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[期刊] 水产学报
[作者]
梁日深 周爱国 陈金涛 邹青 邹记兴
为探讨仿石鲈科鱼类目前存在的分类争议问题,测定了仿石鲈科(Haemulidae),金线鱼科(Nemipteridae),眶棘鲈属(Scolopsis)等相关科属共33种鱼类RAG2基因部分序列,利用最大简约法(MP法)和贝叶斯分析法(BI法),并以黄鹦嘴鱼作为外类群构建分子系统进化树。结果显示,33种鱼类共形成三大类群,其中仿石鲈科8个属聚成一类群,金线鱼属和眶棘鲈属的种类聚成另一类群,眶棘鲈属未能与仿石鲈科形成单系。同时,基于属间遗传距离比较,眶棘鲈属与金线鱼科的遗传距离比其与仿石鲈科各属的遗传距离要小得多,表明眶棘鲈属与金线鱼科有更近的亲缘关系,支持眶棘鲈属隶属于金线鱼科的观点。此外,传统...
[期刊] 水产学报
[作者]
凌去非 李思发
采用PCR技术获得了23种鲤科鱼类线粒体DNA细胞色素氧化酶(COⅡ)基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与2种取自GenBank的鲤科鱼类同一基因序列采用CLUSTAL X排序后,序列间未见插入和缺失,在实际分析的600 bp序列中,共有变异位点250个。以台湾缨口鳅作为外类群,用PAUP 4.0软件对序列结果进行统计和分支分析,分别用邻接法和最大似然法构建分子系统树。Kimura双因素模型计算25种鲤科鱼类遗传距离范围为0.018 5~0.237 5,其中,遗传距离值最小是与似(0.018 5),最大是似刺鳊与大鳍(0.237 5)。分子系统树显示鲤科雅罗鱼亚科、亚科、鲤亚科、亚科和亚科均...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邱凡 苏永全 傅蒙娜 王军
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为1...
[期刊] 水产学报
[作者]
马春艳 马凌波 倪勇 沈盎绿 张永
为探讨中国近海石首鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增和序列测定,获得了石首鱼类9属13个种类的RAG1基因序列。对序列变异进行分析,基于Kimura双参数法计算属间和种间的遗传距离,并结合GenBank中的同源序列,以攀鲈为外群构建分子系统进化树。将所得的分子数据与形态学分类进行比较,推论如下:(1)中国近海石首鱼类分为两个类群。(2)叫姑鱼亚科与石首鱼亚科以极高的置信度(90%)聚类,并处于系统进化树的基部,支持了形态学上二者是原始种类的分类观点。(3)分子系统树显示黄姑鱼属比银姑鱼属更为原始,但二者在形态分类上归为一个亚科的观点有待进一步商榷。(4)支持尖头黄鳍牙与银牙置于同一牙亚科的不同...
关键词：
石首鱼科 RAG1基因 系统进化
[期刊] 水产学报
[作者]
毛智超 段亚飞 刘萍 李健 陈萍
为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况，采用ＰＣＲ扩增获得哈氏仿对虾线粒体ＤＮＡ的１６Ｓ ＲＲＮＡ和ＣＯⅠ基因片段，分别对其进行序列比较和系统进化分析。１６Ｓ Ｒ ＲＮＡ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．７６％、１９．４８％、２６．７４％和１７．８８％；ＣＯⅠ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．３６％、１２．６８％、３０．５４％和２１．４３％；Ａ＋Ｔ含量显著高于Ｇ＋Ｃ含量。１６Ｓ ＲＲＮＡ基因片段长度为５５８ ｂＰ，共检测出１种单倍型，没有多态性位点；ＣＯⅠ基因片段长度为６８８ ｂＰ，共检测出７种单倍型，６个多态性位点。ＣＯⅠ基因片段比１６Ｓ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
郑文娟 朱世华 邹记兴 杨迎春 沈锡权
通过PCR扩增获得了中国海域的鲹科(Carangidae)8属9种的线粒体16S rRNA序列片段约598bp碱基,结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列,并以大斑石鲈为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA version3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等,应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示:(1)鲹科鱼类的16S rRNA序列片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入和缺失,共有146bp变异位点,转换/颠换值为2.17,表明基因序列的突变未达到饱和,碱基平均差异为8.22%;(2)支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)阶元的分...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴仁协 李超 刘静
为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析。结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2%、C 24.5%、A 30.0%、G 23.3%;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009～0.125,种间遗传距离为0.000～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类。结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁日深 王超 邹青 周爱国 邹记兴
测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicu...
关键词：
金线鱼属 系统发育 S7核糖体蛋白基因
[期刊] 海洋渔业
[作者]
侯新远 祝斐 张丽娟 尹绍武 胡亚丽 贾一何 李丽 汪亚媛 张国松
利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D-loop区并测序,获得河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、葛氏鲈塘鳢及尖头塘鳢线粒体D-loop区全序列分别为853bp、853bp、1028bp、852bp、848bp,结合GenBank中平头沙塘鳢(Odontobutis platycephala)、刺盖塘鳢(Eleotris acant...
关键词：
虾虎鱼类 D-loop 系统进化
[期刊] 华北农学报
[作者]
方雪梅 聂晓萌 黄菲 郑哲民
测定分析了叶甲科(Chrysomelidae)15种昆虫mtDNA_Cyt b基因部分序列,结果显示,在获得的390 bp序列中,198个核苷酸位点为多态性位点(约占50.8%),序列间碱基差异平均值为18.9%,A+T含量为72.7%,碱基转换呈现明显的TC偏向性,颠换主要以TA为主,转换/颠换(R)值为0.8。依据分子数据建立了该15种昆虫的系统发育关系,结果表明:跳甲亚科(Alticinae)和叶甲亚科(Chrysomelinae)的亲缘关系较近,萤叶甲亚科(Galerucinae)与前两者的关系较远。萤叶甲亚科中瓢萤叶甲为最早分化的类群,长跗萤叶甲属(Monolepta)、凹翅萤叶甲属...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杜民 齐兴柱 尹绍武 霍蕊 张本 陈国华
为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用PCR扩增产物克隆到T载体后进行序列测定,获得黄边裸胸鳝(Gymnothorax flavimarginatus)、斑点裸胸鳝(G.meleagris)、波纹裸胸鳝(G.undulatus)、云纹裸胸鳝(G.chilospilus)、匀斑裸胸鳝(G.reevesi)5种裸胸鳝的线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因全序列1140bp。结合GenBank中的蠕纹裸胸鳝(G.kidako)Cyt b同源序列进行比较分析,结果表明:(1)1140个位点中共有367个核苷酸位点存在变异(32.2%);(2)序列...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 马春艳
对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinensis)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%。所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165~0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151~0....
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔文涛 刘立芹 李红梅 吕振明 吴常文
为探讨我国近海蛸亚科(Octopodinae)动物的系统进化关系,本研究通过PCR扩增得到了东海区蛸亚科2属12种蛸类的线粒体COⅡ基因部分序列。纯化后测序,利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析。Kimura双参数法计算遗传距离,并结合GenBank上相关头足类同源序列构建NJ、UPGMA系统树。结果表明,蛸类COⅡ基因符合一般线粒体基因A+T含量较高的特点,有较为明显的反G偏倚。其变异位点较多的集中在第三位,编码的氨基酸序列变异位点较少。遗传距离分析表明,所得物种的遗传距离介于0.000与0.2323之间,且大多位于0.1400～0.2000之间。聚类分析表明,所研究蛸类被明显地聚为...
关键词：
蛸亚科 COⅡ基因 分子系统进化
[期刊] 淡水渔业
[作者]
冯晓宇 谢楠 冯建彬 许宝青 赵金良
采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属...
关键词：
鲌亚科鱼类 细胞色素b序列 系统发育
[期刊] 淡水渔业
[作者]
许志强 葛家春 李晓晖 霍光明 潘建林
通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种...
关键词：
蚌科 核糖体转录间隔区 系统发生
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