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[期刊] 水产学报  [作者] 徐丹丹  黄燕  曾庆  李斌  彭作刚  
为进一步了解鲇这一广布种的遗传多样性与种群遗传结构,阐明该经济鱼类的种群历史动态,本研究对我国长江(上游、中游)、珠江、福建、海南、辽河地区的野生鲇样本进行mtDNA Cytb基因序列测定与种群遗传多样性和遗传结构分析。结果显示,在所分析的216个序列样本中,共检测出78个单倍型,其中Hap_45在鲇不同群体中分布最为广泛;鲇总群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.948±0.009)和核酸多样性(Pi=0.017 99±0.000 55),暗示了其自然种群数量的相对稳定;单倍型系统发育与网络关系图分析显
[期刊] 中国水产科学  [作者] 谌微  张凤英  王景  魏鸿擎  姜亚洲  张辉  凌建忠  程家骅  马凌波  
为研究野生与养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)群体的遗传多样性,对大黄鱼8个野生群体及6个养殖群体共336个样本的线粒体coⅠ基因部分序列进行了扩增和测序分析。实验最终获得序列片段长621 bp,总变异位点38个,简约信息位点23个,单变异位点15个,其中野生群体包含38个变异位点,占总变异的100%,养殖群体包含8个变异位点,占总变异的21.05%。在所有样本中共检测出单倍型34个,单倍型多样性为0.587,核苷酸多样性为0.00194,野生及养殖群体单倍型多样性指数分别为0.714~0.952、0.000~0.581。大黄鱼养殖与野生两个组群间的遗传分化指数为0.0498...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 王锦锦  廖梅杰  李彬  王印庚  荣小军  张正  葛建龙  
为评价不同海域不同体色特征刺参群体的遗传结构,本研究采用PCR技术扩增了中国、韩国和俄罗斯沿海8个刺参(Apostichopus japonicus)群体的16S rDNA、COⅠ和D-loop序列。根据所获得的16Sr DNA、COⅠ和D-loop序列分析这8个群体的遗传多样性和遗传进化关系。结果显示,16S rDNA、COⅠ和D-loop序列长度分别为543 bp、656 bp和509~527 bp。16S rDNA序列中共检测到16个多态位点,16种单倍型,单倍型多样性指数为0.629,核苷酸多样性指数为0.0016,平均核苷酸差异数0.880。COⅠ序列共检测到62个多态位点,38种单倍型,单倍型多样性指数为0.958,核苷酸多样性指数为0.0073,平均核苷酸差异数为4.796。D-loop序列共检测到200个多态位点,61种单倍型,单倍型多样性指数为0.922,核苷酸多样性指数为0.0157,平均核苷酸差异数为6.834。3个线粒体片段对于不同群体的遗传多样性检测结果显示,D-loop和COⅠ序列的多态位点数、单倍型数和核苷酸多样性均显著高于16S rDNA序列,更适用于同一物种不同群体遗传结构的解析。韩国浦项地区3个群体遗传多样性最高,这可能与其所处地理位置洋流影响有关。利用COⅠ基因对采自浦项的3种体色刺参进行遗传分化分析,遗传分化系数Fst<0.05,不存在遗传分化。对所采集的群体构建的系统进化树结果显示,青岛海参群体与烟台海参群体聚为一支,再与韩国群山黑参群体聚为一支,然后与韩国木浦黑参群体聚在一起,向外依次为俄罗斯群体及韩国浦项的3个群体,不同种群的遗传结构受洋流影响最大,其次跟其地理分布有关。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 葛淑俊  李广敏  马峙英  武晓阳  孟义江  霍云谦  
【目的】甘草具有重要的药用、工业和生态价值,目前处于濒危状态,进行遗传多样性研究可以为甘草资源的保护和利用奠定基础。【方法】利用AFLP分子标记对来自中国甘草主产区的16个野生种群共320个单株进行遗传多样性研究。【结果】(1)利用15对AFLP引物共扩增出759条谱带,其中多态性谱带527条,多态性条带百分率为69.43%;(2)Nei’基因多样性指数为0.13~0.19,种群总体多样性指数为0.25;Shannon多态性信息指数的变异范围在0.19~0.28,总体为0.39;宁夏地区甘草种群遗传多样性水平最高,甘肃酒泉种群的遗传多样性水平最低。(3)AMOVA分析表明甘草种群间的遗传变异占...
[期刊] 水产学报  [作者] 陈昌生  谢潮添  纪德华  徐燕  郭留超  
采用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术对福建省的3个野生坛紫菜(Porphyrahaitanensis)种群共60个个体进行了遗传多样性分析。15条引物共扩增出222个位点,其中186个位点具有多态性,多态位点百分率为83.78%,在种群水平上,多态位点百分率为80.18%~81.53%,平均为80.93%。期望杂合度、Shannon信息指数在物种水平上分别为0.3304和0.4834;在种群水平上分别为0.3089和0.4551,表明坛紫菜种群内存在着较高的遗传多样性水平,且在三个种群间没有明显差异。依据Gst值,坛紫菜的遗传变异主要发生在种群内的个体间(占93.5%),只有6.5%的...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 伊新华  李世国  何平  侯和胜  王丽梅  
运用AFLP分子标记技术对大连庄河石城岛(SCD)、瓦房店将军石(JJS)、长海县大长山(DCS)、旅顺董砣子(DTZ)和旅顺盐场(YC)5个野生鼠尾藻(Sargassum thunbergii)种群与山东蓬莱(PL)1个野生群体的共60个个体进行遗传多样性分析。采用10对引物组合共扩增出条带530条,其中多态性带417条,平均多态性检出比例为78.68%。AMOVA分析显示,大部分的遗传变异(76.58%)存在于种群内,少部分(23.42%)存在于种群之间。遗传分化系数(Gst)为0.2418,与遗传固定化系数(Fst)的值(0.2342)接近,表明鼠尾藻种群内部具有较高的遗传分化,同时种群...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 刘伟  代应贵  袁振兴  孙际佳  刘丽  
以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassiLabris)个体为样品,采用Pcr和DNa测序技术对粗唇都柳江种群cyt b基因和D-LooP序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bP、776~778 bP的粗唇cyt b基因、DLooP序列。2段序列的碱基组成均为a+t的含量高于G+c的含量,但cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-LooP的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-LooP序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体cyt b基因、D-LooP序列中分别有3、20个多态位点,分...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 李大命  张彤晴  唐晟凯  钟立强  刘小维  
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(COrbiCula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCr扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bP的COⅠ基因片段中,碱基a、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,a+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 李大命  张彤晴  唐晟凯  钟立强  刘小维  
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 海萨·艾也力汗  郭焱  孟玮  杨天燕  阿达可白克·可尔江  
为了解塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)种群遗传多样性和遗传结构,本研究分析了库玛拉克河(KMlK)、木扎提河(Mzt)、塔什库尔干河(tSKEG)、喀拉喀什河(KlKS)、玉龙喀什河(YlKS)、克孜勒苏河(KzlS)、车尔臣河(cEc)7个群体共143个线粒体控制区序列变异个体,获得了39个单倍型。其中,cEc群体与其他群体间遗传分化显著,无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明,在所有群体中大多数的变异来源于群体间;而排除cEc群体后,大多数变异则来源于群体内(81.01%),群体间的遗传变异小(16.68%)。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流(NM)为0....
[期刊] 中国水产科学  [作者] 佟广香  匡友谊  尹家胜  耿龙武  徐伟  
为了掌握不同地理种群唇(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5。42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的。AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P<0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内...
[期刊] 水产学报  [作者] 彭士明  施兆鸿  侯俊利  
运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 唐玉凤   张露   田虹   赵登梅   王顺富   李慧龙   桑正林   全勇  
【目的】探究乌蒙山自然保护区野生猕猴桃(Actinidia chinensis Planch)ITS遗传多样性评价,继而研究其亲缘关系,选育优质的新品种。【方法】采用样线法对乌蒙山自然保护区野生猕猴桃的种类、分布及其生态环境进行调查,并将61份猕猴桃属植物样本进行浅层测序,以 Actinidia callosa ITS区(登录号:AF323803.1)为模板对获得的基因组数据进行ITS区组装,以获得每个样本ITS基因序列数据。【结果】在乌蒙山自然保护区内,野生猕猴桃属植物集中分布在海拔1241.80~1976.42 m,主要生长于灌木丛中或山坡林缘。分类鉴定结果显示,61份猕猴桃样本分别隶属于1个属(猴桃属),7个种。其中,昭通猕猴桃为云南特有种。ITS基因组装后比较分析发现,序列长度在501~650 bp,总GC含量在50.88%~57.72%,变化幅度较大;在5.8S区段相对保守,变异率较小;7个种的遗传距离在0.00309~0.597,总体平均遗传距离为0.302;其中狗枣猕猴桃和昭通猕猴桃亲缘关系较近,遗传距离为0.00309,中华猕猴桃与京梨猕猴桃、显脉猕猴桃、葡萄叶猕猴桃和葛枣猕猴桃的遗传距离较近,介于0.0421~0.0719,而与昭通猕猴桃和狗枣猕猴桃的距离分别为0.588和0.587。系统发育分析结果表明,野生猕猴桃的系统发育较为复杂,存在地理位置相对较远而亲缘关系较近的情况,说明地理位置的远近可以为遗传变异提供变异积累。【结论】乌蒙山自然保护区内猕猴桃科植物多样性丰富,不同种间ITS序列遗传变异位点显著,可为野生猕猴桃种质资源开发利用提供理论基础。
[期刊] 林业科学研究  [作者] 潘庆杰  李正红  王雁  田杰  谷勇  刘秀贤  
利用RAPD分子标记技术对采自滇川两省的12个地涌金莲野生和栽培种群进行遗传多样性分析。选择10条随机引物在12个种群中共扩增出88条带,其中多态性带85条,整个种的多态性位点百分比PPB为96.59%,遗传多样性指数H为0.289 0以及Shannon信息指数I为0.441 6。种群间的遗传分化系数Gst为0.568 2,即43.18%的遗传变异来自于种群内,56.82%的遗传变异来自于种群间,种群间的遗传分化水平略高于种群内。种群间遗传一致度变化范围为在0.66~0.95之间。聚类结果显示:野生种群之间遗传距离较近,与地理分布基本相一致;栽培种群遗传距离较远,与地理分布不一致。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 陈源  赖钟雄  赵巧阳  余亚白  
应用RAPD分子标记对采自福州、三明的2个香蕉野生居群共37个个体进行遗传多样性分析.结果表明:两居群的遗传多样性水平差异不大,三明和福州两居群多态位点百分率分别为71.97%和83.12%;Ne i′s基因多样性指数分别为0.4110和0.2399;Shannon信息多样性指数分别为0.5995和0.4003.两地野生居群的遗传多样性水平较高,居群间产生的遗传分化小,居群内的遗传分化较大.在UPGMA聚类图中,除个别样本外,2个居群的个体按居群各自聚在一起,与两地野生蕉原生境考察结果一致.
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