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文献计量分析
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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
唐惠燕 倪峰 李小涛 陈蓉蓉 袁曦临 朱艳 周济 丁艳锋
[目的]文献计量方法可以用于反映和预测科学技术发展的历史和趋势。本文基于科学大数据的计量方法探讨植物表型组学的研究现状,为植物表型组学的发展提供参考。[方法]基于Scopus数据库,分析2013年—2018年9月数据库中植物表型组学及其相关学术产出的文献数量、引用次数、合作单位、研究方向、学术机构和科研团队等信息,利用Sci Val和Cite Space 5.0等统计分析工具,运用可视化数据方法,分析植物表型组学研究领域的发展特点和趋势。[结果]基于Scopus共检索到与植物表型组学研究和应用相关的文献共20 953篇,总被引数217 105,TOP1%高被引论文为2.0%。相关学术产出总被引量TOP10的国家是美国、中国、德国、英国、法国、日本、澳大利亚、西班牙、加拿大和荷兰。相关论文被引总量TOP10的机构分别是中国科学院、法国国家农业研究院、美国农业部、法国国家科学研究院、中国农业科学院、美国康奈尔大学、西班牙高等科学研究委员会、美国加州大学戴维斯分校、法国巴黎萨克莱大学、荷兰瓦赫宁根大学。学术产出最多的学者是德国克斯·普朗克分子植物生理研究所的Alisdair Robert Fernie,共发表58篇植物细胞表型论文,被引1 246次。目前植物表型组学研究的植物种类较少,主要包括拟南芥、水稻、小麦、玉米、番茄和大豆。[结论]作为一个新兴的研究方向,植物表型组学体现出作物栽培、育种、生物学与计算机科学等多学科交叉发展的特性。高通量图像及相关数据分析是现阶段植物表型组学的重要研究方向,主题显著度指数达到98.8%,受关注度极高。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周济 Francois Tardieu Tony Pridmore John Doonan Daniel Reynolds Neil Hall Simon Griffiths 程涛 朱艳 王秀娥 姜东 丁艳锋
随着遥感、机器人技术、计算机视觉和人工智能的发展,植物表型组学研究已经步入了快速成长阶段。本文首先介绍了植物表型组学的发展简史,包括其理论核心、研究方法、在生物研究中的应用以及国际上最新的研究动向。然后,针对各类表型技术载体平台如手持、人载、车载、田间实时监控、大型室内外自动化平台和航空机载等,分析这些技术手段在室内、外植物研究中的应用情况和实际问题。为了对表型研究中产生的巨量图像和传感器数据进行量化分析,把大数据转化为有实际意义的性状信息和生物学知识,本文着重讨论了后期表型数据解析和相应的研发过程。最后,提出表型组学的应用前景与未来展望,以期为中国的表型研究提供指导和建议。
[期刊] 林业科学
[作者]
胡启鹏 郭志华 李春燕 马履一
表型可塑性是植物与环境相互作用而表现出的一种适应能力,表现为积极的响应和消极的响应。可塑性不仅可以作为性状遗传,也可接受进化,但适应进化的前提条件是遗传变异和自然选择,同时受可塑性代价和限制条件所局限,这些问题可通过先进的生物手段逐渐找到答案,并得到解决。其次,植物可塑性响应还受到非生物因子的影响,如光照(耐荫性)、营养、水分以及温度等,特别在全球大气变化的影响下,植物的可塑性响应能否反映这种变化值得去关注。同时,国内的表型可塑性研究还需要进一步深入,特别是在大区域尺度上,更多的评价工作需要完善。
关键词：
表型可塑性 植物性状 非生物因子
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
刘秋林 钟月仙 万伟峰 田甜 林授楷 黄健 薛李春 艾玉芳 柯玉琴 何华勤
首先阐述了植物细胞蛋白质磷酸化的作用机制,并从植物磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术、植物磷酸化蛋白质数据库及植物蛋白质磷酸化位点的预测工具,对植物磷酸化蛋白质组的研究进展进行综述.最后分析了植物磷酸化蛋白质组研究中亟需关注的3个问题,即磷酸化蛋白质的分离与鉴定技术的提升、位点预测工具的完善及蛋白质功能的分析.
关键词：
植物 磷酸化蛋白质组学 进展
[期刊] 林业科学
[作者]
江泽慧
概述竹类植物基因组学研究进展,包括RAPD,RFLP,AFLP,ISSR等分子标记的开发与应用,开花、细胞壁生物合成、光合作用、抗逆等相关的重要功能基因研究,基因组测序与比较基因组学等;在分析和综述的基础上,提出竹类植物分子生物学研究基础薄弱、功能基因鉴定困难等不足,并明确遗传转化体系的建立、比较基因组学与功能基因组学研究、分子标记辅助育种是今后竹类植物基因组学研究的重点。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
朱利利 吴疆翀 彭兴民 郑益兴 张燕平
［目的］结合分子数据确定印楝属内３个种及云南省引种栽培过程中发现的变异类型，特别是变异类型的遗传背景及它们之间的遗传关系。［方法］采用方差分析、聚类、主成分分析等方法，对云南省引种栽培的印楝、泰楝、菲楝以及引种栽培过程中发现的一个变异类型的２０个表型性状进行分析。［结果］印楝属植物的形态学特征存在广泛变异，其中，小叶面积变异幅度最大，变异范围为６．０９ ２１．５０ ｃｍ２，变异系数为５１．７０％，其次为种子宽与小叶对数，二者变异幅度分别为０．４７ ０．９５ ｃｍ和７．００ １２．３３，变异系数分别为３０．３４％和３０．３１％；主成分分析显示，印楝属植物的形态变异主要来源于小叶基部偏斜程度、小叶．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李嘉琦 逄洪波 解元坤 李玥莹 陈强
综述了全基因组关联分析(GWAS)的发展背景、影响因素和针对不同分析对象所使用的分析方法,以及GWAS的存在意义及面对的问题,以期能帮助了解GWAS分析方法在自然群体中的应用,为基于自然群体的GWAS分析提供依据.
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴雪霞 陈建林 查丁石 朱为民
阐述了一氧化氮(NO)的产生途径(即一氧化氮合酶途径、硝酸还原酶途径和非酶促途径),NO在植物生长发育、植物抗逆反应中的作用以及NO的信号转导途径和NO与其他信号分子的协同作用,并对以后的研究做了一些展望。
[期刊] 草业科学
[作者]
李进 陈仕勇 李世丹 陈有军 周青平
为了解国内外披碱草属(Elymus)植物研究状况与前沿动态,客观反映不同国家、研究机构、作者以及期刊在该研究领域的影响力,利用软件VOSviewer和CiteSpace对CNKI和Web of Science (WOS)数据库中1980–2020年有关披碱草属植物研究相关文献进行统计与分析。结果表明:披碱草属植物的发文量增长呈初期缓慢、中期迅速、后期平稳的趋势;我国在国际合作中贡献最大,且发文量占WOS数据库中56.6%,表明我国在披碱草属植物领域的研究具有较高的影响力。WOS数据库中发文量和总被引次数最高的机构均为兰州大学,平均被引次数最高的机构为美国农业部。国内机构的发文量、总被引次数、平均被引次数最高的依次为内蒙古农业大学、兰州大学和中国科学院。研究前沿趋势分析和引文分析的关键词突发性检测发现"Species richness"、"青藏高原"和"植被恢复"等关键词的研究是其近年来的研究热点,围绕生态建设及相关研究将是披碱草属植物研究的重点方向。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴永升 邵俊明 周瑞阳 黄开健
全基因组选择是新近开始在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种分析方法。它以连锁不平衡为基础,利用BLUP(best linear unbiased prediction)分析方法准确估计某一群体每一遗传标记的育种值,从而只利用这些预测的育种值来进行选择。文章综述了全基因组选择的原理、方法以及全基因组选择在植物育种方面的研究进展,探讨各种因素对全基因组选择的影响,并讨论了全基因组选择在植物数量性状分子育种研究中可能的应用。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王杰 贺文闯 向坤莉 武志强 顾翠花
系统发育研究是进化生物中的基本问题，也是其他众多生物学分支学科的基础问题，其核心在于研究不同生物类群间的亲缘关系与进化命运。利用分子数据研究生物之间的进化关系是系统发育研究的重要手段。随着测序技术的提升和测序成本的持续下降，系统发育研究由早期基于单基因或联合少数片段逐步发展到现阶段利用大规模基因组数据对个体、群体、物种以及更高水平的进化关系进行探讨。讨论了目前植物体内的3套基因组(叶绿体基因组、线粒体基因组与核基因组)在系统发育研究中的代表性成果，总结了植物不同基因组的特征及其在系统发育研究中的优势与局限，探讨了系统发育树构建的主要方法，并对未来研究进行了展望。目前，植物体内的3套基因组适用于不同阶元和类群的系统发育研究，不同基因组之间的遗传特性差异使其在系统发育研究中具备不同的优势和应用：(1)叶绿体基因组结构相对简单，序列保守，不易重组，单亲遗传，是广泛应用于系统发育学和进化生物学等研究领域的理想分子数据资源；(2)植物线粒体基因组序列进化速率较慢，目前仅适用于早期植物和大尺度水平的系统发育研究；(3)核基因组为双亲遗传，可综合揭示双亲谱系及系统网状进化关系，在系统发育研究中具有巨大的应用潜力。不同建树方法适用于不同特征的数据集，在建树过程中应采用合理的方法避免长枝吸引和不完全谱系分选带来的影响。未来核基因组将成为系统发育研究的主流方向，其双亲遗传特性能够为物种形成过程中的杂交和基因组渗入等事件提供充分的见解。随着越来越多的类群系统位置被确定，物种形成和进化过程中的杂交、回交等双亲遗传，以及核质互作、多倍化、功能适应和趋同进化等问题将会成为系统发育研究的重点。表1参78
[期刊] 林业科学研究
[作者]
牟洪香 侯新村 刘巧哲
以文冠果为研究对象,调查了14个分布区文冠果的15个表型性状,利用变异系数和巢式方差分析研究了分布区间和分布区内的变异情况;应用相关分析揭示了表型性状间及其与地理因子间的关系;运用聚类分析进行了分布区分类。结果表明,文冠果分布区内的变异大于分布区间的变异,分布区间的分化相对较小;出种数随经度的增大而减少,果宽随纬度的增大而增大,但随年平均气温的增大而减小,而其它13个性状随地理位置的改变没有特别明显的变化;表型性状的欧式距离与地理距离相关不显著。
关键词：
文冠果 表型多样性 分布区分化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐进 冯洁
植物细菌性青枯病是由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum Yabuuchi et al.)引起的一种世界性重大病害。作为复合种,青枯菌在与寄主长期协同进化过程中,表现出广泛的生态和寄主适应性。Fengan和Prior提出青枯菌演化型分类框架,用以描述青枯菌种以下的遗传多样性。青枯菌种内表型特征差异的本质是其基因组较其它植物病原细菌更为复杂和更具可塑性。笔者对近期青枯菌遗传多样性和致病基因组学方面的研究进展进行了归纳和讨论。
关键词：
青枯菌 遗传多样性 演化型 致病基因组学
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李莉 赵米贤 王建华 刘三震 王国英 SCHNABLES.Patrick
为阐明植物蜡质合成/转运的分子机制及调控网络，依据PubMed, Web of Science和中国知网数据库，以“表皮蜡质”和“植物”的中英文为关键词，检索了1974—2022年发表的相关文献125篇，通过整理和归纳，分析以玉米为代表的植物蜡质代谢相关合成，转运及调控网络。结果表明：植物蜡质成分复杂，一般由超长链脂肪酸、烷烃、醛、醇、酮以及萜类和一些小分子次级代谢物组成。且不同植物及同一种植物不同器官蜡质含量及成分均不同。模式植物拟南芥中表皮蜡质合成、运输及调控机理研究相对清楚，植物蜡质前体物质超长链脂肪酸(very long chain fatty acids, VLCFAs)在脂肪酰-CoA延长酶等多酶体系催化下合成，包括β-酮脂酰-CoA合酶、β-酮脂酰-CoA还原酶、β-羟脂酰-CoA脱水酶和反式烯脂酰-CoA还原酶组成，合成后的VLCFAs通过脱羰基与酰基还原作用进入角质层蜡质合成途径，形成各种蜡质组分。单子叶植物蜡质合成及排列方式与双子叶植物有很多相似之处，也有一定差异，如，拟南芥中ABCG32编码的脂质转运蛋白参与莲座叶角质层蜡质的形成，而玉米GLOSSY13、大麦的HvABCG31和水稻的OsABCG31主要是在幼叶表皮蜡质转运过程起作用。目前，玉米中发现的蜡质突变体超过了30多个，相关基因还有待挖掘。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘祖祺 林定波
本文综述了植物抗寒研究在分子水平上的某些最新进展.在植物抗寒力发育过程中,其内源脱落酸(ABA)水平提高,基因表达改变,冷驯化诱导蛋白质产生,冷调节基因得到分离和克隆。讨论了冷驯化诱导蛋白、冷调节基因的可能功能;利用外源极地鱼类的抗冻蛋白基因进行遗传操作得到转基因植株,抗冻蛋白基因在西红柿等植物中表达以及植物抗寒基因工程的前景.
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