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[期刊] 华北农学报
[作者]
凌晨 赵洪 颜军 马莹雪 冯艳芳 张靖立 李波 邓超 徐振江
为建立莴苣品种DNA分子快速鉴定技术体系,选择8个表型差异大、不同类型的莴苣品种,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳从245对引物中初筛出81对引物,对初筛引物添加荧光标记,另选择90个有代表性的莴苣品种,利用毛细管电泳复筛出22对核心引物,依据扩增片段大小为各引物选择了相应的参照样品,采集了233个莴苣品种的DNA指纹数据。结果表明,22对核心引物在233个莴苣品种中共检测到269个等位基因,每对引物检测到等位基因为4~22个,平均为12.23个,PIC值为0.37~0.89,平均为0.73。聚类分析结果表明,233个供试品种主要划分为茎用和叶用两大类群,叶用类群中结球莴苣聚成一类,半结球莴苣趋于聚成一类,散叶莴苣难以聚成一类。对核心引物未能区分开的6组15个品种进行田间种植对比鉴定,3对品种表型性状无明显差异被判定为相同品种,表型性状有明显差异的品种大部分性状表达状态相同或相近,为近似品种,表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果基本一致。此外,8组24个同名品种均能从分子上进行区分。利用筛选出的22对核心引物构建了233个莴苣品种的指纹数据库,建立了通用于茎用莴苣和叶用莴苣的品种鉴定技术体系,可用于莴苣品种和种质资源快速鉴定、遗传多样性分析和DUS测试辅助筛选近似品种等工作。
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭瑞 李晓燕 王力荣 王国山
为确立的桃10μL SRAP反应体系,以桃部分品种为试材,采用均匀设计,对SRAP-PCR反应体系中TaqDNA聚合酶、模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物5个组分的浓度进行优化。结果表明,桃10μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2 UTaqDNA聚合酶5、0 ng模板DNA、0.6 mmol/L dNTPs0、.25μmol/L引物、2.0μL 10×PCR Buffer+Mg2+。利用所确立的体系对其他部分桃种质进行扩增的结果清晰可靠,多态性好。并且利用随机挑选的SRAP引物和SSR引物分别区分鉴定8种桃种质,发现SRAP用5对可以将桃种质区分开,而SSR用13对才区分开,说明在桃品种...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
苏国钊 李嫒嫒 刘中华 陈宇华 张秀杰 马莹雪 杨旭红 邓超 徐振江
【目的】筛选出一套SSR核心引物,建立苦瓜品种分子鉴定体系和SSR指纹图谱库,为苦瓜品种鉴定、纯度鉴定和新品种权保护等提供技术支撑。【方法】选用表型差异大的8个苦瓜代表性品种,通过6%聚丙烯酰胺凝胶电泳对138对SSR引物进行初步筛选,将筛选出的引物5'端进行荧光标记。选取不同地理来源的95个苦瓜品种进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,计算各引物的区分率、PIC值、等位基因数等参数,复选一套区分率高、多态性良好的SSR引物组合。将复选得到的引物对另外113个苦瓜品种进行检测,筛选出SSR核心引物,构建苦瓜品种DNA指纹图谱库。【结果】使用聚丙烯酰胺凝胶电泳初步筛选出45对特异性强、多态性高、条带清晰的SSR引物。使用荧光毛细管电泳,从小群体至大群体最终筛选出20对SSR核心引物。核心引物分4组进行多重电泳,采集了208个苦瓜品种的DNA指纹数据。20对SSR核心引物共检测到65个等位变异,102种基因型。在此基础上,选取12个参照品种,可覆盖所有等位变异类型。经构建系统发育树分析,208个苦瓜品种被分为两类,20对SSR核心引物适用于苦瓜群体遗传多样性分析。核心引物可以将208个苦瓜品种中的202个区分开,区分率达到97.11%。使用11组亲本与杂交种材料进行亲缘关系鉴定,基本符合孟德尔遗传定律,其中2组各出现1个片段丢失的位点,可为苦瓜杂交种关系鉴定的判定阈值提供参考。【结论】本研究基于20对SSR核心引物构建的苦瓜品种分子鉴定体系鉴定效果好,应用性强,可用于苦瓜品种真实性鉴定、纯度鉴定、杂交种关系鉴定、辅助DUS测试筛选近似品种和新品种权保护等。
[期刊] 林业科学
[作者]
黄平 崔鹏娇 郑勇奇 张川红 于雪丹
以36个月季品种为材料,应用荧光SSR标记进行月季品种分子鉴定和品种间遗传关系研究。结果显示8个SSR位点检测出85个等位基因变异,等位基因变异范围为6~15个,平均每个位点产生10.6个等位基因变异。结合8个SSR位点,每个品种均具有独特的等位基因表现型,其中位点Ra043a品种鉴定的分辨率最高,产生32个等位基因表现型,区分所有品种最少需要2个SSR位点。品种间成对遗传相似度变幅介于0.105~0.791之间,聚类结果显示36个品种聚为6类;中国月季聚为一类,与其他月季品种存在遗传差异,起源相近月季品种分别聚为一类。研究认为SSR标记在月季品种鉴定中具备可行性,还可用于品种的遗传关系分析。...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王世杰 王雪婷 杜向前 陈洪刚 张会恰 杨敏生
【目的】利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种(系)进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。【方法】使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。【结果】11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530~0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种(系)的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。【结论】本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。
关键词:
杨树新品种 SSR标记 核心引物
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
包文慧 包杭盖 武阳 路东晔 张玉平 白玉娥 潘青华
【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术,筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析,并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点,每对引物平均8.211个,有效等位基因(Ne)变化范围为1.263~12.568,平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547~2.664,平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32~0.917,平均值为0.603,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)范围分别为0.208~0.920和0.133~0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637,显示出有较高的杂合度;遗传相似系数为0.85~0.98,且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少;京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远,遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郑永胜 张晗 王东建 孙加梅 王雪梅 段丽丽 李华 王玮 李汝玉
【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王富强 张建 温常龙 樊秀彩 张颖 孙磊 刘崇怀 姜建福
【目的】开发一组能够区分中国主栽葡萄品种的竞争性等位基因特异性PCR(KASP)分子标记,为中国葡萄品种保护、品种登记和市场维权等提供技术支撑。【方法】基于前人筛选的60个葡萄高多态性SNP位点,转化为KASP标记。分别使用23份代表性品种和76份主要栽培品种对转化成功的KASP标记进行初筛、复筛、验证,获得一组高质量的KASP标记,并用于构建76份葡萄品种的DNA指纹图谱。【结果】60个SNP位点有3个不具备基因组特异性,6个无法设计KASP-PCR引物,最终51个SNP成功转化为KASP标记,转化率达到89.47%。利用LGC-SNPline平台对23份代表性品种进行基因分型,51个KASP标记全部成功分型。基于次要等位基因频率(MAF)大于0.25、多态性信息含量(PIC)大于0.35、缺失率小于0.2、杂合率小于0.6等参数,初步筛选出27个优质KASP标记。使用构建指纹图谱的76份品种复筛出22个高质量KASP标记。22个KASP标记的缺失率均小于0.12,PIC均大于0.3,杂合率在0.4—0.6的标记占77.27%,MAF大于0.3的标记占95.45%。此外,利用这22个标记对同一品种不同树体提取的23份代表性品种的DNA扩增检测,前后两次检测分型结果稳定一致,表明这22个标记具有较好的重复性和稳定性。进一步将基于22个标记获得的76份葡萄品种分型结果转化为二元编码数据,得到76份葡萄品种的指纹图谱。经邻接聚类分析和群体结果分析,可将76份葡萄品种分为3类,并能正确区分二倍体和多倍体。仅用10个标记(VIT_15_18567587、VIT_6_4258638、VIT_8_3320936、VIT_12_22228357、VIT_11_19390306、VIT_16_17950801、VIT_18_11138668、VIT_12_739916、VIT_16_13454358、VIT_16_21202286)就能区分70份品种,其中有54份品种达到品种鉴定的标准(差异位点数≥2)。【结论】从60个葡萄SNP中成功转化51个KASP标记,并筛选出22个高质量KASP标记,构建了76份葡萄品种的SNP指纹图谱,首次验证了KASP技术在我国葡萄品种鉴定中的可行性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李益 马先锋 唐浩 李娜 江东 龙桂友 李大志 牛英 韩瑞玺 邓子牛
【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
徐悦 黄兰 李金花 邓煜 张建国 曾艳飞
[目的]该研究对我国油橄榄主产区甘肃省陇南市现有品种进行了的准确鉴定和遗传多样性计算,为我国油橄榄种质资源引种和驯化、育种及利用提供参考。[方法]利用13个SSR标记对来自83个油橄榄品种的110棵单株进行品种鉴定和遗传多样性分析,并对其中属于68个品种的90棵单株进行叶片、果实和果核形态性状的测定和分析,最后开展了基于表型性状和SSR标记的单株聚类和结果比较。[结果]陇南油橄榄表型数量性状和质量性状多样性指数分别为1.83和0.79;SSR分析发现83个品种包括78个不同的基因型,观测杂合度和期望杂合度分别为0.683和0.754;这些基因型可分为3大组,基因型所属分组与其起源地有一定相关性;我国选育品种的基因型大多与起源意大利的品种分组更近;与基于表型的聚类树相比,基于SSR基因型的聚类树更倾向于将同一品种的不同单株聚在同一支。[结论]陇南共有78种不同基因型的品种,SSR标记比表型鉴定品种更具准确性,且能反映亲缘关系。该地区油橄榄表型多样性和遗传多样性较高,引种品种主要是来自地中海西部和中部国家,国内选育品种与意大利起源的品种相似;为更多样化可考虑引种或选育更多起源国的品种。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
尤卫艳 黄华宏 程龙军 童再康 朱玉球
采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李军 董彬 张超 付建新 胡绍庆 赵宏波
利用L16(45)正交实验设计,针对模板DNA,镁离子(Mg2+),d NTPs,Taq DNA酶和引物5个因素进行正交优化,建立适用于桂花Osmanthus fragrans表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)的最优扩增反应体系,将其用于桂花转录组EST-SSR多态性引物的筛选,最后利用筛选得到的多态性引物和聚类分析对14份四川省常见的栽培丹桂(SC01SC14)样本进行品种鉴定。结果表明:桂花EST-SSR最优反应体系包含40 ng模板DNA,2.25 mmol·L-1Mg2+,0.3μmol
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄婷 马啸 张新全 张新跃 张瑞珍 符开欣
【目的】多花黑麦草是具世界栽培意义的牧草,但因异花授粉特性,育种材料的频繁交流导致品种间的遗传差异越来越小,传统农艺性状进行品种鉴定变得越来越困难。高效、快速有效地鉴定品种对实现育种目标具有重要作用,可为辅助多花黑麦草品种DUS测试和品种鉴定、知识产权保护等提供科学依据。【方法】基于SSR标记具有稳定性强、多态性高和共显性特点,对6个国审骨干多花黑麦草品种采用30株混合取样策略,每个品种以不同单株构成的30株混合样本量进行3次重复试验,以重复试验中至少出现2次的频率高的强带进行统计,从165对多花黑麦草SSR引物中,筛选出20对引物用于多花黑麦草品种鉴定。并采用30株单株样本扩增与30株混合样...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王传堂 杨新道 于翔 张建成 刘光臻 徐建芝
利用10个中国花生品种,评估了AFL,SRAP,SSR和STS技术在区分相近来源花生品种上的应用效果。结果表明,AFLP和SRAP标记虽然可以揭示这些花生品种的遗传多样性,但在本研究采用的引物对条件下,单独使用任何一对引物不足以区分全部品种,提示我们需要考虑多对引物的配合,或者需要尝试更多的限制酶或引物对;从103对SSR或STS引物中筛选出9对引物,即Lec_1,Ah4_26,Ah4_4,SsS14,SHPAL_1,PG_71,PG_43,PM_36,PG_22,对所采用的10个花生品种的区分率均为100%。鉴于花生栽培种形态学、细胞学和生化标记贫乏,这9对高辨别力的SSR和STS引物对花生...
关键词:
花生 品种鉴定 分子标记
[期刊] 林业科学研究
[作者]
黄海燕 杜红岩 乌云塔娜 朱高浦
杜仲(Eucommia ulmoides Oliver)属杜仲科(Eucommiaceae),单科单属单种,为第四纪冰川侵袭后残留下的古老树种,仅存于中国,属国家二级保护植物[1-2]。杜仲的适应性极强,分布在我国亚热带至温带的27个省(市、区),美国、法国、日本、韩国等都有引种[1-2]。杜仲是我国特有的优质天然橡胶和中药资源,杜仲的皮、叶、雄花、果实等具有很高的药用价值及经济效益,尤其是杜仲富含天然橡胶—杜仲
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