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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘闵豪 肖兴翠 张春花 何芝然 黄振 李佳蔓
【目的】揭示四川主要野生香椿种源群体的遗传多样性，为香椿种质资源的保护与育种提供理论基础。【方法】筛选多态性好的简单重复序列（SSR）分子标记，对16个香椿种源群体进行遗传多样性分析，计算遗传多样性指数，并通过遗传相似性进行聚类分析。【结果】筛选出8对SSR分子标记，共检测到69个等位基因位点，有效等位基因数23.764个；遗传分化指数显示群体分化率为0.296 0，基因流为0.594 6；分子方差分析显示群体间方差分量比为22%，群体内为9%，个体间为69%；遗传多样性指数显示香椿种源群体的平均Nei’s遗传多样性指数为0.339 6,Shannon信息指数为0.597 1;16个种源群体的遗传一致度为0.482 2～0.987 6，遗传距离为0.037 9～0.729 5，在遗传相似性阈值为0.82处将可参试的种源群体划分为6类，其中四川香椿种源群体可分为5类。【结论】四川主要香椿种源群体的群体遗传多样性极其丰富，群体间遗传分化较大，基因交流不频繁，主要变异存在于个体间，大部分种源群体间遗传一致度较高，遗传距离较小，种源群体的遗传距离与种源分布地实际距离具有明显的相关性。在后续的四川香椿育种工作及研究中，应重视群体内不同类型个体的保存，建立资源保护区，尽量涵盖全部的香椿种源类别，以选育适合不同生长地区的良种，为四川香椿资源的进一步推广奠定基础。
关键词：
香椿 群体 SSR 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
程建慧 廖荣俊 宋其岩 陈友吾 叶碧欢 柳娟 沈建军 李海波
【目的】科学保护和合理利用香椿天然遗传资源，揭示浙西南香椿天然群体的分子遗传背景。【方法】利用16个多态性SSR标记对浙西南5个香椿天然居群的156份香椿材料进行遗传多样性、遗传分化程度和遗传结构分析。【结果】1)156份香椿材料在16个SSR位点共检测出110个等位基因，每个位点的平均等位基因数(N_a)和平均有效等位基因数(N_e)分别为6.88和2.48，不同等位基因在香椿个体中呈不均匀分布；16个SSR位点的多态性信息含量(PIC)介于0.04～0.79，平均为0.45;2)16个SSR位点的Shannon’s信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)平均值分别为0.99和0.49；居群内近交系数(F_(is))和总近交系数(F_(it))平均值分别为-0.02和0.03，遗传分化系数(F_(st))平均值为0.05，仅5%的遗传变异来自不同居群间；基因流(N_m)平均值为4.82；分子方差(AMOVA)分析显示遗传分化的根本原因为总的个体内变异(95%)，极少为居群间变异(5%)，没有来自居群内的个体变异；3)遗传差异和UPGMA聚类分析表明5个居群的Nei’s基因遗传一致度为0.93。浙江开化和浙江常山居群的遗传差异最小，Nei’s基因遗传一致度为0.97；浙江龙游居群与其他4个居群的遗传差异较大；4)群体遗传结构分析表明156份香椿材料无最佳K值；根据ΔK值最大分为3个亚群，各居群材料在3个亚群中皆有一定数量分布。【结论】浙西南天然居群香椿资源在个体水平上的遗传多样性较为丰富；居群内近交程度很低，主要繁殖方式为杂交；香椿居群间的遗传分化程度很小，居群间存在频繁的基因交流，遗传变异主要发生在个体内；浙西南香椿不同居群间的遗传差异总体上较小；居群间未形成相对独立的遗传结构，绝大部分的香椿种质遗传背景比较单一，少量种质拥有复杂的遗传背景。
[期刊] 林业科学
[作者]
李培 阙青敏 欧阳昆唏 李俊成 湛欣 朱芹 张俊杰 邓小梅 陈晓阳
［目的］由于过度采伐和天然更新能力较差等原因，红椿天然林分和林木的数量日益减少。深入研究红椿不同种源的遗传多样性，揭示其群体结构分布，可为其种质资源保护和选择育种提供理论依据。［方法］利用相关序列多态性分子标记（ＳＲＡＰ）对来自中国的２９个种源及１个澳大利亚种源进行遗传多样性分析。各种源地选取母树３０株，株距５０ ｍ以上。澳大利亚种源取自华南农业大学红椿资源收集圃。利用ＰＯＰＧＥＮＥ１．３２，ＮＴＳＹＳＰｃ２．１，ＧＥＮ ＡＩＥｘ ６．５和ＳＴＲＵｃＴＲＵＥ ２．３进行遗传参数估计、聚类图构建、主坐标分析、地理隔离模式构建及遗传结构分析。［结果］２４对ＳＲＡＰ引物组合共扩增出５０５条多态性条带．．．
关键词：
红椿 SRAP标记 遗传多样性 遗传结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
唐铭霞 何卫 胡建军 王克秀 陈萍萍 牟文平 杨麟
简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用四川省现有及引进的马铃薯品系(种)42份,利用已发表的马铃薯SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从110对SSR引物中筛选出16对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,16对SSR引物共扩增出130个位点,其中多态性位点116,占总扩增位点的89.2%。利用NTSYS软件进行聚类分析,结果显示四川省栽培的马铃薯品种遗传多样性水平较低,品种间的遗传差异较小。
关键词：
马铃薯 SSR 遗传多样性 聚类分析
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
姚启伦 许江 许冬梅 陈秀娟
利用微卫星(SSR)标记技术对分别来自四川和重庆的各15个玉米地方品种群体进行了遗传多样性分析.42对SSR引物在供试玉米品种中分别检测到多态性位点数256和248个,其位点数平均分别为6.1和5.9个,平均多态信息量分别为0.76和0.73.根据遗传相似系数矩阵作出的树状图,分别将四川和重庆的品种群体划分成4类和3类,四川品种群体间的遗传相似系数低于重庆,表明了前者较高的遗传分化程度.群体内遗传多样性和遗传结构分析结果表明,四川玉米地方品种的遗传多样性高于重庆;四川和重庆玉米地方品种群体的遗传结构均偏离了Hardy-Weinberg平衡;品种群体的遗传变异均以群体内遗传变异为主.SSR分子标...
[期刊] 华北农学报
[作者]
白志元 张瑞军 武国平 连世超 杨玉花 卫保国
为明确山西已有杂交大豆主要亲本的遗传多样性和亲缘关系,利用64对SSR引物对32份杂交大豆亲本包括15份保持系与17份恢复系进行了遗传多样性分析。结果共检测到357个等位基因变异,单个位点检测到的等位基因数变化为2~12个,平均为5. 578个,其中,保持系检测到322个等位基因变异,变化为2~9个,平均为5. 031个,恢复系检测到320个等位基因变异,变化为2~12个,平均为5个;总的位点多态性信息含量(PIC)变辐为0. 368~0. 900,平均为0. 666,其中,保持系PIC变辐为0. 370~0. 868,平均为0. 661,恢复系PIC变辐为0. 329~0. 904,平均为0. 630。聚类分析结果表明,保持系间的遗传相似系数(GS)平均为0. 637,在相似系数为0. 61处,可将供试的保持系聚为两大类;其中,第Ⅱ类在相似系数为0. 65处又可分为3个亚类;恢复系间的遗传相似系数平均为0. 669,在相似系数为0. 65处,将供试的恢复系聚为两大类;聚类结果与品种地理来源具有一定的相关性。
关键词：
大豆 遗传多样性 SSR标记
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
安丹丹 代应贵 邹习俊
本研究采用AFLP分子标记技术，以筛选出的7对引物，对采自贵州乌江的30尾四川裂腹鱼(Schizothorax kolzovi)遗传结构和多样性进行了分析。结果显示，用7对引物获得的扩增片段数为5～73，扩增片段长度范围为69～500 bp，共计检出扩增位点856个。其中，多态位点796个，占扩增总位点数的92.99%。该种群含有30个基因型，其观测等位基因数(N_(a))、有效等位基因数(N_(e))、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.9336、1.3388、0.2122和0.3387。个体之间遗传距离为0.1691～0.5319，平均为0.3068。根据遗传距离，采用UPGMA法和NJ法得到了拓扑结构相似的30个个体的系统树，该系统树由2个分支组成。其中，个体1为一个分支，而其余29个个体聚为另一个分支。乌江四川裂腹鱼种群具有较丰富的遗传多样性。然而，受水电站建坝、河流污染和酷渔滥捕的影响，该种群分布区已缩小，种群数量减少，处于生态受威胁状态，需要开展对乌江四川裂腹鱼种群及种质资源的保护。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张德双 张娜 于拴仓 张凤兰 隋光磊 余阳俊 赵岫云 汪维红 苏同兵 卢桂香
芥蓝的研究多集中在分类、常规种资源遗传多样性等方面。随着芥蓝杂交种的问世,杂交种的优势越来越突出,市场效果明显,因此,对芥蓝自交系的遗传多样性等研究尤为重要。选取分布在甘蓝9条染色体上的55对SSR引物,从中筛选出多态性好、分布均匀的15条SSR引物对98份芥蓝自交系进行分析,共得到65个多态性带型。采用UPGMA方法构建了一张聚类图,在相似系数为0.71时,将98份芥蓝自交系初步分为1,2,3,4,5组。研究结果为芥蓝育种中的亲本选配、杂交种鉴定和资源保护等提供了依据。在试配芥蓝新组合时,应选择遗传距离较远的自交系作为重点材料,后代的杂种优势会更显著。
关键词：
芥蓝 SSR 多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
马彪 南丽丽 姚宇恒 夏静 汪堃 陈洁 何海鹏
探究苜蓿种质资源亲缘关系，为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。采用ISSR和SSR分子标记方法对30份苜蓿材料进行遗传多样性分析。12条ISSR标记引物共扩增出125条带，多态性条带117条，多态性条带比率(PPB)为93.01%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.465 9,0.281 3,0.431 4;12条SSR标记引物共扩增出152条带，多态性条带144条，多态性条带比率(PPB)为94.05%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.542 7,0.313 9,0.470 1。2种标记遗传相似系数及聚类分析表明，材料Zxy2010p-7900、Zxy2010p-7740可单独分为一类，与其他材料亲缘关系较远；清水紫花苜蓿、陇东紫花苜蓿、甘农4号杂花苜蓿可分为一类，其品种间遗传相似系数较大，亲缘关系较近。2种标记方法客观真实地检测出供试苜蓿种质的亲缘关系。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘警 李扬 刘金利 张馨方 白仲奎 于秋香
为研究核桃种质资源涩味的遗传多样性,以4个不同核桃涩味群体共118份种质资源为材料,利用SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性研究,并构建树状聚类图。结果表明:12对引物共检测到93个等位变异位点,变异范围为2～18,平均每对SSR引物可检测到7.75个等位位点;多态性信息量(PIC)为0.357 9～0.785 2,平均0.541 1。4个群体的多态位点数Np为91、多态位点百分率PPB为97.85%、观测等位基因数Na为1.978 5、有效等位基因数Ne为1.198 5、Shannon′s信息指数I为0.209 7、Nei′s多样性指数H为0.126 3、总遗传多样性指数Ht为0.126 7、群体内遗传多样性指数Hs为0.122 2,说明4个核桃群体的遗传多样性和变异度不高。群体间遗传分化系数Gst为0.035 5,说明群体内遗传变异占总变异的96.45%。其中稍涩群体多态性位点百分率最大,为72.04%,说明稍涩群体在4个群体中遗传多样性最丰富。UPGMA聚类分析表明,4个群体的遗传相似系数在0.989 8～0.997 1,群体的整体相似系数高,说明这4个群体的遗传距离很近。当相似系数为0.993 4时,可将4个群体分成2组。其中,第1组包括不涩、稍涩和较涩3个群体,剩余涩群体单独为一组。通过计算不同群体93个位点的基因频率,发现12对引物的41个位点可将不同涩味等级的资源区分开。利用SSR分子标记技术对4个核桃群体进行与涩味相关的遗传多样性分析,根据转录组测序结果筛选出12对引物用于SSR分析,共扩增出93个SSR位点,多态位点百分率为97.85%,说明引物的多态性高,适用于核桃的遗传多样性分析,为培育轻涩味的优良品种提供技术指导,可用于后续核桃涩味的遗传多样性及育种研究。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈少瑜 李江 陈伟 罗婷 陈绍安
【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况，为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增，产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】思茅松种质资源的遗传多样性较为丰富。18对SSR引物共检测到120个等位基因，平均每个位点的等位基因数为6.667个；种质资源的平均期望杂合度（H_(e)）为0.524；平均Shannon信息指数（I）为1.016；平均多态信息指数（PIC）为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数（F_(ST)）平均为0.091，即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%，分子方差分析（AMOVA）得到了同样的结果。各位点的基因流（N_(m)）平均为4.627（N_(m) > 1），较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群，基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将11个群体划分成3组，普洱市6个群体聚为一组；西双版纳州的2个群体、临沧市和保山市的各1个群体聚为一组；德宏州的1个群体单独为一组。【结论】思茅松种质资源具有丰富的遗传多样性，遗传变异主要来源于群体内，在进行思茅松的遗传改良时，应根据其遗传结构特征，重点选择多样性高的群体，也要特别关注对群体内优良单株的选择。
[期刊] 林业科学
[作者]
王玉山 邢世岩 唐海霞 冯殿齐
应用AFLP技术对17省市的18个侧柏种源进行遗传多样性分析。选用的8个引物共扩增出多态性带1613条,占92.91%;平均有效等位基因数1.1993,平均Nei's基因多样性指数0.1239,Shannon's信息指数0.1949,揭示侧柏具有丰富的遗传多样性,其中中部种源遗传多样性低于南、北部种源。AMOVA分析表明侧柏种源遗传分化大,74.86%的遗传变异主要存在种源内,11.12%存在区域间,14.02%存在于区域内种源间,其分布的间断性、地理隔离以及低水平基因流(Nm=1.4372)是导致其种源间分化的主要因素。应用Nei(1972)遗传距离进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨海健 周心智 谭平 张云贵 弓亚林 杨世勇 钟昭林
香橙是我国原产珍贵柑橘资源,具有很大的开发利用价值。为了进一步保护和利用该类资源,通过2种分子标记研究了9个香橙资源的多样性,并比较了这两种标记在分析植物多态性上的差异。结果显示:两标记均显示出9个香橙之间均存在不同程度的差异,其中,3号香橙和8号糖橙遗传距离最近,2号香橙和7号软枝香橙距离最远。分析显示,SRAP标记比SSR标记能够更容易、更快捷的获得大量的多态性分子标记,而如果这两种标记相结合,将能获得更全面的扩增信息和更准确的聚类结果。
关键词：
SSR SRAP 香橙 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李琼芳 张小平 李登煜 陈强 KristinaLindstrom
用IAR、RAPDs和16S-23SPCR-RFLP3种方法对采集自四川省4个不同地点的22株慢生型花生根瘤菌的遗传多样性进行了研究。供试菌株对8种抗生素的抗药性测定表明, 22个菌株中存在7 个抗药性类群。来自同一采集地的菌株天然抗药性存在着差异。IAR的结果证明了四川花生根瘤菌表型性状的多样性。4个随机引物的扩增图谱有明显的多态性。聚类分析的结果表明菌株内部存在不同水平的遗传多样性。全部菌株在58% 的相似性水平上被分为6群,采集地相同的菌株聚为一类,表明环境对根瘤菌的系统发育和遗传分化有影响。用PHR和P23SR01这一对引物对供试菌株16S-23SrDNA基因间隔区进行了扩增, 得到2...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁任繁 王益奎 李文嘉 黎炎 吴永官
为了明确我国茄子主要栽培种的遗传背景,对主要来自广西及全国部分地区的54份茄子栽培种进行表形标记和ISSR标记分析。结果表明,在37个表形性状中,表现为多态性有33个,占89.18%;从50条ISSR引物中共筛选出8条多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,扩增出68条谱带,平均每条引物扩增出8.5条带,多态性带58条,占85.29%;品种间两类型标记遗传相似系数均在0.04～1.00之间,总体平均数分别为0.51、0.60,表明个别品种间遗传差异很大,但群体整体遗传基础相对较狭窄;应用SPSS软件聚类分析,两类标记均能在欧氏距离14～15间将54个栽培种划分为6个类群,其中表形标记类群的划分与...
关键词：
茄子 遗传多样性 形态标记 ISSR标记
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