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[期刊] 林业科学研究
[作者]
莫文娟 李少锋 邱乾栋 孙长忠 汤志敏 乔杰 杜红岩 傅建敏
【目的】通过测序法分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐在叶绿体rps16序列上的遗传差异,旨在分析三者之间在叶绿体基因上的变化特点和规律,探讨其种间的遗传关系。【方法】选取兰考泡桐、白花泡桐和毛泡桐各15个样本,对其提取的DNA用pCr扩增获得特异片段,并将其纯化与测序。利用软件ClustAl X 2.0对所得序列进行排序;运行MEGA 4软件,进行多序列比对,分析其序列特征,并计算出K2p遗传距离。【结果】(1)对获得的rps16序列进行测定分析,得兰考泡桐序列长度分别为932 933 bp;白花泡桐序列长度为932 bp;毛泡桐序列长度分别为916918 bp。对所得rps16序列进行排序后的长...
关键词:
兰考泡桐 白花泡桐 毛泡桐 rps16
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
赵阳 冯延芝 杨超伟 王保平 乔杰 殷世雨 周海江 李芳东
【目的】基于全基因组重测序技术(WGRS)开发的SNP标记,对泡桐属的种间亲缘关系和群体遗传结构进行解析,为揭示泡桐属植物的系统发育关系及进行分类提供理论依据。【方法】对泡桐属11个桐种的典型株进行全基因组重测序,评估数据质量;以白花泡桐基因组为参考,获得高质量SNP位点,并进一步通过VCF2Dis、MEGA11和fast STRUCTURE等软件对其进行主成分分析(PCA)、系统发育分析和群体遗传结构分析;采用cluster Profiler包对基因进行富集分析。【结果】通过WGRS技术对泡桐属11个桐种的典型株进行测序,11份材料比对至白花泡桐参考基因组的平均比对率为81.87%,通过有效过滤筛选后获得7 492 966个SNP位点。基于这些SNP位点估算材料间的遗传距离,种间的遗传距离为0.15~0.59,毛泡桐与白花泡桐的遗传距离最大为0.59,宜昌泡桐与山明泡桐,鄂川泡桐与山明泡桐的遗传距离最小,均为0.15。PCA、系统发育树和遗传结构分析结果均将泡桐属划分为3个类群,类群Ⅰ为毛泡桐;类群Ⅱ包括川泡桐和台湾泡桐;类群Ⅲ包括白花泡桐、楸叶泡桐、山明泡桐、鄂川泡桐、宜昌泡桐、华东泡桐、建始泡桐和兰考泡桐。高突变率基因被富集到细胞壁代谢、花粉代谢、次生代谢物代谢和形态建成相关的生物学过程。【结论】利用WGRS技术挖掘覆盖全基因组的SNP标记可以有效地对泡桐属植物的亲缘关系及遗传结构进行解析,为泡桐属种质资源的系统分类和高效利用奠定基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
邓敏捷 董焱鹏 赵振利 张晓申 范国强
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王玲 叶冬梅 包文泉 白玉娥 吴晓萌 孙昊田
基于cpDNA分子标记对白杄天然分布区(内蒙古自治区、山西省和河北省)内的9个群体进行遗传多样性及亲缘关系研究.结果表明:正蓝旗群体的遗传多样性最高,小五台山群体的遗传多样性最低;白杄9个群体的Fst为1.033%,Nm为6.172 6;白杄群体的遗传变异主要存在于群体内部,群体间存在广泛的基因交流且不易受环境影响.多伦群体的多态位点数(S)最多,对环境变化的适应能力更强;机械林场群体的单倍型个数(H)和单倍型多样性(Hd)最丰富,遗传多样性高于其他群体;大石洞群体与正蓝旗群体的遗传距离(D)最小(D=0.000 8),机械林场群体与小五台山群体的遗传距离(D)最大(D=0.016 0);根据群体遗传距离进行聚类,在0.365 24~0.397 88取值时分为3类,河北的机械林场群体自为一类,内蒙古的九峰山群体与山西的小五台山群体聚为一类,其他6个群体聚为一类.
关键词:
白杄 cpDNA 聚类分析 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
孙芳芳 聂迎彬 马松梅 魏博 吉万全
【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性检验的模拟值都集中在0.65和0.90左右,表明梭梭和白梭梭的生态位分化不明显。【结论】基于ITS和cpDNA序列组合,梭梭和白梭梭物种间的遗传分化明显,分子系统关系清楚; ITS和cpDNA序列组合都可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列;梭梭和白梭梭的生态位分化不明显,说明生态因素很可能对2种植物的分化与进化没有起到明显的作用,2种植物很可能也具有相近的进化历史。本研究的结论可以为梭梭和白梭梭的系统发育、遗传和进化研究提供重要的理论依据和数据支撑。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张玉梅 徐刚标 谷振军 安静
实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng DNA,10×Buffer,2.5 mmol MgCl2,0.4 mmol dNTPs,0.2μmolpri mer1,0.2μmol pri mer2,1.25 U Pfu DNA Polymerase。适宜的PCR反应程序为94℃5 min,94℃1 min,退火时间45 s,退火温度和72℃延伸时间依不同的引物和产物而不同,35个循...
关键词:
珙桐 cpDNA 非编码序列 引物筛选
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘振 赵洋 杨培迪 成杨 刘本英 李游勇 杨阳
【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(44
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
傅建敏 索玉静 张嘉嘉 谭晓风
基于柿属植物Diospyros spp.叶绿体全基因组测序结果,开发cpDNA分子标记,并利用16份柿属材料对其在种间及柿种内的可行性进行验证。结果表明:4个cpDNA标记在16份柿属植物中分别检测到31、27、7、25个变异位点,简约信息位点分别为14、5、2、13个。分别对4个标记进行聚类分析表明:CP1标记可以将11份柿品种与5个柿的近缘种完全分离,且柿与油柿距离最近,表明该标记适用于柿属植物种间资源鉴定和遗传变异分析,但不适用于柿种内;CP2、CP3、CP4标记均不能将柿品种与柿近缘种完全区分,但
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨宗英 汪登强 陈大庆 段辛斌 刘绍平
分析了长江中游监利四大家鱼原种场、石首四大家鱼原种场、长沙四大家鱼原种场、监利江段野生青鱼(Mylopharyngodon piceus)、鄱阳湖野生青鱼5个群体共160尾青鱼的mt DNA控制区982 bp片段的变异。结果显示:该片段的变异位点有80个,其中64个为简约信息位点,16个为单一突变位点。160个样本中共检测出57个单倍型,单倍型多样性指数为0.950,平均核苷酸多样性指数为0.012 42。AMOVA分析显示:群体间变异率为3.30%,群体内的变异率为96.70%,变异主要来自于群体内;遗传变异系数FST=0.032 92,显示青鱼群体间没有显著的遗传分化。中性检验Tajima...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑将臣 万全 程起群 赵金良
用PCR和测序的方法,获得13种龟鳖类的线粒体16SrRNA基因片段序列,结合NCBI收录的47种龟鳖的线粒体16SrRNA基因序列,分析龟鳖类的遗传分化和系统发生。结果表明,对60条序列进行比对后得到480 bp的一致序列,其中,可变位点229个,总变异率为47.7%;简约信息位点186个,插入/缺失80个。腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)4种碱基的平均含量分别为33.6%、24.3%、18.5%、23.7%,转换与颠换比为1.95。7种闭壳龟种间的遗传距离为0.004~0.063,平均为0.03;潮龟科17个属间的遗传距离为0.053~0.120,平均为0.091;...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
何长青 王红霞 付甜 黄芳芳 闫丽君 徐刚标
利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR最适反应体系(20μL),为:50 ng模板DNA、1×PCR buffer、0.2μmol·L-1引物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1 U Taq DNA聚合酶;筛选出了适合观光木分子谱系地理学研究的非编码区序列引物,为rpl32-trnL、psbJ-petA、3′rps16-5′trnK、atpI-atpH、petL-psbE。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
吕振明 李焕 吴常文 樊甄姣 张建设
采用线粒体基因测序技术,对中国沿海7个短蛸(Octopus ocellatus)群体的遗传结构和变异进行分析,以探讨种群扩散潜力对遗传结构的影响。共测定了100个短蛸样本的485 bp的16S rDNA序列,经UPGMA聚类分析表明,中国沿海的短蛸群体存在着明显的种群结构。7个群体明显地分化为两大类群:一个类群由北方沿海的大连、烟台、青岛、连云港群体组成,另一个类群由南方沿海的上海、舟山和广东群体组成;两类群间存在14个固定核苷酸碱基的替换。两类群间的遗传分化系数FST和基因流Nm分别达0.878和0.069,并达到显著分化水平(P<0.05)。AMOVA检验表明,两类群间的差异有87.76%...
关键词:
短蛸 16SrDNA 种群遗传结构
[期刊] 淡水渔业
[作者]
陆俊杰 何旭盟 李志力 张宵 胡文静 孙佳敏 刘其根
利用形态学测量方法和D-loop序列分析了解从江田鱼与都柳江野生鲤的形态和遗传差异分析。结果显示,体长/体宽特征存在极显著差异,野生鲤独有17个单倍型,其核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)较从江田鱼更高。野生鲤与从江田鱼的Fst值达到了0.15以上有较高的遗传分化。单倍型网络图显示,从江田鱼和野生鲤存在明显的遗传分化。分子方差(AMOVA)分析表明,从江田鱼群体的主要的遗传变异来自于群体内部个体间(80.66%)。基因流分析表明从江田鱼群体间基因交流水平不高但与野生鲤基因交流较频繁。研究表明,从江田鱼可能来源于野生鲤,其地理分布相对独立且有特定养殖模式,但受到自然和人工选择,其种群遗传多样性降低,种质资源存在退化风险需要保护。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
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