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[期刊] 林业科学
[作者]
刘恩英 王源秀 徐立安 黄敏仁
以簸箕柳×绵毛柳的F1代为作图群体,构建1份柳树遗传连锁框架图,该图谱包含117个标记(56个SSR,54个SRAP,5个SCAR和2个性别标记),图谱总图距为1631.4cM,标记间平均图距为14.1cM。估算柳树基因组的大小为2261.39cM,总的图谱覆盖率为72.14%。2个性别标记Sex-F和Sex-M被定位于该图谱第1和第17连锁群上,在第1连锁群上存在与雌性性别共分离的标记位点SCAR_AE08-780-5。通过基因组图谱初步比较研究发现,柳树框架图与毛果杨全基因组之间共有46个同源标记、15个同源连锁群,80.95%的同源标记具有共线性,这说明杨柳科基因组在进化过程中具有较高的...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张妹 何正权 马江 桑子阳 朱仲龙 张德春 马履一 陈发菊
【目的】为了解析红花玉兰各品种间的遗传多样性和遗传差异等问题,本研究采用SSR和SRAP分子标记方法对红花玉兰不同品种的遗传多样性水平和遗传分化程度进行评估,以建立其分子标记体系。【方法】以35个红花玉兰品种为实验材料,分别进行SSR和SRAP标记扩增,计算出SSR和SRAP分子标记的各遗传参数。利用NTSYS-pc2.1软件计算各品种间的遗传相似系数并用非加权法(UPGMA)进行聚类分析。通过R语言分析筛选出能够完全区分红花玉兰品种的引物对组合。【结果】经筛选共获得18对具有多态性且条带清晰的SSR引物,分别以35个红花玉兰品种基因组DNA为模板,共扩增出DNA条带128条,每对引物扩增条带在2～15之间,平均每对引物扩增7.1条,平均带型数为10.6,平均有效带型数为5.4,平均分辨能力(D)为0.72;不同引物的多态性位点百分比变化范围很大,在0.142 9～1.000 0之间,均值为0.730 2;Shannon’s指数平均为0.304 2,范围是0.086 4～0.433 7;平均期望杂合度为0.248 8,范围是0.059 2～0.282 3。利用筛选获得的11对SRAP引物对35个红花玉兰品种进行鉴定,共扩增156条DNA条带,引物扩增条带数在7～18之间,平均每对引物扩增14.2条,平均带型数为22.7,平均有效带型数为13.2,平均分辨能力(D)为0.93;11对引物的多态性位点百分比平均数为0.815 6,变异范围是0.657 1～1.000 0;平均Shannon’s指数为0.375 9,变异区间在0.287 2～0.455 3;平均期望杂合度为0.240 4,范围在0.180 2～0.311 6之间。【结论】红花玉兰具有较高的遗传多样性,经筛选和优化后的SSR和SRAP引物组合均能将现有红花玉兰品种完全区分开,实现了对红花玉兰品种的简便、快速、准确地鉴定,并为红花玉兰的保护和繁育,以及新品种的选育提供了重要的参考。
[期刊] 华北农学报
[作者]
史红丽 韩明玉 赵彩平
采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析。选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点。平均每对引物组合产生3.4个多态性位点。应用NTSYS-PC(Version 2.1)软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析。结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501~0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富。对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,...
关键词：
桃 SRAP SSR 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
乔慧 吴滟 傅洪拓 龚永生 蒋速飞 熊贻伟
采用SSR和SRAP标记结合拟测交策略构建青虾(Macrobrachium nipponense)遗传连锁图谱。共有175个标记(含27个SSR、148个SRAP标记)分布在53个连锁群上。每个连锁群含2~8个标记,其中不少于3个标记的连锁群有35个,连锁对18个,平均每个连锁群的标记数为3.3个;连锁群长度在6.7~91.2 cM之间,相邻标记间最大间隔为49.0 cM,最小为1.4 cM,平均间隔为13.1 cM。青虾框架图谱长度为997.2 cM,图谱观察总长度为2 270.5cM,根据估算,青虾遗传连锁图谱预期长度为4 380.6 cM,图谱的覆盖率为51.83%。本研究构建了青虾遗传...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨海健 周心智 谭平 张云贵 弓亚林 杨世勇 钟昭林
香橙是我国原产珍贵柑橘资源,具有很大的开发利用价值。为了进一步保护和利用该类资源,通过2种分子标记研究了9个香橙资源的多样性,并比较了这两种标记在分析植物多态性上的差异。结果显示:两标记均显示出9个香橙之间均存在不同程度的差异,其中,3号香橙和8号糖橙遗传距离最近,2号香橙和7号软枝香橙距离最远。分析显示,SRAP标记比SSR标记能够更容易、更快捷的获得大量的多态性分子标记,而如果这两种标记相结合,将能获得更全面的扩增信息和更准确的聚类结果。
关键词：
SSR SRAP 香橙 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许晓燕 余梦瑶 罗霞 江南 曾瑾 魏巍 郑林用
利用AFLP和SRAP标记对19株毛木耳进行遗传多样性分析。12对AFLP引物扩增得到624条片段,14对SRAP引物扩增得到459条片段,采用聚类分析都供试材料被分为4个群。结果表明,AFLP和SRAP标记均适合毛木耳遗传多样性分析,而SRAP标记较AFLP标记简便,更适于大规模的遗传多样性分析。
关键词：
毛木耳 AFLP标记 SRAP标记
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张羽 陈进 高文渊 张晓娟
为了掌握陕南地区油菜主要育种材料的遗传多样性，了解其遗传背景，明确各材料间的亲缘关系，为油菜育种提供理论依据。利用３４对有多态性的ＳＲＡＰ标记和２５对ＳＳＲ标记，对５６份陕南地区油菜自交系材料进行遗传多样性分析。结果表明，ＳＲＡＰ标记共检测到２７３个等位变异，平均每个标记检测到８个等位基因，每个ＳＲＡＰ位点的遗传多态性信息含量在０．３２～０．９３，平均值为０．６４。供试材料的遗传相似系数集中在０．４７～０．９３，两两遗传相似系数的平均值为０．６９，变幅为０．３４～０．９３，聚类分析表明。在相似系数０．４７处，所有材料被聚为一类。ＳＳＲ标记共检测到１５５个等位基因，平均每个标记检测到７个等位基因．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李洪超 杜菲 于晓丹 郭宁 张蕴薇
利用从本试验32对引物中筛选得到的7对稳定可靠的SSR标记引物,对10份柳枝稷种质材料进行遗传多样性的SSR分析。结果表明:不同种质材料在7个位点的PIC值在0.669～0.881之间,遗传相似系数在0.385 4～0.905 7范围内波动。依据遗传距离和引物,应用非加权组平均法(UPGMA)对材料进行聚类分析,其中引物5211_B07的聚类结果和遗传距离的聚类结果相同:5个登记品种材料和野生种质材料No.2聚为一类,种质间遗传关系较近;其他4份野生种质聚为另一大类。
关键词：
柳枝稷 种质遗传多样性 SSR 聚类分析
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李思广 陈少瑜 付玉嫔 尹艾萍 司马永康 祁荣频 周云 王绍昌
【目的】揭示黑老虎5个群体70份种质资源的遗传多样性水平和遗传结构状况，为种质资源评价、保护及利用提供理论依据。【方法】用筛选出的17对引物进行所有样本SSR-PCR扩增，扩增产物经毛细管电泳后采用Gen Alex v6.502、Ntsys V2.2及Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性和遗传结构分析。【结果】17对引物的70份样本中共检测到147个等位基因，平均每对引物扩增出8.647个等位基因。17个位点的Shannon信息指数（I）平均值为1.421，期望杂合度（H_e）平均值为0.648，多态信息指数（PIC）平均值为0.612。5个群体中马关群体（MGH）的遗传多样性最高，I和H_e分别为1.070和0.544。群体遗传分化系数（F_(st)）平均值为0.323，有32.3%的变异来源于群体间。分子方差分析（AMOVA）显示群体间方差分量比为28.8%，群体间的遗传变异占总变异量的28.8%。17个位点群体内近交系数（F_(is)）的平均值为0.161(F_(is)>0），黑老虎存在较强的近亲交配，5个群体中只有广西群体（GXH)F_(is)<0。基因流（N_m）为0.876，属中等水平。UPGMA聚类和STRUCTURE分析将70份黑老虎种质资源划分成了3个类群：类群Ⅰ由来自于MGH的样本资源组成，类群Ⅱ主要由屏边群体（PBH）的样本资源组成，类群Ⅲ主要由GXH、贵州群体（GZH）及湖南群体（HNH）的样本资源组成。【结论】黑老虎种质资源具有丰富的遗传多样性，群体间存在极高的遗传分化，遗传变异主要来源于群体内的个体。大部分种质的遗传背景比较单一，同一群体的不同种质遗传组分基本相同。在黑老虎育种及资源保护和开发工作中，应在尽量涵盖全部群体类别的基础上，特别重视遗传多样性丰富的群体以及各群体内不同类型个体的选择、保存和利用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李媛媛 沈金雄 王同华 傅廷栋 马朝芝
【目的】建立甘蓝型油菜的高质量遗传图谱,为在分子水平上研究复杂性状打下基础并提供保证。【方法】以甘蓝型油菜自交不亲和系“SI-1300”及其恢复系“Eagle”组配得到的184个F2单株为群体,利用SRAP、SSR和AFLP标记技术构建甘蓝型油菜遗传图谱。【结果】该图谱共包含21个连锁群,涉及137个SRAP标记、143个SSR标记和118个AFLP标记。图谱总长1949.8cM,标记间平均图距为4.9cM。以SSR标记为锚定标记,该图谱与国际标准图谱进行了初步对应。研究共发现了8个偏分离区域。【结论】根据对标记分布的均匀程度,图谱覆盖程度以及标记密度等方面的分析,本研究构建的甘蓝型油菜分子遗...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘晨 高明伟 刘超 何俊娜 吴健 僧珊珊 钟雄辉 吴晨雨 张凤勤 义鸣放
为进一步研究唐菖蒲杂交育种亲本选配和杂种的早期鉴定，以２１个唐菖蒲品种为试材，对这些品种的表型性状特征进行聚类分析，并利用ＳＲＡＰ技术对其构建指纹图谱。结果表明：２１个品种的表型性状表现出一定的遗传多样性，变异６．７８％～１４７．２９％。经过对ＳＲＡＰ－ＰＣＲ反应条件的优化，从１００对引物中筛选出１６对引物适用于唐菖蒲ＰＣＲ反应；通过对２１个品种ＳＲＡＰ标记的试验与分析，共在４６８个位点上扩增出条带，多态性位点４１１个，平均每个引物组合扩增多态性条带２５．７个；基于ＳＲＡＰ标记的ＵＰＧＭＡ聚类分析显示，２１个品种间ＪＡＣＣＡＲｄＰ’Ｓ相似系数０．４６～０．７５。将２种聚类结果进行比较发现，唐菖．．．
关键词：
唐菖蒲 表型性状 SRAP标记
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵胜杰 刘文革 阎志红 何楠 包文风
利用30对SRAP(Sequence related amplified polymorphism)引物和11对EST-SSR引物对西瓜9份栽培自交系、3份美国材料和6份非洲野生种进行了遗传多样性分析。结果表明,栽培种与野生种间多态性比率高达92.11%,野生种间多态性比率为34.11%,栽培种间多态性比率仅为21.05%。3份美国材料的扩增带多数与栽培种相似,但也扩增出了一些特异条带。试验表明SRAP和EST-SSR用于西瓜作物的遗传分析是高效可行的。
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱洪运 颉建明 郁继华 简元才 康俊根
以不同生态型甘蓝抗枯萎病高代自交系R4-P1和感枯萎病自交系R2-P2组配得到的142个F2单株作为构图群体,利用AFLP、SSR、SRAP这3种分子标记技术对该群体进行遗传连锁分析,构建了一张含有9个连锁群、240个标记位点的高密度甘蓝分子遗传连锁图谱(LOD≥4),其包含162个AFLP标记、52个SSR标记和26个SRAP标记,标记间平均图距3.6 cM,覆盖864.4 cM。该图谱涉及标记种类多,是目前发表的覆盖基因组较全面的结球甘蓝亚种内遗传连锁图谱,可供参考的SSR标记数量多,将为后期甘蓝枯萎病抗性基因的定位及克隆搭建良好平台,同时为结球甘蓝重要农艺性状的QTL定位及分子标记辅助选...
关键词：
结球甘蓝 分子标记 遗传连锁图谱
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
周鹏 林玮 朱芹 周祥斌 吴林瑛 陈晓阳
采用相关序列扩增多态性分子标记方法，对７个省份２３个种源的刨花润楠进行遗传多样性分析。结果表明：１）１２对引物组合共扩增出１５７条带，其中１１５条为多态性条带，占总条带数的７３．２４％；２）１２对引物的多态性指数介于０．４０６～０．５０２，平均值为０．４７６；３）通过分子方差分析发现，刨花润楠种源内差异占总差异的７２．１９％，种源间差异占总差异的２７．８１％，种源内差异为刨花润楠差异的主要来源；４）基于遗传距离的聚类分析显示，２３个种源的刨花润楠可分为４类：第１类为湖南、广东、广西的所有参试种源和江西多数种源，第２类为浙江参试的３个种源，第３类为江西婺源和安徽黄山２个种源，第４类为福建参试的４．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘明骞 陈丽君 丁美美 欧阳昆唏 惠文凯 李俊成 陈晓阳
采用相关序列扩增多态性(Sequence-related amplified polymorphism,SRAP)分子标记方法,对收集到的来源于11个国家的19个剑豆种群进行遗传多样性分析。结果表明:1)在扩增出的274条清晰条带中,具有多态性的有144条,占总数的52.6%;2)28对引物的多态性指数(Polymorphism information content,PIC)介于0.16~0.43,平均值为0.28;3)剑豆总遗传多样性指数(Ht)为0.285 6,基因流(Nm)为0.065 6;4)通过分子方差分析(Analysis of molecular variance,AMOVA)...
关键词：
剑豆 相关序列扩增多态性 遗传多样性
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