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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李飒 赵毅强
在组学和大数据时代,整合分析材料相同但时间、平台、方法、技术和实验室等不同批次的表达数据集将成为常态。但是,不同批次数据集由于非生物因素影响会产生批次效应,这种批次效应可能会对试验结果产生严重影响,甚至导致错误结论。本文介绍了几种去除基因表达数据批次效应的方法,包括ComBat方法、替代变量分析法、距离加权判别法和基于比值的方法等。通过前人研究和实例分析表明,ComBat方法是最好的去除基因表达谱数据集批次效应的方法。这些结果将为多批次表达数据集的整合分析提供参考依据。
关键词：
批次效应 基因表达谱 数据合并 评估方法
[期刊] 地理科学进展
[作者]
韩志刚 孔云峰 秦耀辰
地理表达是地理学的一个基本问题,也是地理信息科学研究面临的一个重大挑战。从地理表达机理、内容和形式的角度,对近期地理表达研究进行了总结。本质上,地理表达是一个空间认知、信息转换与信息传输的交互过程。地理表达内容涉及地理实体及其空间关系、不确定性、地理动态及地理本体等方面。地理表达形式经历了从自然语言、地图到GIS的演变过程;近年出现了多种新型表达形式,如虚拟地理环境、地理增强现实、地理超媒体等;并分析了当前地理表达的局限性。最后,从发展新的时空过程表达方法、地理表达形式的选择与协同问题等方面对地理表达的研究拓展进行了讨论,并根据UCGIS的研究计划,从表达理论、表达方法以及计算支持的角度,对地理表达研究目标进行了展望。
关键词：
地理表达 数据模型 GIS
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵茹茜
鸡生长激素基因表达及分泌调控的研究进展根据中德农业科技合作的协议，笔者于１９９４年３月赴德国联邦农业科学院Ｃｅｄｅ／Ｊ’动物研究所Ｄｒ．Ｒ．Ｇｒｏｓｓｍａｎｎ的实验室从事合作科研。研究课题为：鸡生长激素基因表达及分泌的调控。实验采用两种不同品种的鸡—...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴建勇 杨光圣
等位基因的结构变异及差异表达在多种生物中普遍存在。等位基因差异表达对基因的表达起了很重要的调控作用,并最终可能与生物的表型多态性联系起来。但是,由于问题的复杂性和缺乏有效的技术,等位差异表达与基因表达变化乃至表型变化之间的关系至今没有解决,因此对等位差异表达在各种生物中所起的作用仍然是低估的。本文从等位基因差异表达产生的原因、其生物学意义以及检测方法等方面对目前等位基因结构变异及差异表达的研究进展做一简单介绍。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨克强 王跃进 张今今 王西平 张剑侠 万怡震
表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ,并讨论了利用 EST进行基因克隆和表达分析时应注意的问题和发展趋势
关键词：
表达序列标签 基因克隆 基因表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
康定明 贺舒雅 郭二艳 叶凌凤 关建军
核质结合区(Matrix attachment region,MAR)是真核细胞染色质中与核基质结合的一段DNA序列。当大多数染色质蛋白和其他DNA被切割降解后,MAR仍能和核基质结合,或者能在竞争性DNA片段存在的条件下,在体外与纯化的核基质结合。将MAR构建于外源基因两侧时,能够增强外源基因的高效稳定表达,减少基因沉默。笔者评述了近年来应用MAR序列提高外源转基因在受体植物中表达的最新进展,分析了存在的问题。同时,对如何进一步应用MAR于转基因作物,提高外源转基因的功能表达进行了展望。
关键词：
核质结合区 转基因 基因表达
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张瑾1 2 岳超1 3 章元明1
利用广泛使用的基因芯片技术产生的数万个基因表达数据,通过生物信息学分析方法,可揭示基因的功能和相互作用。聚类分析是一种主要的生物信息学分析方法,能高效地发掘功能一致的基因。针对基因表达谱聚类分析方法较多、应用者选择方法困难的问题,本研究利用三组基因表达谱模拟数据和一组酵母菌基因表达实际数据,通过Caliski-Harabasz指数、灵敏值和正确分类百分数三种指标,比较了平滑样条聚类、数量性状关联聚类和局部逼近模糊聚类法三种经典方法。结果表明:平滑样条聚类法的Caliski-Harabasz指数平均数最大、灵敏值平均数最小和正确分类百分数最大,为最优方法;关联聚类次之,局部逼近模糊聚类最差。这一...
[期刊] 中国特殊教育
[作者]
谌小猛 赵颖曦 刘泽慧
情绪加工能力对于个体适应社会具有重要的意义,以往的研究显示盲童存在社交问题,其中情绪理解和表达是重要的影响因素。本研究对盲童情绪加工领域的情绪理解和面部表情表达进行了研究综述,探讨了盲童情绪理解和表达的特点,分析了视觉经验、早期亲子互动和年龄对情绪加工的影响,阐述了目前盲童情绪加工的研究方法,最后围绕盲童情绪加工能力干预提出了具体的建议。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张瑾 岳超 章元明
通过生物信息学分析方法,利用广泛使用的基因芯片技术产生的数万个基因表达数据,揭示基因的功能和相互作用。聚类分析是一种主要的生物信息学分析方法,能高效发掘功能一致的基因。针对基因表达谱聚类分析方法较多、应用者选择方法困难的问题,本研究利用3组基因表达谱模拟数据和1组酵母菌基因表达实际数据,通过Caliński-Harabasz指数、灵敏值和分类正确率3个指标,比较了平滑样条聚类、数量性状关联聚类和局部逼近模糊聚类法3种经典方法。结果表明:平滑样条聚类法的Caliński-Harabasz指数平均数最大,灵敏值平均数最小,分类正确率最大,为最优方法;数量性状关联聚类次之,局部逼近模糊聚类最差。这一...
[期刊] 林业科学
[作者]
陈媛 邹献武 黄洛华 李军 付跃进 李改云
【目的】针对目前沉香市场真假混杂、难以鉴别的现状,采用多种方法对10批次伪品沉香进行鉴别,分析各方法之间的相关性及可替代性,探究沉香真伪鉴别的有效手段,为沉香产业的健康发展提供帮助,为识别伪制沉香、完善沉香的质量标准提供依据。【方法】采用《药典》(2015版)中规定的醇溶性浸出物含量、显色反应、薄层色谱分析以及具有专属性分辨2-(2-苯乙基)色酮类成分的高效液相色谱(HPLC)分析沉香鉴别方法,对10批次伪品沉香进行鉴别,并通过对比8批次正品人工沉香样品和对照样品,探索各方法的准确性以及相关性。【结果】在
[期刊] 西南农业学报
[作者]
符明联 王敬乔 杨清辉 李根泽
抑制性消减杂交(SSH)、cDNA微阵列技术,差异显示PCR(DD-PCR)、代表性差异分析(RDA)、表达序列标签(ESTs)、基因表达连续性分析(SAGE)、cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)几种技术是目前基因差异表达的主要研究方法。本文分析了各种方法的优缺点,综述了干旱胁迫下玉米、水稻、小麦基因差异表达的研究进展后认为,对干旱胁迫与正常浇水对照的基因差异表达研究,进而分离抗旱基因,是进行作物抗耐旱转基因、创造抗耐旱种质资源,进而选育抗耐旱作物新品种的基础。在基因差异表达研究中,以采用cDNA-AFLP技术为宜。
关键词：
差异表达 耐旱 基因 筛选
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾振伟
C型尿钠肽(C-type natriuretic peptide,Cnp)为尿钠肽家族成员之一,广泛分布于动物大脑、肾脏、心脏及血管等组织,具有维持心血管系统功能稳态、调控细胞增殖及促进骨骼生长等功能。普遍认为哺乳动物有3种钠尿肽受体(Natriuretic peptide receptor,NPR):NPR1,NPR2和NPR3。Cnp主要通过结合NPR2受体激活下游信号通路,发挥生物学作用。Cnp信号传导通路的组成成分主要包括:配体(Cnp)、跨膜受体(NPR2)及cGMP等。当Cnp分子与跨膜受体NPR2结合后,使受体的激酶同型区域(kinase homology domain,KHD)...
关键词：
C型尿钠肽 动物卵巢 表达 繁殖机能
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咨余 马容 康波 姜冬梅 何珲 范樱川
多胺对细胞生长、存活以及增殖具有重要的调控作用,体内多胺水平变化与疾病和衰老的关系密切。鸟氨酸脱羧酶(Ornithine decarboxylase,ODC)是多胺生物合成途径中的第一个限速酶,能催化细胞内鸟氨酸脱羧转化成腐胺。因此,ODC可通过对细胞内多胺水平的调节来参与调控细胞增殖过程。近年来,对ODC功能的研究取得了一定的进展,特别是在ODC调控多胺水平、细胞增殖、癌症以及ODC表达调控等方面研究较多。文章对ODC结构、功能及其表达调控的研究进行了评述,并对今后ODC的深入研究进行了展望。
[期刊] 运筹与管理
[作者]
蒙秋男 白雪 赵聪
在两阶段混流无等待流水装配环境下,为解决任务组批生产导致的订单按期交付能力弱,以及产品需求与部件供应无法准确衔接的问题,以最小化在制品库存成本和产品提前拖期惩罚为目标,建立了两阶段批次批量生产计划数学模型。设计了双目标蚁群求解算法,构造了每只蚂蚁对不同目标的偏重算子,以及基于批次的可行解生成方法和信息素更新机制,提高了解的局部和全局搜索能力。通过与NSGA-II进行对比,验证了本算法在同等时间内计算精度优于后者,为提高两阶段多条生产线组批生产计划的可执行性提供方法支持。
[期刊] 运筹与管理
[作者]
蒙秋男 白雪 赵聪
在两阶段混流无等待流水装配环境下,为解决任务组批生产导致的订单按期交付能力弱,以及产品需求与部件供应无法准确衔接的问题,以最小化在制品库存成本和产品提前拖期惩罚为目标,建立了两阶段批次批量生产计划数学模型。设计了双目标蚁群求解算法,构造了每只蚂蚁对不同目标的偏重算子,以及基于批次的可行解生成方法和信息素更新机制,提高了解的局部和全局搜索能力。通过与NSGA-II进行对比,验证了本算法在同等时间内计算精度优于后者,为提高两阶段多条生产线组批生产计划的可执行性提供方法支持。
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