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[期刊] 华北农学报
[作者]
邓小大 袁永强 蔡书静 郑礼军 徐春玲 王新荣
为了揭示南方根结线虫MiPDCD6蛋白抑制番茄PTI免疫的分子机理，以番茄品种新金丰1号MiPDCD6超表达苗为试验材料，以番茄品种新金丰1号组培苗为对照，通过转录组测序技术分别对番茄MiPDCD6超表达苗和对照苗进行转录组测序。以番茄栽培品种Heinz 1706基因组作为参考基因组进行对比，利用FPKM法计算基因表达量，设定参数(|log_2 FC|>1且P
[期刊] 华北农学报
[作者]
史建磊 熊自立 苏世闻 王克磊 宰文珊
为了挖掘番茄青枯病抗性基因，对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq)。结果发现，在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据，以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
朱峰 王芳 王东 左青 朱晓峰 王媛媛 段玉玺 陈立杰
Hsp90基因是真核生物中广泛存在且非常保守的热激蛋白基因家族中的重要成员,在生物的抗逆胁迫过程中起重要作用。从番茄基因组扩增Hsp90基因,连接到载体pCAMBIA1302上,构建了表达载体pCAM-Hsp90,利用实时定量荧光技术检测了番茄接种南方根结线虫后Hsp90基因的表达水平,结果表明:在20~25dpi后番茄根部Sl-Hsp90基因大量表达。此外,南方根结线虫的雌虫和二龄幼虫J2的Mi-Hsp90基因在高温和低温胁迫时表达量都高于对照,而且在35℃时表达量要高于4℃时的表达量,在J2中的表达量高于雌虫的表达量。说明Hsp90基因在番茄抗线虫侵染以及线虫适应环境方面起到非常重要的作用...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾双双 高荣广 徐坤
【目的】研究确定准确鉴定评价番茄砧木抗南方根结线虫侵染能力的方法,筛选抗性砧木材料。【方法】通过测定16个盆栽番茄砧木幼苗接种南方根结线虫50d时的相对生长量及相关抗病指标,利用系统聚类分析和隶属函数运算相结合的方法进行综合分析。【结果】南方根结线虫侵染对不同番茄砧木幼苗各器官相对生长量、相关抗病指标及其变异系数的影响显著不同,其中生长量的变异系数以相对根鲜质量较大,为20.20%,相对茎粗较小,仅6.22%。采用相对生长量及抗病指标分别进行系统聚类的结果与利用根结指数的聚类结果一致,但与病情指数的聚类结果存在些微差异。根据综合指标隶属函数运算,确定了供试番茄砧木抗南方根结线虫的顺序。【结论】...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘淑芹 周新刚 吴凤芝 刘守伟
【目的】明确套作对番茄叶片差异蛋白表达的影响，从蛋白质水平进一步揭示套作分蘖洋葱减轻番茄连作障碍的机理，探明套作控病增产的原因，推动番茄高效优质栽培模式的建立和推广。【方法】以番茄为主栽作物，分蘖洋葱为套作作物，番茄叶片为试材，将４个不同化感潜力的分蘖洋葱品种（化感潜力强的‘绥化’和‘五常红七社’，化感潜力弱的‘宁安市红城村’和‘七台河’）与番茄套作，运用蛋白质双向电泳和ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ－ＭＳ质谱鉴定技术，鉴定套作不同化感潜力分蘖洋葱对番茄叶片蛋白质表达谱的变化，分析差异蛋白的种类和功能。【结果】套作后不同处理番茄叶片共鉴定出３９个差异表达蛋白，分为７类，包括光合作用相关蛋白、代谢相关蛋白、．．．
关键词：
番茄 分蘖洋葱 套作 差异蛋白
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
高振华 李漾漾 王峰 齐明芳 李天来 刘玉凤
Dicer-like蛋白(DCLs)是RNA沉默机制中的重要参与者,通过miRNA进行基因调控和植物的抗病毒保护,并且还与其他生物和非生物胁迫有关。研究番茄中DCLs的蛋白质基本功能以及SlDCLs对环境的响应,可以为DCLs参与抗逆途径及其在逆境中的作用提供理论依据。为深入了解番茄中RNase Ⅲ核酸内切酶Dicer-like蛋白基因家族的特征,利用生物信息学的方法对番茄DCL蛋白基因家族成员进行染色体定位,分析蛋白质基本理化性质、系统发育进化、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域等。并通过qRT-PCR方法检测基因在组织中的表达模式和对激素、低温、盐、干旱等胁迫的响应。结果表明:番茄DCL基因有7个,分为4个家族;主要蛋白结构域有5个,启动子区域有响应各类激素、光信号、干旱等逆境的顺式作用元件,包括SlDCL1启动子区域的响应低温作用元件,SlDCL2a的SA、ABA响应元件,SlDCL2b的光响应元件,SlDCL2c的ABA,Me-JA响应元件,SlDCL2d的赤霉素响应元件,SlDCL3的Me-JA、SA响应元件,SlDCL4的干旱响应元件。结果表明:DCL家族基因在不同组织中具有不同的表达模式;激素、低温和渗透胁迫处理可以抑制或激活该家族成员的表达。SlDCL1直接响应低夜温,SlDCL2a对渗透胁迫响应明显;SlDCL2b的转录水平受到NACl的负调控;SlDCL2c受到低温以及ABA的正调控;SlDCL2d受NACl与PEG的负调控;PEG可以促进SlDCL3和SlDCL4的表达。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陆秀红 张雨 秦舒婷 黄金玲 张禹 刘志明
根据已知抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,从抗南方根结线虫病的番茄材料cDNA中克隆抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),并通过qRT-PCR技术检测RGAs与南方根结线虫侵染的相关性。序列分析发现,2条序列具有NBS-LRR保守结构域,分别命名为F5-8和F5-20;保守区域氨基酸比对结果显示,F5-8(GenBank登录号为MG860907)和F5-20(GenBank登录号为MG860908)与已知抗病基因保守区域具有很高的相似性,其中F5-8与Mi-1相应区域氨基酸相似性为94%,F5-20与Hero基因相应区域氨基酸相似性为96%。qRT-PCR结果发现,F5-8和F5-20在接种南方根结线虫2龄幼虫24h后其表达量均发生了变化。初步推测F5-8和F5-20为南方根线线虫侵染相关基因同源序列。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张强 崔百明 郑银英 向本春
【目的】克隆南方番茄病毒(STV)的外壳蛋白(CP)基因,构建其原核表达载体并进行诱导表达,为制备检测该病毒的高效价血清提供参考。【方法】利用一步法RT-PCR从新疆加工番茄上克隆STVCP基因,将其连接到原核表达载体pET-28a(+)上,获得重组质粒pET-28a-STV CP。将重组质粒转化大肠杆菌BL21后用IPTG进行诱导表达。【结果】成功克隆了STVCP基因,其长度为1 134bp。构建了原核重组表达质粒pET-28a-STV CP,其在1mmol/L IPTG诱导下,成功表达出分子质量约47ku的蛋白。【结论】成功克隆了STV CP基因,并诱导了pET-28a-STV CP重组蛋...
关键词：
南方番茄病毒 外壳蛋白基因 原核表达
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陆秀红 黄金玲 刘志明 秦碧霞 万宇力
采用盆栽接种2龄幼虫法,对6份番茄Solanum lycopersicum种质材料进行了对南方根结线虫Meloidogyne incognita的抗性鉴定。结果表明:供试的番茄材料对南方根结线虫的抗性存在差异,其中,高抗材料4份,抗病材料1份,感病材料1份;采用酶切扩增多态性序列(Cleaved amplified polymorphic sequences,CAPS)方法对番茄抗性材料进行Mi-1基因检测,发现TY52、T27和Bss368 3份材料不含Mi-1基因,无限生长(红色)和T24含有Mi-1基因。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵秋芳 马海洋 马智玲 魏长宾 陈曙
【目的】开展番茄泛素结合酶变体(UEV)家族基因鉴定、组织特异性和非生物胁迫表达模式分析，为阐明UEV基因在番茄生长和逆境响应中的功能研究奠定基础。【方法】利用已知拟南芥UEV家族基因为探针，在番茄基因组数据库中查找并下载番茄UEV基因序列，同时查找其CDS、氨基酸长度及染色体位置等信息。利用生物信息学方法，通过在线工具GSDS 2.0、Expasy-protparam、Plant-PLoc、MEME对获得序列的基因结构、蛋白质分子量、等电点、亚细胞定位、保守结构域、保守基序原件等进行预测和分析。利用ClustalX（1.83）和MEGA 6.0软件进行同源序列比对并构建系统进化树。运用实时荧光定量RT-PCR分析番茄UEV基因组织表达特异性及高盐、干旱、高温、低温胁迫下UEV基因的表达差异。【结果】从番茄基因组数据库中共鉴定到5个UEV家族基因，分别命名为SlUEV1～SlUEV5，分布在1、4、10三条染色体上。SlUEV 的CDS长度为441～855 bp，氨基酸数目为146～284 aa，分子量在16.2～33.14 kD。SlUEV分为3个亚家族，其中SlUEV1、SlUEV2、SlUEV5属于UEV1亚家族，且其基因结构、保守结构域和保守基序均相似；SlUEV4属于COP10亚家族，而SlUEV3在拟南芥中并未找到同源蛋白，表明UEV家族在进化过程中发生分离。组织表达分析发现SlUEV1、SlUEV3分别在番茄花和茎中表达量高，SlUEV4在果实发育期表达量高，而SlUEV2和SlUEV5呈组成性表达。非生物胁迫试验发现SlUEV对干旱胁迫较为敏感，多个SlUEV基因上调表达，表明SlUEV基因响应番茄干旱胁迫。【结论】番茄基因组中包括5个UEV家族基因，系统进化树分析将其分为3个亚家族。多个SlUEV基因在番茄不同组织表达存在差异，表明UEV基因影响番茄的生长发育。多个SlUEV基因在干旱胁迫下显著上调表达，推测其在番茄适应干旱胁迫过程中起着重要作用。该研究为后续开展番茄UEV基因调控植物生长和逆境胁迫功能研究提供理论基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
戴均涛 张慎璞 王暄 丁修恒 李红梅
[目的]Mi基因是目前番茄遗传育种及生产实践中应用最为广泛的根结线虫抗源,通过对3种分子标记法检测番茄中Mi基因的结果进行比较与分析,以期为番茄抗根结线虫遗传育种提供准确、高效的分子鉴定方法。[方法]采用酶切扩增多态性序列(CAPS)、引物对组合以及序列特征扩增区(SCAR)3种分子标记法分别检测16个番茄品种的Mi基因及其基因型,同时采用人工接种法测定番茄品种对南方根结线虫的抗、感性。[结果]针对上述品种,3种分子标记法的检测结果存在着明显的差异,CAPS法检测全部供试番茄均含Mi基因,除‘线虫绝39号’外均为Mi/Mi纯合基因型;而PM3Fb/PM3Rb、PMi F3/PMiR3引物对组合检测和SCAR标记Mi23F/Mi23R检测的结果均显示有9个品种含Mi基因,前者检测表明‘VFN’‘双抗265’和‘双抗228’为Mi/Mi纯合基因型,但后者检测则显示仅‘VFN’和‘线虫绝39号’为Mi/Mi纯合基因型。接种测定结果显示:‘VFN’和‘线虫绝3号’为南方根结线虫免疫品种,‘双抗228’‘仙客1号’‘Sparta’和‘线虫绝39号’为高抗品种,‘双抗265’和‘牟番1号’为抗病品种,其余均为感病品种。[结论]CAPS法容易产生假阳性,不适用于番茄Mi基因的检测,而PM3Fb/PM3Rb、PMi F3/PMiR3的引物对组合和SCAR标记Mi23F/Mi23R这2种方法能够相对准确地检测番茄Mi基因,其中SCAR标记经单次PCR反应即可直接鉴定Mi基因的有无及其基因型,应用更为便捷。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
向亚男 黄蕊蕊 顾婷婷 甘立军
[目的]本研究旨在分析拟南芥愈伤组织形成和不定芽再生2个阶段基因的差异表达情况,探究不定芽再生背后的相关基因调控机制。[方法]采用拟南芥不定芽再生两步培养法培养根外植体,利用RNA-Seq高通量测序技术分别对愈伤组织诱导培养基(CIM)培养0 d根外植体(C0)、CIM培养4 d根外植体(C4)、芽诱导培养基(SIM)培养3 d根外植体(S3)进行基因测序,利用软件分析基因表达情况。[结果]将C4的基因表达量和C0进行比对,共检测到4 332个差异表达基因,其中1 399个基因表达上调,2 933个基因表
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李午佼 颜瑾 王运生
通过SignalP 3.0、TargetP 1.1、KohGPI、TMHMM 2.0等系列软件对南方和北方根结线虫分泌蛋白组进行预测。结果表明,南方和北方根结线虫预测分泌蛋白数为2 622和1 696个,分别占总基因数的13.65%和12.95%。经BlastP(E
关键词：
根结线虫 分泌蛋白 模体
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵延辉 陈少康 翟丽维 侍玉梅 原佳妮 盛熙晖 齐晓龙 郭勇 王楚端 邢凯
为选择出合适的基因差异表达分析流程，本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据，对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析，并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明：1)HISAT2拥有最快的运行速度，STAR拥有最高的唯一比对率。经综合考虑，本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析。2)DESeq2筛选出616个差异基因，edgeR筛选出890个差异基因，limma筛选出829个差异基因，三者有246个差异基因重合。3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路，其中有72条通路重合，而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路，其中有158条通路重合。本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对。当研究不存在生物学重复时，推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选。而为了减少分析过程中的假阳性，可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集。本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解。
关键词：
差异表达 RNA-seq 分析工具
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张绍松 李成云 周晓罡 丁玉梅 孙茂林
通过5年番茄栽培地的根结线虫发病状况调查,得出蔬菜栽培地的根结线虫发病率为90%~100%。采集发病株根系及其附着的根系土,利用蔗糖高渗溶液离心法与分离筛法分离,获得病原线虫3种虫态的虫体。接种不同虫态的分离物于培养的番茄幼苗,培养56 d后,调查结果显示:已分化并具有卵雏形的雌虫所产生根结和卵块团的数量极少,缺乏侵染性;接种虫卵和幼虫对苗期番茄根系具有侵染性,但形成根结时间不同,接种幼虫后10 d可见根结雏形,同时接种的虫卵,16 d可见根结雏形,病圃土则需17 d;接种J2幼虫后,苗期番茄单株平均形成卵块团数为48.1个,虫卵和病圃土则约有4.5个,表明接种幼虫是测试植物对根结线虫敏感性的...
关键词：
番茄 根结线虫 分离 苗期 接种
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