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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
庄飞云 茅淑敏 陈劲枫 雷春 罗向东
采用RAPD标记研究黄瓜属 (CucumisL .)正反杂交及不同倍性杂种的差异 ,发现在筛选的 76条引物中 ,有 2 1条(占 2 7 6 % )发生亲本条带的缺失。从缺失的位点数来看 ,亲本酸黄瓜 (C .hystrixChakr.2n =2 4 )在杂种中缺失的比例为 5 1%～ 6 9% ,亲本栽培黄瓜 (C .sativusL . 2n =14 )为 5 7%～ 9 8%。所有杂种扩增出的条带数要远小于理论值 ,这可能是由于两种基因组间位点对引物的竞争所致。正反杂交对扩增也有较大影响 ,其中 11条引物 (占 14 5 % )在正反杂种间存在较大差异 ,部分引物条带呈“父性...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
强强 畅引东 孙瑛健 贾仡伟 张作刚
【目的】探究玉米大斑病菌（Exserohilum turcicum）基因组简单重复序列（SSR）位点信息特征，并筛选和验证多态性引物，为后续玉米大斑病菌遗传多样分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索；采用Primer 3.0设计SSR引物，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR引物多态性进行筛选和验证。【结果】玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12 046个SSR位点，SSR位点平均密度为276.9个·Mb-1。其中：三核苷酸重复型SSR最多，占总SSR数量的31.38%；五核苷酸重复型SSR最少，占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型，其中，C/G重复类型最多，SSR位点数量为2 299个，占比19.09%，AC/GT次之（1 669个，占比13.86%）。SSR位点的重复次数主要集中在5～16次，占总SSR数量的91.38%；重复次数为10次的SSR位点数量最多，占总SSR数量的18.40%；SSR序列长度范围为10～300 bp，其中，10～20 bp占比最多，占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点，具有开发多态性SSR引物的潜力；筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
关玲 章镇 王新卫 薛华柏 刘艳红 王三红 乔玉山
【目的】通过对‘金冠’苹果基因组SSR位点的统计分析,为蔷薇科果树应用SSR分子标记进行高通量的遗传分析提供理论与实践基础。【方法】运用NCBI数据库中‘金冠’苹果基因组数据,分析其SSR位点分布情况,并根据SSR位点的搜索结果,设计68对引物(每条染色体设计4对),利用苹果品种对所设计引物进行应用性验证并利用梨杂交群体进行通用性检测。【结果】苹果基因组中SSR序列主要是完全重复型,17条染色体共存在163 426个SSR位点,平均每隔3.22 kb存在1个。单核苷酸至三核苷酸重复基序在染色体水平上分布较均匀,而四核苷酸至六核苷酸重复基序的分布差异较大。单核苷酸与二核苷酸重复基序所占比例最大,...
关键词：
苹果 基因组 SSR 应用
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林恩文 林榕榕 陈钦常 雷雯 徐秀明 方静平
基于龙眼基因组和转录本数据，共鉴定了260 204个SSR位点，平均每1 Mb含有538.24个SSR位点.在全基因组中，二核苷酸重复基序所占比例最大，为36%;在转录本中，三核苷酸重复基序所占比例最大，达50%.在基因组序列和转录本中，发现不同长度基序的SSR重复次数的分布规律基本相似，均表现为基序越短，重复次数越多，出现频率越高.在全基因组中，共有20 761个基因含有SSR位点，16 381个基因不含SSR位点，SSR位点多分布于基因的内含子区域.此外，龙眼及其近缘种全基因组SSR分布规律比较分析表明，龙眼SSR的分布规律与荔枝最为相似，龙眼与荔枝的近缘关系也高于其他物种；在本研究所有物种的SSR序列中，A+T含量均显著高于G+C含量，表明含有A/T核苷酸的SSR位点在无患子科植物中的含量尤为丰富.
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周贝贝 文明 马庆国 裴东
以‘中宁强’核桃品种成熟叶片为材料,采用优化的MSAP反应体系,在全基因组水平对核DNA进行甲基化修饰位点分析,结果表明:选用20对引物组合,共扩增出1 060条清晰、重复性好的谱带,平均每对引物扩增出53条谱带,其中,甲基化位点241个,甲基化修饰比例为22.73%。对部分核桃DNA甲基化修饰位点进行回收测序,得到10条存在DNA甲基化修饰的DNA序列,BLASTn分析表明,核桃基因组中多种类型的DNA序列存在甲基化修饰现象。
关键词：
核桃 MSAP DNA甲基化 表观遗传学
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄婉 范成明 吴毅歆 何月秋
利用已公布的玉米黑粉病菌基因组全序列数据及信号肽预测软件SignalP v3.0、亚细胞器中蛋白定位分布预测软件Tar-getP v1.01、跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和膜锚定位点预测软件Big-PI Predictor预测分析了玉米黑粉病菌基因组编码蛋白的作用位点。结果表明,在6522个ORF中,具有分泌功能的有543个,占全基因组基因总数的8.3%;作用位点在线粒体的有1552个,占全基因组基因总数的23.4%;具有跨膜结构的有1269个,占全基因组基因总数的19.5%;锚定在膜上的有56个,占全基因组基因总数的0.9%。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
全德润 王李宝 黎慧 史文军 朱健强 顾舒文 顾晨 任乾 万夕和
为开发虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)及其近缘种的分子标记,本研究采用生物信息学方法,对虾肝肠胞虫全基因组中SSR (simple sequence repeat,简单重复序列)位点的数量、分布及频率等信息进行统计分析,并与其他5种微孢子虫真菌物种基因组进行了比较。在虾肝肠胞虫基因组中共搜索到794个SSR,总长度为21773 bp,占基因组的0.72%, SSR的平均长度为27.43 bp,相对丰度为262 loci/Mb,相对密度为7184.43 bp/Mb。6种SSR类型中,四核苷酸SSR数量最多,有570个,总长度为12152 bp,占SSR总数的71.79%,平均长度为21.32 bp,相对丰度为188.08loci/Mb,相对密度为4009.79bp/Mb;二核苷酸SSR数量最少,仅有20个,总长度为280bp,占SSR总数的2.52%,平均长度为14bp,相对丰度为6.6loci/Mb,相对密度为92.39bp/Mb。基因组高频率(≥10)出现的SSR重复类型为:AACT, TTAG, TAGT, ACTA, AGTT, CTAA, AACTA, GTTA, TTAGT, TAAC, AT。选择序列长度不小于20 bp的多核苷酸SSR共计30个,进行引物设计用于物种鉴定。利用GO数据库对含SSR基因进行功能注释,共有28个基因(3.53%)注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中。将虾肝肠胞虫与其他微孢子虫真菌相比,虾肝肠胞虫中SSR的数量及相对丰度适中,由此可知基因组大小与SSR数量无关。本研究为虾肝肠胞虫的种群遗传及进化相关研究奠定了基础。
关键词：
虾肝肠胞虫 基因组 微卫星 分子标记
[期刊] 中国农业科学
[作者]
白丁平 方堃 杨明明 屈雷 陈玉林
【目的】构建piggyBac(PB)转座子表达载体系统,研究PB转座子在绒山羊基因组中的整合位点。【方法】构建pB-CMV-EGFP-Neo转座载体和pcDNA-Trans辅助载体,利用lipofectamine 2000介导共转染绒山羊胎儿成纤维细胞,经G418筛选获得稳定转染的转基因细胞系。提取转基因细胞基因组DNA,利用反向PCR检测piggyBac转座子整合位点。【结果】构建了转座系统并成功介导外源基因在绒山羊成纤维细胞染色体中整合,获得了转基因细胞系;反向PCR检测显示在绒山羊基因组中有21个PB转座子整合位点;整合位点TTAA毗邻一侧的5个碱基组成中,PB转座子3′倾向于插入到富含...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
童治军 焦芳婵 肖炳光
【目的】普通烟草(N.tabacum,2n=24Ⅱ=48 TTSS)及其2个祖先种-绒毛状烟草(N.tomentosoformis,2n=12Ⅱ=24 TT)和林烟草(N.sylvestris,2n=12Ⅱ=24 SS)基因组SSR位点信息的统计分析,有助于烟草属植物的遗传分析。【方法】从公共数据库NCBI(National Center for Biotechnology Information)中下载上述3个烟草基因组数据,应用SSRIT和TRF软件分析其各自SSR位点分布特征,每个基因组随机合成50对SSR引物扩增多态性。【结果】在绒毛状烟草基因组、林烟草基因组和普通烟草基因组中分别获得...
[期刊] 林业科学
[作者]
徐正康 戴晓港 陈赢男
【目的】分析望春玉兰基因组微卫星序列和分布特征，开发多态性高和稳定性好的SSR引物，并构建玉兰商业品种指纹图，为玉兰属植物群体遗传结构和遗传多样性研究提供分子标记资源，也为玉兰优良品种的遗传真实性鉴别和育种工作者知识产权保护提供技术支撑和科学依据。【方法】基于已公布的望春玉兰基因组序列信息，采用MISA软件对全基因组微卫星序列进行查找和分析，使用Primer Premier 5.0软件设计SSR引物。随机合成203对引物，利用6株不同望春玉兰的基因组DNA进行筛选，并进一步利用筛选出的多态性SSR引物构建26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱。【结果】望春玉兰基因组中共检测出2 820 303个SSR位点，6碱基重复类型占比最高（62.13%），其次是2碱基（12.02%）和单碱基重复（9.98%）；共发现501种重复基序，其中出现频率高的基序为AAACCT/AGGTTT(16.46%)，其次是A/T(8.63%)和AG/CT(5.9%)。在随机合成的203对引物中，有94对（46.31%）能够对6株不同望春玉兰的基因组DNA进行有效扩增，有25对引物（12.32%）的扩增谱带清晰、易于判读、多态性高，多态信息量（PIC）在0.24～0.72之间。利用PIC值最高的前10对引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱数据库，共扩增出85种基因型，每对引物产生的基因型在4～18之间；引物鉴别力在0～13之间，最少采用3对引物即可将26个玉兰品种完全区分开。【结论】本研究在望春玉兰全基因组微卫星序列统计和分析的基础上，开发了10对条带清晰、多态性高、重复性好的SSR引物，并利用这些引物构建了26个玉兰商业品种的DNA指纹图谱，DNA指纹图比对结果显示本研究所涉及的26个玉兰品种不存在同种异名或异种同名现象。
[期刊] 草业科学
[作者]
张婷婷 张鹤山 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋
本研究旨在了解白三叶(Trifolium repens) SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24 960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T (24.85%)、AG/CT (16.48%)和AAG/CTT (8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18 594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭光艳 李瑞芬 张敬原 葛荣朝 赵茂林 黄占景 沈银柱
用227对小麦微卫星引物对多枝赖草基因组DNA进行PCR扩增,共有81对引物有扩增产物,占所用引物的35 7%。这81对小麦微卫星引物涉及101个微卫星位点,覆盖了小麦全部7个部分同源群。其中有76对引物可在多枝赖草和中国春及丰抗13间扩增出多态性标记。这说明多枝赖草虽然和普通小麦亲缘关系较远,但小麦SSR引物还是可以在多枝赖草上应用的,这不仅拓宽了小麦微卫星引物的使用范围,更重要的是为使用小麦微卫星引物对普通小麦与多枝赖草远缘杂交种质材料进行深入研究奠定了基础。
关键词：
小麦微卫星引物 多枝赖草
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘果 谢耀坚 张党权 谷振军
林木SSR标记的引物筛选工作量大,十分费时且消耗大量实验材料。采用基因组DNA混合池技术,将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后,作为单一模板进行SSR的PCR扩增,能显著降低实验的工作量和成本。以选择的150对EST-SSR引物为对象,对6个桉树基因组DNA样品进行等量混合,进行PCR扩增筛选引物,结果表明,与常规筛选方法相比,基因组DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期,显著减少了基因组DNA的消耗,可用于大量林木SSR引物的快速高效筛选。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周思琦 龚文兵 夏志兰 吴秋云 王亚东
利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周思琦 龚文兵 夏志兰 吴秋云 王亚东
利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。
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