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[期刊] 西南农业学报
[作者]
何建文 姜虹 杨红 苏丹 刘永翔
为探索应用SSR标记遗传距离预测辣椒杂种优势的可行性,实现辣椒杂种优势早期预测。以10个辣椒自育亲本为试验材料,按NCⅡ不完全双列杂交组配25个杂交组合,利用SSR标记分析遗传距离与杂种优势的关系。结果表明:供试亲本之间的遗传距离在0.13～0.33内变化,平均遗传距离为0.25,表明了供试亲本之间遗传差异不明显,亲缘关系较近。SSR分子标标记遗传距离与单株挂果数、单株产量存在一定的相关性,与其他各性状无相关性差异。SSR分子标记分析表明,辣椒亲本间遗传距离越大,其组配的杂交组合获强优势组合的产量越高;亲本间遗传距离越小,其组配的杂交组合获强优势组合的产量越低。
关键词：
辣椒 SSR 遗传距离 杂种优势
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨志刚 胡栓红 王勇 崔世茂 付崇毅 庞杰 杨新宇 刘燕
【目的】评价辣椒资源材料果实的色价值及性状指标,为选育干制红辣椒提供参考。【方法】以92份辣椒资源为材料,分别对辣椒色价值和辣椒单果质量、果肉厚、果实横径、果实纵径进行聚类分析,从中筛选干制红辣椒的优良种质材料。【结果】(1)对辣椒色价值进行单一性状聚类分析,可以将92份辣椒资源分为5大组群,辣椒色价值为5.90~20.62,在不同材料中表现出多样性,但色价值极高型材料仅有7份,所占比例较小(7.61%),且变异系数较大(0.54)。(2)对辣椒果实色价值、单果质量、果肉厚、果实横径和果实纵径5个性状指标进行聚类分析,可以将92份辣椒分为6大组群,各组群性状存在差异,性状表现丰富,单果质量为2...
关键词：
辣椒 色价 果实性状 聚类分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杜晓华 王得元 巩振辉
作物F1代的杂种优势表现与亲本间的遗传距离直接相关,对自交系间遗传距离的估计可被用来预测杂种优势。针对我国鲜食尖椒的育种目标,利用RSAP和SSR标记系统,对来自国内外的10份尖椒优良自交系间的遗传距离进行估计,并比较了2种标记的结果和效力。结果显示,RSAP标记具有较高的位点和多态性检测能力,平均每次可检测51个位点和13个多态性条带,分别是SSR的17倍和6.5倍;基于RSAP的遗传距离和基于SSR的遗传距离相关性较高(r=0.542 9);2种标记系统的聚类结果基本一致,均将10份尖椒分为3大类,这种分类结果不但反映了果实形状在辣椒分类上的重要地位,而且与辣椒杂种优势育种实践相一致。
关键词：
辣椒 遗传距离 RSAP SSR
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘峰 谢玲玲 欧阳娴 王运生 邹学校
采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每条连锁群含45.75个EST-SSR。对匹配到番茄基因组上的EST-SSR进行GO(gene ontology)分类,结果有481条EST序列被分类,其中以初生代谢、细胞代谢、生物合成过程为主,分别占34.13%、28.35%、25.82%。在KEGG map中,91条EST序列共涉及到76条代谢途径(KEGG),约6...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
姚启伦 方平 杨克诚 潘光堂
结合地方品种的地理起源和种质特性,以17%的抽样率选取玉米核心品种,用SSR分子标记技术对54个玉米地方品种进行遗传聚类,研究中国西南地区玉米地方品种核心种质的构建方法.结果表明,由9个核心品种构成的核心种质较好地保持了原玉米地方品种群体的遗传变异,42对SSR引物在原玉米地方品种群体和核心种质中分别检测到268、256个等位基因,平均多态信息量分别为0.76和0.73,其评价参数平均数百分率、方差百分率和变异系数可变率分别为10%、10%、83.5%,表明构建的核心种质能较好地代表原种质资源群体.
关键词：
玉米地方品种 核心种质 SSR分子标记
[期刊] 林业科学
[作者]
杨汉波 张蕊 王帮顺 徐肇友 周志春
【目的】通过对比分析与评价以确定木荷核心种质构建的最适取样策略和比例,并构建木荷核心种质;在此基础上,进一步建立核心种质分子身份信息,为木荷种质资源的深入研究和加强利用、发掘优异基因资源提供理论依据和核心材料,同时也可为其他多年生木本植物核心种质的构建提供参考。【方法】利用13对SSR引物,以来自7个省(市)29个地区的754份木荷种质资源为材料,利用M策略(M)、随机取样法(R)、遗传多样性最大化法(SAGD)和等位基因最大化法(SANA)分别构建核心种质。采用等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)
关键词：
木荷 SSR标记 核心种质 分子身份信息
[期刊] 华北农学报
[作者]
张馨方 张树航 李颖 郭燕 王广鹏
探讨分子水平构建燕山板栗核心种质的适宜方法,以利于燕山种质的保存、保护和研究利用。基于SSR标记,采用非加权算数平均聚类(UPGMA)法对燕山地区10个市(县)的161份板栗种质进行多次聚类抽样分析,比较使用3种遗传相似系数(SM系数、Dice系数和Jaccard系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)相组合确定的不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei′s多样性指数(H)和Shannon′s信息指数(I)的大小,确定构建燕山板栗核心种质的适宜方法;再分别对核心种质与原种质、核心种质与保留种质的遗传多样性指标进行t检验,以评价核心种质的代表性;通过绘制主坐标分布图观察核心种质和原种质的分布情况,并结合表型特征对构建的核心种质进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的样本群比随机取样法具有更高的Ne、H和I,应用SM系数取得的样本群,其遗传多样性指标要优于Dice系数和Jaccard系数,综合利用位点优先取样法和SM系数筛选了46份燕山板栗核心种质,保留了原种质28.57%的样品,Ne、H和I分别为1.531 7,0.321 8和0.491 0。t检验表明,核心种质的遗传多样性指标显著大于原种质,经主坐标分析和表型特征确认,核心种质在原种质的主坐标图中分布均匀,能够较全面地代表整个板栗种质资源的遗传多样性。采用位点优先取样法和SM相似性系数进行多次聚类,是构建燕山板栗核心种质较适宜的方法,构建的容量为46份的板栗核心种质,能充分代表原种质的遗传多样性。
关键词：
燕山板栗 核心种质 SSR 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
燕丽萍 吴德军 毛秀红 姚俊修 任飞 李善文 王开芳 王因花 刘翠兰
白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研究运用SSR标记的方法,选取田间表型性状差异较大的4个白蜡品种华雄、鲁蜡5号、金叶白蜡和金枝白蜡,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳从500对SSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好、扩增稳定的42对引物。从筛选出的每对引物5′端添加荧光标记后,采用毛细管法通过DNA分析仪检测202个样品不同等位变异的扩增片段,从42对SSR引物中筛选出17对扩增稳定的引物,建立基于高通量荧光SSR标记的白蜡种质鉴定体系。研究了来自全国22个地区的具有代表性的202份白蜡种质资源的遗传多样性,通过R语言包Genetic Subsetter构建出了40份白蜡核心种质。结果表明:选用的17对引物都表现出多态性,共检测出142个等位变异,平均每对引物等位基因数为8.353个;平均有效等位基因数为3.342;平均多态性信息含量为0.635。可见白蜡属植物种间变异较大,具有丰富的遗传多样性。构建了40份白蜡核心种质,占原始种质的20%,t检测表明,所构建的核心种质遗传多样性丰富,其代表的遗传多样性指标与原始种质资源差异不显著,说明获得的核心种质资源能够充分、最大程度地代表原始种质。研究结果为白蜡种质资源的收集、保护、评价及利用提供了宝贵的理论依据和物质基础。利用17对高效引物构建了白蜡属植物SSR高通量鉴定体系,构建的40份白蜡核心种质能够最大程度的代表其遗传多样性。
[期刊] 中国注册会计师
[作者]
程平 陈珊
高度信息化的大数据时代，导致企业的生产经营产生大量、分散、复杂的会计数据，在审计全覆盖无法实现的情况下，审计抽样的质量至关重要。针对现有审计抽样问题，本文提出了在已有的审计领域知识库的基础上，建立审计样本与审计目标的关联规则，并利用ＤＢＳＣＡＮ聚类算法对审计抽样关联规则进行聚类，接着对聚类结果进行新颖度评价，筛选出高价值聚类结果存入审计领域知识库，实现审计领域知识的积累和再利用。最后，运用审计实例对实验进行分析。
关键词：
大数据审计 抽样聚类关 联规则
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
吴立东 林彦铨 罗英 许旭明 曾绍贵 朱帮彤
选择5份辣椒亲本材料作为母本,6份辣椒亲本材料作为父本,按半双列杂交法配制出25个杂交组合,测定其杂种优势,运用相关序列扩增多态性(SRAP)标记分析辣椒亲本间遗传距离与产量杂种优势的关系.结果表明:亲本间遗传距离与8个农艺性状杂种优势指数的相关系数为-0.39-0.38,其中,与产量杂种优势指数的相关系数仅为-0.02,未达到极显著水平;通过对产量杂种优势做二维坐标散点图,发现当遗传距离小于0.4051时,产量杂种优势随着遗传距离的增大而增强,当遗传距离大于0.4051时,产量杂种优势随着遗传距离的增大而减小.因此,在进行辣椒新品种选育时,不能只以表现型和地理差异为依据,应当选择适当的遗传距...
[期刊] 统计与决策
[作者]
张智驹
大多数不平衡数据过抽样方法依赖于太多参数，容易生成噪声并难以处理流形数据集。为此，文章提出了一种基于密度峰值聚类的不平衡数据过抽样方法（OVMEDPC）。首先，OVMEDPC用密度峰值聚类（DPC）来发现不平衡数据的空间结构；其次，OVMEDPC设计了一种基于密度峰值聚类的噪声过滤方法来移除噪声；最后，OVMEDPC设计了一种基于密度峰值聚类的插值技术来生成少数类的合成样本。实验证明，就随机森林分类器而言，OVMEDPC在F-measure和G-mean上优于5个先进的过抽样方法。
[期刊] 统计与决策
[作者]
吕岩威 楼贤骏 李平
文章改进的主成分聚类分析方法——加权主成分距离聚类分析法,对中国各省份经济发展质量进行分类,从可解释性与统计检验两个层面检验该方法在实践应用中的分类效果。研究结论表明,与已有聚类分析方法相比,加权主成分距离聚类分析法的分类结果可解释性最强,F检验值最高,分类效果明显优于其他聚类分析方法。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李雷 王海燕 陶尚玉 陈梦微 龙星雨 夏惠 祝进 邓群仙 周琼
采用25个果实性状指标和19对SSR引物对四川栽培的19份李种质资源进行主成分分析和聚类分析,并以欧式距离、前3个主成分和遗传相似性为基础,分别作系统聚类、三维排序图和UPGMA聚类。结果表明:19份李种质25个果实性状指标的平均变异系数为54.71%,其中果皮红绿色差值a*值的变异系数最大,为436.14%,果核侧径的变异系数最小,为9.99%;系统聚类可将李果实分为深色系大果型和浅色系小果型;主成分分析中,前3个主成分累计贡献率为73.27%,第1主成分(果重因子)的贡献率为49.45%,第2主成分(果形与色泽因子)的贡献率为14.21%,第3主成分(营养因子)的贡献率为9.62%;以主成分PC1、PC2和PC3向量为轴的三维排序图清晰地展示出各种质在果实性状上的相对差异;SSR标记显示供试材料的遗传多样性丰富,UPGMA聚类与系统聚类和主成分三维排序的结果基本一致。
关键词：
李 果实性状 微卫星标记 聚类分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张馨方 张树航 李颖 郭燕 王广鹏
为科学利用现有板栗种质资源并对其进行高效管理和保存。本研究利用简单重复序列(SSR)标记,采用非加权算数平均聚类法(UPGMA)对来自12个省(市或自治区)的279份板栗种质进行多次聚类抽样。聚类抽样时将2种遗传相似系数(SM系数和Dice系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)分别组合获得不同样本群,再比较不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei’s多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I),研究构建板栗初级核心种质的适宜方法,并采用t检验和主坐标分析评价初级核心种质的代表性,结合表型特征对其进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的种质比随机取样法具有更高的Ne、H和I;应用SM相似性系数构建的核心样本,其遗传多样性指标要优于Dice相似性系数;根据主坐标结合形态学指标分析,利用位点优先取样法和SM相似性系数经过3次聚类构建了68份板栗初级核心种质,保留了原种质24.37%的样品,Ne、H和I分别为1.539、0.329和0.502,均高于原种质各遗传多样性指标,能够较全面的代表整个板栗资源的遗传多样性。综上,基于SSR标记利用SM系数聚类,并结合位点优先取样法是构建板栗初级核心种质较适宜的方法。
关键词：
板栗 初级核心种质 SSR 遗传多样性
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