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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
巴巧瑞 赵政阳 高华 王艳丽 孙彪
【目的】用SSR和SRAP分子标记技术,分析苹果(Malus domestica Borkh.)重要栽培品种的亲缘关系,为苹果杂交育种亲本及组合的选配提供参考。【方法】用亲缘关系较近的金冠和秦冠筛选SSR和SRAP多态性引物,利用SSR和SRAP分子标记技术对37个苹果栽培品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】筛选出了用于37个苹果主栽品种亲缘关系分析的10对SSR和10对SRAP引物,其分别产生56和64条扩增带,平均多态性比率分别为61.09%和70.8%。根据SSR+SRAP分析结果,37个苹果品种被聚为6大类。【结论】所选取的引物能够有效地揭示供试苹果品种的遗传多样性,并且苹果品种...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘秀云 李慧 刘志国 赵锦 刘孟军
【目的】枣原产中国,种质资源丰富。对来自中国22个省区不同用途的255个枣品种进行SSR分析,揭示这些不同产地来源的枣种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为枣种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】利用改良CTAB提取供试枣种质的基因组DNA,以前期枣基因组测序挖掘出的SSR引物为基础,进行高效率引物筛选,并利用SSR分子标记技术对255份枣种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,然后利用8%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染后显色。根据条带有无统计数据,计算出多态性位点百分率(PIC),用NTSYS软件进行UPGMA聚类分析;利用STRUCTURe软件分析群体遗传结构,计算出最适群体...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
董爱香 王涛 徐进 赵梁军
应用SRAP分子标记,对24个国内外优良一串红品种(系)进行了亲缘关系分析。结果表明,从88个引物组合中筛选到24个多态性较高的引物组合,共扩增出306个多态性条带,平均每个引物组合产生12.8个多态性条带,获得了较高的多态性比率。对不同样本产生的扩增产物进行聚类分析发现,在相似系数0.72的水平上,可以把24个一串红品种(系)分为3大类:本课题组自育品种(系)全部聚在Ⅰ类;国外品种全部聚在Ⅱ类;‘展望白’和‘展望鲑红’聚为Ⅲ类,与其他花色截然分开。一串红SRAP分子标记的多态性与种质来源的关系密切,利用SRAP分子标记的聚类分析结果可为一串红杂交亲本选配、品种鉴定和知识产权保护提供依据。
关键词:
一串红 多态性 SRAP
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王明明 陈化榜 王建华 宋振巧 李圣波
【目的】探讨木瓜属品种的种源、亲缘关系以及遗传多样性,旨在为木瓜属品种的分类提供科学依据。【方法】利用22个SRAP(sequence-related amplified polymorphism)引物组合对27份品种和5份野生种进行聚类分析、主坐标分析及遗传多样性的评价。【结果】共检测到152个多态性位点,平均每个引物组合6.91个多态性位点,多态性位点百分数为73.08%。聚类分析显示,32份材料可划分为毛叶木瓜种系、西藏木瓜、皱皮木瓜种系、日本木瓜种系4个类群。西藏木瓜与毛叶木瓜种系聚为一支,亲缘关系密切;日本木瓜种系和皱皮木瓜种系聚为另一支,日本木瓜种系与毛叶木瓜种系亲缘关系最远,皱皮...
关键词:
木瓜属 品种 SRAP 遗传多样性
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘昆玉 徐丰 石雪晖 钟晓红 杨国顺 倪建军
运用SRAP标记对分布在湖南省内的21份刺葡萄资源进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明:从84对SRAP引物组合中筛选出的7个引物组合中共扩增出61条带,其中有34条稳定的多态性条带,多态性比率为55.7%;运用NTSYS软件计算出21份材料的成对遗传相似系数为0.80~0.99,在遗传相似系数0.92处可将全部材料划分为3个类群;UPGMA聚类分析表明,在湖南省境内分布的刺葡萄有6个基本类型,并推测出了农大1号至农大9号育种材料(2003年由湖南农业大学运用秋水仙素处理不同地区刺葡萄种籽得到的诱变材料,由于经过3次搬迁,现已遗失亲本档案)的亲本。
关键词:
刺葡萄 亲缘关系 SRAP标记
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张妹 何正权 马江 桑子阳 朱仲龙 张德春 马履一 陈发菊
【目的】为了解析红花玉兰各品种间的遗传多样性和遗传差异等问题,本研究采用SSR和SRAP分子标记方法对红花玉兰不同品种的遗传多样性水平和遗传分化程度进行评估,以建立其分子标记体系。【方法】以35个红花玉兰品种为实验材料,分别进行SSR和SRAP标记扩增,计算出SSR和SRAP分子标记的各遗传参数。利用NTSYS-pc2.1软件计算各品种间的遗传相似系数并用非加权法(UPGMA)进行聚类分析。通过R语言分析筛选出能够完全区分红花玉兰品种的引物对组合。【结果】经筛选共获得18对具有多态性且条带清晰的SSR引物,分别以35个红花玉兰品种基因组DNA为模板,共扩增出DNA条带128条,每对引物扩增条带在2~15之间,平均每对引物扩增7.1条,平均带型数为10.6,平均有效带型数为5.4,平均分辨能力(D)为0.72;不同引物的多态性位点百分比变化范围很大,在0.142 9~1.000 0之间,均值为0.730 2;Shannon’s指数平均为0.304 2,范围是0.086 4~0.433 7;平均期望杂合度为0.248 8,范围是0.059 2~0.282 3。利用筛选获得的11对SRAP引物对35个红花玉兰品种进行鉴定,共扩增156条DNA条带,引物扩增条带数在7~18之间,平均每对引物扩增14.2条,平均带型数为22.7,平均有效带型数为13.2,平均分辨能力(D)为0.93;11对引物的多态性位点百分比平均数为0.815 6,变异范围是0.657 1~1.000 0;平均Shannon’s指数为0.375 9,变异区间在0.287 2~0.455 3;平均期望杂合度为0.240 4,范围在0.180 2~0.311 6之间。【结论】红花玉兰具有较高的遗传多样性,经筛选和优化后的SSR和SRAP引物组合均能将现有红花玉兰品种完全区分开,实现了对红花玉兰品种的简便、快速、准确地鉴定,并为红花玉兰的保护和繁育,以及新品种的选育提供了重要的参考。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
潘丽芹 李纪元 李绍翠 范正琪 殷恒福 何丽波
【目的】开发基于山茶转录组的EST-SSR分子标记,并应用该标记进行山茶种质的亲缘关系分析。【方法】本研究以山茶叶片转录组测序所获得的50 518条Unigenes为背景数据,利用MISA软件搜索SSR标记,设计并筛选SSR多态性引物,对8份山茶种质进行了UPGMA聚类。【结果】共检索到13 197个SSR位点,SSR的发生频率和分布频率分别为19.52%、26.12%,平均分布距离为4.33 kb;在6种SSR重复类型中,以单、二、三核苷酸这3种重复类型为主,分别占48.420%、34.917%和15.473%;出现频率高的基序类型为A/T、AG/CT和AT/TA,占总SSR位点的79.61%;三核苷酸中以AAG/CTT、ACC/GGT、AAT/ATT类型居多;在设计出的10 974对引物中,随机选用其中90对引物进行多态筛选,73对引物扩增产物与预期大小一致,有效扩增率为81.11%,29对引物存在扩增多态性,占39.73%。扩增得到72个等位基因,有效等位基因数平均达到3.264;观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.208和0.638,引物多态信息含量平均为0.496;8份山茶种质在相似系数为0.58时,可以分为4类:山茶原种为Ⅰ类,‘黑蛋石’、‘红叶黑魔法’和‘黑骑士’为Ⅱ类,‘黑魔法’和‘金华美女’分别为Ⅲ类和Ⅳ类。【结论】山茶转录组测序的Unigenes信息可作为SSR标记开发的有效来源,为山茶的遗传多样性研究、亲缘关系鉴定以及分子标记辅助育种等奠定了一定的理论基础。
关键词:
山茶 转录组 SSR 标记 亲缘关系
[期刊] 林业科学
[作者]
文亚峰 谢碧霞 何钢 潘晓芳
利用荧光AFLP分子标记技术对27个人心果品种(类型)及4个蔓妹人心果品种资源的亲缘关系进行研究。9对引物(PstⅠ-MseⅠ)共扩增得到1131条带(75~500 bp),其中多态性带1 096条(96.90%)。28个品种(类型)具特征性条带,特征带大小为350~500 bp。品种间多态性比例在22.19%~45.89%之间,遗传相似性系数为0.40~0.87。UPGMA聚类结果将31个品种聚为蔓妹人心果类群(MAM)和2个人心果类群(SAP1和SAP2)。在遗传相似性系数0.52处,4个蔓妹人心果品种首先被区分开,单独聚为一类(MAM)。人心果类群中,11个美国品种和10个国内地方类型在...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李晓玲 程岁寒 杨进
本文采用10对SRAP引物,对10份续断属植物样本进行遗传亲缘关系分析。结果表明,10对引物共扩出566条谱带,平均每对引物扩增出56.6条带,片段大小为150~2000 bP,其中多态性条带为362条,平均每对引物扩增的多态性条带为36.2条,平均多态性条带百分率为64%,结果表明续断属植物具有丰富的遗传变异。UPGMA聚类分析表明10份续断属植物分为2个大类和4个亚类,大头续断和深紫续断有一定的亲缘关系,与其它续断属植物间遗传差异较大;日本续断、恩施续断、大理续断和川续断遗传亲缘关系较近,其中大理续断和川续断聚为一个小类群,支持大理续断并入川续断。
关键词:
续断属植物 SRAP 遗传亲缘关系
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李永平 康建坂 林珲 温庆放
研究影响佛手瓜SRAP扩增反应的主要因子,建立佛手瓜SRAP反应的优化体系,利用SRAP技术对福建省10个佛手瓜栽培种进行亲缘关系分析.筛选出10对具有较高扩增多态性的引物组合,共扩增出条带114条,其中62条为多态性条带,多态率为54.38%.聚类分析结果表明,当遗传距离为0.20时,可将10个品种分为3个类群;遗传距离为0.35时,10个品种聚为一类,表明10个佛手瓜品种的亲缘关系较近.
关键词:
佛手瓜 亲缘关系 SRAP 聚类分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张鹏 张源 王铁杆 严兴洪
利用SSR标记对9个坛紫菜(Porphyra haitanensis)品系(2个野生品系,2个优良品系,2个杂交品系,3个色素突变品系)的丝状体进行了亲缘关系分析。结果表明:从52对微卫星引物中筛选出7对引物,它们的反应稳定并且其PCR产物具有多态性。9个品系的平均有效等位基因数(Ne)为1.7166,平均期望杂合度(He)为0.4074,平均多态信息含量(PIC)为0.3308,Shannon多样性指数(I)为0.6239。用Nei氏法计算出这9个品系的遗传距离和遗传相似性系数,再用UPMGA和Neighbor-joining2种方法所获得的系统学关系图,其结果均基本上反映了各品系间的亲缘关...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张旻桓 姚奕平 黄宇 金晓玲 叶烨 邢文 雍玉冰 张雨朦 黄承前
【目的】揭示江南牡丹可能的起源,为江南牡丹种质资源的遗传背景明晰和种质创新利用提供依据。【方法】利用筛选的 14 对 SSR 引物对 47 份资源 376 份样品进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】14 对引物共检测平均等位基因的变化区间为 1.500 ~ 2.786,总体的平均等位基因为 1.797,观测杂合度(H_o)变化区间为 0.371 ~ 0.786,期望杂合度(H_e)的变化区间为 0.250 ~ 0.510,平均值分别为 0.320 和 0.560,观测杂合度(H_o)的平均值大于期望杂合度(H_e)。固定指数(F)的变化区间为 -1.000 ~ 0.011,平均值为 -0.805。等位基因丰富度(A_r)的最大值为 2.79(‘香丹’),最小值为 1.5,平均值为 1.769,基本上为江南牡丹的传统品种。江南牡丹品种中来源于湖南牡丹的品种相对其他来源的品种具有较高的遗传多样性。江南牡丹大部分传统品种与卵叶牡丹显示了较近的关缘关系,其中‘四旋’‘玫红’‘轻罗’‘川红’有很近的遗传距离,整体来讲是一个较为独立的群体。‘凤丹’‘香丹’与杨山牡丹和紫斑牡丹显示了较近的亲缘关系。‘雪源红’和‘香玉’与大部分中原牡丹聚为一类,推测为早年引种至江南地区的中原牡丹品种。【结论】肉质花盘亚组可能没有参与江南栽培牡丹的起源,江南牡丹大部分传统品种有杨山牡丹、卵叶牡丹、紫斑牡丹、矮牡丹和四川牡丹的基因,这些种共同形成了江南牡丹品种群。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
郭丽琴 李友丽 饶国栋 张建国
[目的]对采集自不同地区的22个杨属树种33个样本的遗传变异和亲缘关系进行研究。[方法]利用从72对引物中筛选出的40对相关序列扩增多态性(SRAP)引物组合对杨属不同树种进行遗传变异和亲缘关系分析。[结果]40对引物共扩增出487条清晰条带,其中,多态性条带为441条,多态性条带比率为90.55%。利用UPGMA得到的聚类分析结果表明了33个样本间的遗传关系,遗传相似系数为0.448 6~0.910 3;白杨派和胡杨派的派间平均遗传距离最大,为0.377 7。聚类分析结果表明,33个样本可分为4大类,这一聚类结果与传统的分类结果一致。通过系统发育树可以看出,白杨派单独形成一个分支,黑杨派、胡杨派和青杨派形成另一分支,可能暗示白杨派与其他各派的亲缘关系较远,青杨派与黑杨派和胡杨派的亲缘关系则比较近。[结论]不同的杨树品种在SRAP位点有较高的多态性,SRAP分子标记适用于分析杨属的遗传变异和亲缘关系,研究结果为杨属树种的分类鉴定、系统进化等提供了一定的理论依据。
关键词:
杨属 SRAP 遗传变异 亲缘关系
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘彦群 鲁成 秦利 向仲怀
目的从分子水平揭示柞蚕品种资源之间的遗传关系,为柞蚕的育种及种质资源的利用提供依据。方法利用RAPD(randomamplifiedpolymorphicDNA)技术,对来自中国6个主要柞蚕产区的66个品种(系)和2个朝鲜的品种的基因组DNA多态性进行分析。根据扩增结果计算单匹配相似系数,用Neighbor-Joining法构建聚类图。结果筛选出的33个随机引物对68个柞蚕品种(系)共扩增出296条DNA带,其中多态性带269条(90.88%)。品种间的成对遗传距离在0.120~0.324之间,主要集中在0.200~0.300之间,有99.05%的品种对的遗传距离小于0.300。聚类分析表明,...
关键词:
柞蚕 品种 RAPD 遗传关系
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王旭 董丽娟 段继华 李赛君 张曙光
利用33对多态性SSR引物对84个茶树品种进行亲缘关系和遗传多样性分析,并基于SSR数据,对供试品种进行UPGMA遗传相似性聚类分析。结果表明:参试品种具有较高的遗传多样性(共检测到94个等位位点,每个引物2~4个,平均2.85个;引物多态性信息含量为0.20~0.79,平均值为0.56;可观测等位位点数最多9个,最少3个,平均4.79个;杂合度观测值为0.08~0.97,平均值为0.53;杂合度期望值为0.14~0.86,平均值为0.62;群体内的Shannon指数平均值为1.17);聚类分析结果显示,阿萨姆茶等6个品种各自形成了单独的分支,其余78个品种聚成1个大类群,在相似系数0.54处...
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