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[期刊] 西南农业学报
[作者]
邹广权 王晓丽 曹现富 李艳 张新洛 曹子林
【目的】通过对比不同抽样比例构建的旱冬瓜种质子集的有效性和代表性,筛选出旱冬瓜核心种质的适宜构建策略。【方法】以旱冬瓜优树同胞子代为试材,设10%、15%、25%、35%、45%和55%共6个抽样比例,采用Nei’s遗传距离和改进的最小距离逐步取样法取样,采用4个遗传多样性指数分析种质子集对原种质的代表性,通过均值t检验和方差F检验分析种质子集与原种质集变异是否同质,利用相关系数分析种质子集与原种质集的相关性,通过遗传距离比较和聚类分析确认核心种质。【结果】25%抽样比例构建的种质子集的多态位点数、多态位点百分率、观测等位基因数和等位基因保留率与原种质集一致,其余4个评价指数皆显著大于原种质集,均值和方差与原种质的相关系数均接近或者等于1,平均遗传距离较原种质提高了16.82%,因此认为在25%抽样比例构建的种质子集能很好的代表原种质。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等,认为25%抽样比例构建的旱冬瓜核心种质能充分代表原种质的遗传多样性。
关键词:
旱冬瓜 SRAP标记数据 核心种质
[期刊] 西南农业学报
[作者]
邹广权 王晓丽 李艳 曹现富 李华 付朴艳 唐君培 李妹 曹子林
【目的】以旱冬瓜种质资源库中定植的150棵旱冬瓜优树子代样株的11个表型性状测定值为原始数据来源,探讨旱冬瓜优质核心种质构建的适宜策略,并获得包含一定数量样株的旱冬瓜核心种质库,为旱冬瓜优质种质资源的保存、评价和利用提供科技支撑。【方法】利用单因素试验设计,采用3种遗传距离、6种系统聚类方法、4种抽样方法和6个抽样比例构建旱冬瓜种质子集,利用方差差异百分率、表型保留比例、极差符合率、Shannon-Weaver多样性指数、变异系数变化率和均值差异百分率评价不同的种质子集,通过主成分分析对所构建的旱冬瓜优质核心种质进行确认。【结果】在3种不同遗传距离构建的种质子集中,切比雪夫距离优于欧式距离和明科夫斯基距离;6种系统聚类方法构建的种质子集中,重心法优于其他5种方法;4种抽样方法构建的种质子集中,改进的最小距离逐步取样法优于多次聚类优先取样法、多次聚类偏离度取样法、多次聚类随机取样法;6种抽样比例构建的核心种质中,25%抽样比例下构建的核心种质更能充分代表原种质集。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等因素,认为基于切比雪夫距离,利用重心法进行系统聚类,采用改进的最小距离逐步取样法,在25%抽样比例下构建的核心种质能充分代表原种质集,是构建旱冬瓜优质核心种质的最佳策略。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
邹广权 王晓丽 李艳 曹现富 李华 付朴艳 唐君培 李妹 曹子林
【目的】本研究以旱冬瓜种质资源库中定植的150棵旱冬瓜优树子代样株的11个表型性状测定值为原始数据来源,探讨旱冬瓜优质核心种质构建的适宜策略,并获得包含一定数量样株的旱冬瓜核心种质库,为旱冬瓜优质种质资源的保存、评价和利用提供科技支撑。【方法】利用单因素试验设计,采用3种遗传距离、6种系统聚类方法、4种抽样方法和6个抽样比例构建旱冬瓜种质子集,利用方差差异百分率、表型保留比例、极差符合率、Shannon-Weaver多样性指数、变异系数变化率和均值差异百分率来评价不同的种质子集,通过主成分分析对所构建的旱冬瓜优质核心种质进行确认。【结果】在3种不同遗传距离构建的种质子集中,切比雪夫距离要优于欧式距离和明科夫斯基距离;在6种系统聚类方法构建的种质子集中,重心法优于其他5种方法;在4种抽样方法构建的种质子集中,改进的最小距离逐步取样法优于多次聚类优先取样法、多次聚类偏离度取样法、多次聚类随机取样法;在6种抽样比例构建的核心种质中,25%抽样比例下构建的核心种质更能充分代表原种质集。【结论】综合考虑核心种质的有效性、实用性、费用和工作量等因素,认为基于切比雪夫距离,利用重心法进行系统聚类,采用改进的最小距离逐步取样法,在25%抽样比例下构建的核心种质能充分代表原种质集,是构建旱冬瓜优质核心种质的最佳策略。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘子记 朱婕 党选民 詹园凤
丰富的种质资源为作物育种和遗传研究提供了广阔的遗传基础,然而近年来急剧增加的种质资源数量给种质资源的保存、研究与利用带来了很大困难。构建核心种质为种质资源的研究和利用提供了便利条件。以410份小型西瓜种质资源为试验材料,基于6个果实性状数据,采用混合线性模型分析方法无偏地预测基因型值,计算种质间的遗传距离,采用不加权类平均法进行聚类分析,按照20%的抽样比率构建小型西瓜核心种质库。采用均值、方差、极差和变异系数4个指标评价核心种质库的优劣。结果表明,马氏距离优于欧氏距离,偏离度取样法优于优先取样法,基于马氏距离和偏离度抽样方法获取的82份核心资源能够代表原群体的遗传多样性。为小型西瓜种质资源的...
关键词:
小型西瓜 核心种质 遗传距离 抽样方法
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王红霞 赵书岗 高仪 玄立春 张志华
【目的】构建核桃核心种质以便更好地保存、评价和利用丰富的核桃种质资源。【方法】利用AFLP分子标记,对131份核桃原始种质采用逐步聚类法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率,结合形态学指标及地理来源,最终确定核桃核心种质,并进行评价。【结果】建立的核桃核心种质保留了原始种质10%的样品,分别为河北的天桥1号、陕西的西洛2号和西林1号、山西的晋龙1号、山东的丰辉、辽宁的辽宁8号和辽73013、新疆的温185、河南的绿波、北京的北京746、美国引进品种维纳、日本引进品种清香和朝鲜的品种安边1号。根据遗传多样性评价结果,与原始种质相比,核心种质的多态性位点保留率为7...
关键词:
核桃 核心种质 AFLP 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
唐源江 曹雯静 吴坤林
【目的】探究国兰种质资源遗传多样性水平,并构建分子指纹图谱及分子身份证,为在分子水平上鉴定国兰种质提供技术支撑,也为国兰种质资源开发、保存利用及种质创新奠定基础。【方法】以收集于华南及邻近地区的139份国兰栽培品种和野生种质为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,由13条正向引物和16条反向引物随机组成208对SRAP引物,每对引物用品种‘宋梅’和‘大勋’扩增产物进行筛选;PCR扩增产物应用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳胶图进行人工读带,并计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数、...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘倩 戴志刚 陈基权 温岚 龚友才 粟建光
【目的】以来源于不同国家和地区的127份红麻栽培种、野生种和近缘种为材料,利用SRAP标记构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用SRAP标记对127份红麻种质进行遗传分析,计算其遗传相似系数。利用UPGMA法作聚类图,构建分子身份证。【结果】40对引物组合在127份红麻种质材料中共扩增出383条DNA片段,其中,375条为多态性片段,总的多态性条带比率(PPB)为97.9%。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.70时,127份红麻种质资源被划分为4个类群。用SRAP特征谱带和多种引物组合2种方法可有效区分所有材料,并构建出127份红麻种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘艳阳 梅鸿献 杜振伟 武轲 郑永战 崔向华 郑磊
【目的】便于管理、研究和利用芝麻种质资源,为芝麻育种提供优异基因资源。【方法】利用新收集和种质库保存的5 020份芝麻种质资源为基础,首先基于标准化的表型数据按地理来源分组后采用组内比例法聚类抽样构建初级核心种质,然后基于SSR分子标记应用位点优先取样策略逐步聚类,使用t检验检测每次聚类形成的核心种质与初级核心种质的Nei’s基因多样度(He)和Shannon-Wiener指数(I),直到核心种质的遗传多样性与初级核心种质开始有显著差异时,终止多次聚类取样,选择上一个与初级核心资源没有显著差异的核心种质作
关键词:
芝麻 种质资源 核心种质 代表性检验
[期刊] 林业科学
[作者]
廖柏勇 王芳 陈丽君 刘明骞 欧阳昆唏 阙青敏 惠文凯 李培 陈晓阳
【目的】利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对来自17个省(区)的31个苦楝种源进行遗传多样性分析,为苦楝种质资源的保存和育种计划的制订提供依据。【方法】通过SRAP分子标记获得1/0数据矩阵,计算SRAP分子标记各项遗传参数,同时进行分子方差分析(AMOVA)。随后计算遗传距离矩阵并进行主坐标分析(PCO A)、邻接法聚类分析(NeighbOuR-JOiNiNg)以及遗传距离和地理距离MANtel相关性分析。【结果】从783对SRAP引物中筛选出的20对引物可扩增出257条清晰的条带,其中145条具有多态性。引物多态性信息指数(PiC)为0.262~0.478,均值为0.385。PiC...
关键词:
苦楝 SRAP 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翟彩娇 葛礼姣 程玉静 仇亮 王小秋 刘水东
【目的】分析冬瓜、节瓜种质的遗传多样性,构建综合评价体系,筛选优异种质,为冬瓜、节瓜种质创新和新品种选育提供理论支撑。【方法】以148份不同来源的冬瓜、节瓜种质为供试材料,利用28个表型性状和19对SSR标记进行遗传多样性分析。综合运用变异系数、Shannon-Wiener多样性指数、相关性分析、主成分分析结合隶属函数法、逐步回归和聚类分析等多元统计方法,对冬瓜、节瓜种质进行遗传多样性分析和综合评价。【结果】148份冬瓜、节瓜种质具有较高的表型遗传多样性,11个质量性状的遗传多样指数变幅为0.39(性型)—1.45(瓜形状),17个数量性状的遗传多样性指数变幅为1.89(首雄花节位)—2.09(叶柄长度),变异系数变幅为9.76%(种形指数)—63.95%(老瓜单瓜重),其中首雌花节位(42.32%)、老瓜纵径(42.95%)、瓜形指数(47.05%)、首雄花节位(47.48%)、老瓜单瓜重(63.95%)的变异系数均大于40%,进行遗传改良的潜力较大;主成分分析将18个主要表型性状转换为6个独立的综合指标,贡献率为6.427%—29.605%,累计贡献率为81.236%;结合隶属函数值计算表型综合值(F值)鉴选出新西洲冬瓜BR12(1.47)、兴蔬粉地龙冬瓜BR25(1.14)等综合性状表现较好的优异种质;18个主要表型性状中有15个性状与F值极显著相关。利用逐步回归分析建立表型评价数学模型,筛选出9个表型综合评价指标。19对SSR标记在供试材料中扩增出的等位位点数2—6个,多态性信息含量的变幅为0.02—0.70,Shannon’s多样性指数变幅为0.06—1.48,148份冬瓜、节瓜种质具有较为丰富的遗传多样性,且节瓜群体的遗传多样性相对略高于冬瓜群体,个体内的遗传变异是导致冬瓜、节瓜整体遗传多样性的主要原因;基于表型性状和SSR分子标记的聚类分析分别将148份冬瓜、节瓜种质资源划分为6大类和3大类,两种方法的聚类结果均没有将冬瓜和节瓜聚成两大类,且与地理位置来源没有明显的相关性。【结论】148份冬瓜、节瓜种质表型性状遗传变异较为丰富,遗传多样性高;叶片长度、首雌花节位、老瓜纵径、老瓜肉厚、瓜梗长度、种子宽度、瓜面蜡粉、瓜形状和种子类型可以作为冬瓜、节瓜种质资源综合评价和亲本选择的关键指标;基于主要表型性状和SSR分子标记的聚类分析结果具有一定的一致性,聚类和群体划分与地理位置来源没有明显的相关性。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
娄永峰 朱柯帆 宋晓琛 冷春晖 陈兴彬 肖复明
[目的]分析江西杉木种质资源的遗传多样性,构建其核心种质;在此基础上,构建核心种质分子身份证,为江西杉木种质的进一步研究与利用提供理论依据和核心材料。[方法]以江西地区的杉木种质为材料,利用SSR标记开展遗传多样性分析,并基于等位基因数最大化原则(M策略)构建核心种质,通过遗传多样性参数及其保留比例进行核心种质评价,结合遗传多样性参数的t检验和主坐标分析(PCoA)验证和确认核心种质的代表性。基于最少标记鉴定最多种质的原则,选择高效SSR标记,构建江西杉木核心种质的SSR分子指纹图谱和分子身份证。[结果]20个SSR标记在495份种质中共检测到122个等位基因数(N_a),平均Shannon's信息指数(I)、平均Nei's遗传多样性指数(H)、平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)分别为0.762、0.400、0.394和0.400,表明江西杉木种质的遗传多样性较丰富。采用M策略构建了含有52份材料的江西杉木核心种质,10.5%的核心种质保留了原种质100.0%的N_a、107.4%的有效等位基因数(N_e)、115.1%的I、109.0%的H、104.1%的H_o、110.0%的H_e和111.2%的PIC; t检验表明以上遗传多样性参数与原种质均没有显著差异,主坐标分析(PCoA)显示核心种质在原种质的主坐标图分布均匀,说明构建的核心种质具有代表性。按多态性信息含量(PIC)值高低顺序,依次增加标记数量,结合UPGMA聚类,发现4个SSR分子标记,H97与H286、CLSSR9、CLSSR37相结合,可将52份江西杉木核心种质鉴别,据此构建了52份核心种质的SSR分子指纹图谱、分子身份证条形码和二维码。[结论]江西杉木种质资源的遗传多样性较丰富,构建的江西52份杉木核心种质具有代表性,选择上诉4个高效SSR标记可有效鉴别核心种质,并成功绘制了江西杉木核心种质的分子身份证。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
谢荟 祝文娟 张应中 蒋开彬 刘天颐 莫其辉 黄少伟
利用SRAP分子标记建立广东省4个种群153个单株的广宁红花油茶种质资源遗传多样性评价体系,从594对引物组合中最终选出13对引物,结果表明:13对引物组合共扩增出206条带,平均每对引物组合获得15.85条,多态性条带为187条,多态性条带比率(PPB)为90.78%。种群Nei's基因多样度(h)、Shannon多样性指数(I)、多态性位点百分比(PPL)变化范围分别为0.217 90.356 3,0.321 70.524 8及58.25%92.72%,平均值分别为0.307 8,0.456 3及83
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨美 付杰 向巧彦 刘艳玲
【目的】构建花莲核心种质,以利于对花莲种质资源的保存、研究和利用。【方法】利用AFLP分子标记,对395份花莲原始种质按照种属来源分组后采用组内简单比例法和聚类抽样法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终确定花莲核心种质,并进行核心种质与原始种质的遗传多样性比较和t检验。【结果】所获得88个品种的花莲核心种质包括60份中国花莲品种,3份美洲黄莲,16份中美杂交莲和9份日本莲品种。核心种质保留了原始种质22.27%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率为99.27...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张春雨 陈学森 张艳敏 苑兆和 刘遵春 王延龄 林群
【目的】探讨分子水平构建核心种质的方法,为新疆野苹果核心种质的构建提供方法。【方法】以109个新疆野苹果实生株系的128个SSR位点为材料,根据Nei&Li、SM和Jaccard遗传距离,采用UPGMA聚类法进行多次聚类,以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野苹果核心种质构建的方法。采用丢失的等位基因数以及对Nei’s基因多样度和香农信息指数进行t检验来评价核心种质的代表性。【结果】与对照随机取样策略比较,位点优先取样策略能构建一个更有代表性的核心种质。SM、Jaccard和Nei&Li遗传距离构建的新疆野苹果核心种质无明显区别。采用SRAP数据和表型数据分析显示,位点...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘娟 廖康 赵世荣 曹倩 孙琪 刘欢
【目的】通过对不同取样策略和遗传距离相结合的组合结果进行分析对比,以此探讨分子水平构建新疆野杏核心种质的方法,确定最适核心种质资源,以利于种质的保护与利用。【方法】以分布于新疆伊犁地区霍城县大西沟、新源县博尔赛和巩留县伊依克台3个分布区的135个新疆野杏实生株系为材料,根据SM、Jaccard和Nei&Li遗传距离,采用UPGMA聚类法对新疆野杏整体进行多次聚类抽样,直到其中某个采样点再次聚类时无种质被抽取;以随机取样策略为对照取样策略,应用位点优先取样策略,研究新疆野杏核心种质构建的方法;采用丢失的等位基因数以及多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多...
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