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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张大勇 王长彪 易金鑫 何晓兰 马鸿翔
自从大豆全基因组测序完成和序列公布之后,阐明每个基因的生物学功能和调控网络成为当前的主要任务。基于Perl脚本开发了一套可以高通量、快速提取序列的程序,该程序可以批量提取大豆染色体某个区间的核苷酸序列并利用其他工具进行批量分析,还可用于某个基因在全基因组中的所有序列分析。本研究分别对大豆第4染色体Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间的基因序列和水通道蛋白基因家族成员TIP(液泡膜水通道蛋白)序列进行提取。结果发现:Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间共含有112个基因序列;大豆全基因组共有91个TIP基因,在20条染色体上均有分布,且...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李旭凯 彭良才 王令强
用Perl语言编写了一个pep_pattern.pl脚本,可从一组相关序列中搜索非常相似的序列片段,通过匹配所有可能的氨基酸片段的排列,统计每个匹配模体在序列中的出现频率和位置,搜索蛋白质序列中的2~4个多肽的模体。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙广宇 彭友良 李振歧 张天宇
讨论了将核苷酸序列分析应用于真菌系统学研究的优越性,分析了分子系统学在解决一些传统分类学难题中的作用,并对分子系统学与传统形态分类学之间的关系提出了作者的观点。
关键词：
核苷酸序列 系统发育 真菌 核糖体
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
程梦豪 Miroslava Karafiátová 孙昊杰 Kate?ina Holu?ová Jaroslav Dole?el 宋新颖 王海燕 王秀娥
【目的】开发纤毛鹅观草特异的寡核苷酸（oligonucleotide，oligo）探针，进一步完善纤毛鹅观草染色体鉴定技术。【方法】利用前期选育的普通小麦-纤毛鹅观草异附加系DA2S~(c)L和DA6S~(c)，通过流式分拣和基因组二代测序获得纤毛鹅观草染色体6S~(c)和染色体臂2S~(c)长臂的基因组序列，利用Reapeatexplorer2/TAREAN软件从中鉴定出卫星重复序列并设计成oligo探针，通过荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）分析所开发oligo探针的应用价值。【结果】本研究从6S~(c)和2S~(c)L 基因组序列中共鉴定出11个卫星重复序列并开发成11个oligo探针，oligo-FISH结果表明，其中6个探针可以在纤毛鹅观草染色体上产生明显杂交信号，而在小麦染色体上未产生明显杂交信号，可用于特异鉴定小麦背景中的纤毛鹅观草染色体或片段；对一套普通小麦-纤毛鹅观草异附加系oligo-FISH分析发现，oligo-2S~(c)L-163和oligo-6S~(c)-111仅在S~(c)基因组染色体上产生明显信号，可作为纤毛鹅观草S~(c)组特异探针；将oligo-2S~(c)L-161和oligo-2S~(c)L-163组合，对一整套二体异附加系进行双色oligo-FISH，构建了纤毛鹅观草染色体的oligo-FISH核型。【结论】本研究首次提供了纤毛鹅观草重复序列组成的初步信息，开发的探针对于特异鉴定纤毛鹅观草染色体、阐明纤毛鹅观草两个基因组的来源和分化、推动纤毛鹅观草优异基因的转移和利用有重要意义。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
潘克迈 秦雪瑞 刘雄恩
鉴于现行分子系统发育分析中为应用4-状态DNA进化马尔可夫模型而采取删除同源DNA多序列比矩阵中缺失位点的数据预处理方法导致进化信息丢失、序列间进化距离的偏低估计和重建进化树枝长估算等精确性降低的问题,本文借鉴统计学中参数估计的最大似然法,提出核苷酸最大似然插补比对缺失位点的数据预处理方法.通过对3组真实同源DNA序列和系统发育模拟试验生成的虚拟同源DNA序列,基于3种预处理方法分别进行进化距离估算、系统发育重建和重建进化树枝长误差的统计等对照测试和结果分析,证实核苷酸最大似然插补和最近邻插补的数据预处理方法可在一定程度上减小序列间进化距离的偏低估计,提高DNA分子系统发育重建树枝长估算的精确度,该方法优于现行的删除比对缺失位点的预处理方法.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
秦雪瑞 刘雄恩
针对分子系统发育重建时忽略同源DNA序列中的间隔位点导致进化信息丢失和序列间进化距离偏低估计的问题,基于最小进化原理并借鉴统计学中缺失数据处理的方法,提出核苷酸最近邻插补间隔位点,对插补后序列再运用4-状态DNA进化马尔可夫模型估算序列间进化距离的方法.对3组同源DNA序列在不同方法下进行距离估算的对照测试,结果表明:5-状态的F81+gap和F84+gap模型不能有效融合间隔所携带的indel信息,反而更加低估序列间距离;改进的同类模型F81+gap’则在一定程度上降低了距离的偏低估计,而核苷酸最近邻插补处理方法可以融合DNA突变中更多的indel信息.
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱建勋 王继卿 胡江 刘秀 李少斌 闫伟 罗玉柱
为了分析绵羊ＫＡＰ１１－１基因的核苷酸序列变异，采用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ方法和ＤＮＡ测序技术检测了欧拉羊、甘肃高山细毛羊、滩羊、湖羊和青海细毛羊５个群体（７４９只个体）ＫＡＰ１１－１基因的单核苷酸多态性，同时分析了等位基因频率、遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等群体遗传特征。结果表明，５个绵羊群体的ＫＡＰ１１－１基因中共检测到Ｃ．９３Ｃ／Ｔ、Ｃ．２４０Ｇ／Ａ、Ｃ．２８５Ｃ／Ｇ／Ａ和Ｃ．３３１Ａ／Ｇ ４个单核苷酸多态位点，且Ｃ．３３１Ａ／Ｇ为非同义突变。等位基因Ａ在５个群体中出现的频率最高（８７．７０％），为优势等位基因，其次为等位基因Ｂ（基因频率为１１．０３％），等位基因Ｃ和Ｄ的频率最低（．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李淑斌 周宁宁 王其刚 陈敏 周青 蹇洪英 晏慧君 邱显钦 张颢 王书芳 唐开学
研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系，高通量开发月季ＳＳＲ共显性标记。利用ＭＩＳＡ软件对总长２０６．８Ｍｂ的草莓基因组序列进行扫描，共识别４９ ０２９个ＳＳＲ位点，平均每４．２ ｋｂ包含１个ＳＳＲ位点。利用ｐＲＩＭｅＲ３软件成功对２１ ２８８个ＳＳＲ位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’（ＲｏＳＡ ｃｈＩｎｅｎＳＩＳ‘ｏｌｄ ｂｌｕＳｈ’）和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’（ＲｏＳＡ ｗＩｃｈｕＲＩＡｎＡ‘ｂＡＳｙｅ’Ｓ ｔｈｏＲｎｌｅＳＳ’），随机选取３００对ＳＳＲ引物进行ｐｃＲ扩增，４０对引物获得清晰条带，扩增率为１３．３％，发现其中８个可转移的ＳＳＲ位点位于草莓基因组第六染色体６３ ．．．
关键词：
草莓属 月季 基因组同线性 SSR开发
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王旬 陈枝楠 戴良英 王颖 程颖慧 章桂明
提取了分别来自11个种共13株真菌(都是大豆上的常见病害的病原菌)的DNA.采用ITS序列扩增通用引物对其进行PCR扩增,并对大豆茎褐腐病菌的PCR产物进行测序.根据所得大豆茎褐腐病菌与其常见易混淆品所在属在ITS区的基因序列比较分析,设计并合成了1对特异性引物.采用此对引物,只有大豆茎褐腐病菌能扩增出500 bp条带,检测的灵敏度达到4.2 pg/μL.将此对引物应用于人工接种大豆茎褐腐病菌大豆的检测,结果表明,此方法能够成功区分大豆茎褐腐病菌及其近似种.
关键词：
大豆茎褐腐病菌 PCR 检测
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李月梅 邢莹 张守发 薛书江 郑秀红 吕舟
为了解东北三省猪附红细胞体基因的流行变异情况,本试验选取相对保守的16S rRNA核苷酸序列作为分析对象,采用酚仿抽提法提取吉林株、辽宁株和黑龙江株猪附红细胞体基因组DNA,用一对特异性引物扩增目的DNA,然后分别与pMD-18T载体连接并转化BL-21菌株,经重组质粒PCR鉴定后并测序,比较其核苷酸序列。从同源性分析结果可以看出,黑龙江株、辽宁株与广东株猪附红细胞体核苷酸同源性最高,均达到100%;吉林株与美国株猪附红细胞体的核苷酸同源性最高,为97%。系统进化分析结果显示,黑龙江株与辽宁株猪附红细胞体亲缘关系最近,而与吉林株猪附红细胞体较远。结果表明,吉林株、辽宁株和黑龙江株猪附红细胞体1...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭长虹 寺地徹
检测了Ae.speltoides和Ae.ovata叶绿体基因组的一个长度热点突变区的核苷酸序列,并与普通小麦、四倍体Ae.crassa以及Ae.squarrosa的相应序列进行了比较分析。从rbcL基因的终止密码子到cemA基因内的HindIII位点,Ae.speltoides和Ae.ovata的核苷酸序列长度分别为2808和2810bp。与四倍体Ae.crassa的序列相比,在普通小麦和Ae.speltoides中各有一个791bp的大片段缺失,在Ae.ovata中存在一个793bp的大片段缺失。Ae.ovata的缺失片段比普通小麦和Ae.speltoides的长2个碱基,推测Ae.ovat...
[期刊] 中国人力资源开发
[作者]
丛龙峰
在一个制造型企业中,最基层的组织单位是班组,班组也是企业各项工作的落脚点。一个班组通常7—8个成员,构成一个更为具体的管理单元,企业整体的管理政策都要通过班组建设而产生管理效力,幸福企业建设同样如此。社会学家库利很早就指出,我们每个人都生活在"初级群体"中,例如家庭、邻里、团队,这些具体的小群体形成紧密团聚,构成深刻影响,亦如管理学家巴纳德所言,"战友的友情远比爱国主义更有影响力"。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李伟佳 张志宏 郭巍 郑文燕 代红艳
高通量测序技术是近年来发展起来的一种重要的分子生物学技术，能一次对几十万至几百万条ＤＮＡ分子进行序列测定，在基因组解析、转录组分析、基因变异位点筛查等方面广泛应用。探讨通过对感染病毒的草莓材料进行转录组测序来解析病毒基因组的可行性。以怀疑感染病毒的草莓叶片为试材，利用ＩｌｌｕｍＩＮＡ测序技术进行转录组测序分析。通过对组装得到的单基因序列进行注释分析，筛选出１２个注释为草莓病毒的单基因序列，它们源自４种草莓病毒，分别是草莓轻型黄边病毒、草莓坏死休克病毒、草莓镶脉病毒及草莓皱缩病毒。利用ＲＴ－ＰＣＲ技术对转录组测序结果进行了验证，表明利用高通量测序技术解析草莓病毒基因组序列的可靠性。本研究探索出解．．．
关键词：
草莓 转录组测序 病毒 基因组
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
邰如玉 许建 江炎亮 张瀚元 白庆利 杨世勇 徐鹏 赵紫霞
为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss)57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis)等4个物种,从57
[期刊] 中国远程教育
[作者]
朱新华
本文提出了一种多流程W eb课件的制作方法。该方法以学生模型为中心,以网页脚本语言作为编程工具,根据学习者的不同学习水平,在网页中组织设计多条教学流程,并以自适应的方式自动选择适合学习者水平的教学流程。
关键词：
Web课件 教学流程 脚本语言
文献操作()
导出元数据
文献计量分析
导出文件格式：WXtxt
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