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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
田倩 刘双委 钮世辉 李伟
【目的】在白皮松全基因组范围内开发大量特异性SNP分子标记,为白皮松关键基因定位、分子标记辅助选择和种质资源评价提供足够多的分子标记资源。【方法】本研究以5个群体的共52份白皮松资源为材料,选择火炬松基因组为参考基因组,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq),在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点,并过滤出一批高质量SNP位点用于白皮松不同群体的遗传多样性分析。【结果】通过序列对比分析,共获得23 597 049个SLAF标签,其中具多态性的SLAF标签有370 659个,共开发得到1 291 290个白皮松群体SNP。在缺失率小于20%、次要等位基因频率(MAF)大于5%的条件下,对所有SNP位点进行过滤,共得到346 840个高一致性的白皮松群体SNP,占SNP总量的26.9%,其中包含9个仅在北京鹫峰(JF)群体中存在变异的SNP位点、148个仅在陕西蓝田(LT)群体中存在变异的SNP位点、425个仅在甘肃麦积山(MJS)群体中存在变异的SNP位点、1 466个仅在陕西午子山(WZS)群体中存在变异的SNP位点、4个仅在山西柏洼山(BWS)群体中存在变异的SNP位点。基于过滤后的346 840个SNP分子标记在5个白皮松群体中进行的遗传多样性分析表明,白皮松不同群体间的遗传多样性存在显著差异,其中MJS和WZS群体的遗传多样性水平相对较高,JF群体的遗传多样性水平相对较低。【结论】研究结果表明,利用SLAF-seq技术可以实现全基因组范围内大量SNP标记位点的开发,且开发的SNP标记在白皮松不同群体中表现出较为丰富的遗传多态性,为白皮松种质资源鉴定、QTL定位、遗传连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究奠定了基础,对今后白皮松种质资源保护和分子标记辅助选择育种具有重要意义。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
苏文瑾 赵宁 雷剑 王连军 柴沙沙 杨新笋
【目的】单核苷酸多态性（ＳＮＰ）是基因组中最普遍的遗传变异，是构建遗传图谱、完成分子标记辅助育种的一种非常重要的遗传标记。新一代高通量测序平台为ＳＮＰ位点的检测提供了强有力的技术支持。多倍体作物通常表现为基因组序列大且重复比例高，一直以来多倍体作物的ＳＮＰ位点挖掘面临巨大的挑战。【方法】共收集３００份甘薯种质资源，利用ＳＬＡＦ－Ｓｅｑ测序技术进行测序。首先以马铃薯基因组为参照，通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计，筛选特异长度的ＤＮＡ片断，构建ＳＬＡＦ－Ｓｅｑ文库。后通过高通量测序的方式获得海量序列，进而通过软件分析比对，获得多态性ＳＬＡＦ标签，最后在多态性ＳＬＡＦ标签上开发大量特异性ＳＮ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李敏 郭聪 王莹 李玉娟 谈峰 张健
【研究意义】采用SLAF-seq测序技术开发乔木柳SNP位点对乔木柳育种发展有重大意义。【方法】本研究根据两亲本和杂交的F1代遗传群体经亲本鉴定195株为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择同科基因组大小相似的三角叶杨的基因组作为参考基因组,通过电子酶切预测,最终选择Hae III和Hpy166 II两种酶进行酶切试验,长度在314~364 bp之间的酶切片段序列定义为SLAF标签,预测可得SLAF标签126 008个,位于重复序列区的SLAF标签比例为1.60%。为进一步评估酶切方案的有效性与酶切效率,以水稻的测序数据为对照,通过SOAP软件比对水稻基因组(大小为382M)的测序reads与三角叶杨的基因组。【结果】通过研究得到双端比对效率为96.67%,酶切效率为92.06%,SLAF建库正常。采用本次研究中开发得到的SLAF标签277 333个,按照等位基因数和基因序列之间的差异,共获得99 526个多态性SLAF标签,比例达到35.89%。按照遗传学通用等位编码规则,成功编码了58 763个多态性SLAF标签。为构建遗传图谱进一步对SLAF标签进行过滤,最终获得6744个SLAF标签,进一步进行SNP位点的开发,在各连锁群上共开发得到9488个SNP位点。【结论】SLAF-seq技术可以很好地应用于乔木柳SNP位点的开发,可利用所开发的SNP标记,联系群体中不同个体的表型,关联定位与某性状紧密连锁的分子标记,进而可以实现优良基因的精细定位。
关键词：
乔木柳 SLAF-seq技术 SNP位点
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨雄 杨宁 袁启华 赵贵娟 李国雷 贾黎明 陈仲
【目的】白皮松作为我国濒危的乡土树种,具有重要的经济和园林观赏价值,为进一步开发和利用白皮松种质资源,本研究基于EST-SSR标记对北京地区3个不同种源地的白皮松群体遗传多样性开展评价。【方法】以白皮松转录组数据为依据,对其微卫星位点进行筛选并设计合成了96对引物,并对北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地(北京、山东、山西)的白皮松群体,共60个植株开展遗传多样性分析,对其群体内与群体间的遗传结构进行评价。【结果】96对引物中共筛选获得了5对多态性引物,其观察杂合度、期望杂合度、多态性信息含量和等位基因位点个数变化范围分别为0.203～0.433、0.211～0.530、0.187～0.484和2～5。3个白皮松样本群体中等位基因数量、有效等位基因数量、香农信息指数、观察杂合度和固定指数变化范围为2.400～3.000、1.516～1.761、0.484～0.606、0.295～0.362和-0.075～0.081,平均值分别为2.677、1.632、0.560、0.333和-0.007。遗传分化系数和基因流变化范围分别为0.021 6～0.115 3和1.399 6～11.340 0,平均值分别为0.090 2和2.521 2。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内,群体间差异较小,仅占据11%。【结论】本研究共获得了5对多态性的白皮松EST-SSR引物,可用于后续白皮松群体遗传多样性分析和分子标记辅助育种工作;北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地的白皮松群体分析结果表明,当地现有收集的白皮松种源群体遗传相似度较高,在未来种质资源保存和苗木繁育工作中应考虑增加其他种源地的白皮松群体。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杨国堂 罗巧玲 刘利勤 张静 李振声 郑琪
为开发长穗偃麦草(Thinopyrum ponticum)分子标记,以小偃68(西农)为试验材料,利用SLAF-seq技术获得9 667个小偃68外源染色体特异标签,筛选出823个长穗偃麦草专化分子标记。选取其中100个标记扩增20份小偃麦易位系,发现染色体构成相似的易位系具有相同的扩增结果,并得到小偃麦易位系的特异分子标记。应用这些标记可以快速检测长穗偃麦草遗传物质。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
肖文芳 李佐 陈和明 吕复兵
为筛选与蝴蝶兰花黄白底色相关的单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)位点,以‘黄金豹’蝴蝶兰(♀)和‘白天使’蝴蝶兰(♂)及其杂交后代为实验材料,选择33个分布在5个不同颜色分布类型组群中的黄色底色杂交后代和仅有的2个纯黄色个体作为黄色底色群体,35个分布在对应5个颜色分布类型组群中的白色底色杂交后代作为白色底色群体,分别提取DNA并等量混合后构建2个不同底色DNA混池,采用特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)结合BSA技术,对与花底色密切相关的候选标记进行鉴定。结果表明:共获得164 874个SLAF标签,其中含21 031个多态性SLAF标签,多态率为12.76%。SLAF标记在亲本中的平均序列深度为42×,在子代中的平均序列深度为46×。关联分析表明,在阈值>0.745 5时,筛选得到15个与花底色相关的SLAF候选标记,具27个SNP位点。采用SNaPshot测序技术在2个亲本、11个子代和4个不同的种质资源中验证SNP位点,筛选发现,Marker35886和Marker70907的2个SNP位点与相关SLAF序列中的SNP位点一致,对花底色的鉴定准确率分别为66.67%和73.33%,组合准确率达93.33%。本研究筛选到的2个SNP位点可作为有效的分子标记位点在蝴蝶兰育种早期进行辅助选择。
关键词：
蝴蝶兰 底色 SLAF-BSA SNP
[期刊] 林业科学
[作者]
许绍惠 边立琪 郭泳 周永斌 才淑英
通过９年的试验结果表明，在沈阳地区白皮松（ＰｉｎｕｓｂｕｎｇｅａｎａＺｕｃｃ．）幼苗不能正常越冬的主要原因是冻害引起细胞内叶绿体、线粒体及细胞内膜系统等结构破坏和严重失水所致。据此，以置地膜或罩地膜加盖草帘的防寒措施效果最好，可使越冬幼苗的保存率达８１％—９７．５％。进行白皮松抗寒育苗关键技术：一是播前种子处理，以温水浸种０—３℃下沙藏２５天左右：二是４年生幼苗在４月下旬移栽，移栽后注意保持苗床湿润；三是对１—２年生播种苗和移栽后第１—２年的幼苗应采用罩地膜防寒，而后可采用覆盖稻草或玉米秆防寒，６—７年生以上幼苗在沈阳地区基本能正常越冬。此外，用ＢＲ（０．０１μｇ／ｍｌ）浸种和喷洒幼苗，可提高...
关键词：
白皮松,抗寒性,防寒措施
[期刊] 林业科学
[作者]
董丽芬 邵崇斌 张宗勤
对经低温层积处理和无预处理的白皮松种子离体胚以及带全胚乳和部分胚乳的胚进行培养试验 ,离体胚分别培养在含不同浓度蔗糖的有或无GA3的琼脂培养基或滤纸上 ;带全胚乳胚和部分胚乳胚培养在滤纸上。结果表明 ,无预处理种子的离体胚培养在滤纸或低浓度的蔗糖琼脂培养基上均不能萌发出胚根 ;当蔗糖浓度为 3 0 %时 ,2 0 %的胚可萌发出胚根 ;在 3 0 %～5 5 %范围内 ,随着蔗糖浓度的增加 ,胚根萌发率及萌发速度呈上升趋势 ,萌发率可达 40 % ,发芽指数可达 6 5 %·d- 1 ;继续增加蔗糖浓度不能使其余 60 %的胚萌发。无预处理在滤纸上培养的带全胚乳胚 92 0 %可萌发 ...
[期刊] 水产学报
[作者]
孙雪 李胜杰 姜鹏 杜金星 周家辉 白俊杰
为开发与草鱼生长性状相关的基因以及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）标记，本研究采用转录组测序技术（RNA sequencing，RNA-Seq）对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析，共获得31 465万条高质量短读序（clean reads），经组装得到34 147条拼接基因（unigene），平均长度为1 060 bp，其中有30 751条unigene获得注释。在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因，并从中检测到4 580个SNP标记。采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证，30个SNP标记分型成功，准确率为88.24%。进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性，结果显示，unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型。unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型。unigene00870394-525标记AA基因型的体质量和体长性状均值显著高于GG基因型。unigene02938762-011628标记的TT基因型与CC基因型在体质量、体长和头长性状上的差异均达到显著水平。这4个标记位于生长催乳素α（slα）、早期生长反应蛋白-1（egr-1）和肌球蛋白重链（myh）基因上。其他标记不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。其中8个SNP标记在草鱼群体中的平均多态信息含量（PIC）、平均期望杂合度（H_(e)）和平均观测杂合度（H_(o)）分别为0.300、0.377和0.363，表明草鱼选育群体遗传多样性较高。本研究获得了与生长性状相关的1 937个差异表达基因和4个SNP标记，为草鱼分子辅助育种研究提供基础资料。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
史可昕 石瑛 张朝澍
【目的】开发与四倍体马铃薯蛋白含量相关的分子标记，加快选育高蛋白的马铃薯品种，提高马铃薯品种竞争力。【方法】本研究以高蛋白马铃薯品种‘大西洋’为母本、低蛋白品种‘定薯1号’为父本构建分离群体，利用混池和高通量简化基因组测序技术相结合的方法（BSA-seq）对马铃薯块茎蛋白含量进行QTL定位，在定位区间开发与马铃薯块茎蛋白含量紧密连锁的SSR标记，并使用分离群体及四倍体马铃薯品种进行筛选验证。【结果】在2号染色体、4号染色体共定位到3个控制马铃薯块茎蛋白含量的主效位点，分别位于2号染色体18.88～21.59 Mb，区间大小为2.71 Mb；4号染色体8.3～12.84 Mb，区间大小为4.54 Mb；4号染色体65.12～66.39 Mb，区间大小为1.27 Mb。根据定位区域、基因位置及参考基因组信息，使用NR、 Tr EMBL、 KEGG、 GO、 KOG、 swissprot、 PFAM共7个功能数据库对候选基因进行功能注释，共注释到719个候选基因，注释基因显著富集在玉米素合成代谢通路，该代谢通路可阻止蛋白质降解。在2号染色体18.88～21.59 Mb区间内开发分子标记pChr2-4。用分离群体、四倍体马铃薯品种结合田间表型对pChr2-4的准确性进行鉴定，结果显示，pChr2-4在离群体、四倍体马铃薯品种中的准确性分别为73.17%和81.82%，准确度较高。【结论】通过BSA混池测序，检测到3个与马铃薯块茎蛋白含量相关的区间。在2号染色体开发与马铃薯块茎蛋白含量紧密连锁的标记pChr2-4，该标记有助于马铃薯块茎蛋白含量分子标记辅助育种。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李慧 刘东超 徐瑞瑞 侯立娜 王天琪 刘忠华 付晓 李圣波
【目的】通过开发特异性高的多态性分子标记位点,以弥补金银花在简单重复序列(SSR)标记方面的匮乏,推动金银花在遗传资源管理及良种鉴定等方向的研究,为后续全基因组测序及组装策略奠定基础。【方法】运用RAD-seq技术对2份金银花样品进行简化基因组测序,利用MISA软件识别contig上的SSR序列并对各类型序列特征进行归纳分析,进而设计引物并利用生物信息学的方法进行引物筛选和有效性检测。【结果】对‘九丰一号’和‘亚特’金银花进行简化基因组测序,分别获得27.805 Mbp和42.560 Mbp干净读长。在组装的45 850个基因序列中共检测到46 999个SSR位点,其中单核苷酸重复单元比例最高(49.15%),六核苷酸重复单元最少(0.20%)。SSR位点的重复基序以(A/T)n为主,具有偏向性。除单碱基和二碱基重复类型外,SSR位点基序的重复次数集中在5～6次,且随重复次数增加,SSR位点重复类型出现的频率呈下降趋势。金银花基因组SSR序列长度介于10～310 bp之间,随重复次数增加,各SSR序列出现的频率逐渐下降。利用Primer3.0成功设计出38 507对SSR引物,设计成功率为81.93%。对挑选的35对SSR引物进行多态性分析,等位基因数、观测杂合度和多态性信息含量(PIC)的平均值分别为5.057、0.363和0.568,其中高多态信息位点26个,中度多态信息位点9个,均未偏离哈迪–温伯格平衡。【结论】利用RAD-seq技术可实现SSR标记的大量开发和多态性SSR引物的筛选,并为金银花在遗传多样性分析和种质鉴定等相关方面的研究提供数据支持。
[期刊] 林业科学
[作者]
王小平 王九龄 刘晶岚 王国治
白皮松（ＰｉｎｕｓｂｕｎｇｅａｎａＺｕｃ．ｅｘＥｎｄｌ．）分布在２９°５５′～３８°２５′Ｎ和１０３°３６′～１１５°１７′Ｅ的范围内，在我国山西、陕西、甘肃、河南、四川、湖北及湖南北部７个省区均有分布，分布区横跨暖温带、北亚热带及中亚热带３个气候带...
关键词：
白皮松,分布区,气候区划
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李林 唐德瑞 张海忠 李科友
研究了基本培养基、激素、活性炭和GA3在白皮松不定芽增殖和生长培养过程中的作用。结果表明,采用MS培养基白皮松不定芽的增殖系数均超过5。培养基中加入0.05mg/L分裂素时不定芽的增殖系数最高达到6.7。培养基中添加活性炭对不定芽增殖的影响不大,但对不定芽的生长,特别是不定芽的伸长具有明显效果,在3g/L活性炭的培养基中,高度大于2cm的嫩梢达到42.3%,大于4cm的嫩梢达到28.4%。在基本培养基中添加GA3有助于白皮松不定芽的伸长,但GA3质量浓度过高又会抑制其伸长。
关键词：
白皮松 不定芽 活性炭 GA3
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
岳华峰 吴晗彬 樊巍 郑勇奇 赵罕 杨绍彬
【目的】为了解白皮松野生资源的生长及更新状况，对白皮松主要分布区的11个天然林进行调查，并对其生境特征进行研究，分析了不同区域内白皮松群体的更新及种群结构。【方法】主要采取样地和样线法对白皮松原生群落天然更新进行野外调查。依据文献及白皮松生长状况特点，将白皮松更新幼苗分为两类，树高<树高
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郭素娟 凌宏勤 李凤兰
作者分别于 2 0 0 0年 3月、6月、7月在北京市十三陵林场苗圃 ,选不同年龄的白皮松母树 ,以 1年生硬枝和嫩枝为试材进行扦插试验 ,研究了白皮松插穗生根的生理生化基础 .采用高效液相色谱法测定插穗内源激素 (IAA、ABA、GA3和ZT)和酚类化合物的含量 ,硫代硫酸钠滴定法测定总糖和凯式定氮法测定总氮含量 .结果表明 :在同一扦插时期 ,采自不同年龄母树的插穗中 ,IAA、ZT、GA3、总糖、酚类化合物的含量及IAA ABA、IAA ZT的比值均与其生根率呈正相关关系 ;而在不同扦插时期 ,采自同龄母树的插穗中只有总糖、IAA ABA、总糖 总氮的比值与其生根率呈正相关关系 ,其它...
关键词：
白皮松 插穗 生根率 生理生化基础
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