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[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
张彦彦 唐文乔 陈振锋 龚珑 唐振 张亚
为了解淀浦河、川杨河、大治河、金汇港、龙泉港等5条上海市骨干人工河流鱼类物种多样性及群落结构状况，于2021年6月（夏季）和11月（秋季）经过水样采集、eDNA抽滤和提取、12SrRNA遗传标记扩增、高通量测序与生物信息分析等分析流程。结果显示，两次调查共从5条骨干河流的20个断面中检测到80种鱼类，排除10种因厨余废物流入河道而被检出的海洋种类，实际栖息的可能有70种，隶属于10目22科55属，包括国家Ⅱ级重点保护动物胭脂鱼（Myxocyprinus asiaticus）和5种外来物种。夏季和秋季检出鱼类分别为48种和62种，每条河流平均35.2种和44.0种。但20个断面夏季的Chao1指数和ACE指数均大于秋季均值，而Shannon指数和Simpson指数均值均小于秋季。夏、秋两季共同的优势种为刀鲚（Coilia nasus）、鲫（Carassius auratus）和鲤（Cyprinus carpio）。Jaccard相似性分析显示，断面间相似性最好的龙泉港表现为极相似，但表现最差的大治河也为中等相似。Cluster聚类和NMDS排序分析显示，5条河流可分为显著差异的3组，即龙泉港、金汇港和除Z1断面外的大治河各断面为组Ⅰ，川杨河和淀浦河各断面为组Ⅱ，Z1断面为组Ⅲ，刀鲚、鲫、大鳍鱊（Acheilognathus macropterus）是造成组间差异的主要分歧种。本研究检出的鱼类物种数虽多于黄浦江干流已记录的物种数，但厨余废物流入河道也能被检出，可能存在一定的 “假阳性”现象。尽管如此，eDNA宏条形码技术仍在城市河流鱼类多样性评估方面展现良好应用前景。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈治 蔡杏伟 申志新 张清凤 李芳远 谷圆 李高俊 赵光军 王镇江
已知的鱼类环境DNA (environmental DNA， eDNA)宏条形码通用引物主要位于线粒体核糖体基因区，这些12S和16S引物存在部分近缘鱼类无法识别及参考序列不足等问题。本研究以海南岛淡水鱼类为调查对象：基于8目26科101属150种鱼类COI序列，筛选出6个侧翼保守区；综合碱基变异、物种鉴定、eDNA降解及高通量测序读长需求，在4个侧翼保守区设计了26条引物，其中6条引物未达到Premier评分要求；72种海南淡水鱼类的首轮PCR结果显示，有11条引物的通用性较高，其中PCR成功种数≥70且条带亮度均大于marker的引物有5条；次轮PCR结果显示，5条引物相互搭配产生的3 (正向) × 2 (反向)套引物组合的扩增成功率均为100% (72种/72种)，经PCR条带长度、亮度筛选后表现最优的引物组合为“HN-A-F4、HN-D-R3”(以下简称HN-COI)。30个水样高通量测序结果显示，HN-COI产生的待分析序列总数、鱼类序列总数、OTUs总数和鱼类OTUs总数分别为MiFish-U的0.77倍(8 919 976/11 532 126)、1.22倍(2 264 965/1 863 905)、0.85倍(406/477)和1.32倍(86/65)；HN-COI产生的鱼类OTUs注释到种、属、科及科以上水平的占比分别为81.40%、11.63%和6.98%，MiFish-U则分别为81.54%、4.62%和13.85%。“引物+水样”的NMDS聚类图形成边界明显的2组(胁强系数=0.15)；HN-COI的属内物种扩增子两两遗传距离最小值及平均值均分别是MiFish-U的1.23倍(0.006 9/0.005 6)和1.57倍(0.155 9/0.099 4)。室内6个密度组鲤鱼(Cyprinus carpio carpio)“生物量–拷贝数”线性回归方程的相关系数较低，HN-COI及MiFish-U均无法准确反映鲤鱼的生物量。本研究筛选并比较了HN-COI与MiFish-U的优劣，表明HN-COI对海南岛淡水鱼类具有更高的靶向性，不仅在防止微生物、哺乳类等非目标生物eDNA污染方面有优势，而且更有利于海南岛淡水鱼类的检出和准确鉴定。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
高尚 向登高 李跃飞 李捷 陈蔚涛
为揭示华南地区美丽小条鳅(Micronemacheilus pulcher)的隐存多样性及其地理分布格局，同时为美丽小条鳅的精准管理和保护提供重要理论背景知识，本研究采集了华南地区多个水系19个地理群体共计102尾美丽小条鳅样本，测定了所有样本的DNA条形码标准基因(线粒体COI基因)与部分样本的糖基转移酶基因(Glyt基因),综合了系统发育分析、遗传距离估算、等位基因网状图分析、物种有效性界定等方法，基于COI基因的系统发育结果显示，美丽小条鳅存在两个主要谱系(I和Ⅱ),谱系Ⅰ主要由珠江水系、漠阳江水系、南流江水系群体构成，谱系Ⅱ由海南岛的陵水河水系和南渡江水系群体组成。另外，研究发现谱系Ⅰ可以细分为三个严格地理分布的子谱系(Ⅰ-1,Ⅰ-2和Ⅰ-3),其中子谱系Ⅰ-1由珠江水系的西江、北江和南流江水系的群体组成，子谱系Ⅰ-2和Ⅰ-3分别由珠江水系的东江群体和漠阳江水系群体组成；谱系Ⅱ可以分为子谱系Ⅱ-1和Ⅱ-2,分别由陵水河水系群体和南渡江水系群体组成。遗传距离估算发现谱系Ⅰ和Ⅱ之间的遗传距离达到5.83%,谱系Ⅱ的两个子谱系之间的遗传距离到达2.92%,大于2%的DNA条形码物种鉴定阈值。基于Glyt基因的系统发育分析未获得严格的谱系分化，但是等位基因网状图支持大陆群体和海南岛群体以及海南岛的陵水河水系群体和南渡江水系群体的进化独立性。基于COI基因的ABGD(automatic barcode gap discovery)和PTP(poisson tree process)分析和联合两个基因的BPP(bayesian phylogenetics and phylogeography)分析均支持谱系Ⅰ、子谱系Ⅱ-1和子谱系Ⅱ-2为三个独立物种，表明美丽小条鳅至少包含三个隐存种。研究结果表明美丽小条鳅的多样性可能被低估，亟需使用形态度量学、更高覆盖度的和多种类型的分子标记来全面系统揭示其隐藏的遗传多样性，为美丽小条鳅全面精准的管理保护提供数据支持。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
高敏佳 陈振锋 张彦彦 龚珑 张亚 唐振 赵振官 唐文乔
为深入了解上海黄浦江5条骨干人工河流的生态系统现状，采用鱼类生物完整性指数（F-IBI）方法对其水生态系统的健康状况作了评价。2021年6月（夏季）和11月（秋季）租用专业渔船在5条河流共计20个断面采集到鱼类标本10092尾，隶属于8目17科45属60种。以黄浦江上游为参照点，设置了5大类29个初选指标，然后根据分布范围筛选、判别能力筛选和相关性检验，构建了由8个指标组成的F-IBI评价体系。分析结果表明，金汇港和龙泉港总体处于“好”或“一般”的状态；大治河、川杨河和淀浦河空间差异较大，从“差”到“好”均有。其中夏季有14个采样断面为“一般”，各有3个采样断面为“好”或“差”；秋季有11个采样断面为“一般”，5个采样断面为“好”，4个采样断面为“差”。5条人工河流下游的健康状况普遍好于上游，但总体上与流经上海中心城区的黄浦江自然支流苏州河的健康状况相比较为均一。这些结果为上海黄浦江5条骨干人工河流的环境管理提供了参考资料。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵子滔 李敏 吴庭健 张梅菁 沈茜妤 马绍祖 刘金林 何培民
为探究上海市滨海湿地碱蓬属植物种类及其遗传多样性，本文主要调查和研究了上海市浦东新区南汇东滩、奉贤区海滩、崇明区东滩等3个滨海湿地11个站位采集的碱蓬属植株种类资源及其遗传多样性。结果表明：（1）经形态学鉴定和基于ITS和matK序列条形码分析的分子鉴定，上海市滨海湿地碱蓬属植物为盐地碱蓬（Suaeda salsa）和碱蓬（Suaeda glauca）2个种。（2）仅在崇明岛发现碱蓬，7株样品之间遗传距离为0，表明该群体与外界没有基因交流。（3）崇明、浦东、奉贤盐地碱蓬在ITS和matK序列上均存在2-3个单倍型，遗传距离（<0.05），说明大多数为群体内部遗传变异。奉贤群体的遗传多样性最低（Hd=0.419±0.113，Pi=0.00085和Hd=0.133±0.112，Pi=0.00035），浦东群体遗传多样性最高（Hd=0.629±0.086，Pi=0.00147和Hd=0.475±0.141，Pi=0.00425）。浦东与崇明、奉贤的群体间存在中度分化(0.05< F_(ST) <0.15， P <0.05; Nm >1)，崇明与奉贤的群体间存在高度分化(0.15< F_(ST) <0.25，P <0.05；Nm <1)。本研究为上海市滨海湿地碱蓬属植物保护和种群恢复奠定了坚实基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李渊 温一琳 李海 刘世刚 妙星 林龙山
深远海作为海洋生态系统的重要组成部分，具有独特的生物多样性特征，蕴含了丰富的渔业资源。因此，对深远海鱼类多样性实施高效、准确的检测是开展渔业资源利用和管理的重要前提。然而，基于网具捕捞的传统调查方法具有一定的局限性，eDNA技术因其具有更广泛的应用场景、更突出的成本效益、更高的检测灵敏度和更精细的物种分辨率以及更低的分类阶元偏向性等特点和优势，可作为传统调查方法的重要补充，并且在深远海鱼类多样性监测和渔业资源调查中具有广阔的应用前景。归纳总结了eDNA在鱼类多样性的研究现状及其在深远海鱼类多样性研究中的应用优势，同时结合深远海水域的环境特点，探讨了eDNA技术在深远海鱼类多样性研究中的应用潜力以及可能面临的相关挑战，并为未来进一步的研究工作提供系统的科学参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 刘永新 叶乃好 刘志鸿 马骞 李昂 庄志猛
生物多样性与人类存亡休戚相关,保护生物多样性是实现人类社会可持续发展的基础。本文立足我国渔业生物多样性现状,针对我国渔业生物过度开发和保护不足等难题,提出了通过开展渔业生物DNA条形码研究来推动我国渔业生物多样性学科发展的思路,详细阐述了DNA条形码在渔业生物资源可持续开发、物种分类鉴定、生物多样性监测、外来物种评价、水产品市场监管、渔业信息化等多个领域的应用现状,进一步展望了DNA条形码可以成为渔业生物区系研究、水域生态研究、电子分类技术以及宏DNA条形码新技术等多个方面的研究热点,呼吁扎实推进我国渔业生物DNA条形码数据库和信息化平台的建设和共享。
关键词：
渔业资源 生物多样性保护 DNA条形码
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李玉龙 陈百灵 鲍相渤 周遵春 刘卫东 李云峰
为详细了解鱼类早期生活史阶段的食物组成,以黄海北部海水池塘养殖环境下不同发育阶段的沙氏下鱵(Hyporhamphus sajori)幼鱼为对象,提取其胃含物及水环境样品DNA,选用18SrDNA V4区作为分子标记进行扩增,通过DNA宏条形码技术(DNA metabarcoding)鉴定其食物组成及摄食选择性。结果显示, 33日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出17个物种门类,其中节肢动物门(45.29%)序列数占比最高,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为绿藻门(20.34%)、硅藻门(12.35%)、甲藻门(12.42%)、纤毛虫门(2.41%)、链形植物门(1.75%)、鞭毛虫门(1.24%)和子囊菌门(1%),同期水环境样品中甲藻门序列数占绝对优势(76.64%),其次分别为纤毛虫门(2.52%)、刺胞动物门(1.50%)、异鞭藻门(1.34%)、丝足虫门(1.12%); 63日龄沙氏下鱵幼鱼胃含物样品中共检出18个物种门类,其中节肢动物门序列数占绝对优势(97.31%),其他门类物种序列数占比均小于1%,同期水环境样品中甲藻门(57.92%)为优势门类,其他物种序列数占比超过1%的门类依次为纤毛虫门(10.97%)、硅藻门(8.05%)、金藻门(4.54%)、隐藻门(3.88%)、异鞭藻门(3.85%)、刺胞动物门(2.30%)、节肢动物门(1.61%)、绿藻门(1.07%)。不同发育阶段的沙氏下鱵幼鱼食物组成存在差异,说明沙氏下鱵的食性随着生长发育可能存在由浮游生物为主的杂食性向浮游动物食性的转变。此外,通过DNA宏条形码技术还检测出传统胃含物检测方法未鉴定到的真菌、纤毛虫类以及链形植物等食物种类。研究结果表明,DNA宏条形码技术作为一种新兴的食性分析方法,适用于幼鱼阶段鱼类的食性分析,且比基于传统形态学的食性分析具有更高的鉴别潜力。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
黄镇宇 章群 卢丽锋 周琪 唐楚林
为探讨中国鲻科鱼类的分类地位,对采自中国8省27个地点的7种鲻科鱼类226个样本的40项测量数据进行了聚类、主成分与判别函数分析;测定了其中57个样本的标准条形码序列,结合Genbank下载的9种鱼类27条序列,构建基于K2P模型的邻接树,并进行遗传距离的计算和ABGD分析。结果发现,在形态方面,不同物种在主成分及判别函数散点图中重叠部分较大,表明对鲻科鱼类的鉴定不能仅依据单一的量度特征。在分子方面,14种鱼类聚类成12个明显的分支,分支间平均遗传距离17.14%(7.26%23.94%),约为分支内平均
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王业磷 章群 邓春兴 徐示 裴丽梅 黄志基 罗纯
为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。
关键词：
马■科 DNA条形码 COI基因
[期刊] 海洋渔业
[作者]
周琪 章群 唐楚林 徐示 王业磷
鲾科鱼类因鳞片细小易脱落,鳍棘易折断,且部分物种具有性二态特征,导致传统分类鉴定困难。为明确中国鲾科(Leiognathidae)鱼类的分类地位,测量了小牙鲾(Gazza minuta)、G. sp. A、黄斑鲾(Leiognathusbindus)、短吻鲾(L. brevirostris)、颈斑鲾(L. nuchalis)、短棘鲾(L. equulus)、细纹鲾(L. berbis)、带纹鲾(L.striatus)、坚鲾(L. stercorarius)、仰口鲾(Secutor ruconius) 10种147尾中国鲾科鱼类的28个形态参数,消除异增长效应后进行主成分分析、判别分析以及聚类分析,发现不同物种间表观形态上具有较大的相似性,易造成鉴定错误。测定中国鲾科鱼类10种47尾DNA条形码序列,结合Gen Bank和BOLD下载数据进行联并分析,发现小牙鲾、G. sp. A、黄斑鲾、短吻鲾、颈斑鲾、短棘鲾、细纹鲾、带纹鲾、坚鲾、仰口鲾、曳丝鲾(L. leuciscus)、宽身小牙鲾(G. achlamys) 12种鲾科鱼类105条序列聚类成11个自展数据支持率为100%的分支,分支间平均遗传距离(18. 6%)是分支内(0. 3%)的62倍,支持分支的物种分类地位。短吻鲾和颈带鲾分支间平均遗传距离(8. 1%)是分支内(0. 15%)的54倍,形态与分子均没有重叠,应为2个独立种。牙鲾属G. sp. A与宽身小牙鲾及小牙鲾的种间遗传距离分别是种内遗传距离的35倍和79倍,支持其为独立的物种。另外,发现本研究采集于广东阳江的坚鲾、海南博鳌的带纹鲾和G. sp. A为中国3个新纪录种。
关键词：
鲾科 DNA条形码 形态分类
[期刊] 中国水产科学
[作者]
胡凯 李敏 张帅 蒋佩文 蔡研聪 陈作志 徐姗楠
为了解大亚湾海域鱼类早期资源的空间分布和种类组成,利用DNA条形码技术对该区域鱼卵种类和分布进行研究。于2022年4月在大亚湾的14个站点进行了采样调查,采用线粒体DNA的CO I (cytochrome oxidase subunit I)片段作为分子标记,利用DNA条形码技术鉴定了大亚湾海域春季的鱼卵种类。结果发现,大亚湾春季鱼卵种类共36种,隶属于7目16科26属,其中31种鉴定到种,有3种鉴定到属, 2种鉴定到科。鱼卵的平均密度为10.12 ind/m3,密度最大的站点(37.3ind/m3)为S7。鱼卵的优势种(优势度≥0.02)为项斑项鲾(Nuchequulanuchalis)、十棘银鲈(Gerres decacanthus)、克氏副叶鲹(Alepes kleinii)、岛屿侧带小公鱼(Stolephorus insularis)、中颌棱鳀(Thryssa mystax)、叶鲱(Escualosathoracata)、黄斑光胸鲾(Photopectoralisbindus)。环境因子分析表明,本研究中环境因子与优势种鱼卵分布无强相关性,主要是由于优势种鱼卵种类是广温广盐性鱼类,对海域环境适应性很强。结果显示,大亚湾海域是多种鱼类的产卵场,但鱼卵种类仍然以小型化和低值化为主,应进一步加强对大亚湾渔业资源的保护,恢复其鱼类优良种质资源场的功能。
关键词：
DNA条形码 鱼卵 种类组成 大亚湾
[期刊] 海洋渔业
[作者]
唐楚林 肖林 章群 周琪 徐示 王业磷
笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5’端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。
关键词：
COⅠ基因 笛鲷属 DNA条形码
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王荣达 张琰 郝信鹏 杨金权
现有研究表明，中国台湾省分布的台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）与闽江分布的武夷光唇鱼（A. wuyiensis）为近源种，二者在形态鉴别特征上也难以区分，因此，这两个物种的有效性问题目前尚存在着争议。本研究以线粒体COI基因全序列为分子标记分析了台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）和武夷光唇鱼（A.wuyiensis）的物种有效性。光唇鱼属（Acrossocheilus）6个种76尾样本的COI基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法（MP）、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%，远小于COI条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。
[期刊] 管理现代化
[作者]
殷海珍
商业管理中的条形码技术殷海珍条条形码是指在浅色衬底上由深色矩形的线条（也称码条），排列而成的编码。其码条及空白条的数量和宽度按一定的规则（标准）编排。在超级市场和百货商店的货架上，贴着条形码的商品，到出售时，只要把条形码在扫描器上通过一下，商品的各种...
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