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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王菊萍 王莹 霍艳英 郭蔼光 徐勤枝 张开泰
为了探讨小干涉RNA(siRNA)对靶基因Smad7mRNA表达的阻断作用,采用体外转录方法制备Smad7基因的小干涉RNAs(siRNAs),用脂质体介导瞬时转染BERP35T 2肺癌细胞系,并采用Northernblot杂交检测靶基因mRNA的表达丰度。结果表明,根据Smad7编码区序列在体外成功地制备了针对2个不同靶序列的siRNAs;Northernblot杂交显示,在转染siRNA的BERP35T 2细胞中,不管是内源性的还是外源性的,Smad7mRNA的表达丰度均明显下降。说明Smad7基因编码区中542563bp及701722bp2个区域均是siRNA作用的有效靶序列,本研究设...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张剑峰 张鹤龄 于嘉林 迟胜起 贺秀芳 郝文胜 杨静华
根据锤头状核酶的作用模式,设计、合成并克隆了特异性切割马铃薯卷叶病毒(Potato leaf roll virus,PLRV)中国分离株(PLRV-Ch)复制酶基因负链RNA的二价核酶序列。将该核酶基因克隆到pGEM-4Z中,构建成体外转录载体pGEM-4ZDR;同时将包含核酶切割识别位点的PLRV-Ch复制酶基因cDNA近5'端的874 bp片段反向插入到pGEM-4Z中,构建了体外转录载体pGEM-4ZR5。以线性化的重组质粒pGEM-4ZDR和pGEM-4ZR5为模板,在T7 RNA聚合酶的作用下,分别转录获得核酶RNA和PLRV-Ch复制酶基因5'端负链RNA底物片段。将以上2种RNA...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁日深 王超 邹青 周爱国 邹记兴
测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicu...
关键词：
金线鱼属 系统发育 S7核糖体蛋白基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王菊萍 郭蔼光 张开泰
RNA干涉(RNA interference,RNA1)是由双链RNA导入而引起的转录后基因沉默,它可以作为一种有力的工具在多种有机体中抑制特异性基因的表达。文章简要介绍了RNA干涉的发现史、作用机制、特点及该项技术的用途。RNA1的作用机制可以分为起始阶段和效应阶段。双链RNA被Dicer消化成siRNAs(small interfermg RNAs),进一步形成RNA诱导沉默复合物(RNA-mduced silencmg complex,or RISC),在siRNAs的引导下切割靶mRNA。RNAi技术在疾病的基因治疗、功能基因组学及细胞信号通路分析等力面具有广阔的应用前景。
关键词：
RNA干涉 转录后基因沉默 生化机制
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王明志 田文儒 姜同泉 任登良 田中杰 屈平平 曹荣峰
【目的】应用RNA干扰技术沉默小鼠胚胎成纤维细胞(Mouse embryonic fibroblast,MEF)中诱导型热休克蛋白70(Hsp72)基因的表达,从而筛选出对Hsp72基因具有确实干扰作用的siRNA。【方法】设计并合成4对特异性针对Hsp72基因的siRNA,借助LipofectamineTM2000瞬时转染MEF,41℃热应激处理后,采用RT-PCR和Western blot检测Hsp70 mRNA和Hsp70蛋白表达量。【结果】在热应激组中,siRNA1、siRNA2两组及阳性、阴性和空白3个对照组的Hsp70 mRNA和Hsp70蛋白表达量均极显著高于常温对照组(P<0....
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高永峰 刘继恺 范晶 彭奕 黄科 张敦房 刘永胜
【目的】穗发芽是种子在收获前遇到阴雨潮湿环境时,在田间母体植株上发芽的现象,是水稻生产中的一个重要限制因素。水稻穗发芽的表现性状和玉米种子特异的viviparous1(vp1)突变体表型非常相似。VP1是种子成熟和休眠所必须的脱落酸信号转导途径中的重要转录因子,因此利用转基因技术研究水稻同源基因OsVP1的生物学功能对有效控制杂交水稻穗发芽的发生和危害具有重要意义。【方法】将水稻OsVP1片段导入到植物表达载体pHB,构建OsVP1的RNA干涉植物表达载体pHB-OsVP1RNAi;通过根癌农杆菌介导转入水稻品种日本晴,并获得阳性植株。【结果】半定量RT-PCR分析显示,转基因植株胚中的OsV...
关键词：
OsVP1 RNA干涉 农杆菌 水稻
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵明 宋炜 马春艳 张凤英 蒋科技 宋志明 马凌波
利用线粒体CO I序列为遗传标记分析了棘头梅童鱼(Collichthys lucidus Richardson)7个地理群体(江苏连云港、江苏大丰、上海崇明、浙江舟山、浙江温州、福建宁德和福建厦门)的遗传结构特征。在7个群体209个样本的线粒体CO I序列中共检测到44种单倍型。7个群体单倍型多样性为(0.416±0.112)~(0.720±0.076),核苷酸多样性为(0.001 10±0.000 35)~(0.004 44±0.001 64)。两个组群的AMOVA分析显示,南北两个组群分析组群间的变异为40.10%(P0.05),群体内为60...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈仕江 鲁增辉 廖玉凤 黄戈 殷幼平
以我国重要的中药资源芫菁科7种斑蝥为研究对象,分析线粒体COI基因序列,探讨COI基因作为DNA条形码在鉴定药用斑蝥基源方面的可行性。采用MEGA 5.0软件分析了不同种之间的碱基组成、遗传距离,利用邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)分别构建了系统发育树。结果显示,PCR扩增获得长约700 bp,GC含量为37.8%~41.4%的COI基因片段。7种斑蝥种间遗传距离较大,介于0.10~0.23之间。系统进化树显示,不同属各自聚为一支,同属不同物种的个体也形成各自独立的分支,基于COI基因的DNA条形码在识别芫菁物种方面和形态学一致。本研究表明以COI基因作为芫菁DNA条形码进行物种鉴定具有...
关键词：
斑蝥 COI DNA条形码
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
操胜 杨增岐
以A型流感病毒NP基因为靶标,设计并合成了3对编码发夹状siRNA寡聚核苷酸。将合成的序列互补的寡聚核苷酸退火形成双链,克隆至pSilencer 1.0-U6载体中,并转化DH5a菌株,氨苄抗性筛选阳性菌落,扩大培养后,提取质粒进行酶切鉴定,并进行测序分析。结果显示,酶切后得到预期长度的DNA片段;插入序列插入的位置与设计完全一致,无碱基缺失或突变。表明A型流感病毒NP基因小干涉RNA表达载体构建成功。
关键词：
RNA干扰 流感病毒 NP基因
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋菁菁 李英文 陈大庆 刘绍平 段辛斌 李小芳 范振华 汪登强
补体系统经活化形成末端补体复合物,C7是将此复合物与目的细胞的细胞膜结合的重要分子。本研究从已有的cDNA文库中克隆鲢(Hypophthalmichthys molitrix)补体C7的cDNA,其全长2 625 bp,编码821个氨基酸。同源性分析表明,鲢补体C7与草鲤鱼的氨基酸序列相同率最高(为93%)。与已报道的硬骨鱼类补体C7相同,鲢补体C7具有一些保守的结构,如TSP1、LDLRa、MACPF、EGF、TSP1、CCP。对12尾鲢补体C7进行遗传多样性分析发现有6个突变位点,其中5个是同义突变,另外一个是非同义突变,确定6个等位基因。在鲢正常组织和嗜水气单胞菌感染的免疫器官组织中,对...
关键词：
鲢 C7 遗传多样性 克隆 表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 孙海波 郝志愚
为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析。进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近。相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53%。MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21%。126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72%。对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0%及以上。初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张素芳 张磊 赵佳丽 张莉 张含国
ｍｉＲＮＡ是近年来新发现的一种比较特殊的具有高度保守的小ＲＮＡ，其在基因调控网络中扮演着重要的角色。本文借助ｉｌｌｕｍｉＡ测序平台，经过ＳｏｌｅｘＡ测序分析，对长白落叶松的ｍｉＲＮＡ进行了分析，最终筛选出了１５ ２９４ ７９７条ｃｌｅＡＮ ＲｅＡｄＳ。比对结果显示，除去核糖体ＲＮＡ（ＲＲＮＡ）２ ９９１ ９７２条、转运ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）６５ ２６４条、核内小ＲＮＡ（ＳＮＲＮＡ）１ ６７０条、核仁小ＲＮＡ（ＳＮｏＲＮＡ）４６７条等ＮｃＲＮＡ以及重复序列６ ４２１条，共获得未获得注释的ｍｉＲＮＡ１２ ２２９ ００３条，占总注释小ＲＮＡ的７９．９６％。利用ｍｉＲｄｅｅｐ２对未注释的小ＲＮＡ进行ｍｉＲ．．．
关键词：
小RNA 长白落叶松 miRNA 靶基因
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘德林 李大伟 于嘉林 韩成贵
以来自于我国内蒙古、黑龙江和宁夏的3个甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)分离物为材料,采用反转录-PCR方法扩增不同RNA组分的基因片段,经cDNA克隆和序列测定后,与国外报道的BNYVV不同株系和来自于我国不同地区的BNYVV分离物之间进行比较分析。结果表明,BNYVV内蒙呼和浩特分离物(HU)RNA2中的 42 kD至 3’端蛋白编码区长度为 2 435个核苷酸(nt),与法国 F2分离物、德国 G1分离物、日本S分离物的一致性分别为97.7%,94.9%,96.2%;而黑龙江(HEI)、宁夏(NIN)和内蒙包头分离物(BAO)RNA3的 25 kD蛋白编码区则与以往报道的内蒙呼和浩特分离物(...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 马凌波 沈盎绿 徐兆礼 张永 赵云龙
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江三门野生日本蟳20个个体的mtDNA 16SrRNA基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到495 bp的核苷酸序列片段。测序结果经比对校正后,获得三群体16SrRNA基因一致序列,片断长为495 bp,其中变异位点15个,简约位点11个,总变异为3.03%。在测得的495 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.2%、17.9%、35.3%和11.6%,其A+T含量(70.5%)远高于G+C含量(29.5%)。在20个个体中共检测到7个单倍型,单倍型多样性为0.642,核苷酸多样性为0.448%。根据Kimura遗传距离的计算结...
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