本研究利用ＲＮＡ－ｓｅｑ技术对父本、母本、子代不育茶树花三个样本花的转录组进行测定，经组装分析获得４０３ ４６９条高质量的ＵＮｉｇｅＮｅｓ。将获得的ＵＮｉｇｅＮｅｓ与ｓＷｉｓｓ－ＰＲＯＴ、ＴＲｅＭＢＬ、ＣＤＤ、ＰＦＡＭ、ＮＲ和ＫＯｇ库进行ＢＬＡｓＴ，共注释到３０７ ２９１条ＵＮｉｇｅＮｅｓ。ＫＯｇ功能分类显示，有２３ ７３９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ被分为２５类。Ｋｅｇｇ通路分析表明，共识别出２６ ９６７个ＵＮｉｇｅＮｅｓ涉及的ＰＡＴｈＷＡｙ有３２８个。ｓｓＲ查找发现，从４０３ ４６９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ中找到４６ ４４０个含有ｓｓＲ序列。这些信息为茶树不育基因筛选、不育机理研究以及分子标记开发奠定了基．．．

【目的】利用生物信息学分析方法推导CsbHLH62基因及其编码产物的理化性质、结构和功能以及同源性等。【方法】通过相关软件及网站分析CsbHLH62基因及其编码蛋白的相关信息。【结果】CsbHLH62基因编码蛋白含有277个氨基酸,是一种可溶性蛋白,定位于细胞核,该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,有35个潜在的磷酸化位点,是一种非分泌蛋白;功能结构分析表明131～181位氨基酸之间有一个典型的MYC的bHLH结构域,系统进化分析表明其编码的氨基酸序列与欧洲越橘亲缘关系较近,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三维结构构建成功。【结论】为研究CsbHLH62基因在茶树硒富集过程中的生物学功能奠定了基础。

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。

【目的】探明不同发育阶段牦牛体外受精(IVF)胚胎的转录组差异,了解差异表达基因(DEG)在功能、分类和代谢通路的差异,为揭示牦牛早期胚胎发育调控机制,促进牦牛胚胎体外生产技术的发展提供理论基础。【方法】以IVF技术生产的牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的胚胎为样本分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增技术构建5个测序文库,应用Hi SeqTM 2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。【结果】牦牛IVF后的卵裂率和囊胚率分别为69.3%和26.2%。2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的牦牛胚胎Clean reads为47 355 570—50 855 888条,其中有85.65%—90.02%的reads能比对到牦牛参考基因组序列上;8-细胞的胚胎比对上的转录本最多(14 893),而囊胚比对上的转录本最少(9 827)。牦牛胚胎转录本主要有5种可变剪接类型,转录起始区域可变剪接(TSS)和转录结束区域可变剪接(TTS)所占比例最大;牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚基因组分别有116601、234 131、196 420、70 841和94 840个位点存在单核苷酸多态性(SNP)。在4-细胞、8-细胞、桑椹胚、囊胚期开始表达的基因分别有1 221、1 116、142和564个;随着胚胎发育的进行,BMP15、KIT、GDF9、STAT3、ZP3和ZP4等母源基因的表达量逐渐减少,而SARS、IL18、ACO2、TXN2、ATP5B、PCGF4、UBE3A、MAPK13、SNURF和JUP等胚胎基因的表达量则逐渐增加。以|log2ratio|≥1且Q-value

为了揭示茶树花不同发育时期生长发育和生化成分代谢的分子机制,以‘黄棪’茶树品种为研究对象,通过高通量测序技术对茶树花两个发育时期(花苞期、开放期)的转录组进行比较分析.结果显示:转录组测序共获得135 039 271个过滤序列,GC含量为44.30%～45.35%;茶树花两个发育时期共获得18 352个差异表达基因,其中,上调的基因有8 019个,下调的基因有10 333个.对差异表达基因进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,发现其主要富集在与茶树花生长发育、生化成分形成有关的植物激素信号转导、光合作用—天线蛋白、植物的昼夜节律、糖胺聚糖降解等代谢途径上.本研究结果表明,茶树花的发育受到植物激素的调控和光周期的诱导,与氨基酸、可溶性总糖有关的代谢途径随着花的发育发生了变化,该结果为进一步研究茶树花发育过程中的动态变化提供了参考.

对杜仲（Ｅｕｃｏｍｍｉａ ｕｌｍｏｉｄＥｓ）国审良种‘华仲６号’和‘华仲１０号’花后７０和１６０ｄ的种仁共４个样本进行转录组测序，对测序数据进行组装和功能注释分类，并对转录组获得的单基因簇（ｕｎｉｇＥｎＥ）进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉｓＥｑ～（Ｔｍ）２０００对杜仲样品进行转录组测序，采用软件ＴｒｉｎｉＴｙ进行组装；利用ＢｌａｓＴ软件将ｕｎｉｇＥｎＥ序列分别与ｎｒ、ｇｏ、ｃｏｇ和ＫＥｇｇ等数据库比对分析；利用ｍｉｓａ软件对转录组的９６ ４６９条ｕｎｉｇＥｎＥｓ进行ｓｓｒ搜索。结果表明：转录组测序分析，共得到７２ ７９１ ３９９个高质量的序列读取片段（ｃｌＥａ．．．

以油茶果实膨大期和油脂合成高峰期的种子为材料,进行转录组测序和表达谱数据库构建,并对油茶种子α-亚麻酸代谢途径相关基因进行分析。转录组测序获得油茶种子α-亚麻酸代谢非冗余基因Unigenes序列共112条,与α-亚麻酸代谢密切相关的不饱和脂肪酸合成途径非冗余基因Unigenes序列94条,包含12种调控α-亚麻酸代谢主要酶基因。表达谱数据分析显示,果实膨大期和油脂合成高峰期的α-亚麻酸合成代谢途径相关基因具有不同的表达模式,参与油茶种子α-亚麻酸的合成及形成多种不饱和脂肪酸的物质转化。采用实时荧光定量PCR方法验证油茶种子LOX,AOS,ACOX,AOC,OPR,AACT,PLA2,HPL,D...

【目的】揭示不育花与可育花的代谢特征，为研究不育花形成机制提供靶向代谢物，从而为探究茶树不育花形成机制提供相关的依据。【方法】本研究利用LC-QTOF平台对完全不育花（‘云茶异蕊’，ZDH）以及其可育父母本（‘福鼎大白茶’和‘佛香2号’，FDDB和FX）进行广靶代谢物检测，利用不同的生物信息学软件和网站对代谢物进行主成分分析、正交偏最小二乘判别分析、聚类分析和KEGG通路分析，并分析ZDH、FDDB和FX之间的差异代谢物。【结果】对9个样本（每份材料包含3个生物学重复）进行代谢组定性和定量分析，共鉴定到963种代谢物，通过差异代谢物分析，在FX-vs-FDDB、FX-vs-ZDH、FDDB-vs-ZDH 3个组合中一共鉴定到544个差异代谢物（不同差异组合之间重复的代谢物仅计算一次），不同组合差异代谢物的数量分别为：373、410和224，说明ZDH与父母本之间的代谢物存在较大差异，并明显高于父母本之间的差异代谢物数目。在544个差异代谢物中，有222个成分属于ZDH与FX、FDDB的共有的差异物质，但FX与FDDB之间没有差异。筛选获得的222个重要差异代谢物，有近三分之一（69/222）属于类黄酮（山奈酚相关的糖苷、槲皮素及其多种糖苷、芹菜素相关的糖苷等）、糖类（水苏糖、葡萄糖和果糖等）以及激素相关的物质（甲氧基吲哚乙酸、5'-葡糖基氧基茉莉酸和水杨酸-2-O-葡萄糖苷等），这些代谢物的差异可能参与ZDH不育花的形成。【结论】不育花与可育花代谢成分存在明显的差异，类黄酮、糖类以及激素相关的物质，尤其是山奈酚衍生物、生长素、茉莉酸类物质可能参与茶树花不育表型的形成。

通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。

通过对牙鲆（Ｐａｒａｌｉｃｈｔｈｙｓ ｏｌｉｖａｃｅｕｓ）进行转录组测序（ｒＮａ－ｓｅｑ），利用Ｍｉｃｒｏ ｓａｔｅｌｌｉｔｅ（Ｍｉｓａ）软件对１～６个碱基重复、碱基数在１０ ｂＰ以上的微卫星进行鉴定。结果表明，牙鲆转录组水平上，共发现４２ １８３个ｓｓｒ位点，分布在２６ ４５７条ｕＮｉｇｅＮｅ上，发生频率为２７．１２％，平均密度为３３９个／ＭｂＰ。获得的ｓｓｒ一共有２１６种重复基元，其中二核苷酸重复基元类型数量最多，共有１７ ５７０个，占所鉴定ｓｓｒ总数的４１．６５％。同时用ｓＰｓｓ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ２０．０软件对牙鲆转录组ｓｓｒ的多态性进行了评估。

为了挖掘番茄青枯病抗性基因，对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq)。结果发现，在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据，以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)

[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。

为选择出合适的基因差异表达分析流程，本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据，对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析，并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明：1)HISAT2拥有最快的运行速度，STAR拥有最高的唯一比对率。经综合考虑，本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析。2)DESeq2筛选出616个差异基因，edgeR筛选出890个差异基因，limma筛选出829个差异基因，三者有246个差异基因重合。3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路，其中有72条通路重合，而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路，其中有158条通路重合。本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对。当研究不存在生物学重复时，推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选。而为了减少分析过程中的假阳性，可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集。本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解。

【目的】为研究茶树黄化新品种加工绿茶品质组分特性。【方法】以四川茶树黄化新品系为研究对象,福鼎大白为对照,对3个不同品系加工绿茶的主要生化成分、儿茶素组分、游离氨基酸组分及香气化合物含量进行分析。【结果】茶树黄化新品系金凤系列均适宜制作绿茶(酚氨比均小于8),且绿茶品质组分与对照间存在明显差异。水浸出物、游离氨基酸、茶多酚和可溶性糖含量均高于对照;除金凤2号外,咖啡碱含量均低于对照;与对照相比,儿茶素总量则有高有低。金凤1号的优势儿茶素为C(6.58%),金凤2号的为EGC(3.14%)和EC(1.13%),金凤3号中EGCG含量最高(10.12%),茶树黄化品系EGCG含量均高于对照。游离氨基酸则以鲜味氨基酸(γ-氨基丁酸、天冬氨酸、谷氨酸、茶氨酸和天冬酰胺)为主,游离氨基酸含量为金凤2号(2.53%)>金凤3号(2.02%)>福鼎大白(2.11%)>金凤1号(1.97%)。黄化品系中香气化合物大于1%的数量明显多于对照,其中新植二烯、丁酸-反-2-己烯酯、己酸-顺-3-己烯酯、β-紫罗酮、α-松油醇和δ-杜松烯是黄化品系与福鼎大白区别的重要香气物质。【结论】初步探讨了茶树黄化品系的主要品质组分,为茶树黄化新品种选育及品质研究和加工工艺优化提供理论基础。

【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同颜色山羊嘴唇色素代谢相关的候选基因，初步揭示山羊嘴唇黏膜颜色差异形成的分子机理，为动物黏膜色素代谢研究提供理论依据。【方法】以嘴唇等面部可视黏膜颜色存在差异的酉州乌羊（乌黑色）和板角山羊（粉色）为研究对象，采用Illumina Hiseq 2000测序平台对嘴唇黏膜组织进行转录组测序，所得序列经质控、组装后，以|log2(Fold Change)| > 1，qvalue< 0.05为标准筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行功能注释和富集分析。【结果】利用RNA-Seq技术共筛选出249个基因差异表达，其中与粉色嘴唇黏膜组织相比，乌黑色嘴唇黏膜组织中上调基因有218个，下调基因有31个。23个差异表达基因被划分在9种TFs家族中，其中14个基因属于含有锌指结构域的转录因子家族。GO功能富集分析结果显示，差异表达基因主要参与离子转运相关生物学过程和分子功能。KEGG代谢通路富集结果显示，差异表达基因显著富集于催产素、钙、cGMP-PKG信号通路，以及肥厚性心肌病、心脏肌肉收缩等7个与肌肉组织功能相关的信号通路，其中钙和cGMP-PKG信号通路与色素代谢密切相关；此外，ASIP等12个基因富集到MAPK信号通路、cAMP信号通路、黑色素合成信号通路（Melanogenesis）等色素代谢核心通路中；CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个差异表达基因同时富集到多条与色素代谢相关的通路。qRT-PCR结果与测序结果一致，表明测序结果可靠。【结论】初步确定ASIP基因为山羊嘴唇色素代谢的候选基因，CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个基因参与了山羊嘴唇黏膜色素沉积过程，为研究山羊黏膜色素代谢的分子机制提供理论基础，也为探究人类黏膜异常着色的分子机制提供参考。