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[期刊] 淡水渔业
[作者]
许志强 葛家春 李晓晖 霍光明 潘建林
通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种...
关键词：
蚌科 核糖体转录间隔区 系统发生
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张姮 康林 高必达 陈冬美
提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647bp,其中ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.
关键词：
毒麦属 ITS序列 rDNA
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
冯光惠 余华顺 姚娟 陈明利 张执欣 郭蔼光
为了准确快速地为酵母生产提供优良菌株,采用核糖体DNA ITS-1(Internal transcribed spacer 1)序列分析法,对27株酵母菌(其中24株为酿酒酵母属中的酿酒酵母(S.cerevisiae),其他3株分别为汉逊酵母属中的多形酵母(H.polymorph)、克鲁维酵母属中的乳清酵母(K.marxianus)和红酵母属中的粘质酵母(R.mucilaginosa))进行了系统分类学研究,提取这27株酵母菌的基因组DNA并进行PCR扩增,采用琼脂糖和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,能将酵母菌株鉴定到属的水平;对PCR扩增序列进行克隆和测序,结果表明大多数酿酒酵母菌株之间的IT...
关键词：
ITS-1序列 酿酒酵母菌 系统发育分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李玉龙 董婧 孙明 王彬 王文波
由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema nomurai)、海月水母(Aurelia sp.)、白色霞水母(Cyanea nozakii)4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲(Scyphomedusae)ITS1(the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer)同源序列对其进行序列分析...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
唐传红 唐庆九 张劲松 杨焱 刘艳芳 周帅
以24株虫草无性分离物和1个蛹虫草子实体为材料,利用ITS序列分析和ERIC-PCR方法对这些材料进行了遗传多样性分析。结果表明:ITS序列分析表明蝉花的无性分离物4645(菌生轮枝菌Lecanicillium fungicola)与蝉花的无性分离物4644和4646及蛹虫草的无性分离物亲缘关系较近,而冬虫夏草无性分离物4634及4636则为膨大弯颈霉Tolypocladium inflatum;蛹虫草Cordyceps militaris无性型与蝉花Cordyceps cicadae无性型(4644、4646)及无性分离物4645聚成一族,而冬虫夏草分离物4634及4636与冬虫夏草的关系较...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李红梅 王珣章 林进添
以线粒体16S rDNA基因作为分子标记,对蝽总科8个科23种昆虫进行了系统发育的分析,并采用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了分子系统树。结果表明:利用16S rDNA分子研究蝽总科的系统发育关系是适合的,能够重建蝽总科的单系性;土蝽科的位置不稳定,在蝽总科各科进化过程中处于中间位置;龟蝽科与蝽科在MP树和ML树中都形成姊妹群关系,在NJ树中2个科的亲缘关系也比较近;异蝽科是最早分支出来的,表明异蝽科是所研究类群中最为原始的类群。本研究从分子水平上支持了将荔蝽亚科、盾蝽亚科和兜蝽亚科从蝽科中分立出来提升为科的观点。
[期刊] 林业科学
[作者]
张健 张晓军 任炳忠
对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系。在获得的772bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5%;简约信息位点136个,占全部位点的17.6%。G+C的平均含量为60.8%,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换。系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致。28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
柳娟娟 杨建全 陈家骅
利用18S rDNA的V4区序列对蚜茧蜂科部分物种的分子系统进化关系进行了分析.利用MEGA3.1软件NJ、ME、MP和UPGMA 4种方法构建蚜茧蜂的分子系统,从总体上看,NJ树、ME树、MP树和UPGMA树基本一致,按照大的分类阶元,聚类大体上遵循了Aphidiini、Trioxini、Praini、Ephedrini等的界限,这与传统的形态分类结果大致相符.根据这些树所得的一致性指数(CI)和存留指数(RI)都较大,表明整棵树的置信度较高.其中,UPGMA树的CI值和RI值最大,分别为0.8092和0.7126.
[期刊] 水产学报
[作者]
李渊 孙典荣 李文涛 张沛东 江鑫 郭栋 高天翔
运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低。ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性。matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
唐晨 董丽 饶涛 贾睿 于克锋 吴维宁 王金辉 徐韧 何培民
应用SSU rDNA和线粒体cox 1序列研究甲藻(Dinoflagellate)中不同生态类群的演化关系。通过PCR扩增和测序获取4株甲藻SSU rDNA及其线粒体cox 1部分片段,结合GenBank中24株甲藻的相关序列,以Plasmodium falciparum为外群,构建ML树和NJ树,并采用自展支持度评估进化树分支结构,通过计算后验概率评估进化树整体结构,应用1sKH、SH、ELW和2sKH等方法评估两株ML树间的拓扑结构。结果显示,在由上述两序列构建的进化树上,底栖原甲藻均未与浮游原甲藻聚类,且前沟藻具有独特演化地位。表明联合选择SSU rDNA和线粒体cox 1序列构建的进化...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
窦红霞 张彤晴 许志强 陈婵娟 张鑫 葛家春 黄亚红
分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
赵金良 李思发 蔡完其 王伟伟
为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16S rDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未与科聚合成单系群体,与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群,系统演化上较晚发生,因而,支持将其独立为一科鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘振 赵洋 杨培迪 成杨 刘本英 李游勇 杨阳
【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(44
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
万新龙 李建洪 彭德良
用PCR方法扩增了16个不同地区和不同作物上根结线虫群体的ITS片段,并进行了克隆、序列测定分析和比对。结果表明:采自北京密云苦瓜和豇豆、北京通州月季以及山东胶州、烟台、潍坊花生上的6个根结线虫群体为北方根结线虫(Meloidogyne hapla),其ITS片段大小为772 bp;来自云南番茄、成都黄瓜和海南石榴上的3个根结线虫群体为爪哇根结线虫(M.javanica),其ITS片段大小为767 bp;来自河北廊坊番茄、北京海淀番茄和浙江黄瓜上的3个根结线虫则属于花生根结线虫(M.arenaria),其ITS片段大小为768 bp;而安徽和县、宿州的番茄以及太和桔梗上的3个根结线虫则属于南方...
关键词：
根结线虫 ITS-PCR 克隆 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
应成琦 张婷 李信书 田千桃 霍元子 马家海 徐韧 王金辉 何培民
2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象。实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对。结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔。18S rDNA序列分析结果也支持这个判断。根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01...
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