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[期刊] 中国农业科学
[作者]
岳晓凤 阙亚伟 王政逸
【目的】稻瘟病菌（Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ ｏｒｙｚａｅ）引起的水稻稻瘟病是威胁全球水稻生产的重要病害之一，而该菌附着胞介导的侵染又是病害循环的重要环节。在前期的研究中发现一个编码Ｃ＿２ｈ＿２锌指结构的转录因子基因ｚｎＦ１，参与稻瘟病菌附着胞形成、穿透和致病过程，论文旨在从转录水平上了解受ｚｎＦ１调控的基因及其调控机理，为深入研究稻瘟病菌致病分子机理提供基础数据。【方法】利用ｒｎａ－Ｓｅｑ技术对稻瘟病菌野生型菌株ｇｕｙ１１和突变体ΔｚｎＦ１的营养菌丝体进行表达谱测序，采用ＦｐＫＭ法计算基因表达量，以ＦＤｒ≤０．００１且ｌｏｇ２ ｒａｔｉｏ（ΔｚｎＦ１／ｇｕｙ１１）≥１为筛选标准，获得ΔｚｎＦ１中．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姜兆远 任金平 刘晓梅 邹晓威 郭晓莉 王继春 温嘉伟 刘文平 夏海丰 洪德志
【目的】分析水稻接种稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)48 h后亲和互作与非亲和互作反应的基因表达谱,探索水稻对不同稻瘟病菌抗性差异的分子机理。【方法】运用Affymetrix表达谱芯片分析差异表达mRNA;通过分子注释系统平台(MAS 3.0)对差异表达基因进行了基因注释及GO分析;应用实时定量PCR对部分差异表达基因进行验证。【结果】在49 824个转录本中共检测到大约24 000个转录本,Fold change大于2.5的基因共1 028个,其中非亲和互作上调基因460个,下调基因568个。所验证的4个基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。经GO分析差异基因对应蛋白的...
关键词：
稻瘟病 基因表达谱 基因芯片
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
叶文武 张萌 曹明娜 翟春花 李爱宁 王源超
［目的］促有丝分裂原蛋白激酶（ＭＡＰＫ）是真核生物细胞信号转导途径中的关键蛋白激酶，对植物病原菌的生长发育与侵染致病具有重要作用。我们前期发现１个ＭＡＰＫ基因Ｐｓ ＭＰＫ１参与调控大豆疫霉的细胞壁完整性、菌丝生长、游动孢子形成，以及对大豆的致病性等生物学性状。本文旨在进一步探究Ｐｓ ＭＰＫ１如何调控大豆疫霉的上述性状。［方法］利用数字基因表达谱技术对大豆疫霉Ｐｓ ＭＰＫ１沉默突变体在游动孢子囊阶段的基因表达情况进行分析。［结果］样品间基因表达水平的整体相关性分析和实时定量ＰＣＲ结果表明：数据具有较高的可靠性。与野生型菌株相比，Ｐｓ ＭＰＫ１沉默突变体中分别有１ ４５１个显著下调和９８１个显著上．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
向亚男 黄蕊蕊 顾婷婷 甘立军
[目的]本研究旨在分析拟南芥愈伤组织形成和不定芽再生2个阶段基因的差异表达情况,探究不定芽再生背后的相关基因调控机制。[方法]采用拟南芥不定芽再生两步培养法培养根外植体,利用RNA-Seq高通量测序技术分别对愈伤组织诱导培养基(CIM)培养0 d根外植体(C0)、CIM培养4 d根外植体(C4)、芽诱导培养基(SIM)培养3 d根外植体(S3)进行基因测序,利用软件分析基因表达情况。[结果]将C4的基因表达量和C0进行比对,共检测到4 332个差异表达基因,其中1 399个基因表达上调,2 933个基因表
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘艳 迟铭 王宝祥 宋兆强 杨波 卢白关 李健 秦德荣 徐大勇
从江苏省稻瘟病不同优势小种菌株的液体培养液中提取稻瘟病菌粗毒素，以本地区较感病中粳稻新品系Ｌ１１９为材料，研究不同稀释浓度粗毒素对水稻种子萌发、成熟胚愈伤组织诱导及分化的影响；在诱导和分化培养基中分别加入适宜的稻瘟病菌粗毒素进行胁迫培养，以获得抗病性有所增强的变异植株。结果表明，种子萌发后胚芽的长度随着粗毒素浓度的提高而降低，在浓度达到１ ｍ Ｌ／１０ ｍ Ｌ时种子萌发完全受到抑制。种胚愈伤组织的生长随着粗毒素浓度的增加受抑制程度逐渐增强，在浓度为２５％时无愈伤产生；愈伤组织在分化时对粗毒素较敏感，在粗毒素浓度为５％时分化成苗数急剧下降。对诱导、分化２个阶段双重粗毒素胁迫培养的组培再生植株进行．．．
关键词：
水稻 稻瘟病菌 粗毒素 抗病性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘建军 赵瑜 鲁琳 胡月新 刘慰华
赤霉素是一类重要的植物激素,在高等植物生长发育的各个阶段都具有重要的调控作用。利用突变体研究赤霉素代谢和信号转导途径是目前的研究热点。文章以水稻Affymetrix表达谱芯片的数据为例,应用生物信息学方法进行数据挖掘与研究水稻gid2-1突变体与野生型差异表达基因,初步探讨赤霉素信号途径相关基因的表达调控网络。
关键词：
水稻 赤霉素 突变体 表达谱芯片
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱玲 陈晓琼 杜康兮 韩保林 冉秀华 张红宇 徐培洲 吴先军
【目的】利用EMS对水稻(Oryza sativa L.)保持系品种宜香1B进行诱变,筛选出3份长护颖突变体。通过基因定位和克隆,探明控制该性状的遗传基础以及分子机理,并在不同器官进行表达分析,了解该基因表达特点。【方法】以3份水稻长护颖突变体Oslg-1、Oslg-2和Oslg-3为材料,进行表型分析、等位性鉴定、基因定位、生物信息学分析,以及q RT-PCR定量表达分析。【结果】Oslg-1突变体小穗在幼穗发育早期与野生型无明显差异,但在成熟期其护颖的远轴表皮细胞凸起且粗糙,形成的结节轴向对齐排列,且毛状物较多,形成垂直相间的横纵沟,与外稃表皮细胞结构相似。遗传分析表明,该类突变表型受1对...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵秀平 李国瑞 王双 闫星伊 段强 张帅 风兰 韩雯毓 孙佳欣 陈永胜
【目的】稻瘟病菌MSP1是由MGG-05344基因编码的一种与稻瘟病菌的植物毒性相关的蛋白,本研究进一步探索MSP1的晶体结构、功能以及与该蛋白相关的研究。【方法】对NCBI数据库提供的MSP1氨基酸序列进行生物信息学分析,构建原核表达载体pETSUMO_1b-MSP1,并对该重组蛋白进行诱导表达和纯化处理。【结果】MSP1分子量约为14.2 KD,等电点为4.6,为不稳定性疏水蛋白;含有信号肽,无跨膜结构域,为非典型分泌蛋白;含有11个磷酸活性位点,含有Cerato-platanin保守结构域,属于Cerato-platanin家族成员。该蛋白可被0.3 mmol/L IPTG诱导表达,镍离子亲和层析的最适洗脱条件为20 mmol/L Tris-HCl, 500 mmol/L NaCl, 80 mmol/L、100 mmol/L咪唑;阴离子交换层析表明该蛋白具有耐低盐性;分子筛层析具有单峰且对称性良好,最大峰在17.1 mL出峰,分子量约20 KD,表明MSP1以单体形式存在。【结论】本研究最终纯化得到大量高纯蛋白,以期为进一步探索该蛋白的晶体结构、功能、互作蛋白以及与稻瘟病菌毒性相关的后续研究奠定理论与实践基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
史建磊 熊自立 苏世闻 王克磊 宰文珊
为了挖掘番茄青枯病抗性基因，对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq)。结果发现，在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据，以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵延辉 陈少康 翟丽维 侍玉梅 原佳妮 盛熙晖 齐晓龙 郭勇 王楚端 邢凯
为选择出合适的基因差异表达分析流程，本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据，对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析，并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明：1)HISAT2拥有最快的运行速度，STAR拥有最高的唯一比对率。经综合考虑，本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析。2)DESeq2筛选出616个差异基因，edgeR筛选出890个差异基因，limma筛选出829个差异基因，三者有246个差异基因重合。3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路，其中有72条通路重合，而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路，其中有158条通路重合。本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对。当研究不存在生物学重复时，推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选。而为了减少分析过程中的假阳性，可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集。本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解。
关键词：
差异表达 RNA-seq 分析工具
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
戴垚 王瑾 戴丽 何长征 刘峰
以EMS诱变的辣椒绿茎突变体gh1和紫茎野生型樟树港辣椒(ST–8)为材料，测定茎中花青素含量；采用转录组测序技术(RNA–seq)和实时荧光定量PCR(qRT–PCR)分析与辣椒茎中花青素生物合成相关基因的表达水平。结果表明：突变体gh1茎中的花青素含量极显著低于ST–8茎中的花青素含量；与ST–8相比，gh1共获得1794个差异表达基因，包括1003个上调表达基因，791个下调表达基因；与花青素生物合成途径相关的基因包括9个结构基因(DFR、UF3GT、F3H、ANS、CHI、CHS、C4H、PAL、4CL)和3个转录因子(TT8、AN1、TTG1)；对与花青素合成相关的差异表达基因进行转录组表达量分析和qRT–PCR分析，筛选出4个结构基因(CHS、CHI、DFR、UF3GT)和1个转录因子(AN1)，推测这5个基因可能在辣椒茎中花青素生物合成途径中起重要作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
戴垚 王瑾 戴丽 何长征 刘峰
以EMS诱变的辣椒绿茎突变体gh1和紫茎野生型樟树港辣椒(ST–8)为材料，测定茎中花青素含量；采用转录组测序技术(RNA–seq)和实时荧光定量PCR(qRT–PCR)分析与辣椒茎中花青素生物合成相关基因的表达水平。结果表明：突变体gh1茎中的花青素含量极显著低于ST–8茎中的花青素含量；与ST–8相比，gh1共获得1794个差异表达基因，包括1003个上调表达基因，791个下调表达基因；与花青素生物合成途径相关的基因包括9个结构基因(DFR、UF3GT、F3H、ANS、CHI、CHS、C4H、PAL、4CL)和3个转录因子(TT8、AN1、TTG1)；对与花青素合成相关的差异表达基因进行转录组表达量分析和qRT–PCR分析，筛选出4个结构基因(CHS、CHI、DFR、UF3GT)和1个转录因子(AN1)，推测这5个基因可能在辣椒茎中花青素生物合成途径中起重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王育伟 彭正松 杨在君 魏淑红 廖明莉 赵欢 杨会 杨宇凤 王清海
为探讨Ta AP1-3基因在小麦三雌蕊性状形成中的作用,从小麦三雌蕊近等基因系CM28和CM28TP中克隆得到3个同源基因Ta AP1-3a、Ta AP1-3b和Ta AP1-3c。通过碱基序列、氨基酸序列、聚类及实时荧光定量分析表明,TaAP1-3a、Ta AP1-3b和Ta AP1-3c基因c DNA序列分别为1 210,1 208,1 199 bp,ORF分别为825,816,855 bp,分别编码274,271,284个氨基酸残基。Ta AP1-3a、Ta AP1-3b和Ta AP1-3c与中国春Ta AP1-3的核苷酸序列相似度分别为96.02%,93.1%,93.56%,氨基酸序列...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
俞咪娜 胡建坤 黄磊 于俊杰 尹小乐 聂亚锋 陈志谊 刘永锋
【目的】研究稻曲病菌致病力增强的ATMT突变菌株5062,为稻曲病菌致病机制解析、致病相关基因克隆提供方法基础。【方法】测定和观察5062的菌落直径、菌落形态、产孢能力等生物学特性,进一步利用TAIL-PCR和RACE技术克隆5062基因组的T-DNA侧翼基因,并比对分析基因的信息,最后利用RT-PCR检测突变基因的表达量。【结果】与野生型菌株相比,突变菌株5062田间接种表现为致病力增强,在MM和水琼脂培养基上生长速率减慢,产生大量分生孢子,而在PSA和TB3培养基上,其菌落形态、色素等方面与野生型无明显差异。TAIL-PCR扩增得到的紧邻T-DNA两侧的侧翼序列在野生型中不相邻。TAIL-...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴茂森 田峰 齐放军 何晨阳
【目的】从基因组水平上阐明水稻在与白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)感病互作条件下基因表达反应的特征。【方法】用cDNA-AFLP方法对Xoo接种处理不同时间的水稻细胞进行基因表达谱分析。【结果】在测定的大约4 000个水稻cDNA片段中,363个(9.1%)是差异性表达的,其中295个受Xoo诱导上调表达,68个被抑制下调表达。根据在不同互作时间点的表达特征,它们可分为7种表达类型。对31个差异片段的序列同源性进行分析,发现它们在己公布的水稻全基因组中完全相同的序列,但只有10个基因具有已知或推断的生物学功能,其余21个基因功能未知。用荧光实时定量...
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