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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王彤 刘静 郭月 袁娜 杜建厂
[目的]为探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。[方法]对14种豆类植物的mat K基因和ITS序列的扩增片段进行PCR产物直接测序,并结合Gen Bank数据库中的大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、红小豆(Vigna angularis)和绿豆(Vigna radiata)4种豆类植物基因组序列,利用Clustal W、MEGA 6.0、Bio Edit软件对这18种
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李云霞 兰芙蓉 常朝阳 郭泽坤
【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨绪勤 邓传良 刘丽盈 沙涛 于美玲 卢龙斗
以流苏树属的流苏树,女贞属的女贞和木犀榄属的木犀榄作为外类群,利用叶绿体matK基因序列,对木犀属19个种进行种间亲缘关系及系统分类学研究。结果表明:①木犀属植物叶绿体matK基因序列较为保守,特别表现在3′端;②木犀属植物是一单系类群;③19种木犀属植物可以分为3个分支:香花木犀和华东木犀各单独聚为一个分支;其余聚为一个分支;其中美洲木犀、牛矢果和厚边木犀聚为一个亚分支,都属于圆锥花序组;木犀组的红柄木犀、毛木犀、石山桂、狭叶木犀和管花木犀组的山桂花5种植物聚为一个亚分支;其余的9种木犀组植物聚为一个亚分支;④经典的基于形态学的P.S.Green分类系统没有得到分子数据的支持,圆锥花序组聚在...
关键词：
木犀属 matK基因 系统发育分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
高静 卢萍 王金妞 金凤 恩和巴雅尔
提取小花棘豆(Oxytropis.glabra DC.)、小叶小花棘豆(O.glabravar.tenuis)、刺叶柄棘豆(O.aciphyllaLedeb.)、砂珍棘豆(O.racemusaTurcz.)、多叶棘豆(O.verticillaris(L.)J.N)、黄毛棘豆(O.ochranthaTurcz.)基因组DNA,扩增其5.8SrDNA/ITS序列并测序,将所测序列与GenBank中疏毛棘豆(O.pilosa)和长白棘豆(O.anertii)5.8SrDNA/ITS序列进行同源性比对,利用MEGA4.0软件采用Neighbor-joining法构建系统发育树,旨在为棘豆属下种间及种下...
[期刊] 水产学报
[作者]
李渊 孙典荣 李文涛 张沛东 江鑫 郭栋 高天翔
运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低。ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性。matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王洪秀 魏云辉 靳亮 胡中娥 李菁 陈庆隆 李胜杰 钟国祥
采用ＩＴＳ序列分析方法，对供试１８株（４株野生菌株、７株工厂化栽培菌株、５株经钴６０辐照诱变菌株和２株搭载神十的航天诱变菌株）茶树菇菌株进行研究。结果表明，供试菌种的ＩＴＳ序列长度为７０３～７２１ ｂｐ，与Ｇｅｎ ｂａｎｋ数据库中茶树菇菌种的ＩＴＳ序列相似度为９９％以上，在种的水平上证明供试菌种为茶树菇。运用构建的系统发育树将供试菌种聚为６个类群，其中Ｃｈａ３与Ｃｈａ３Ｓｈｅｎ，ａＳ－２与ａＳ－２－６００，ａＳ－１与ａＳ－１Ｓｈｅｎ、ａＳ－１－７００，分别聚在了不同的类群，说明这７株茶树菇菌株可能由于辐照或航天诱变后使得ＩＴＳ序列存在着种内的变异。ＩＴＳ序列分析结果从系统发育角度反映出了研究菌．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
樊龙江 郭兴益 马乃训
利用8个全长mRNA基因序列比较了竹类植物和水稻等禾本科作物的系统进化和序列组成等。结果表明,在与水稻、玉米和麦类作物的比较中,竹类植物与水稻有着最近的亲缘关系和更相似的基因序列特征(GC含量分布和密码子使用频率),它们甚至比水稻与玉米或水稻与麦类之间的亲缘关系更近。这一结果提示,水稻作为禾本科植物的模式物种,应与竹类植物存在良好的基因组共线性关系,水稻基因组序列信息对竹类植物基因组研究与分析具有重要参考价值。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
武德亮 范文越 马志欣 殷宪超 谢彦杰
[目的]本研究旨在探讨渗透胁迫和土壤干旱处理下硫化氢(H_2S)对豆类植物种子萌发期和幼苗期生理特性的影响。[方法]以绿豆(‘苏绿2号’和‘苏抗3号’)和红小豆(‘苏红2号’和‘苏红3号’)为材料,用不同浓度(0、0.01、0.05、0.1、0.4和1.6 mmol·L~(-1))的硫氢化钠(Na HS)溶液分别浸泡种子和浇灌幼苗,之后进行渗透及干旱处理,测定种子及幼苗相关的生理生化指标。[结果]施加不同浓度的Na HS溶液能不同程度缓解渗透和干旱胁迫对4种豆类植物的生长抑制,并在NaHS浓度为0.05或0.1 mmol·L~(-1)时较好地缓解胁迫抑制。此浓度下4个品种豆类植物种子的发芽率、芽长、发芽指数和幼苗鲜质量、相对含水量及相对叶绿素含量等生理生化指标达到最优值。如:在NaHS浓度为0.05 mmol·L~(-1)时,‘苏抗3号’24 h发芽率和‘苏红3号’72 h发芽率分别为62.67%和52.50%,且‘苏抗3号’的幼苗鲜质量、相对含水量和相对叶绿素含量分别比干旱对照增加了0.473 g、24.87%和9.06;在Na HS浓度为0.1 mmol·L~(-1)时,‘苏绿2号’24 h发芽率和‘苏红2号’72 h发芽率分别为79.32%和68.33%,且与干旱对照相比,‘苏绿2号’‘苏红2号’及‘苏红3号’的幼苗鲜质量、相对含水量和相对叶绿素含量均显著提高:‘苏绿2号’分别提高0.250 g、21.09%和9.29;‘苏红2号’分别提高0.378 g、25.13%和7.05;‘苏红3号’分别提高0.466 g、18.82%和7.26。[结论]外源H_2S能缓解渗透及干旱胁迫,有效提高豆类植物的抗旱能力。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
康红梅 白娟 陈康 王刚
以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae (Adens) Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。结果显示:锦鸡儿植物ITS序列长度在611~614 bp之间,与外类群排序后长度为655 bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish. ex DC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacant...
关键词：
锦鸡儿 ITS 系统关系
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
侯丽冰 贺伟 刘小勇 杨佐忠
首次对我国松干锈菌的核糖体DNA中的内转录间隔区 (ITS)序列进行了测定 ,并与得到普遍承认的国外柱锈菌属其它种的ITS进行了比较 .运用PAUP和TREECON软件进行系统发育分析并得到了一致的结果 :我国Cron artiumflaccidum和C .quercuum的菌株各自分别形成一个分支 ,而C .ribicola按锈孢子寄主分成了红松和华山松两个分支 ,红松上和华山松上的C .ribicola相互间遗传距离很大 ,分别和其它的种平行 ,该结果显示了原来被鉴定为C .ribicola的我国特有的华山松疱锈菌 ,可能是一个不同于C .ribicola的独立的种 .
关键词：
松干锈菌 柱锈菌属 ITS
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘振 赵洋 杨培迪 成杨 刘本英 李游勇 杨阳
【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(44
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨程 龚桂芝 彭祝春 常珍珍 易璇 洪棋斌
【目的】通过对柑橘叶绿体基因组变异位点的研究，从胞质层面揭示柑橘类果树的遗传进化，为柑橘种质资源的收集、评价和利用提供参考。【方法】以甜橙叶绿体高变区序列为参考，利用已发表的二代基因组测序数据对代表性的柑橘属及其近缘属材料进行De Novo组装，获得叶绿体基因组高变区组装序列，通过序列比对，发掘代表性材料的差异位点，针对差异位点设计cpInDel引物。对甜橙叶绿体基因组两个及以上核苷酸重复构成的SSR位点进行定位分析，找出代表性材料间有差异的位点，针对差异位点设计cpSSR引物。选择在分类学和/或起源研究上有代表性的柑橘属及近缘属材料48份，利用新开发的cpInDel、cpSSR标记和已报道的cpSSR标记进行扩增检测、电泳谱带分析和聚类分析。【结果】本研究新开发4个cpInDel标记和13个cpSSR标记。扩增检测显示，这些标记在48份试验材料中均能扩增出较为清晰的多态性条带；但cpInDel标记扩增出的条带更为单一，类群区分时，仅通过单个标记便能实现对某一类群或几个类群的区分，具有更好的区分效果。聚类分析显示，cpInDel和cpSSR标记得到了比较类似的结果，但在小类群关系以及部分材料的归类上存在差异。二者均揭示枸橼类柠檬-藜檬-来檬杂种的胞质来源并非香橼，枳杂种的胞质也并非枳，显示宽皮柑橘类黄柑的代表性品种‘旺苍皱皮柑’有不同于宽皮柑橘类其他品种的胞质来源，‘资阳香橙’和‘韩国香橙’胞质差异明显。针对宽皮柑橘类、甜橙-酸橙类和宜昌橙-大翼橙类3个小类群的相互关系，cpInDel显示它们关系较近，而cpSSR则将它们归为独立的类群；cpInDel标记将印度野橘归于真正的枸橼类，cpSSR将其单独聚为一类。【结论】叶绿体基因组分子标记分析能从胞质角度揭示不同于核基因组的柑橘属及近缘属植物的亲缘关系，但若与核基因组分子标记分析相结合，能更全面地揭示材料间的亲缘关系，更准确地鉴定柑橘种质资源。
[期刊] 华北农学报
[作者]
牟少华 孙振元 彭镇华
利用通用引物,采用PCR技术从24个鸢尾样品中扩增了叶绿体基因组trnL-F间隔区的DNA片段,进行了序列测定,序列长度为1003～1113bp,比较长度为954bp,其中共有92个位点发生了单个碱基的置换,14个位点发生了缺失,因此有进化意义的位点共106个,约占总序列比较长度的11.11%。运用DNAMAN软件分析了这些鸢尾的亲缘关系,可分为2个相对独立的大组。第一大组可以分为2组:3个种源马蔺关系很近形成一组,粗根鸢尾、溪荪和喜盐鸢尾聚成一组。第二大组也分为2组:6个种源的马蔺与野鸢尾聚在一起,再和小鸢尾聚成一组;3个种源的鸢尾、高原鸢尾、德国鸢尾、矮鸢尾、野鸢尾、扇形鸢尾、红籽鸢尾和I...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李双双 薛龙飞 苏爱国 雷彬彬 王玉美 华金平
线粒体是真核细胞内的重要细胞器,是一种遗传上半自主性的细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,参与生命活动一些过程。植物的线粒体基因组较动物的更为复杂,且与植物细胞质雄性不育和物种进化密切相关。本文概述了植物线粒体基因组测序工作,并在此基础上,综述了植物线粒体基因组的大小、组成形式、基因组序列的结构特征、基因组成,分析表达特点、RNA编辑、序列重组,以及线粒体基因组进化、线粒体相关的雄性不育机理研究的研究进展。
关键词：
植物 线粒体 基因组 序列分析
[期刊] 淡水渔业
[作者]
许志强 葛家春 李晓晖 霍光明 潘建林
通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种...
关键词：
蚌科 核糖体转录间隔区 系统发生
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