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[期刊] 林业科学
[作者]
尹淑艳 李波 郭慧玲 李会 李杨 孙绪艮
寄主植物、地理距离、农药胁迫、生境片段化等是影响种群遗传结构和进化的重要因素(Harrison etal.,1996;Hutchinson et al.,1999;Knutsen et al.,2000;罗育发等,2006;褚栋等,2008)。许多有关昆虫与植物间关系的研究发现植食性昆虫具有通过缩小或扩大其寄主范围或转移到新寄主上的进化潜力(Via,1990),这种现象可能使种群间产生完全的
[期刊] 淡水渔业
[作者]
谢佳燕 颜渊 杨钰慧 林少卿
采用线粒体COI基因序列对长江流域湖北段和江苏段蒙古鲌(Chanodichthys mongolicus)不同自然群体的遗传组成和结构进行了分析。结果显示,蒙古鲌种群的遗传多样性水平中等,群体的平均基因多态性为0.664,核苷酸多态性为0.002,不同种群间遗传多样性存在一定的差异。COI基因序列共检测了10种单倍型,其中4种单倍型在蒙古鲌不同种群间共享,其余单倍型为单个种群所特有。分子变异分析表明79.7%的变异发生在种群内。NJ聚类树和单倍型网络图分析均表明蒙古鲌不同种群未形成明显的谱系地理结构。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨宗英 汪登强 陈大庆 段辛斌 刘绍平
分析了长江中游监利四大家鱼原种场、石首四大家鱼原种场、长沙四大家鱼原种场、监利江段野生青鱼(Mylopharyngodon piceus)、鄱阳湖野生青鱼5个群体共160尾青鱼的mt DNA控制区982 bp片段的变异。结果显示:该片段的变异位点有80个,其中64个为简约信息位点,16个为单一突变位点。160个样本中共检测出57个单倍型,单倍型多样性指数为0.950,平均核苷酸多样性指数为0.012 42。AMOVA分析显示:群体间变异率为3.30%,群体内的变异率为96.70%,变异主要来自于群体内;遗传变异系数FST=0.032 92,显示青鱼群体间没有显著的遗传分化。中性检验Tajima...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
佟广香 匡友谊 尹家胜 耿龙武 徐伟
为了掌握不同地理种群唇(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5。42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的。AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P<0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李玉婷 王康 郑燕 门秋雷 钱路 安榆林 冯纪年 张雅林 陈茂华
【目的】揭示河西走廊苹果蠹蛾不同地理种群间的联系,分析地理种群间的序列变异、遗传多样性和遗传分化。【方法】采用PCR和基因测序技术,扩增并分析了河西走廊8个地理种群132个苹果蠹蛾个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因片段,应用DnaSP 5.10计算单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)和Tajima’s D值,采用ZT软件包进行Mantel检验,分析种群间遗传距离与地理距离的相关性,利用软件Arlequin 3.11计算成对种群间的固定系数(Fst)。【结果】在获得的132条序列中共发现了8个变异位点和5个单倍型,其中3个单倍型为种群共享单倍型。总体单倍型多样性指数为0...
关键词：
苹果蠹蛾 COI基因 地理种群 遗传分化
[期刊] 水产学报
[作者]
刘连为 许强华 陈新军
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵明 宋炜 马春艳 张凤英 蒋科技 宋志明 马凌波
利用线粒体CO I序列为遗传标记分析了棘头梅童鱼(Collichthys lucidus Richardson)7个地理群体(江苏连云港、江苏大丰、上海崇明、浙江舟山、浙江温州、福建宁德和福建厦门)的遗传结构特征。在7个群体209个样本的线粒体CO I序列中共检测到44种单倍型。7个群体单倍型多样性为(0.416±0.112)~(0.720±0.076),核苷酸多样性为(0.001 10±0.000 35)~(0.004 44±0.001 64)。两个组群的AMOVA分析显示,南北两个组群分析组群间的变异为40.10%(P0.05),群体内为60...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨天燕 孟玮 马燕武 蔡林钢 郭焱
采用线粒体COI和Cyt b基因序列分析相结合的方法,对伊犁河和塔里木河水系6个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体遗传差异和分化水平进行了比较研究。AMOVA分析结果显示,斑重唇鱼群体间遗传差异显著大于群体内,群体平均遗传分化指数ΦST分别为0.980 2(COI)和0.886 3(Cyt b),除伊犁河水系两群体差异不显著外(P>0.05),其他两两群体间遗传差异均显著。基于Kimura双参数法计算群体间平均遗传距离发现,不仅两水系间群体存在差异,塔里木河水系内部群体也产生了较大的遗传分化。单倍型网络图和系统关系树显示库玛拉克河群体存在两组不同单倍型类群,分别与伊犁河和塔...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈世春 王晓庆 彭萍 胡翔 段小凤 林强
假眼小绿叶蝉Empoasca vitis(Gthe)是我国危害最为严重的茶园害虫。本研究对假眼小绿叶蝉11个地理种群的101个个体的16S rRNA序列片段进行了扩增和测序,以此分析11个地理种群间的遗传多样性、分子变异和种群遗传结构。结果表明:假眼小绿叶蝉16S rRNA基因序列片段全长493 bp,A+T含量为77%。101个个体中共检测出变异位点11个,形成单倍型13个,单倍型进化网络关系显示四川群体具有的单倍型与原始单倍型(H2)距离较远。群体单倍型多样性指数为0.68812,种群内部单倍型多样性在0~0.80556之间,且总群体和各地理种群的中性检验结果均为不显著,表示假眼小绿叶蝉...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈世春 王晓庆 彭萍 胡翔 段小凤 林强
假眼小绿叶蝉Ｅｍｐｏａｓｃａ ｖｉｔｉｓ（ＧｔｈＥ）是我国危害最为严重的茶园害虫。本研究对假眼小绿叶蝉１１个地理种群的１０１个个体的１６ｓ ｒｒＮａ序列片段进行了扩增和测序，以此分析１１个地理种群间的遗传多样性、分子变异和种群遗传结构。结果表明：假眼小绿叶蝉１６ｓ ｒｒＮａ基因序列片段全长４９３ ｂｐ，ａ＋ｔ含量为７７％。１０１个个体中共检测出变异位点１１个，形成单倍型１３个，单倍型进化网络关系显示四川群体具有的单倍型与原始单倍型（ｈ２）距离较远。群体单倍型多样性指数为０．６８８１２，种群内部单倍型多样性在０～０．８０５５６之间，且总群体和各地理种群的中性检验结果均为不显著，表示假眼小绿叶蝉．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
胡宗云 杨培民 宋红梅 牟希东
以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)群体遗传多样性水平相对较低，群体间没有显著的遗传分化，可以将3个群体视为一个遗传管理单元。这些发现将丰富蛇(鱼句)现有的遗传信息，并为制定黑龙江流域蛇(鱼句)资源保护策略提供参考。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曹萍 梅萨 陈生梅 李鸿康 郭卫兴 李瑞哲 达桑 才加 莫延新 官却扎西 忠尕 李文浩 刘书杰 崔宏伟 马志杰
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估，分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化，本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)Dloop区测序，并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列，对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明：1)221条牦牛mtDNA D-loop序列（636～638 bp）比对分析共检测出57个变异位点，包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型，其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014，表明其母系遗传多样性丰富。其中，甘德牦牛的单倍型多样度最高（Hd=0.951），久治牦牛的单倍型多样度最低（Hd=0.818）。3）遗传分化和基因流分析表明，除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平（0.05≤FST<0.15），基因交流相对贫乏外，其他牦牛群体间FST值较小（0
[期刊] 水产学报
[作者]
徐丹丹 黄燕 曾庆 李斌 彭作刚
为进一步了解鲇这一广布种的遗传多样性与种群遗传结构,阐明该经济鱼类的种群历史动态,本研究对我国长江(上游、中游)、珠江、福建、海南、辽河地区的野生鲇样本进行mtDNA Cytb基因序列测定与种群遗传多样性和遗传结构分析。结果显示,在所分析的216个序列样本中,共检测出78个单倍型,其中Hap_45在鲇不同群体中分布最为广泛;鲇总群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.948±0.009)和核酸多样性(Pi=0.017 99±0.000 55),暗示了其自然种群数量的相对稳定;单倍型系统发育与网络关系图分析显
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帅 李敏 闫帅 孔啸兰 朱江峰 徐姗楠 陈作志
文章选取线粒体细胞色素b(cytochrome b, Cyt b)基因序列作为分子标记，分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构。2019年9月至11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾，共检测到174个单倍型。通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现，棘头梅童鱼可分为北方支系和南方支系。分子方差分析(AMOVA)结果显示，棘头梅童鱼的南北群体存在显著的遗传分化。核苷酸错配分布分析和中性检验结果显示棘头梅童鱼在更新世经历过种群快速扩张，且估算北方群体和南方群体的种群扩张时间分别在0.799万～1.999万和2.631万～6.577万年前。根据净遗传距离推算出北方群体和南方群体的分化时间在34.5万～86.25万年前。综上，中国沿海棘头梅童鱼可分为南北两个种群，在渔业资源开发和管理上需要分别对待。
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