【目的】鉴定花生RNA-seq数据中的SSR位点,明确转录组中SSR位点的分布和结构特点,开发与花生基因相关联的SSR标记,为花生重要功能基因的挖掘、等位变异研究和分子标记辅助育种奠定基础。【方法】根据栽培种花生全生育期中22种不同类型的组织RNA-Seq数据,使用MISA软件分析SSR位点分布及特征,采用Primer3设计基因关联的SSR引物,并利用电子PCR软件对引物的质量进行检测,随机合成38对引物,进行多态性检测。【结果】从52 280条转录本中共鉴定19 143个SSR位点,分布于14 084条转录本,发生频率为26.94%。重复单元类型为单核苷酸—五核苷酸,以单核苷酸和三核苷酸为重复单元的SSR位点数最多,分别占位点总数的39.24%和38.40%。各重复单元优势基序类型分别为A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重复单元中的比例分别为97.62%、72.01%、30.96%、24.59%和16.67%。重复单元的重复次数为5—47次,单个SSR位点的长度的分布范围为10—47 bp,基序长度主要集中在10—14 bp;复合SSR位点的长度范围为21—249 bp,以31—40 bp为主。鉴定的SSR位点中共有13 477个SSR位点可以进行引物设计,其中5 020条转录本序列对应到特定的基因,共包含5 859个可进行引物设计的SSR位点,这些SSR位点在A基因组和B基因组共20条染色体上不均匀分布,其中B03染色体上SSR位点最多,为484个。对特定基因SSR引物进行电子PCR检测,在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因组中有效扩增位点分别为4 468、4 929和10 188个,有效引物数分别为3 968(67.74%)、4 232(72.25%)和5 174(88.33%)对,在A. hypogaea基因组中,SSR引物扩增位点主要以2个位点为主,其中,有1 477对引物单位点扩增。根据SSR引物扩增位点在栽培种花生基因组中的位置信息绘制了SSR位点的物理图谱。在38对SSR引物中,共有35对(92.1%)SSR引物可以扩增出清晰的条带,其中,有11对(28.9%)SSR引物在2个品种间扩增出差异条带。【结论】鉴定了13 477个可进行标记开发的SSR位点,开发、检测了5 859个基因相关SSR标记,在栽培种花生基因组中具有较高的扩增效率,并构建了基因相关SSR位点的物理图谱。

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。

通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。

通过对牙鲆（Ｐａｒａｌｉｃｈｔｈｙｓ ｏｌｉｖａｃｅｕｓ）进行转录组测序（ｒＮａ－ｓｅｑ），利用Ｍｉｃｒｏ ｓａｔｅｌｌｉｔｅ（Ｍｉｓａ）软件对１～６个碱基重复、碱基数在１０ ｂＰ以上的微卫星进行鉴定。结果表明，牙鲆转录组水平上，共发现４２ １８３个ｓｓｒ位点，分布在２６ ４５７条ｕＮｉｇｅＮｅ上，发生频率为２７．１２％，平均密度为３３９个／ＭｂＰ。获得的ｓｓｒ一共有２１６种重复基元，其中二核苷酸重复基元类型数量最多，共有１７ ５７０个，占所鉴定ｓｓｒ总数的４１．６５％。同时用ｓＰｓｓ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ２０．０软件对牙鲆转录组ｓｓｒ的多态性进行了评估。

基于已获得的球囊菌转录组数据预测微卫星标记(SSR),并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的挖掘.利用软件MISA对球囊菌转录组中42610条unigenes进行搜索,共预测出7968个SSRs,分布于5233条unigenes中,其中最主要的重复类型为三核苷酸重复(53.15%),其次为二核苷酸重复(32.32%)和四核苷酸重复(8.46%).二核苷酸重复中的基序主要是AG/CT(占总量的15.8%).针对所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件设计出6956对SSR特异性引物,随机

为开发与草鱼生长性状相关的基因以及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）标记，本研究采用转录组测序技术（RNA sequencing，RNA-Seq）对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析，共获得31 465万条高质量短读序（clean reads），经组装得到34 147条拼接基因（unigene），平均长度为1 060 bp，其中有30 751条unigene获得注释。在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因，并从中检测到4 580个SNP标记。采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证，30个SNP标记分型成功，准确率为88.24%。进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性，结果显示，unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型。unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型。unigene00870394-525标记AA基因型的体质量和体长性状均值显著高于GG基因型。unigene02938762-011628标记的TT基因型与CC基因型在体质量、体长和头长性状上的差异均达到显著水平。这4个标记位于生长催乳素α（slα）、早期生长反应蛋白-1（egr-1）和肌球蛋白重链（myh）基因上。其他标记不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。其中8个SNP标记在草鱼群体中的平均多态信息含量（PIC）、平均期望杂合度（H_(e)）和平均观测杂合度（H_(o)）分别为0.300、0.377和0.363，表明草鱼选育群体遗传多样性较高。本研究获得了与生长性状相关的1 937个差异表达基因和4个SNP标记，为草鱼分子辅助育种研究提供基础资料。

【目的】通过开发特异性高的多态性分子标记位点,以弥补金银花在简单重复序列(SSR)标记方面的匮乏,推动金银花在遗传资源管理及良种鉴定等方向的研究,为后续全基因组测序及组装策略奠定基础。【方法】运用RAD-seq技术对2份金银花样品进行简化基因组测序,利用MISA软件识别contig上的SSR序列并对各类型序列特征进行归纳分析,进而设计引物并利用生物信息学的方法进行引物筛选和有效性检测。【结果】对‘九丰一号’和‘亚特’金银花进行简化基因组测序,分别获得27.805 Mbp和42.560 Mbp干净读长。在组装的45 850个基因序列中共检测到46 999个SSR位点,其中单核苷酸重复单元比例最高(49.15%),六核苷酸重复单元最少(0.20%)。SSR位点的重复基序以(A/T)n为主,具有偏向性。除单碱基和二碱基重复类型外,SSR位点基序的重复次数集中在5～6次,且随重复次数增加,SSR位点重复类型出现的频率呈下降趋势。金银花基因组SSR序列长度介于10～310 bp之间,随重复次数增加,各SSR序列出现的频率逐渐下降。利用Primer3.0成功设计出38 507对SSR引物,设计成功率为81.93%。对挑选的35对SSR引物进行多态性分析,等位基因数、观测杂合度和多态性信息含量(PIC)的平均值分别为5.057、0.363和0.568,其中高多态信息位点26个,中度多态信息位点9个,均未偏离哈迪–温伯格平衡。【结论】利用RAD-seq技术可实现SSR标记的大量开发和多态性SSR引物的筛选,并为金银花在遗传多样性分析和种质鉴定等相关方面的研究提供数据支持。

【目的】百萨偃麦草(Thinopyrum bessarabicum L?ve,2n=2x=14,JJ或EbEb)是小麦改良的重要亲缘物种,开发染色体特异分子标记对于加快其有利基因向小麦中的转移和应用有重要意义。【方法】利用百萨偃麦草分蘖期叶片RNA-seq获得的EST序列与节节麦D基因组序列进行比对,鉴定出4 957条没有相似性的序列作为筛选百萨偃麦草特异序列的基础序列。从这些基础序列中随机选择部分序列设计EST-PCR引物507对,通过在普通小麦中国春、百萨偃麦草和中国春-百萨偃麦草双二倍体中的扩增分析,筛选出百萨偃麦草基因组特异标记,然后在已经选育出的8个小麦-百萨偃麦草异染色体系中进行染...

杜泊羊的毛囊具有周期性生长发育的特点，一般分为生长期、退行期、休止期3个时期。旨在探索经前期研究筛选出的与毛囊生长期和休止期相关的关键lncRNAs作为ceRNA的调控机制。选用饲养条件相同、体质量体尺相近，年龄大约2周岁的具有极端脱毛表型的杜泊母羊(S组)和不脱毛杜泊母羊(N组)各10只作为试验对象，经表型观测选择其中表型最好的5只脱毛羊与3只不脱毛羊用于转录组测序。通过靶向预测、表达模式分析以及GO和KEGG富集分析等生物信息学分析方法构建关键lncRNAs的ceRNA调控网络，进一步研究关键lncRNAs的调控机制。经lncRNA-miRNA及miRNA-mRNA靶向预测分析共筛选到262个mRNAs,其中有135个与相应lncRNAs表达模式一致(19个A模式(Anagen,生长期高表达),116个T模式(Telogen,休止期高表达))。将这135个mRNAs进行GO和KEGG富集分析发现，一些与毛囊发育相关的基因，如CTNNB1、FGF22、FGF5、FZD3、JAK3、Lpar6、NGFR、PAK1、EIF4E及Wnt10b富集于与毛囊发育相关的Rap1、MAPK、Wnt、PI3K-Akt、Ras、mTOR、Jak-STAT及Hippo等信号通路中。最终构建了由10个lncRNAs、11个miRNAs及10个mRNAs组成的ceRNA调控网络。对随机挑选的几个差异表达lncRNAs和差异表达基因进行qRT-PCR验证，结果显示与转录组测序结果表达趋势基本一致，说明测序结果可靠。研究获得的这10个lncRNAs与其靶向调控的miRNAs及mRNAs可作为绵羊毛囊发育的重点研究对象。

通过筛选栽培花生间具有多态性的SSR,分析总结多态性SSR的特征,旨在选择性利用SSR标记,推动栽培种花生遗传图谱构建、相关农艺性状的QTL定位和分子标记辅助育种进程。以秦皇岛光秧、石腰豆、印度窄叶、抗019、四粒红和黑花生6个不同植物学类型的中国栽培种花生为材料,选用不同设计类型的1 523个SSR标记筛选品种间多态性SSR,并对其扩增片段长度、重复基序、重复次数等进行分析。结果表明,1 523个标记中,筛选获得43对多态性SSR标记,产生123个多态性标记位点,多态性标记数占2.8%。43对多态性SSR标记中,以ARS××的多态性最高,在6个品种中多态率达6.8%。统计各种质间具多态性的S...

为了挖掘番茄青枯病抗性基因，对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq)。结果发现，在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据，以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)

以20个梨栽培品种为例,利用SSR标记构建梨分子身份证体系。从分布在梨17个连锁群的60对SSR引物中筛选出分别位于17条染色体的17对多态性引物对20个梨栽培品种进行扩增,共检测到等位基因136个,每对引物检测到的等位基因数在5~11之间,平均8个;共检测到基因型203个,每个引物检测到的基因型在7~17之间,平均为12个,表明所选引物具有较高的鉴别力。多态信息含量指数(PIC)变幅为0.614~0.848,平均为0.733。38个双引物组合可区分全部供试品种。根据引物对不同品种扩增条带大小进行编码,然后将每个品种17个SSR位点的赋值依次组合,建立了20个梨栽培品种的分子身份证。

[目的]对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。[方法]以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。[结果]将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33 896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达mRNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P<0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P<0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。[结论]获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。

利用SSR标记分析了疣粒野生稻同栽培稻IR24间的遗传多样性,并对引物扩增条带类型进行了比较分析。结果表明,在所用的159对引物中共有153对引物检测到多态性位点,占总引物数的96.8%。在2个材料中共有848个位点扩增出条带,其中扩增条带片段大小相同的有67条,占总带数的7.9%。引物扩增多态性条带可以分为扩增条带片段大小不同、扩增条带数目不同和扩增条带强弱不同3种类型。说明在栽培稻中开发的SSR标记在疣粒野生稻中发生了很大的变异,不适宜进行遗传多样性分析,但仍可以应用于疣粒野生稻进行分子标记辅助选择。

利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaeaL.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTT/GAA重复出现的频率最大,分别占到...