【目的】探明不同发育阶段牦牛体外受精(IVF)胚胎的转录组差异,了解差异表达基因(DEG)在功能、分类和代谢通路的差异,为揭示牦牛早期胚胎发育调控机制,促进牦牛胚胎体外生产技术的发展提供理论基础。【方法】以IVF技术生产的牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的胚胎为样本分别提取总RNA,采用Smart-Seq2扩增技术构建5个测序文库,应用Hi SeqTM 2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。【结果】牦牛IVF后的卵裂率和囊胚率分别为69.3%和26.2%。2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个发育阶段的牦牛胚胎Clean reads为47 355 570—50 855 888条,其中有85.65%—90.02%的reads能比对到牦牛参考基因组序列上;8-细胞的胚胎比对上的转录本最多(14 893),而囊胚比对上的转录本最少(9 827)。牦牛胚胎转录本主要有5种可变剪接类型,转录起始区域可变剪接(TSS)和转录结束区域可变剪接(TTS)所占比例最大;牦牛2-细胞、4-细胞、8-细胞、桑椹胚和囊胚基因组分别有116601、234 131、196 420、70 841和94 840个位点存在单核苷酸多态性(SNP)。在4-细胞、8-细胞、桑椹胚、囊胚期开始表达的基因分别有1 221、1 116、142和564个;随着胚胎发育的进行,BMP15、KIT、GDF9、STAT3、ZP3和ZP4等母源基因的表达量逐渐减少,而SARS、IL18、ACO2、TXN2、ATP5B、PCGF4、UBE3A、MAPK13、SNURF和JUP等胚胎基因的表达量则逐渐增加。以|log2ratio|≥1且Q-value

以屠宰场牛卵巢为材料,采用体外成熟、体外受精、早期胚胎的体外培养等方法,研究了牛卵泡液(BFF)浓度、颗粒细胞单层(GCM)和培养微滴大小对牛卵母细胞体外发育潜力的影响。结果表明:(1)与未添加BFF的对照组相比,成熟培养液中分别加入10%,20%和40%的混合BFF,均可明显促进卵母细胞受精后的发育(P0.05);但添加GCM的2级、3级卵母细胞受精后的卵裂率、6~8细胞发育率和囊胚率分别显著高于未添加组...

【目的】选择两个中国地方品种高邮鸭和金定鸭,对鸭胚胎发育中后期胸肌进行转录组分析研究,旨在探明胸肌发育阻滞的分子变化机制,为鸭骨骼肌调控机理研究打下基础。【方法】在21胚龄和27胚龄两个时间点,分别解剖高邮鸭、金定鸭各3只,采集胸大肌,提取总RNA构建文库,利用Illumina的HiseqTM2000进行高通量测序,并利用生物信息学方法进行差异表达基因挖掘、基因功能注释等分析,探讨21胚龄和27胚龄两个时间点之间胸肌发育阻滞的分子机制。【结果】高邮鸭、金定鸭21胚龄和27胚龄胸大肌组织RNA-seq质量Q20均在94%以上,Q30均在89%以上,测序得到的结果可靠,可用于后续分析。RNA水平相关性检查和基因mRNA表达量聚类图结果都表明,21胚龄(27胚龄)高邮鸭和金定鸭之间表达模式的相关性高于高邮鸭(金定鸭)21胚龄和27胚龄之间的表达模式。不同品种内时间点之间的差异基因数量(高邮鸭6 128个,金定鸭6 452个)远多于同一时间点不同品种间的差异基因数量(21胚龄522个,27胚龄299个)。qRT-PCR验证试验结果与RNA-seq分析结果相关性较强。通过GO和KEGG富集分析发现,高邮鸭、金定鸭胸肌在21胚龄到27胚龄阶段,能量代谢相关基因(主要为辅酶Q相关基因、ATP酶合成相关基因和细胞色素C相关基因)均显著上调,DNA复制和细胞周期相关基因(主要为微型染色体维持蛋白(MCM)相关基因、复制因子C(RFC)相关基因)均显著下调。相关基因表达的变化可能与此阶段成肌细胞增殖速度减慢,逐渐退出细胞周期开始准备下一阶段融合成多核肌管并形成肌纤维有关。对肌肉生长发育相关的关键基因分析发现,促进肌肉生长的IGF1和诱导成肌细胞末端分化的MyoG显著下调,促进肌纤维分化融合的MUSTN1基因、诱导肌祖细胞向成肌细胞转化的MyoD1基因显著上调。【结论】鸭胚胎中后期胸肌发育过程中大量基因差异表达。其中能量代谢相关基因的上调和DNA复制、细胞周期相关基因的下调,以及肌肉发育相关基因MUSTN1显著上调,IGF1、MyoG等显著下调,可能与鸭胚胎中后期胸肌发育阻滞现象密切相关。

从屠宰场收集黄牛卵巢,取皮质深层卵母细胞进行体外成熟、体外受精和早期胚胎体外培养,分析影响其效果的因素。结果表明,在成熟培养液中添加促卵泡素(FSH)(10 IU/mL)、人绒毛膜促性腺激素(HCG)(20 IU/mL)和17β-雌二醇(17β-E2)(1μg/mL)对卵母细胞受精后早期胚胎发育能力有极显著的促进作用。等量牛卵泡液(BFF)与初生犊牛血清(NCS)效果差异不显著,以添加15%BFF为最宜。颗粒细胞与输卵管上皮细胞均能显著提高卵母细胞体外成熟受精后早期胚胎的发育率,颗粒细胞+输卵管上皮细胞对克服胚胎阻滞现象效果最显著。

本研究利用ＲＮＡ－ｓｅｑ技术对父本、母本、子代不育茶树花三个样本花的转录组进行测定，经组装分析获得４０３ ４６９条高质量的ＵＮｉｇｅＮｅｓ。将获得的ＵＮｉｇｅＮｅｓ与ｓＷｉｓｓ－ＰＲＯＴ、ＴＲｅＭＢＬ、ＣＤＤ、ＰＦＡＭ、ＮＲ和ＫＯｇ库进行ＢＬＡｓＴ，共注释到３０７ ２９１条ＵＮｉｇｅＮｅｓ。ＫＯｇ功能分类显示，有２３ ７３９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ被分为２５类。Ｋｅｇｇ通路分析表明，共识别出２６ ９６７个ＵＮｉｇｅＮｅｓ涉及的ＰＡＴｈＷＡｙ有３２８个。ｓｓＲ查找发现，从４０３ ４６９个ＵＮｉｇｅＮｅｓ中找到４６ ４４０个含有ｓｓＲ序列。这些信息为茶树不育基因筛选、不育机理研究以及分子标记开发奠定了基．．．

研究了牛体外受精后早期胚胎体外发育时,向其基础培养液中加入牛磺酸对胚胎桑椹胚率、囊胚率和孵化囊胚率的影响,以探寻牛磺酸克服牛胚胎"体外发育阻滞"现象的作用。试验结果表明:以TCM-199+10%FBS为基础培养液(对照组),再加入7,14mM的牛磺酸(试验组),试验组与对照组的桑椹胚率分别为48.1%、47.4%和43.2%;囊胚率分别为26.4%、22.3%和21.0%;孵化囊胚率分别为21.8%、18.7%和0%。IVF后2细胞、4～8细胞及8～16细胞期,在基础培养液中分别添加7mM的牛磺酸时,桑椹胚率分别为48.7%、57.1%和52.0%,囊胚率分别为25.1%、30.7%和27.9...

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。

以屠宰场牛卵巢为材料,研究了卵泡大小和卵泡液对牛卵母细胞体外成熟、受精和培养后发育潜力的影响。试验1:按照卵泡大小将卵丘卵母细胞复合体(COCs)分为4个试验组:>8mm组、2～8mm组、腔前卵泡(PF)卵母细胞组和混合(将前3种卵母细胞混合)组。结果表明,卵泡大小直接影响卵母细胞受精后的发育,同时,源自不同大小卵泡的卵母细胞混合培养,可以促进未成熟的腔前卵泡内卵母细胞的发育。试验2:将源自优势卵泡(>8mm)、小卵泡(2～8mm)和混合(所有卵泡液混合)的牛卵泡液(BFF),按照10%添加到成熟培养液中,3个试验组的卵裂率和囊胚率均高于没有添加BFF的对照组(P<0.05),但添加10%的优...

　在TCM-199中添加一些确定的辅助成分,探讨在无血清培养基中添加不同浓度HA对牛卵母细胞体外成熟及早期胚胎体外发育的影响。结果表明,在卵母细胞成熟培养液(TCM-199-m)中添加4.0mg/mL的HA时,卵母细胞的成熟率和卵裂率与对照组(BSA)无显著差异(P>0.05),分别为85.14%,83.57%和89.47%,85.24%,但显著高于其他各浓度组(P0.05),分别为27.64%和26.51%,但显著高于TCM-199-...

杜泊羊的毛囊具有周期性生长发育的特点，一般分为生长期、退行期、休止期3个时期。旨在探索经前期研究筛选出的与毛囊生长期和休止期相关的关键lncRNAs作为ceRNA的调控机制。选用饲养条件相同、体质量体尺相近，年龄大约2周岁的具有极端脱毛表型的杜泊母羊(S组)和不脱毛杜泊母羊(N组)各10只作为试验对象，经表型观测选择其中表型最好的5只脱毛羊与3只不脱毛羊用于转录组测序。通过靶向预测、表达模式分析以及GO和KEGG富集分析等生物信息学分析方法构建关键lncRNAs的ceRNA调控网络，进一步研究关键lncRNAs的调控机制。经lncRNA-miRNA及miRNA-mRNA靶向预测分析共筛选到262个mRNAs,其中有135个与相应lncRNAs表达模式一致(19个A模式(Anagen,生长期高表达),116个T模式(Telogen,休止期高表达))。将这135个mRNAs进行GO和KEGG富集分析发现，一些与毛囊发育相关的基因，如CTNNB1、FGF22、FGF5、FZD3、JAK3、Lpar6、NGFR、PAK1、EIF4E及Wnt10b富集于与毛囊发育相关的Rap1、MAPK、Wnt、PI3K-Akt、Ras、mTOR、Jak-STAT及Hippo等信号通路中。最终构建了由10个lncRNAs、11个miRNAs及10个mRNAs组成的ceRNA调控网络。对随机挑选的几个差异表达lncRNAs和差异表达基因进行qRT-PCR验证，结果显示与转录组测序结果表达趋势基本一致，说明测序结果可靠。研究获得的这10个lncRNAs与其靶向调控的miRNAs及mRNAs可作为绵羊毛囊发育的重点研究对象。

[目的]对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。[方法]以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。[结果]将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33 896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达mRNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P<0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P<0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。[结论]获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。

为了探寻三角帆蚌胚胎体外培养方法,本实验以解剖获得的雌雄配子为材料,使用与三角帆蚌体液等渗的平衡盐溶液(BSS)进行人工体外受精和体外培养,观察各阶段胚胎的形态特征,并分析计算不同胚胎发育阶段的生物学零度和有效积温。结果显示,在温度为(25±1)℃的BSS培养条件下,受精卵发育至第二极体排放、二细胞期、四细胞期、八细胞期、十六细胞期和桑葚期的时间分别为1.8、2.8、5.6、10.5、13.9和17.3 h,胚胎最长发育至桑葚期后停止发育。另外,池塘平均水温分别为26.5、28.1和29.2℃时,三角帆蚌胚胎发育至成熟钩介幼虫分别需要10、9和8 d,计算得出三角帆蚌胚胎发育的生物学零度为14.81℃,根据生物学零度计算胚胎发育至卵裂期、囊胚期、原肠期、膜内钩介幼虫期和成熟钩介幼虫的有效积温分别为12.95、25.99、42.27、69.21和118.14℃×d。研究结果初步尝试对三角帆蚌受精卵进行体外培养,并根据胚胎发育水温和时间获得三角帆蚌早期胚胎发育的生物学零度和有效积温,可为突破三角帆蚌全人工繁育技术奠定基础,对淡水贝类现代生物育种技术研发和种质资源保护具有重要意义。

【目的】探究亚硒酸钠（sodium selenite,SS）对猪卵母细胞体外成熟及其胚胎发育潜能的影响并对其机制进行初步分析，为猪卵母细胞体外成熟体系的完善提供理论参考。【方法】将猪卵丘卵母细胞复合物（cumulus oocyte complexes,COCs）随机放在不同浓度亚硒酸钠(0、20、40、60、80 nmol·L^-1)的成熟培养液中成熟培养44 h后，分别观察卵丘细胞扩展及卵母细胞第一极体（first polar body,PB1）排出情况，收集卵丘细胞并提取其RNA，同时对卵母细胞进行孤雌激活（parthenogenetic activation,PA）处理并进一步对孤雌胚胎进行体外培养，分别于48、168 h统计卵裂率及囊胚率。利用实时荧光定量PCR及观察法对卵丘细胞扩展指数（CEI）、卵丘扩展相关基因（Has2、Ptgs2）表达、卵母细胞第一极体（PB1）排出率和孤雌胚胎的卵裂率及囊胚率进行检测，以探究不同浓度亚硒酸钠对卵母细胞成熟、早期胚胎发育及卵丘细胞扩展的影响，并据此确定亚硒酸钠的最适添加浓度；通过光吸收法及RT-q PCR检测COCs的总抗氧化能力、卵母细胞中谷胱甘肽（GSH）含量和丙二醛（MDA）水平及抗氧化基因（CAT、PRDX2）表达，探讨体外成熟液中添加亚硒酸钠对卵母细胞抗氧化能力的影响；结合免疫荧光技术对囊胚内细胞总数和囊胚多能性基因（Nanog,Sox2）表达进行检测，探究亚硒酸钠对孤雌胚胎发育潜能的影响。【结果】QRT-PCR结果显示不同浓度亚硒酸钠添加均可显著促进PTGS2基因的表达（P<0.05），且40 nmol·L^-1浓度下HAS2基因的表达、CEI、卵母细胞PB1、早期胚胎的囊胚率都得到显著促进（P<0.05）;40、60、80、nmol·L^-1浓度下亚硒酸钠添加都可促进卵母细胞的卵裂，但40 nmol·L^-1浓度下卵裂促进效果显著（P<0.05），据此确定猪卵母细胞体外成熟液中亚硒酸钠添加浓度为40 nmol·L^-1；由抗氧化能力检测结果显示亚硒酸钠可显著提高COCs的总抗氧化能力、卵母细胞的GSH水平、抗氧化基因CAT、PRDX2的表达、显著降低MDA含量（P<0.05）；免疫荧光及PCR结果显示，亚硒酸钠组中囊胚的内细胞团数量升高、Nanog表达升高（P<0.05）。【结论】猪卵母细胞体外成熟液中添加适宜浓度的亚硒酸钠可促进卵丘细胞扩展，提高卵母细胞的成熟率，改善卵母细胞成熟后的发育潜能。亚硒酸钠对卵母细胞体外成熟的这一有利影响可能与其抗氧化作用有关。

目的本研究系统比较了体外受精胚(IVFEs)、孤雌激活胚(PAEs)以及体细胞核移植胚(NTEs)的发育率和囊胚质量,同时还比较了PZM-3和NCSU-23两种培养基培养对PAEs以及NTEs发育的影响。方法利用体细胞核移植技术、体外受精技术和孤雌激活技术分别生产猪的NTEs、IVFEs和PAEs,开展体外培养。结果(1)IVFEs、PAEs和NTEs的卵裂率分别为72.0%,66.0%和63.5%,各组间没有显著差异(P>0.05);囊胚形成率分别为11.0%,22.6%和16.9%,也不存在明显不同(P>0.05);然而,在囊胚质量,即ICM细胞数/总细胞数的比例上,IVFEs和NTEs均...

为探讨牦牛有腔卵泡发育过程中卵丘卵母细胞复合体（Cumulus-oocyte complexes,COCs）mRNA转录组变化，对牦牛小（2～3mm）、中（4～5mm）、大有腔卵泡（6～8mm）中的COCs进行Illumina平台测序，筛选差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs），并进行GO分析和KEGG分析。结果表明，1）牦牛小、中、大3个阶段的卵泡COCs中共有17 342个基因表达；2）小卵泡与中卵泡COCs之间有879个DEGs，其中，上调435个，下调444个；DEGs注释到106条GO条目，其中生物过程（BP）类别46条，细胞组成（CC）类别25条，分子功能（MF）类别35条，涉及254条KEGG通路。中卵泡与大卵泡COCs之间有1 560个DEGs，其中，上调590个，下调970个；3)DEGs注释到114条GO条目，其中BP 55条、CC 26条和MF 33条，涉及276条KEGG通路，DEGs主要富集在神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞粘附分子、钙离子信号通路和cAMP信号通路等重要通路。综上，牦牛卵泡在不同发育阶段的DEGs、GO条目和KEGG pathway存在明显差异，为揭示牦牛卵泡发育分子调控机制，改善牦牛卵母细胞体外成熟技术提供了理论依据。