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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘粉粉 姜小龙 翁文源 龚细娟 徐刚标
【目的】基于双酶切测序基因分型（Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS）技术，挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性（Single-nucleotide-polymorphism,SNP）位点信息，旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重要经济性状关联分析等研究提供位点信息。【方法】以46份黑杨派无性系种质为材料，采用Mse I+Taqa I双酶切基因组构建GBS文库并测序，使用Bowtie2将过滤后的序列数据比对到毛果杨参考基因组上，Stacks软件开发SNP位点，SnpEff软件注释SNP位点，R语言分析SNPs位点数目与染色体长度的相关性。【结果】共获得108 Gb数据，每个样本平均数据量为2.35 Gb；样本测序总序列数为218 156 221条，总碱基为62 832 509 890 bp，样本序列数及其碱基长度的平均值分别为4 742 526条和1 365 924 128 bp。Q30值为93.32%～94.44%，平均值为93.87%;GC含量为41.83%～44.96%，平均值为42.65%；碱基测序的平均错误率低于0.10%。这表明，GBS测序质量较高。序列比对至参考基因组的成功率为64.25%～73.53%，平均为69.89%；位点测序深度为12.40～24.70，平均值为18.40。过滤后共获得131 194个SNP位点，主要位于基因上、下游和转录区，其中，C/T和A/G变异类型最多，转换类型明显高于颠倒类型。98.41%(129 104)SNPs位点能成功定位到19条染色体上，位点平均分布密度为1/3 188 bp;SNPs位点数目与染色体长度呈极显著线性正相关。【结论】GBS技术能够有效地挖掘SNP位点信息，可用于大规模杨树SNP标记开发，为进一步开展杨树种质指纹图谱构建、遗传多样性分析以及重要经济性状关联分析等研究奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
国钰环 YAMAMOTO Naoki 彭正松 廖明莉 魏淑红 吴一超 杨在君
为了进一步定位Pis1基因,加快小麦的分子标记辅助育种工作,获得高质、高产、稳产的小麦品种。以川麦28(CM28)与其三雌蕊近等基因系CM28TP为研究材料,对CM28和CM28TP幼穗的3个阶段(幼穗长度为0.2～0.5 cm, 0.5～0.7 cm, 0.7～1.0 cm)进行转录组测序,然后通过GO数据库对变异位点所在的基因进行分类分析,并选取4个位于Pis1基因附近的SNP标记进行验证。结果表明,CM28TP和CM28幼穗3个阶段共有的SNP/InDel位点为5 310个,其中SNP位点5 024个,InDel位点286个。SNP位点中转换类型(63.33%)多于颠换类型(31.28%),两者的比值达到了2.02;InDel位点中插入类型(152个)多于缺失类型(134个);SNP/InDel位点在A基因组上分布最多、其次是B基因组、D基因组上最少。对SNP/InDel所在的基因进行GO分类注释表明,生物学进程中基因的占比最高,其次是细胞组分和分子功能。SNP/InDel位点对蛋白质功能的影响预测表明,有36个变异位点会严重影响蛋白质功能,中度影响蛋白质功能的位点有1 279个。从Pis1基因的定位区间附近筛选了4个SNP位点进行PCR扩增和测序验证,发现这4个位点与RNA-Seq分析结果一致,这表明挖掘出的SNP/InDel位点是准确的。本研究丰富了小麦中的SNP/InDel标记,为小麦高密度遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助选择育种奠定了基础,同时开发出的4个位于Pis1基因附近的SNP标记,为图位克隆该基因提供了可能。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王妍 景岚 李鑫淳
为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、KEGG代谢通路注释与PHI比对。结果发现,共有29 966个SNP位点分别分布在8 321条Unigene上,SNP发生的频率为1/2 764 bp,其中转换19 599个,颠换10 367个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达32.80%和32.60%。注释结果表明,分别有79.46%,43.00%的序列被注释到Nr、Nt数据库中,基因中涉及最多的为遗传信息过程通路,以翻译为主;最后将这些含SNP Unigene与病原菌寄主互作数据库PHI比对,共筛选到961条可能与向日葵锈菌致病性相关的含SNP的序列,因而认为,锈菌的致病性是由真菌细胞壁修饰蛋白和潜在的致病效应蛋白所致。结果可为以后进一步开发SNP遗传多态性、遗传图谱的构建提供理论依据,为研究向日葵锈菌毒力与功能奠定基础,并对向日葵的抗病育种研究具有重大意义。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王昕昊 邢俊霞 史胜青 杨玲 李万峰
[目的 ]挖掘日本落叶松SNP和InDel位点及其所在抗生物胁迫基因，为日本落叶松分子育种提供分子标记和候选基因。[方法 ]使用158份来自中国、日本和英国地区的日本落叶松转录组数据，首先进行分子标记位点的鉴定和分类，随后比较了活动期和休眠期基因的表达水平，最后将带有可靠分子标记的差异表达基因进行功能注释。[结果 ]本研究共鉴定到515 935个SNP位点和1 056个InDel位点，它们分布在35 827个基因上。通过比较不同地区的位点数量，推测日本地区的日本落叶松遗传多样性较为丰富。至少在50份转录组中出现的非同义突变SNP位点有6 444个，InDel位点为10个，它们分布在3 742个基因上，可以作为可靠的分子标记进行利用。活动期和休眠期的转录组比较后，发现带有可靠分子标记的2 569个基因差异表达；GO注释后发现其中101个基因与植物对真菌、细菌、卵菌、病毒、昆虫和线虫的抗性反应有关。[结论 ]这些结果不仅为日本落叶松全基因组关联分析和全基因组选择育种提供了分子标记，也为利用转基因和基因编辑手段进行遗传育种提供了候选基因。
关键词：
日本落叶松 分子标记 抗性基因 转录组
[期刊] 华北农学报
[作者]
王祥银 孙良玉 刘靖 肖榕
单核苷酸多态性(SNP)是基因组中普遍存在的遗传变异,是一种重要的遗传标记。为了解拟环纹豹蛛转录组中响应温度胁迫的SNP候选位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能注释,主要采用SOAPsnp软件对拟环纹豹蛛在不同温度胁迫条件下的转录组测序结果进行SNP检测,并把SNP所在基因SNP-Unigenes比对到GO、COG、KEGG数据库,获得SNP-Unigenes的注释及参与的功能情况。结果表明:拟环纹豹蛛转录组SNP位点分布在7 421条SNPUnigenes上,共存在402 910个SNP位点,SNP发生频率为1/301 bp;功能注释分类揭示拟环纹豹蛛在低温胁迫和高温胁迫条件下,SNP-Unigenes主要参与蛋白质转运、核糖体代谢、氧化磷酸化和氨基酸代谢功能,从而补偿热应力下蛋白质的损伤,加快拟环纹豹蛛对温度变化的适应。综上,筛选到拟环纹豹蛛响应温度胁迫相关的SNP位点或SNPUnigenes,为将来深入研究拟环纹豹蛛响应温度胁迫的分子机制提供基础数据。
关键词：
拟环纹豹蛛 温度胁迫 单核苷酸多态性
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杜克兵 许林 沈宝仙 涂炳坤 苏应辉 谯四红 樊孝萍 荣新军 徐永钢 田元玲 张燃
以适宜于湖北地区栽培的5个黑杨优良品种为亲本进行杂交,对杂交子代遗传力、杂种优势表现等进行了分析。结果表明:杂交子代遗传变异丰富,杂种优势显著。苗高、地径生长均属于高遗传力性状。1年根1年秆苗木的苗高、地径的广义遗传力分别为76.74%、85.22%;苗高的一般配合力变量、特殊配合力变量分别为21.56%、78.44%,地径的分别为61.39%、38.61%。2年根1年秆苗木的生长表现与其一致。杨树对锈病、溃疡病、天牛的抗性均受多基因控制。子代的锈病抗性与亲本关系显著,溃疡病和天牛抗性与亲本无显著相关性。以现有的主栽杨树品种的生长为标准进行苗期选择后,杂交子代可获得显著的超亲优势和遗传增益,部...
关键词：
杨树 杂交育种 配合力 遗传力 遗传增益
[期刊] 林业科学
[作者]
李际红 刘国兴 张友鹏 庞金宣
窄冠黑杨Ⅰ号,Ⅱ号是以美洲黑杨与窄冠黑青杨为亲本,通过杂交获得的杨树新品种,雄株;速生,材积生长量与对照中林46相近;树冠窄,冠幅比一般宽冠杨树小1/2～1/3;易生根;有较强的耐盐碱能力,在土壤含盐量0.3%,pH8～8.5的中轻度盐碱农田中,生长良好;是优良的农林复合经营新品种,适合在我国华北、西北东部等地种植。
关键词：
杨树 良种 速生 窄冠
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王双毅 梁利群 常玉梅 孙博
为了探究瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii)极端盐碱环境下的适应机制,采用比较基因组学的研究方法,分别对来自内蒙古高盐碱湖泊达里湖(53.57mmol/L,pH9.6)和来自松花江流域的瓦氏雅罗鱼各5尾样本进行了基因组重测序,重点对两个种群全基因组水平的插入/缺失(insertion-deletion,InDels)位点进行了比较分析。测序共得到486.57 G高质量数据, 3243686532个clean reads,平均测序深度为51.34 X。序列比对后进行InDels调用共获得非冗余InDels位点983528个。种群比较分析获得差异InDels位点8176个,整合差异InDels和两个种群基因组强选择信号区域,共获得与盐碱适应相关的InDels位点325个,关联候选基因176个。富集分析显示,176个候选基因主要在离子转运、酸碱平衡和炎症免疫反应等生物学过程发挥重要作用。利用EasyCodeML、MEME和FEL3种模型,对离子转运和酸碱平衡等盐碱适应关键调控过程的候选基因abcc1、atp2b1、slc4a4、slc7a2和aqp4进行了进化分析和选择压力检测,结果显示净化选择均对候选基因起主导作用,但abcc1、atp2b1、slc4a4和slc7a2的受选择位点表现出不同程度的正向选择,并且部分位点处于关键功能结构域中。蛋白三维结构分析显示, SLC4A4和SLC7A2两个蛋白的少数位点与配体结合位点重合或非常接近,推测盐碱胁迫环境介导的正向选择压力驱动了对这些位点的选择。本研究可为瓦氏雅罗鱼盐碱适应候选基因的深入挖掘及育种新型分子标记的开发提供参考和依据。
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
胡明昊 王勇杰 徐先涛 田昌海 华娟 谭玉珊 罗威
[目的/意义]技术树是用来表示某一领域中产品组成、技术功能之间上下位关系的树状图，广泛用于技术规划、技术决策等过程中。在大数据时代，基于海量科技信息资源进行技术树构建具有重要意义。[方法/过程]提出一种大规模深度技术树构建方法。该方法以人机协同、多轮迭代的思路为牵引，实现基于主体—动作—客体结构（SAO）的特定领域产品组件上下位关系挖掘与技术树构建。[结果/结论]在“图形处理器”技术领域上开展的大规模深度技术树构建实验结果验证了该方法的有效性。
[期刊] 情报学报
[作者]
邹涛 黄源 张福炎
基于 Ｉｎｔｅｒｎｅｔ 的信息挖掘是数据挖掘和数据仓库技术中的重要组成部分，也是网络信息处理领域中的一项新课题。本文介绍了网络信息挖掘的概念，并给出了在 Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ 上针对文本信息进行信息挖掘的算法和步骤。
[期刊] 华东经济管理
[作者]
焦誉 傅为忠
文章将数据挖掘中孤立点挖掘的方法应用到CRM上,以便发现那些例外行为的异常客户,为企业的决策者针对不同客户群体提供相应的营销策略。
关键词：
客户关系管理 数据挖掘 孤立点检测
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
孟凡会 王玉亮 汪卫霞
[目的/意义] 在用户痛点信息破碎化的背景下，及时准确了解客户对特定产品和服务的要求和体验诉求，把握用户对产品和服务主要关注度和问题所在，对企业克服产品和服务缺陷，改善用户产品体验，满足用户客观需求具有重要的现实意义。[方法/过程] 利用条件随机场CRF序列标注和GloVe词向量编码，注意力机制和VGG-19构建基于文本、图像及双特征融合的用户痛点提取和分析模型，建立用户痛点量化与计算，实现基于注意力机制的在线用户痛点信息挖掘。[结果/结论] 对OPPO Find X5 Pro手机在线评论用户痛点信息进行挖掘，该模型有效提取了文本、语音和图像中的用户情感特征，建立了用户情感词三个类别的分类和量化，得到用户痛点计算得分，构建了OPPO Find X5 Pro手机用户痛点五个等级划分。该模型计算准确度比现有典型模型平均高13.49%。
[期刊] 华北农学报
[作者]
梅艳芳 刘瑞莉 韩明轩 张文琦 陈振鹏 王秀源 苗秀萍 肖超柱 张任政 董雅娟 柏学进
旨在通过对布莱凯特黑牛大小睾丸转录组数据进行分析，挖掘影响睾丸生殖功能的关键候选基因，探究睾丸大小对牛生殖功能维持的分子机制。采集12月龄布莱凯特黑牛睾丸，根据质量、长径和短径将其分为2组(大小睾丸组各3头)进行高通量转录组测序；以|log_2(Fold Change)|≥1且P-value≤0.01为阈值筛选差异基因，对差异基因进行GO和KEGG功能富集分析，筛选出影响睾丸生殖功能的关键基因；对其进行CDS区克隆测序，并运用qRT-PCR、Western Blot、免疫组化等方法进行进一步研究。结果显示，差异表达基因共353个，其中114个基因在小睾丸中表达上调，239个基因表达下调。GO功能注释表明，差异基因参与代谢、发育、生殖等过程；KEGG富集分析显示，差异基因主要富集在Wnt信号传导、PI3K-Akt信号通路等与睾丸生殖功能相关的途径。最终筛选出睾丸生殖功能基因CCN4进行进一步研究。qRT-PCR和Western Blot结果显示，CCN4基因和蛋白在大睾丸中表达量显著低于小睾丸。免疫组化结果显示，CCN4蛋白主要在精细胞外的区域(特别是支持细胞)中表达，且大睾丸中的相对表达量显著低于小睾丸，推测其高表达会抑制支持细胞发育，从而影响睾丸生殖功能。综上，研究结果可为深入开展牛睾丸大小对生殖功能影响的分子机制研究提供基础资料。
关键词：
牛 大小睾丸 转录组 差异基因 CCN4
[期刊] 图书馆杂志
[作者]
张文华
数字图书馆改变了传统图书馆的服务模式,同时也积累了大量的读者信息,为个性化服务提供了数据基础。本文重点研究了聚类分析技术及其在图书馆中的应用,利用两步聚类模型实现了对读者的聚类分析。
关键词：
数字化图书馆 数据挖掘技术 读者行为特征
[期刊] 统计与决策
[作者]
陈文锋
文章提出了一种处理噪音数据的算法。最后应用MATLAB软件和SAS软件建立模型,实验结果表明该算法能够很成功地建立模型拟合这种问题。
关键词：
数据挖掘 信息 模型 统计
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