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[期刊] 林业科学
[作者]
蔡天润 郭佳 王紫怡 宋亚欣 张淑敏 杨敏生 张军
【目的】以河北省平泉市黄土梁子林场刺槐林为研究对象，验证已开发刺槐SSR引物的多态性，探究刺槐萌蘖分布格局，为人工促进刺槐林萌蘖更新提供理论依据。【方法】在河北省平泉市黄土梁子林场选取3块刺槐萌蘖现象明显的样地，利用9对SSR引物对125株刺槐进行亲缘关系鉴定，采用传统样地调查法和可变尺度的相邻格子法划分5个取样尺度(5 m×5 m、5 m×10 m、10 m×10 m、10 m×15 m、20 m×30 m)，计算偏离指数(C)以及其t检验、Cassie指标(CA)、平均拥挤度(m~*)、负二项指数(K)、Green指数(GI)和聚块性指标(PAI)6个格局判定参数，判断山地刺槐格局和规模。【结果】9对引物对样地内刺槐表现出良好多态性，平均多态信息含量为0.76。3块样地内，共有73个基因型，鉴定出76个克隆分株。刺槐萌蘖分布格局随取样尺度增大聚集格局逐渐减弱，尺度由小到大分布格局由集群分布到随机分布，在5 m×5 m尺度下具有最强聚集格局规模。【结论】基于SSR分子标记与生态学调查相结合，探索萌蘖扩散格局研究新方法，阐明山地刺槐萌蘖分布格局，对刺槐萌蘖更新理论有了进一步理解。无干扰状态下，刺槐林经历采伐后萌蘖分布格局为聚集分布。萌蘖植株在小范围聚集分布会造成基因型单一，不利于种群多样性，建议对距离过近影响正常生长发育的个体进行疏伐，缓解竞争关系，提高林分质量。
关键词：
刺槐 SSR 萌蘖 分布格局
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张运春 张桥英 罗鹏 高贤明 吴宁
常绿小乔木黄牛奶树具有有性繁殖和克隆繁殖两种繁殖方式,对森林更新意义重大.以种群个体空间分布的坐标点图为基础,采用点格局分析法对其不同生境下克隆苗与实生苗的分布格局及其相互关系进行了研究.结果表明,克隆苗和实生苗的密度顺序都是常绿阔叶林>竹林>针阔混交林,在水肥资源丰富、郁闭度较大(常绿阔叶林和竹林)的生境中,两类苗密度都较大,但克隆苗占优势;在水肥资源贫乏光照较强的生境中,两类苗数量均较低,实生苗占优势.黄牛奶树克隆苗与实生苗在竹林与针阔混交林下以集群分布为特征,常绿阔叶林在小尺度下呈集群分布但随尺度的增大呈现为随机分布;克隆苗与实生苗的关系在密度较小的竹林和针阔混交林为显著正相关,而对于密...
关键词：
黄牛奶树 克隆植物 种群 点格局分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
江世贵 张殿昌
根据生长激素(growthhormone,GH)基因的保守性序列设计1对引物,利用RT PCR技术从鲮(Cirrhinamolitorella)脑垂体组织中克隆出鲮生长激素成熟肽cDNA片段,将纯化的DNA片段克隆到pUCm T载体上。克隆的鲮GHcDNA开放阅读框全长567bp,编码由188氨基酸残基组成的生长激素成熟肽。序列分析结果表明,鲮GH成熟肽氨基酸序列与另2种鲮—印鲮(Cirrhinamrigal)和南亚野鲮(Labeorohita)的成熟肽氨基酸序列同源性分别为87%和83%,与鲤的成熟肽氨基酸序列同源性为96%,并对9个科的17种鱼进行了分子系统进化树分析,结果与根据传统的形态...
关键词：
鲮 生长激素 分子克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张德双 张娜 于拴仓 张凤兰 隋光磊 余阳俊 赵岫云 汪维红 苏同兵 卢桂香
芥蓝的研究多集中在分类、常规种资源遗传多样性等方面。随着芥蓝杂交种的问世,杂交种的优势越来越突出,市场效果明显,因此,对芥蓝自交系的遗传多样性等研究尤为重要。选取分布在甘蓝9条染色体上的55对SSR引物,从中筛选出多态性好、分布均匀的15条SSR引物对98份芥蓝自交系进行分析,共得到65个多态性带型。采用UPGMA方法构建了一张聚类图,在相似系数为0.71时,将98份芥蓝自交系初步分为1,2,3,4,5组。研究结果为芥蓝育种中的亲本选配、杂交种鉴定和资源保护等提供了依据。在试配芥蓝新组合时,应选择遗传距离较远的自交系作为重点材料,后代的杂种优势会更显著。
关键词：
芥蓝 SSR 多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘警 李扬 刘金利 张馨方 白仲奎 于秋香
为研究核桃种质资源涩味的遗传多样性,以4个不同核桃涩味群体共118份种质资源为材料,利用SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性研究,并构建树状聚类图。结果表明:12对引物共检测到93个等位变异位点,变异范围为2～18,平均每对SSR引物可检测到7.75个等位位点;多态性信息量(PIC)为0.357 9～0.785 2,平均0.541 1。4个群体的多态位点数Np为91、多态位点百分率PPB为97.85%、观测等位基因数Na为1.978 5、有效等位基因数Ne为1.198 5、Shannon′s信息指数I为0.209 7、Nei′s多样性指数H为0.126 3、总遗传多样性指数Ht为0.126 7、群体内遗传多样性指数Hs为0.122 2,说明4个核桃群体的遗传多样性和变异度不高。群体间遗传分化系数Gst为0.035 5,说明群体内遗传变异占总变异的96.45%。其中稍涩群体多态性位点百分率最大,为72.04%,说明稍涩群体在4个群体中遗传多样性最丰富。UPGMA聚类分析表明,4个群体的遗传相似系数在0.989 8～0.997 1,群体的整体相似系数高,说明这4个群体的遗传距离很近。当相似系数为0.993 4时,可将4个群体分成2组。其中,第1组包括不涩、稍涩和较涩3个群体,剩余涩群体单独为一组。通过计算不同群体93个位点的基因频率,发现12对引物的41个位点可将不同涩味等级的资源区分开。利用SSR分子标记技术对4个核桃群体进行与涩味相关的遗传多样性分析,根据转录组测序结果筛选出12对引物用于SSR分析,共扩增出93个SSR位点,多态位点百分率为97.85%,说明引物的多态性高,适用于核桃的遗传多样性分析,为培育轻涩味的优良品种提供技术指导,可用于后续核桃涩味的遗传多样性及育种研究。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王晓玉 纪锋 徐黎明 赵景壮 刘淼 曹永生 尹家胜
采用逆转录聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）方法，从哲罗鲑（ＨｕＣＨｏ Ｔａｉｍｅｎ）肝脏的总Ｒｎａ中扩增出胰岛素样生长因子－Ⅰ（ｉＧＦ－Ⅰ）的Ｃ Ｄｎａ开放阅读框（ｏＰｅｎ ＲｅａＤｉｎＧ ＦＲａｍｅ，ｏＲＦ）序列，运用软件对其进行生物信息学分析，并利用荧光实时定量ＰＣＲ技术检测了哲罗鲑成鱼不同组织中ｉＧＦ－Ⅰ ｍＲｎａ的表达情况。结果显示，ｉＧＦ－Ⅰ基因的Ｃ Ｄｎａ开放阅读框为５７３ ｂＰ，编码１９０个氨基酸，蛋白质等电点为９．２１，氨基酸结构由信号肽、ｂ、Ｃ、ａ、Ｄ结构域及ｅ肽组成；氨基酸序列与其他鲑科鱼类具有较高的同源性，其中与北极红点鲑的ｉＧＦ－Ⅰ同源性最高（９９．２％）；组织表达分析显．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁利群 高俊生 李绍戊 孙效文 雷清泉
以黑龙江鲤(Cyprinus carpio haematopterusTemminck et Schlegel)、荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpiovar.wana-nensis)、荷包红鲤(Cyprinus carpiovar.wananensis)、柏氏鲤(Cyprinus pellegniniTchang)以及荷包红鲤抗寒品系和柏氏鲤的杂交F2的DNA样品为材料,用200个随机引物对其进行PCR扩增,获得了1个与鲤鱼抗寒性状相关的分子标记RAG20,并在F2代分离个体中得到验证。至此,本实验室共获得10个与鲤鱼抗寒性状相关的分子标记,更加证明抗寒性状是数量性状(QTL)受微...
关键词：
鲤鱼 抗寒 SCAR RAPD 分子标记
[期刊] 中国农业科学
[作者]
段雅如 高美玲 郭宇 梁晓雪 刘秀杰 徐洪国 刘继秀 高越 栾非时
【目的】基于GBS(Genotyping-by-sequencing)高密度遗传图谱初步定位结果，通过图位克隆方法对西瓜果形基因进行精细定位，并开发功能性分子标记，有助于全面研究果形基因的功能及分子标记辅助选择育种。【方法】利用114份纯合西瓜品系全基因组重测序数据及其果形指数表型进行GWAS(genome-wide association study)分析，结合GBS高密度遗传图谱初步定位结果确定果形基因候选区段，以商业小型西瓜品种纯化所得品系K2（椭圆形、FSI=1.54±0.13）和L1（圆形、FSI=1.11±0.07）为材料构建F2群体，通过开发分子标记对果形基因ClFSI进行精细定位，根据西瓜参考基因组‘97103’v1注释信息确定候选基因，并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行验证。【结果】利用1 152份F2群体，最终将ClFSI精细定位于3号染色体的FMFSI-1与FMFSI-2标记之间物理距离约63 kb区间内，共包含5个注释基因。其中Cla011257属于已报道与控制果实纵径和果形相关的SUN基因家族。经测序分析发现，西瓜椭圆形品系K2在该基因第3外显子上存在两个非同义突变位点Chr3:26846636 G-A和Chr3:26847041 G-A（‘97103’v1），分别导致天冬酰胺（Asn）替换为天冬氨酸（Asp）和谷氨酸（Glu）替换为赖氨酸（Lys），并利用Chr3:26847041突变位点开发功能性分子标记FSICAPS-2。qRT-PCR分析表明，K2（椭圆形）与Charleston Gray（细长形）中候选基因表达量无显著性差异，但均显著高于L1（圆形）。【结论】本研究将控制西瓜果形的ClFSI精细定位于3号染色体63 kb区间内，推测Cla011257为最终目的基因，Chr3:26847041和Chr3:26846636突变位点是导致果形不同程度伸长的重要位点，并开发了可以同时鉴定Cla011257多种突变类型的功能标记FSICAPS-2。
关键词：
西瓜 果形基因 图位克隆 分子标记
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韦新兰 张杰 陈丽萍 王卫民 高泽霞 王焕岭
采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4(sper-matogenesis associated gene 4,SPATA4)。该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32。序列分析显示团头鲂SPATA4基因与其他脊椎动物同源性较高。荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4 h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
叶显峰 孟凡涛 刘洪明 祖国掌
为研究鱼类恒定链(Invariant chain,Ii)的结构与功能,应用RT-PCR和RACE(rapid amplification of cDNAends)法,从脾脏细胞中克隆了鲢(Aristichthys molitrix)Ii基因cDNA,并进行了测序。该基因cDNA全长为1 136bp,其中开放阅读框为699 bp,编码232个氨基酸。比对氨基酸序列发现,鲢与其他物种的Ii链有相同的结构域。将Ii基因cDNA片段和表达不同结构域的DNA片段分别插入真核表达质粒pEGFP-C1,转染真核细胞系COS7,发现鲢Ii跨膜区和胞浆区在细胞内具有定位作用。根据推测的氨基酸序列,分析不同种间I...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘碧莲 白俊杰 劳海华 叶星 简清
Hepcidin是近年来发现的一类具有独特性质的抗菌肽,根据GenBank中收录的鱼类抗菌肽hepcidin的cDNA序列设计一对简并引物,用RT-PCR方法从鳜(Siniperca chuatsi)肝脏组织中克隆到hepcidin的cDNA,并构建pMD18-T-hep-cidin载体进行序列测定和分析。结果表明,该cDNA长为381 bp,其中第20~277位是该基因的开放阅读框(ORF),编码86个氨基酸,形成由信号肽(24个残基)、前肽(42个残基)和成熟肽(20个残基)3部分序列组成的前体肽,与已报道的其他鲈形目鱼类hepcidin相比较,核苷酸序列的同源性为72.2%~92.0%,...
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁春年 丁学智 包鹏甲 郭宪 裴杰 王宏博 褚敏 刘文博 吴晓云 阎萍
设计特定引物对牦牛MSTN基因PCR分段扩增并克隆和测序,利用分子生物学软件进行序列拼接,获得牦牛MSTN基因序列(GenBank登录号EU926670)。该基因由3个外显子和2个内含子组成,CDS序列全长为1 128 bp(GenBank登录号EU926671),由375个氨基酸组成。外显子大小分别为373,374,381 bp,内含子大小分别为1 843,2 028 bp。牦牛与普通牛的MSTN基因编码区中,在417位发生一次碱基转换(C→T),但未造成氨基酸改变。不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的相似性,牦牛与普通牛、绵羊、猪、人、狗、小鼠、马、兔子、鸡、猩猩各物种...
关键词：
牦牛 MSTN基因 克隆 序列分析
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张妹 何正权 马江 桑子阳 朱仲龙 张德春 马履一 陈发菊
【目的】为了解析红花玉兰各品种间的遗传多样性和遗传差异等问题,本研究采用SSR和SRAP分子标记方法对红花玉兰不同品种的遗传多样性水平和遗传分化程度进行评估,以建立其分子标记体系。【方法】以35个红花玉兰品种为实验材料,分别进行SSR和SRAP标记扩增,计算出SSR和SRAP分子标记的各遗传参数。利用NTSYS-pc2.1软件计算各品种间的遗传相似系数并用非加权法(UPGMA)进行聚类分析。通过R语言分析筛选出能够完全区分红花玉兰品种的引物对组合。【结果】经筛选共获得18对具有多态性且条带清晰的SSR引物,分别以35个红花玉兰品种基因组DNA为模板,共扩增出DNA条带128条,每对引物扩增条带在2～15之间,平均每对引物扩增7.1条,平均带型数为10.6,平均有效带型数为5.4,平均分辨能力(D)为0.72;不同引物的多态性位点百分比变化范围很大,在0.142 9～1.000 0之间,均值为0.730 2;Shannon’s指数平均为0.304 2,范围是0.086 4～0.433 7;平均期望杂合度为0.248 8,范围是0.059 2～0.282 3。利用筛选获得的11对SRAP引物对35个红花玉兰品种进行鉴定,共扩增156条DNA条带,引物扩增条带数在7～18之间,平均每对引物扩增14.2条,平均带型数为22.7,平均有效带型数为13.2,平均分辨能力(D)为0.93;11对引物的多态性位点百分比平均数为0.815 6,变异范围是0.657 1～1.000 0;平均Shannon’s指数为0.375 9,变异区间在0.287 2～0.455 3;平均期望杂合度为0.240 4,范围在0.180 2～0.311 6之间。【结论】红花玉兰具有较高的遗传多样性,经筛选和优化后的SSR和SRAP引物组合均能将现有红花玉兰品种完全区分开,实现了对红花玉兰品种的简便、快速、准确地鉴定,并为红花玉兰的保护和繁育,以及新品种的选育提供了重要的参考。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林开勤 李悦欣 魏杰 汪安然 喻云春 段长流 王枫 鄢东海
【目的】探明石阡茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系，为开发和保护石阡茶树资源提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记技术，对贵州石阡7个茶树群体122份资源进行SSR位点多态性、遗传多样性及亲缘关系分析，并对不同地域来源的石阡茶树资源进行遗传距离分析。【结果】21对SSR引物共扩增出72个多态性位点，每对引物平均扩增3.43个位点，多态信息含量（PIC）为0.19～0.76，平均为0.51，等位基因在群体中分布均匀且多态性较高。7个茶树群体的Nei’s基因多样性指数（He）均值为0.22，Shannon信息指数（I）均值为0.33，多态位点百分率（PPB）均值为75%，遗传距离为0.017 7～0.103 6。122份石阡茶树资源的遗传距离为0.10～0.67，当遗传距离为0.21时，分为3个大类群：第I类群包含113份资源，第Ⅱ类群仅有1份茶树资源(SWXD009)，第Ⅲ类群包含8份茶树资源，分别是SWXD-B、SWXD-F、SWXD-H、SWXD-M、SQT3、SQT4、SWX005和SWX006；在3个大类群中均有五德镇长兴村的茶树资源。【结论】贵州石阡茶树群体间的遗传差异较小，但群体内个体单株之间具有一定的遗传差异，尤其是五德长兴茶树群体内的遗传背景较丰富，筛选优异资源的基础较好。
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
刘萍 何玉英 孙昭宁 李健 王清印
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对中国对虾“黄海1号”快速生长的第6代群体同一养殖池中生长性状发生分离的两个极端群体、海捕的中国对虾对照群体,进行生长相关遗传标记的筛选。采用240个RAPD引物,共产生标记数2156个。筛选出与生长性状相关的遗传标记65个,其中正相关标记55个,负相关标记10个。依据这些标记在群体中出现的频率和变化规律,筛选出9个特异性标记,其中正相关标记7个,负相关标记两个。对这些特异性标记进行序列测定,获得了6个完整的DNA序列(Genebank注册号DQ185932-DQ185937),并将测序结果进行BLAST分析,发现测得DNA的序列与数据库中已注册序列的...
关键词：
中国对虾 RAPD标记 生长性状 克隆
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