为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3’端发生了延伸,4 147、4 160个基因5’端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。

【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌（各３头），测定其肉质性状指标，并提取其ＲＮＡ，采用高通量转录组测序（ＲＮＡ－ｓｅｑ）技术进行测序，对所获序列进行ＧＯ和ＰＡｔｈｗＡｙ显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪３个样本得到的总序列数分别为６５ ５８４ １２６，６４ ３２７ ７３８和５９ ２４４ ５０２，其中有效序列达到９４．４％，９４．３％和９４．２％；大约克猪３个样本得到的总序列数分别为５７ ９６９ １３４，６８ ２５４ １６８和７２ ２９８ １４２，其中有效序列达到９３．８％，９３．７％和９３．８％。测序饱和度良好，证明测序数据真实可．．．

为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P

为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P

【目的】探索五指山猪近交3个不同家系F14-F18等位基因的遗传学规律,为大型动物近交系培育提供依据。【方法】利用14对微卫星DNA引物,以五指山小型猪(Wuzhishan Miniature pig,WZSP)F13-F18世代的3个近交家系为研究对象,通过估算基因杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和等位基因数(N)等参数,检测近交3个家系微卫星等位基因的纯合度,以及随近交代数的推进每个星座上等位基因的变化规律。【结果】WZSP近交系Ⅰ系F14-F16的14个微卫星座平均每个位点等位基因数为2个、平均杂合度为0.40、多态信息含量为0.26;Ⅱ系F15-F18的平均等位基因数为1.92,平...

为了筛选槐猪和杜洛克猪背最长肌中的差异表达基因，对槐猪和杜洛克猪背最长肌进行转录组测序，并进行生物信息学分析．结果表明，槐猪和杜洛克猪分别获得３６ １７７ ８４４和３４ ４９６ ４５０条可用读段，且与猪参考基因组的比对率分别为７８．７１％和８０．０９％．槐猪和杜洛克猪间共有９５３个差异表达基因，以杜洛克猪为对照组，槐猪与之相比，有５８９个上调基因和３６４个下调基因．槐猪和杜洛克猪的差异表达基因共分类到４８个基因本体（ＧＯ）条目中，其中，细胞组分１３个、分子功能１２个和生物学过程２３个．显著富集的ＫＥＧＧ通路共计６个，其中，ＰＰＡＲ信号通路是与调节脂类代谢显著相关的通路．

【目的】研究亚慢性镉(Cd)暴露对五指山猪(Wuzhishan Pig,WZSP)肝脏生化指标的影响,寻找亚慢性镉暴露致肝脏损伤的敏感性生化指标,为镉肝脏毒性的监测及预防提供科学依据。【方法】将3月龄健康WZSP 20头随机分为5组,分别饲喂添加镉0.0 mg.kg-1(Ⅰ组)、0.5 mg.kg-1(Ⅱ组)、2.0 mg.kg-1(Ⅲ组)、8.0 mg.kg-1(Ⅳ组)及32.0 mg.kg-1(Ⅴ组)的全价饲料,持续喂养100 d。试验期,每20 d测1次饲料镉含量,血清天冬氨酸转氨酶(AST)、丙氨酸转氨酶(ALT)和γ-谷氨酰胺基转移酶(γ-GGT)活性;试验结束后测定血液和肝脏中镉的...

为了挖掘番茄青枯病抗性基因，对青枯菌侵染前后的不同番茄自交系进行转录组测序(RNA-seq)。结果发现，在12个样本中共获得75.02 Gb的高质量数据，以差异倍数(FC)≥2且错误发现率(FDR)

为选择出合适的基因差异表达分析流程，本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据，对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析，并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明：1)HISAT2拥有最快的运行速度，STAR拥有最高的唯一比对率。经综合考虑，本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析。2)DESeq2筛选出616个差异基因，edgeR筛选出890个差异基因，limma筛选出829个差异基因，三者有246个差异基因重合。3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路，其中有72条通路重合，而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路，其中有158条通路重合。本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对。当研究不存在生物学重复时，推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选。而为了减少分析过程中的假阳性，可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集。本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解。

【背景】肌肉生长和脂肪沉积是猪生产中非常重要的经济性状,同时也是复杂的数量性状,受到众多因素的影响。长白猪原产于丹麦,是目前世界上使用最为广泛的瘦肉型猪种之一,具有生长速度快,瘦肉率高等特点,但肉质欠佳。松辽黑猪是以民猪、长白猪和杜洛克猪为素材经过三元杂交育成的黑色母系地方培育品种,具有繁殖率高、肉质优良、适应性强、耐粗饲等特性。二者在肉质方面存在较大差异。【目的】采用高通量测序技术对松辽黑猪和长白猪的背最长肌转录组进行分析,筛选影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA),为猪肉品质研究提供新的参考信息。【方法】采集6头松辽黑猪和6头长白猪的背最长肌作为样本,提取其RNA,将每个品种内的个体取等量RNA混池,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对混池后的样本RNA进行测序,然后对所获得的Reads进行比对、注释和差异表达等分析,筛选出差异表达mRNA和lncRNA并进行相关生物学功能富集分析。而后在筛选出的差异表达mRNA和lncRNA中各挑选10个基因,包括5个上调基因和5个下调基因,采用荧光定量PCR(Real-time PCR, RT-PCR)方法鉴定所选mRNA和lncRNA的表达水平,并验证测序结果的可靠性。【结果】将得到的原始数据进行质量控制后,每个样本分别得到103 M和150 M reads,其中98%以上reads质量较高,满足进行下一步分析的要求。将reads比对到参考基因组上,共得到26 774个转录本,其中包括8 428个新的转录本。采用edgeR软件包进行差异表达分析,参考标准是错误发现率(false discovery rate, FDR)小于0.05和差异倍数大于2(fold change, FC)。在2个猪种中共得到4 239个显著差异表达的mRNA,其中在松辽黑猪肌肉中2 023个上调,2 216个下调。其中HLCS、BTD、DGKα、LPIN1、FGF1、FGF10、FGFR1和ZNF7等基因参与脂类代谢和肌肉发育相关的调控。差异表达的mRNA的生物学功能富集分析发现,其主要富集在细胞发育、生物代谢调控、肌肉发育、脂类代谢等相关的信号通路和生物代谢途径上。同时,在2个猪种中还检测到的178个差异表达显著的lncRNAs,其中在松辽黑猪肌肉组织中有84个上调,94个下调。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析,显示有4个差异表达的lncRNA与差异表达mRNA存在潜在的调控关系,分别是TCONS-00041713、TCONS-00041712、ENSSSCT00000034982、ENSSSCT00000034269。同时10个差异表达mRNA和10个差异表达lncRNA的RT-PCR结果显示:其表达水平在两组中同样差异显著,且与转录组测序中表达的趋势相似,表明高通量测序结果具有可靠性。【结论】获得了影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和lncRNA,同时发现了几对差异表达lncRNA和mRNA之间可能存在着潜在的调控关系。这些潜在调控关系的发现,可能对于研究调控肌肉组织代谢活动的分子机制的具有一定意义,并为其提供新的参考信息。

[目的]本研究旨在分析拟南芥愈伤组织形成和不定芽再生2个阶段基因的差异表达情况,探究不定芽再生背后的相关基因调控机制。[方法]采用拟南芥不定芽再生两步培养法培养根外植体,利用RNA-Seq高通量测序技术分别对愈伤组织诱导培养基(CIM)培养0 d根外植体(C0)、CIM培养4 d根外植体(C4)、芽诱导培养基(SIM)培养3 d根外植体(S3)进行基因测序,利用软件分析基因表达情况。[结果]将C4的基因表达量和C0进行比对,共检测到4 332个差异表达基因,其中1 399个基因表达上调,2 933个基因表

【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同颜色山羊嘴唇色素代谢相关的候选基因，初步揭示山羊嘴唇黏膜颜色差异形成的分子机理，为动物黏膜色素代谢研究提供理论依据。【方法】以嘴唇等面部可视黏膜颜色存在差异的酉州乌羊（乌黑色）和板角山羊（粉色）为研究对象，采用Illumina Hiseq 2000测序平台对嘴唇黏膜组织进行转录组测序，所得序列经质控、组装后，以|log2(Fold Change)| > 1，qvalue< 0.05为标准筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行功能注释和富集分析。【结果】利用RNA-Seq技术共筛选出249个基因差异表达，其中与粉色嘴唇黏膜组织相比，乌黑色嘴唇黏膜组织中上调基因有218个，下调基因有31个。23个差异表达基因被划分在9种TFs家族中，其中14个基因属于含有锌指结构域的转录因子家族。GO功能富集分析结果显示，差异表达基因主要参与离子转运相关生物学过程和分子功能。KEGG代谢通路富集结果显示，差异表达基因显著富集于催产素、钙、cGMP-PKG信号通路，以及肥厚性心肌病、心脏肌肉收缩等7个与肌肉组织功能相关的信号通路，其中钙和cGMP-PKG信号通路与色素代谢密切相关；此外，ASIP等12个基因富集到MAPK信号通路、cAMP信号通路、黑色素合成信号通路（Melanogenesis）等色素代谢核心通路中；CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个差异表达基因同时富集到多条与色素代谢相关的通路。qRT-PCR结果与测序结果一致，表明测序结果可靠。【结论】初步确定ASIP基因为山羊嘴唇色素代谢的候选基因，CALML6、OXTR、ATP1A2、ATP1B4等4个基因参与了山羊嘴唇黏膜色素沉积过程，为研究山羊黏膜色素代谢的分子机制提供理论基础，也为探究人类黏膜异常着色的分子机制提供参考。

【目的】探究原肌球蛋白(tropomyosin,TM)是否在猪背最长肌生长发育过程中发挥生物学功能。【方法】采用SYBR Green Ⅱ荧光法进行荧光定量PCR分析TPM1基因在通城猪和长白猪中的组织表达谱,以及出生前和出生后背最长肌发育中(28个发育点)的表达变化。【结果】TPM1基因在两种猪中背肌和心肌中都有丰富地表达,在背最长肌发育过程中的表达趋势相似,即TPM1基因的表达量先增加后减少,但出现峰值的时间不同(通城猪中,TPM1基因在胚胎期75 d的表达量显著高于其它时间点,P<0.05)。【结论】TPM1...

采用错配PCR-RFLP法检测胰岛素样生长因子2基因(IGF2)内含子3的G3072A位点变异对长×大杂交猪肌肉生长和脂肪沉积的影响,并采用实时荧光定量PCR法分析该变异对出生后的长×大杂交后代猪背最长肌中IGF2mRNA表达发育性变化的影响。结果显示:IGF2内含子3的G3072A位点变异(G→A)对猪背膘厚和活体瘦肉率均存在显著或极显著影响,表现为遗传父本A等位基因的个体能够增加活体瘦肉率和减少背膘厚;在长×大杂交后代的背最长肌中,IGF2mRNA的表达量在遗传父本A等位基因的个体中显著高于遗传父本G等位基因的个体,在42和180日龄时达显著水平(P<0.05),而在70、90和120日龄...

基于SWOT框架,运用"原真性"理论和主体功能区理论,分析发现近些年五指山市旅游业发展存在产品开发层次较低、交通不便、基础设施相对滞后等制约因素,面临海南国际旅游岛建立、生态旅游和大众休闲活动的兴盛所带来的机遇,同时也面对周边同类旅游目的地带来的竞争压力。五指山市旅游发展需要寻求自身独特性,兼顾互补性与差异性,并将主体功能区与自然保护区功能分区相结合,分化旅游产品开发方式,协调好资源开发与生态环境保护问题。