【目的】利用生物信息学分析方法推导CsbHLH62基因及其编码产物的理化性质、结构和功能以及同源性等。【方法】通过相关软件及网站分析CsbHLH62基因及其编码蛋白的相关信息。【结果】CsbHLH62基因编码蛋白含有277个氨基酸,是一种可溶性蛋白,定位于细胞核,该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,有35个潜在的磷酸化位点,是一种非分泌蛋白;功能结构分析表明131～181位氨基酸之间有一个典型的MYC的bHLH结构域,系统进化分析表明其编码的氨基酸序列与欧洲越橘亲缘关系较近,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三维结构构建成功。【结论】为研究CsbHLH62基因在茶树硒富集过程中的生物学功能奠定了基础。

本研究利用ＲＮＡ－ｓｅｑ技术对父本、母本、子代不育茶树花三个样本花的转录组进行测定，经组装分析获得４０３ ４６９条高质量的ＵＮｉｇｅＮｅｓ。将获得的ＵＮｉｇｅＮｅｓ与ｓＷｉｓｓ－ＰＲＯＴ、ＴＲｅＭＢＬ、ＣＤＤ、ＰＦＡＭ、ＮＲ和ＫＯｇ库进行ＢＬＡｓＴ，共注释到３０７ ２９１条ＵＮｉｇｅＮｅｓ。ＫＯｇ功能分类显示，有２３ ７３９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ被分为２５类。Ｋｅｇｇ通路分析表明，共识别出２６ ９６７个ＵＮｉｇｅＮｅｓ涉及的ＰＡＴｈＷＡｙ有３２８个。ｓｓＲ查找发现，从４０３ ４６９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ中找到４６ ４４０个含有ｓｓＲ序列。这些信息为茶树不育基因筛选、不育机理研究以及分子标记开发奠定了基．．．

[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。

根据GenBank中已登录的植物紫黄素脱环氧化酶 (VDE)基因序列 ,以其高度保守的氨基酸序列设计一对简并引物 ,采用RT PCR与 3′/ 5′RACE相结合的方法 ,从茶树 (Camelliasinensi)中克隆出VDE的全长cDNA ,长度为 16 32bp。分析表明 ,该序列的 5′端和 3′端的非编码序列长度分别为 6 1bp和 14 0bp ,开放阅读框为 14 2 2bp ,编码 4 73个氨基酸 ,其转运肽长度为 132个氨基酸。成熟蛋白的氨基酸序列与拟南芥、莴苣、菠菜及烟草的同源性分别为 83 5 % ,82 7% ,82 1%和 83 6 % ,且有 3个特殊的结构...

为揭示茶树(Camellia sinensis)硒代半胱氨酸甲基转移酶(Selenocysteine methyltransferase,SMT)基因CsSMT的生物学功能及其分子调控机理,利用生物基因组学数据库和生物信息学分析软件,对CsSMT进行生物信息学分析,预测该基因编码产物的理化性质、结构与功能,同时构建CsSMT同源基因的系统进化树。结果表明:CsSMT基因cDNA全长1368 bp,开放阅读框位于50~1105 bp处。编码产物为稳定的亲水性蛋白,分子式为C1670H2645N459O532S15,无跨膜结构,无信号肽,定位于细胞质基质。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三维建...

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。

以紫化茶树武夷奇种C18的叶片为材料,采用染色体步移技术获得该材料的UDP-糖基转移酶(UDPG)基因5′端上游启动子序列大小为902 bp,利用软件进行生物信息学分析.结果表明,该调控序列含有启动子核心元件TATA-box、CAAT-motif以及多个光响应元件(GT1-motif、GATA-motif等)、胚乳特异性表达元件(GCN4-motif、Skn-1-motif)、水杨酸响应元件(TCA-element)等特殊顺式作用元件.

具有脂蛋白信号肽的蛋白参与细胞膜结构构建、细胞膜稳定性维护、信号转导和转运等过程，在维持细菌生理功能、致病性和耐药性等方面发挥重要作用.树生黄单胞杆菌是杧果生产中的重要病原之一，目前尚缺乏有关该菌脂蛋白信号肽蛋白的研究.本研究基于树生黄单胞杆菌的全基因组序列，通过LipoP v1.0在线程序分析，获取了175条具有脂蛋白信号肽的蛋白序列，并对这些蛋白开展了包括保守结构域、信号肽、跨膜区结构域、亚细胞定位和理化性质等的生物信息学分析.结果表明：144个脂蛋白氨基酸序列长度集中于100～500个之间；163条蛋白序列具有信号肽，仅有13条蛋白序列具有明显的保守结构域；90个蛋白定位在线粒体；这些蛋白在亲(疏)水性最强氨基酸残基及其位置方面存在较大的差异.此外，通过遗传关系分析进一步明确了与树生黄单胞杆菌中脂蛋白信号肽蛋白具有较高同源性和较近亲缘关系的其他物种，而大部分脂蛋白信号肽间的同源性并不高.

结合茶条槭转录组数据库,利用RT-PCR的方法克隆得到茶条槭SDH基因,命名为AgSDH,并对该基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果显示,AgSDH基因的ORF全长为1 563 bp,共编码520个氨基酸,推测蛋白相对分子量为57.219 k Da,理论等电点为5.61,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中。生物信息学分析表明AgSDH蛋白为亲水性蛋白,没有跨膜结构。蛋白质二级结构α-螺旋占35.38%,延伸链占18.65%,无规则卷曲占45.96%;三级结构预测表明AgSDH蛋白以单体形式存在。与目前已

As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids includ...

通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。

通过对牙鲆（Ｐａｒａｌｉｃｈｔｈｙｓ ｏｌｉｖａｃｅｕｓ）进行转录组测序（ｒＮａ－ｓｅｑ），利用Ｍｉｃｒｏ ｓａｔｅｌｌｉｔｅ（Ｍｉｓａ）软件对１～６个碱基重复、碱基数在１０ ｂＰ以上的微卫星进行鉴定。结果表明，牙鲆转录组水平上，共发现４２ １８３个ｓｓｒ位点，分布在２６ ４５７条ｕＮｉｇｅＮｅ上，发生频率为２７．１２％，平均密度为３３９个／ＭｂＰ。获得的ｓｓｒ一共有２１６种重复基元，其中二核苷酸重复基元类型数量最多，共有１７ ５７０个，占所鉴定ｓｓｒ总数的４１．６５％。同时用ｓＰｓｓ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ２０．０软件对牙鲆转录组ｓｓｒ的多态性进行了评估。

以油茶果实膨大期和油脂合成高峰期的种子为材料,进行转录组测序和表达谱数据库构建,并对油茶种子α-亚麻酸代谢途径相关基因进行分析。转录组测序获得油茶种子α-亚麻酸代谢非冗余基因Unigenes序列共112条,与α-亚麻酸代谢密切相关的不饱和脂肪酸合成途径非冗余基因Unigenes序列94条,包含12种调控α-亚麻酸代谢主要酶基因。表达谱数据分析显示,果实膨大期和油脂合成高峰期的α-亚麻酸合成代谢途径相关基因具有不同的表达模式,参与油茶种子α-亚麻酸的合成及形成多种不饱和脂肪酸的物质转化。采用实时荧光定量PCR方法验证油茶种子LOX,AOS,ACOX,AOC,OPR,AACT,PLA2,HPL,D...

旨在对鸭坦布苏病毒NS5蛋白功能基团RNA依赖RNA聚合酶进行真核表达,同时对其蛋白结构和功能进行生物信息学分析。首先查找GenBank数据库中收录的DTMUV基因序列,以RdRp基因为研究对象,通过软件设计并合成特异性引物,RT-PCR技术扩增RdRp基因,回收PCR产物并与pCMV-N-Flag真核表达载体相连接,构建真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp,将测序无误的质粒转染至BHK-21细胞,通过Western Blot和间接免疫荧光技术检测该蛋白在BHK-21细胞内的表达。同时针对RdRp蛋白,利用生物信息学软件进行序列分析、结构解析及功能预测。通过PCR方法成功扩增RdRp基因,构建的真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp经双酶切鉴定证明正确,进一步通过间接免疫荧光技术与Western Blot检测发现,重组质粒pCMV-Flag-RdRp在BHK-21细胞内正常表达,生物信息学分析发现,RdRp蛋白编码606个氨基酸,分子式为C_(3091)H_(4810)N_(870)O_(894)S_(41),编码蛋白亲水性平均系数为-0.536,不稳定指数为42.15,含有丰富的磷酸化位点及O-糖基化位点。其二级结构包含46.37%的α-螺旋、12.54%的延伸链以及35.31%的无规则卷曲。上述结果为进一步研究坦布苏病毒致病性打下了基础。

采用生物信息学方法对茶树髓细胞增生蛋白(myelocytomatosisproteins,MYCs)基因家族成员的理化性质、进化关系、蛋白质结构、顺式作用元件进行分析,运用qRT–PCR技术研究MYC基因家族成员在茶树中的表达。结果表明:茶树MYC为不稳定蛋白、亲水蛋白、非分泌蛋白、非跨膜蛋白,均呈酸性;MYC基因家族6个成员都定位于细胞核中;基因家族二级结构主要以无规则卷曲和α–螺旋为主,均含1个外显子,无内含子,motif分布相似的成员,其三级结构也相似;茶树MYC基因和拟南芥的亲缘关系更近;茶树MYC家族基因启动子均主要含有光信号、茉莉酸甲酯和脱落酸等3个顺式作用元件。qRT–PCR分析显示,MYC家族成员主要在茶树的根和种子中表达,可能在茶树对硒吸收累积过程中发挥调控作用。