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[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 李喜莲  李飞  朱俊杰  顾志敏  
选用10对克氏原螯虾微卫星引物对桐庐(TL)、太湖(TH)、湖北(HB)、江西(JX)、洪泽湖(HZH)、崇明(CM)、广西(GX)、海盐(HY)8个克氏原螯虾群体的遗传多样性状况和遗传结构进行研究。结果发现,8个克氏原螯虾群体的平均观测杂合度值为0.525 7~0.740 0,平均期望杂合度值在0.623 8~0.743 4之间,平均多态信息含量在0.420 9~0.684 0之间。其中广西(GX)群体遗传多样性最高,太湖(TH)群体遗传多样性最低。采用MEGA4.0计算各地理种群间的遗传距离,遗传距离最远的是崇明(CM)和江西(JX)群体,遗传距离最近的是湖北(HB)和太湖(TH)群体。结...
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 胡倩   王齐帅   黄瑾   朱威霖   陈晓汉   陈秀荔   李艳和   彭敏  
为客观评估广西南宁周边地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性,采集来自南宁的3个克氏原螯虾群体——埃及群体(AJ)、良庆群体(LQ)和上林群体(SL),以及湖北荆州(JZ)和江西湖口(HK)的群体各1个,采用形态学结合微卫星分子标记的方法分析其遗传多样性水平。形态分析结果显示,雌性群体的综合判别准确率为68.59%,雄性群体的综合判别准确率为73.60%;3个南宁群体(AJ,LQ,SL)与JZ群体聚为一类,3个南宁群体间具有较高的形态相似度。微卫星分析结果显示,AJ群体和LQ群体的遗传多样性最高,SL群体和HK群体次之;LQ群体与SL群体的遗传分化系数和遗传距离最小。结果表明广西南宁克氏原螯虾群体具有较高的遗传多样性,从国外引种或国内不同地理来源群体的杂交可能是提高克氏原螯虾群体遗传多样性的重要途径。
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 姚俊修  毛秀红  李善文  刘学良  吴德军  
【目的】进行白杨派种质资源的遗传多样性研究,为毛白杨种质资源保存、评价与利用提供参考。【方法】对所收集的白杨派无性系采用毛细管电泳法进行荧光SSR-PCR产物检测,利用所得结果评价种源及无性系间的遗传变异和遗传多样性水平。【结果】16对SSR引物对272个无性系进行检测,共检测到106个等位基因,每位点的等位基因数为4~11个,平均等位基因数为6.625个;平均观测杂合度(Ho)值为0.561,平均期望杂合度(He)值为0.432,表明遗传多样性比较丰富;有9个位点的Ho/He大于1,表明杂合度比较高。对其中来自毛白杨6个集中分布区的234个无性系进行遗传变异分析,结果表明:2%的遗传变异来源于种源间,98%的遗传变异来自于种源内无性系间;由不同种源间的等位基因模型可知,山西、陕西、河南、山东和河北5个种源的无性系均有特有等位基因,杂交时可以适当选择不同种源的无性系作杂交亲本以拓宽杂交种的遗传基础,或种源间适当引种增加毛白杨种源间的遗传多样性。【结论】聚类分析和主坐标分析结果均表明,北京与河北种源亲缘关系最近,河南与陕西、山东与山西亲缘关系也较近,分别聚为3大类群,而相同种源的无性系并没有完全聚到一类,其原因可能是由于种源间相互引种或遗传变异造成的。研究结论为毛白杨种质资源保存和利用提供了理论依据。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 陈少瑜   李江   陈伟   罗婷   陈绍安  
【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】思茅松种质资源的遗传多样性较为丰富。18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_(e))为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_(ST))平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_(m))平均为4.627(N_(m) > 1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将11个群体划分成3组,普洱市6个群体聚为一组;西双版纳州的2个群体、临沧市和保山市的各1个群体聚为一组;德宏州的1个群体单独为一组。【结论】思茅松种质资源具有丰富的遗传多样性,遗传变异主要来源于群体内,在进行思茅松的遗传改良时,应根据其遗传结构特征,重点选择多样性高的群体,也要特别关注对群体内优良单株的选择。
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 李思广   陈少瑜   付玉嫔   尹艾萍   司马永康   祁荣频   周云   王绍昌  
【目的】揭示黑老虎5个群体70份种质资源的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护及利用提供理论依据。【方法】用筛选出的17对引物进行所有样本SSR-PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳后采用Gen Alex v6.502、Ntsys V2.2及Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性和遗传结构分析。【结果】17对引物的70份样本中共检测到147个等位基因,平均每对引物扩增出8.647个等位基因。17个位点的Shannon信息指数(I)平均值为1.421,期望杂合度(H_e)平均值为0.648,多态信息指数(PIC)平均值为0.612。5个群体中马关群体(MGH)的遗传多样性最高,I和H_e分别为1.070和0.544。群体遗传分化系数(F_(st))平均值为0.323,有32.3%的变异来源于群体间。分子方差分析(AMOVA)显示群体间方差分量比为28.8%,群体间的遗传变异占总变异量的28.8%。17个位点群体内近交系数(F_(is))的平均值为0.161(F_(is)>0),黑老虎存在较强的近亲交配,5个群体中只有广西群体(GXH)F_(is)<0。基因流(N_m)为0.876,属中等水平。UPGMA聚类和STRUCTURE分析将70份黑老虎种质资源划分成了3个类群:类群Ⅰ由来自于MGH的样本资源组成,类群Ⅱ主要由屏边群体(PBH)的样本资源组成,类群Ⅲ主要由GXH、贵州群体(GZH)及湖南群体(HNH)的样本资源组成。【结论】黑老虎种质资源具有丰富的遗传多样性,群体间存在极高的遗传分化,遗传变异主要来源于群体内的个体。大部分种质的遗传背景比较单一,同一群体的不同种质遗传组分基本相同。在黑老虎育种及资源保护和开发工作中,应在尽量涵盖全部群体类别的基础上,特别重视遗传多样性丰富的群体以及各群体内不同类型个体的选择、保存和利用。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 刘岩  程须珍  王丽侠  王素华  白鹏  吴传书  
【目的】分析中国栽培绿豆种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育奠定基础。【方法】利用40对SSR引物对18个不同地理来源(共272份种质)的绿豆群体进行遗传多样性分析。【结果】共检测到125个等位基因,平均等位基因数(NA)为3.1个,平均有效等位基因数(NE)为1.8个,平均Nei’s基因多样性(H)为0.4233,平均多态性信息含量(PIC)为0.3497,平均期望杂合度(He)为0.4241,平均Shannon信息指数(I)为0.6754,比较发现,河北、山东和安徽是绿豆资源遗传变异较为丰富的地区;平均观测杂合度(Ho)为0.1001,种群内...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 薛延桃  陆平  乔治军  刘敏轩  王瑞云  
【目的】利用SSR标记,分析黍稷种质资源(野生材料和地方品种)的遗传多样性水平,揭示不同来源黍稷种质资源的亲缘关系和遗传群体结构差异,为黍稷起源进化研究奠定基础。【方法】用6份地理差异显著的黍稷种质资源对137对小宗作物课题组开发的具有多态性的SSR引物进行初步筛选,最终筛选103对条带清晰、扩增良好且多态性稳定的SSR引物,利用这103对多态性SSR标记对146份黍稷材料进行PCR扩增,通过遗传参数、聚类、遗传结构等分析,评估不同个体间及不同群体间的遗传多样性,探讨遗传结构差异。【结果】103对SSR标记共检测出308个等位基因(Na),平均值为2.99,平均Shannon-Weaver指数(I)为0.8478,平均期望杂合度为0.3642,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.5544。103对SSR标记的分布区间为0—1、1—2、2—3、3—4和4—5,分辨率范围为0.334—4.002,77.67%的标记分布于区间1—4,具有适度分辨力。国内资源的观测等位基因数(2.9126)、多样性指数(0.8302)、期望杂合度(0.5023)、多态性信息含量指数(0.5278)均高于国外资源,遗传多样性更丰富。12个群体的遗传距离的变化范围为0.0783—0.5762,均值为0.2938;遗传一致度变化范围为0.5620—0.9247,均值为0.75,遗传相似性与地理分布具有一定相关性,地理分布越近,遗传距离越小,遗传一致度越高。聚类分析在遗传距离为0.15处可以把12个群体分为4个组群,其中南美洲和山西资源各自独立分为一支,与其他资源亲缘关系较远。个体间聚类中,国内外资源划分非常显著,在遗传距离为0.63处,146份黍稷资源可分为3大组群,组群Ⅰ和组群Ⅱ为国外资源,组群Ⅲ为国内资源。组群Ⅱ在遗传距离为0.39处又分为3个亚群,组群Ⅲ在遗传距离为0.45处分为5个亚群,其中亚洲与欧洲资源、中国河北与中国山西、中国内蒙古资源的遗传关系较近。遗传结构分析结果显示国内外群体间存在明显的遗传分化,其中5个组群(组群2、组群5、组群6、组群7和组群9)为国内野生资源特有基因型,分布较为分散;2个组群(组群1和组群4)为国外资源特有基因型,分布较为集中。中国宁夏、南美洲资源的群体结构趋向单一化,中国河北、中国黑龙江、亚洲资源的群体结构趋向多元化。UPGMA聚类结果与遗传结构分析结果一致,且不同地区黍稷资源群体间遗传关系远近均与其地理分布相关。【结论】野生资源的遗传多样性高于国外资源,其中中国河北群体的遗传多样性最丰富,中国河北可能是黍稷的起源中心。
[期刊] 水产学报  [作者] 崔文涛  邹宇凡  白志毅  王志炎  李典中  
为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性,实验以芜湖(WH)、宣城(XC)、合肥(HF)3个安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象,分别以铜陵(TL)、马鞍山(MAS)2个安徽野生群体和监利(JL)、建湖(JH)、滆湖(GH)、兴化(XH)4个人工养殖群体作为对照,选用10对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究。结果显示,安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于2个野生群体和江苏、湖北4个地区的人工养殖群体,其中XC群体的遗传多样性最高。9个群体全部10个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的;大多数组的F_(st)表现出中度分化(0.05 < F_(st )< 0.15)。基因流表明不同群体之间存在着广泛的基因交换,尤其是GH和JH群体之间。基于群体间Nei's遗传距离及UPGMA聚类树结果显示,WU群体、GH群体、MAS群体和JH群体聚为一组,XC群体和HF群体同属于一组,而JL群体、TL群体、XH群体分别自成一组。STRUCTUR结果显示,XC群体和HF群体的大多数个体被分配到相同的遗传群中,说明上述群体起源相同。研究表明安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体具有较高的遗传多样性,结果为安徽地区克氏原螯虾种质资源的保护和改良,提供了参考资料。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 任小平  张晓杰  廖伯寿  雷永  黄家权  陈玉宁  姜慧芳  
【目的】评价ICRISAT花生微核心种质资源的遗传多样性水平,揭示ICRISAT花生微核心种质资源遗传多样性,验证传统植物学分类的可靠程度,为充分发掘、利用ICRISAT花生微核心种质资源提供必要信息。【方法】采用27对花生SSR引物,对ICRISAT微核心花生种质168份材料(来自世界五大洲42个国家)进行遗传多样性分析;利用NTSYS-pcV2.0软件进行主成分分析(PCA)并绘制三维空间聚类图;利用Popgene V1.32估算种质群间的Nei78遗传距离等参数并进行UPGMA聚类分析,采用MEGA3.1绘制种质群间聚类图。【结果】27对SSR引物共扩增出115条多态性条带,每对引物平均...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 杨维泽  左应梅  张金渝  杨天梅  杨绍兵  杨美权  邓先能  许宗亮  陈秀花  李新华  
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954~1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043~0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309~0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%~29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 张馨方  张树航  李颖  郭燕  王广鹏  
利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2~6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5~0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 邢智珺  姜虎成  陆伟  钱照君  于宏伟  李家乐  
利用8个微卫星标记分析了江苏省8个地区(大浦、平望、漆塘、官滩、西顺河、太平、固城、洋河滩)克氏原螯虾的遗传多样性。研究表明:8个群体全部64个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。8个群体中大浦群体遗传多样性水平最高,平望群体遗传多样性水平最低。群体间遗传分化指数FST及AMOVA分析表明,8个群体遗传分化指数为0.126,存在中等程度的分化(0.05
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王丽侠  程须珍  王素华  徐宁  梁辉  赵丹  
【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2~13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量(PIC值)为0.014~0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227~0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS...
[期刊] 林业科学  [作者] 廖柏勇  王芳  陈丽君  刘明骞  欧阳昆唏  阙青敏  惠文凯  李培  陈晓阳  
【目的】利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对来自17个省(区)的31个苦楝种源进行遗传多样性分析,为苦楝种质资源的保存和育种计划的制订提供依据。【方法】通过SRAP分子标记获得1/0数据矩阵,计算SRAP分子标记各项遗传参数,同时进行分子方差分析(AMOVA)。随后计算遗传距离矩阵并进行主坐标分析(PCO A)、邻接法聚类分析(NeighbOuR-JOiNiNg)以及遗传距离和地理距离MANtel相关性分析。【结果】从783对SRAP引物中筛选出的20对引物可扩增出257条清晰的条带,其中145条具有多态性。引物多态性信息指数(PiC)为0.262~0.478,均值为0.385。PiC...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王璐伟  沈志军  李贺欢  潘磊  牛良  崔国朝  曾文芳  王志强  鲁振华  
【目的】利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对取自国家果树种质南京桃资源圃的79份种质进行基因分型和遗传多样性分析,筛选出多态性高的引物可用于桃品种间鉴定、亲缘关系分析,并用于分子标记辅助选种体系建立。【方法】对母本‘中油4号’进行从头测序,以物理距离1 Mb为单位在全基因组范围内开发SSR标记。以79个桃品种为材料进行PCR扩增,扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测后筛选目标条带清晰且多态性丰富的标记。对筛选出的标记进行5′端荧光修饰,PCR产物在ABI3730XL测序仪测序,实现对标记的复筛。利用Genemapper 4.0软件对测序结果进行统计,Data Formater 2.1软件将统计得到的bp数据转换成Power Marker v3.25软件所需要的数据格式。对筛选出的引物进行多态性分析,选择多态信息含量(PIC)大于0.45的荧光SSR引物作为79份种质材料的核心引物。以Nei’s为参数,利用NTSYSpc 2.1软件中的UPDM聚类方法分析品种间的遗传多样性。利用基于贝叶斯模型的Structure v2.3.4软件解析79份种质的居群遗传结构。【结果】基于79份种质,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对覆盖全基因的SSR标记进行初筛,共筛选出207对多态性良好的引物;利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对207对引物进行复筛,最终筛选出26对核心引物,利用其中5对核心引物可将79份品种完全区分开。26对SSR核心引物在79份桃种质中共扩增出174种多态性基因型,每对引物扩增出的基因型为4—13种,平均每对引物扩增出6.69个基因型,每对引物的多态信息含量PIC在0.45以上。基于207对SSR引物在79份种质中扩增出的位点信息,构建了79份种质的遗传关系图谱和居群遗传结构图。207对引物从遗传距离上将79份种质划分为7组,从居群结构上分为2组。79份品种遗传多样性较高,部分品种聚类结果与系谱图相符。【结论】构建了79份材料的聚类分析图和居群遗传结构图,在一定程度上揭示了79份材料的亲缘关系。由于桃复杂的遗传背景,不能依据单一特性对品种间亲缘关系进行判定。本研究筛选出的26对核心引物可用于全基因组范围内连锁性状的鉴定、桃种质资源鉴定、新品种鉴定及保护、分子标记辅助育种体系构建。
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