分受到热激、ｎａＣＬ、渗透和冷胁迫的诱导或抑制，初步推断该基因可能与植物抗逆有密切的关系。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
苏曼文 张晓军 袁剑波 张小溪 杨铭 李富花
类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员，具有进化保守性，是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) ILP1全长基因，mRNA长度为812 bp，其中开放阅读框长543 bp，编码180个氨基酸。序列分析显示，LvILP1蛋白预计分子量为20.81 kDa，理论等电点为9.45，不稳定系数为96.20，具有一个信号肽，没有跨膜结构，推导其为碱性、不稳定的分泌蛋白。结构预测发现，该蛋白具有胰岛素超家族保守的IlGF结构域，由N端信号肽、B链、C肽和A链组成，同时具有6个保守的半胱氨酸位点和2个断裂位点。系统进化分析发现，LvILP1与斑节对虾(Penaeus monodon) ILP7亲缘关系最近，与甲壳动物ILP1聚为一支，然后分别与无脊椎动物ILP7、脊椎动物松弛素(Relaxin)、胰岛素(Insulin)、胰岛素样生长因子(IGF)聚在一起。无脊椎动物ILP7类与外群海葵(Actinia tenebrosa) ILP的进化关系最近，表明这类ILP可能与胰岛素超家族的祖先较为相似。转录因子预测发现，LvILP1可能的转录因子为叉头框蛋白O3 (FoxO3)、糖皮质激素受体(GR)、CAAT区/增强子结合蛋白(C/EBP)、信号传导及转录激活蛋白(STAT)等；蛋白互作分析发现，LvILP1与细胞膜上的胰岛素受体(IR)、神经信号分子(VGLUT1、SYT 1＿3)、糖蛋白激素(GPHB5)、鞣化激素(Bursicon)等相互作用；对这些转录因子和互作蛋白的生物功能进行分析，进而推测LvILP1可能具有调节生长发育、激素刺激反应、神经系统稳态、碳水化合物稳态、蜕皮后组织重建以及生殖发育等作用。分析发现，LvILP1在凡纳滨对虾早期发育阶段有较高表达，在成体各个组织中均有表达，但在眼柄中表达量最高。本研究结果为深入了解凡纳滨对虾ILP的基因结构、进化、功能及表达提供了重要信息，同时为凡纳滨对虾的分子育种和健康养殖提供线索。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张家荣 秦宏宇 谢婷 张效宇 李飞霞 吕俊贤 贾玉东
类胰岛素生长因子3 (insulin-like growth factor 3， IGF3)在硬骨鱼类性别分化过程中扮演重要角色，但其是否影响卵巢发育尚不明确。本研究以欧亚养殖良种大菱鲆(Scophthalmus maximus)为实验材料，通过RACE (rapid-amplification of cDNA ends)克隆技术，获得了IGF3全长cDNA序列，分析了其生物信息学特征，预测了其与IGF特异性受体(IGF receptors， IGF-1R， IGF-2R)结合情况，查明了其组织和卵巢不同发育时期表达规律。结果显示，大菱鲆IGF3 cDNA全长为1 255 bp，编码259个氨基酸。生物信息学分析发现，IGF3为亲水性蛋白，具有典型的IGF特异性结构域和信号肽序列，同大西洋庸鰈(Hippoglossus stenolepis)同源性最高；蛋白质三级结构域由3个α螺旋串联而成，同IGF-1R和IGF-2R紧密结合。组织表达分析显示，igf3在大菱鲆各个组织中均有分布，雌、雄大菱鲆表达规律显著不同，但皆在脑组织中表达最高。在卵巢发育过程中，igf3在卵黄生成后期表达量显著上升，在核迁移期达到最高，在闭锁期显著下降。以上结果表明，大菱鲆IGF3具有典型的IGFs家族结构特征，作为局域性内分泌因子，在组织中广泛分布且具有显著的性别二态性，同时参与调控了卵巢发育和成熟。相关结果为深入解析IGF3对大菱鲆卵巢发育和卵母细胞成熟的影响及其作用机制奠定了基础，同时也为探究鱼类IGF3新功能提供了重要思路。
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