【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证，为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料，筛选SSR荧光标记引物，采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因，获得相应的扩增带型，从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术，筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析，并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点，每对引物平均8.211个，有效等位基因（Ne）变化范围为1.263～12.568，平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547～2.664，平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32～0.917，平均值为0.603，观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）范围分别为0.208～0.920和0.133～0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637，显示出有较高的杂合度；遗传相似系数为0.85～0.98，且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄，遗传相似度较高，不同品系间基因交流较少；京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远，遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。

以20个梨栽培品种为例,利用SSR标记构建梨分子身份证体系。从分布在梨17个连锁群的60对SSR引物中筛选出分别位于17条染色体的17对多态性引物对20个梨栽培品种进行扩增,共检测到等位基因136个,每对引物检测到的等位基因数在5~11之间,平均8个;共检测到基因型203个,每个引物检测到的基因型在7~17之间,平均为12个,表明所选引物具有较高的鉴别力。多态信息含量指数(PIC)变幅为0.614~0.848,平均为0.733。38个双引物组合可区分全部供试品种。根据引物对不同品种扩增条带大小进行编码,然后将每个品种17个SSR位点的赋值依次组合,建立了20个梨栽培品种的分子身份证。

以219个叶子花栽培品种为研究对象，在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增，共扩增出414条带型，平均每对引物扩增出20.7条；20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189～0.823,平均值为0.696,当PIC>0.50时可以认为该引物为高度多态性信息引物；20对引物在219个品种中共检测出219个等位基因，平均每对引物检测出10.95个；20对引物在219个品种组成的群体中，其平均有效等位基因数为4.212个，平均Shannon多样性指数为1.633,平均观测杂合度为0.430。在构建叶子花品种分子身份证方面，通过SSR标记技术，根据PIC的高低选择引物组合，采用数字与英文大小写字母相结合的方法，对不同长度的扩增片段进行赋值，最终用20对引物构建了219个叶子花品种的分子身份证，并通过在线软件进一步转换成唯一可识别的品种信息二维码。叶子花品种分子身份证和信息二维码的构建，可避免出现由于品种繁多及命名混乱而导致的同名异物和同物异名的现象，促进品种知识产权保护，做到种质可追溯。

【目的】糜子（Panicum miliaceum L.）作为一种古老的粟类作物，种质丰富，基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。【方法】以235份中国糜子核心种质为试验材料，对山西农业大学农学院糜子作物分子育种课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息，经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光（FAM/HEX），利用毛细管电泳给出材料的基因型，采用“0,1”二进制编码方式记录扩增条带的有无，使用ID Analysis 4.0检测材料的区分程度。采用十进制（0—9）统计扩增片段大小以获得材料的字符串分子身份证。使用Popgene、Powermarker、MEGA、NTSYS进行遗传多样性、遗传聚类和主成分分析。利用二维码在线软件（https://cli.im/）给出材料的二维码DNA分子身份证。【结果】PCR扩增结果发现，7个荧光SSR(RYW3、RYW6、RYW11、RYW18、RYW37、RYW43和RYW125)组合在一起可以将235份材料全部区分开。BLAST结果表明，RYW18、RYW37分布在第2染色体，分别位于0.60和0.80 cM处；RYW125位于第4染色体，定位在10.40 cM处；RYW43、RYW6分布在第5染色体，分别位于52.80和53.00 cM处；RYW11和RYW3定位在第6染色体，分别位于2.10和20.70 cM处。遗传多样性分析结果表明，235份材料在7个位点共检出87个等位变异，每个位点检出3(RYW11)—25(RYW6)个，平均为12.4286；检出Shannon多样性指数（I）变幅为0.2055(RYW18)—2.0587(RYW6)，平均1.1398；观测杂合度（Ho）为0.0086(RYW11)—0.9455(RYW18)；期望观测杂合度（He）为0.0795(RYW18)—0.7452(RYW6);Nei’s基因多样性指数（Nei）为0.0793(RYW18)—0.7452(RYW6)；多态性信息含量（PIC）为0.0334(RYW11)—0.8071(RYW6)，平均为0.5185。聚类分析和主成分分析均将材料划归8个类群。将电泳条带进行数字编码，利用7个标记组合，构建了全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证。【结论】以235份中国糜子核心种质为试验材料，利用PCR扩增和毛细管电泳筛选到7个糜子荧光SSR核心标记。基于糜子参考基因组信息将上述标记定位在4条染色体上。利用上述标记扩增供试材料，给出遗传多样性衡量参数，基于遗传距离将材料聚为8个类群，主成分分析解决了聚类结果中出现的偏差。依照最少引物区分最多种质的原则，利用十进制编码方式给出材料的字符串DNA分子身份证，结合表型数据，利用二维码在线软件构建了全部材料的二维码DNA分子身份证。

[目的]分析江西杉木种质资源的遗传多样性，构建其核心种质；在此基础上，构建核心种质分子身份证，为江西杉木种质的进一步研究与利用提供理论依据和核心材料。[方法]以江西地区的杉木种质为材料，利用SSR标记开展遗传多样性分析，并基于等位基因数最大化原则(M策略)构建核心种质，通过遗传多样性参数及其保留比例进行核心种质评价，结合遗传多样性参数的t检验和主坐标分析(PCoA)验证和确认核心种质的代表性。基于最少标记鉴定最多种质的原则，选择高效SSR标记，构建江西杉木核心种质的SSR分子指纹图谱和分子身份证。[结果]20个SSR标记在495份种质中共检测到122个等位基因数(N_a)，平均Shannon's信息指数(I)、平均Nei's遗传多样性指数(H)、平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)分别为0.762、0.400、0.394和0.400，表明江西杉木种质的遗传多样性较丰富。采用M策略构建了含有52份材料的江西杉木核心种质，10.5%的核心种质保留了原种质100.0%的N_a、107.4%的有效等位基因数(N_e)、115.1%的I、109.0%的H、104.1%的H_o、110.0%的H_e和111.2%的PIC; t检验表明以上遗传多样性参数与原种质均没有显著差异，主坐标分析(PCoA)显示核心种质在原种质的主坐标图分布均匀，说明构建的核心种质具有代表性。按多态性信息含量(PIC)值高低顺序，依次增加标记数量，结合UPGMA聚类，发现4个SSR分子标记，H97与H286、CLSSR9、CLSSR37相结合，可将52份江西杉木核心种质鉴别，据此构建了52份核心种质的SSR分子指纹图谱、分子身份证条形码和二维码。[结论]江西杉木种质资源的遗传多样性较丰富，构建的江西52份杉木核心种质具有代表性，选择上诉4个高效SSR标记可有效鉴别核心种质，并成功绘制了江西杉木核心种质的分子身份证。

为了开发芍药品种分子鉴定方法，本研究采用ＳＳＲ标记技术，在目前芍药ＳＳＲ引物开发较少的情况下，采用文献相关引物８４对，并结合自行设计的２７对引物，将６％非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合，从１１１对引物中筛选出２９对扩增稳定、多态性高的核心引物；共检测到２２３个ＳＳＲ等位位点，平均每对引物为７．６９个，有效等位基因数（Ｎｅ）为３．６５８±０．３２８，ＳｈａＮＮｏＮ多样性指数（Ｉ）为１．３７１±０．１０４，观测杂合度（ｈｏ）为０．５３２±０．０４５，期望杂合度（ｈｅ）为０．６４５±０．０３６，多态性信息含量ＰＩＣ值介于０．２０～０．８４，平均０．６０。基于最少引物鉴定最多种质的原．．．

利用10个中国花生品种,评估了AFL,SRAP,SSR和STS技术在区分相近来源花生品种上的应用效果。结果表明,AFLP和SRAP标记虽然可以揭示这些花生品种的遗传多样性,但在本研究采用的引物对条件下,单独使用任何一对引物不足以区分全部品种,提示我们需要考虑多对引物的配合,或者需要尝试更多的限制酶或引物对;从103对SSR或STS引物中筛选出9对引物,即Lec_1,Ah4_26,Ah4_4,SsS14,SHPAL_1,PG_71,PG_43,PM_36,PG_22,对所采用的10个花生品种的区分率均为100%。鉴于花生栽培种形态学、细胞学和生化标记贫乏,这9对高辨别力的SSR和STS引物对花生...

山东自古为中国苹果的栽培中心,苹果属植物资源较为丰富,种间杂交类型较多,资源分类难度大,相关研究较为滞后。本研究选取山东省果树研究所苹果资源圃保存的41份资源为试材,利用SSR荧光标记构建分子身份证,旨在探索建立应用分子技术进行资源分类鉴定的技术体系。从SSR富集文库中开发并设计59对引物,从中筛选出10对多态性良好的引物,利用SSR荧光标记毛细管电泳检测扩增条带分子量的方法对41份山东省原产的苹果属资源进行分析,获得相应的等位基因。采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,按照10对引物从小到大串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。试验结果表明:10对SSR引物共检测到139个SSR等位位点,244种基因型,平均每对引物对品种扩增等位位点13.9个,基因型24.4种。利用PopGen32软件计算引物的多态性信息含量,10对引物的平均多态性信息含量为0.85。基于10对SSR引物的扩增结果,采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,成功构建了41份山东苹果种质资源的分子身份证,为山东省苹果资源的鉴定工作提供了重要依据。

【目的】近年来，油茶（Camellia oleifera）产业发展迅速，已成为中国四大油料之一。油茶良种不断涌现，但品质参差不齐，“同名异物、同物异名”等现象时有发生。建立油茶品种资源的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,SNP）分子标记数据库，筛选重要SNP位点，开发油茶品种资源DNA指纹图谱，构建油茶品种资源的分子身份证，为品种鉴别、品种追溯等提供分子水平鉴别技术支撑。【方法】以221份普通油茶品种资源为材料，提取未成熟种子RNA，进行转录组测序。以二倍体南荣油茶基因组为参考，识别供试油茶品种资源的SNP位点并基因分型，利用SNP数据分析油茶群体及亚群的遗传多样性，分析SNP位点的观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量（PIC）等信息，筛选核心SNP位点并采用Sanger测序验证，得到最优SNP位点组合后，结合品种资源基本信息构建油茶品种资源分子身份证。【结果】从油茶转录组中共检测到1 849 953个高质量SNP位点。群体遗传多样性分析发现，油茶群体观测杂合度为0.2966，期望杂合度为0.2462，固定指数为-0.2048,PIC为0.2073，最小等位基因频率为0.1648。参试群体的各亚群间遗传分化较小，存在较高的基因流，主要变异存在于亚群内。根据PIC、连锁不平衡衰退距离（LD）等参数从所有SNP位点中筛选出31个多态性高的核心位点，Sanger测序验证其中8个核心位点基因分型的准确率在91.36%以上。利用核心位点组成DNA指纹图谱，可区分出全部参试油茶品种资源。DNA指纹图谱结合油茶品种资源基本信息，构建成由66位数字组成的油茶品种资源分子身份证。【结论】依据SNP标记的PIC、LD等指标，筛选出31个核心SNP位点，精准区分全部供试油茶品种资源。将31个SNP位点所构建的油茶品种资源DNA指纹图谱与品种资源的起源、资源类型和亚群分布等基本属性信息相结合，构建了每份油茶品种资源唯一的分子身份证，并生成相应的条形码和二维码。

【目的】以来源于不同国家和地区的127份红麻栽培种、野生种和近缘种为材料,利用SRAP标记构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用SRAP标记对127份红麻种质进行遗传分析,计算其遗传相似系数。利用UPGMA法作聚类图,构建分子身份证。【结果】40对引物组合在127份红麻种质材料中共扩增出383条DNA片段,其中,375条为多态性片段,总的多态性条带比率(PPB)为97.9%。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.70时,127份红麻种质资源被划分为4个类群。用SRAP特征谱带和多种引物组合2种方法可有效区分所有材料,并构建出127份红麻种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。...

【目的】探究国兰种质资源遗传多样性水平,并构建分子指纹图谱及分子身份证,为在分子水平上鉴定国兰种质提供技术支撑,也为国兰种质资源开发、保存利用及种质创新奠定基础。【方法】以收集于华南及邻近地区的139份国兰栽培品种和野生种质为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,由13条正向引物和16条反向引物随机组成208对SRAP引物,每对引物用品种‘宋梅’和‘大勋’扩增产物进行筛选;PCR扩增产物应用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳胶图进行人工读带,并计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数、...

【目的】对来源于不同国家和地区的51份红麻栽培种、野生种和近缘种进行遗传分析,构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用ISSR和RAPD标记对不同类型的51份红麻种质资源进行分析,计算其遗传相似系数,利用UPGMA法作聚类图,建立分子身份证。【结果】19个ISSR标记共产生113条条带,其中101条为多态性带,多态性比率(PPB)为89.38%;20个RAPD标记共产生118条条带,其中112条为多态性带,多态性比率(PPB)为94.92%。品种间多态性丰富,结合特征带、特异谱带类型和不同引物组合3种分析方法,可有效建立51份红麻种质资源的特异分子身份证。【结论】材料间遗传多样性较高,有较远的...

采用ISSR分子标记技术获得华中利川莼菜和华东苏杭莼菜品种间的DNA指纹图谱,以构建其分子身份证。利用莼菜基因组DNA的ISSR扩增带型多态性分析数据,对居群间UPGMA聚类分析显示6个莼菜居群形成华中利川和华东苏杭2个分支。个体间UPGMA聚类分析也显示华中利川3个居群的23个莼菜个体聚类成一个分支,而华东苏杭3个居群的23个个体聚类成另一分支。其中,3条核心ISSR引物(P817、P825、P845)扩增产生的指纹图谱,可用于构建苏杭莼菜和利川莼菜2个地域性品种特异的分子身份证。研究结果表明:ISSR标记用于鉴别华中利川和华东苏杭莼菜品种种质资源是有效的,同时揭示了地理位置的隔离及气候地带的差异化与它们在分子水平上的分化是一致的;采用多种分子标记联合构建不同莼菜品种的分子身份证数据库,并与传统性状特征相结合,将有利于更准确地鉴定莼菜品种资源。

【目的】以国家果树种质郑州葡萄、桃圃保存的237份中国桃地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,进行种质分子身份证构建工作,并对构建方法进行探讨。【方法】采用筛选后的SSR标记对品种进行区分,然后根据引物对不同品种扩增条带分子量的大小进行编码、组合。【结果】从80对引物中筛选出来自桃8条染色体上的16对SSR引物,在供试种质间共检测出等位基因203个,每对引物平均检测到等位基因数为12.7个。根据等位基因既位于地方品种、育成品种,又位于近缘野生种的选择方法,筛选出123对等位基因并赋值后可用于构建种质的分子身份证。【结论】在237份种质中有202份具有的可辨分子身份证编码,继续对不同引物组合对...

【目的】以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的131份苹果地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,利用TP-M13-SSR标记构建苹果种质分子身份证。【方法】基于TP-M13-SSR指纹图谱,筛选可以将苹果种质区分的引物组合,并对其等位基因进行编码建立种质分子身份证。【结果】(1)从131份材料中随机选取两份材料,对第一次PCR条件进行优化和引物筛选,从32对合成引物中筛选出16对稳定性高和重复性好的TP-M13-SSR引物用于131份苹果属植物指纹图谱构建。(2)16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因326个,每对引物平均检测到等位基因数为20.3个。CH05d04对种质扩增的等位基因数最...