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[期刊] 淡水渔业
[作者]
胡忠军 张宏 赵良杰 何光喜 陈来生 王金朋 宋固 刘其根
为了解鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)在千岛湖中的食性差异,对千岛湖鲢、鳙肠道内的原核生物16S rDNA和真核生核18S rDNA中的可变区进行PCR-DGGE指纹图谱分析。分别得到53个原核生物的操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)和45个真核生物的OTUs。基于Dice相似系数进行的聚类以及群落的主成分分析(PCA)显示,鲢、鳙肠道内原核生物种群略有重叠,而真核生物种群差异明显。另外,对13尾鱼类样本的肠道原核生物和真核生物的多样性的曼-惠特尼U检验结果显示,鲢肠道内的...
[期刊] 水产学报
[作者]
颜庆云 余育和 张堂林 冯伟松 李学梅
以采自武汉东湖的滤食性鲢、鳙为对象,通过PCR-DGGE并结合序列分析对其肠道微生物及肠含物中残留的食物组分进行了探索研究。在所有个体中都能检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中包括肠道细菌在内的原核谱带较多,真核谱带相对较少;分析结果表明针对鲢、鳙肠含物这一特殊生境样品进行PCR-DGGE指纹分析是可行的。PCR-DGGE指纹结构及针对部分特定PCR-DGGE谱带的序列分析显示,从武汉东湖采集的鲢、鳙在食性上存在很大的重叠,并没有像基于常规食性分析文献报道的那样明显不同。基于肠含物DNA来进行鱼类食性分析的方法不受对食物碎片分类鉴定的制约,可同时对多个样品平行进行分析,且不同研究者间的研...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
聂志娟 徐钢春 程起群 杜富宽 张勇 顾若波 朱文龙
利用PCR-DGGE技术,选择细菌原核通用引物F357-GC和R518对太湖湖鲚(Coilia ectenes taihuensis)鳃、肠壁及肠内容物及其生长环境菌群结构进行了初步分析。结果显示:PCR-DGGE指纹图谱分离显示49条清晰条带,样品菌群丰富度(DGGE条带数):湖水(33)>肠道壁(23)>湖泥(18)>肠道内容物(16)=鳃(16);相应的香农多样性指数分别为:3.11、2.76、2.21、2.37、2.30。湖鲚肠道壁、肠道内容物和鳃与湖水分别具有14、14、10条共有带,切胶回收测定其中21条优势条带,主要包含:变形菌(Proteobacteria)、放线菌(Actin...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
周志刚 石鹏君 姚斌 何夙旭
采取免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳(DGGE)技术对集约化海水网箱养殖圆白鲳Ephippus orbis(体重17.7±3.0 g)包括胃壁、胃内容物、肠壁及肠内容物在内的消化道菌群结构进行了初步分析。DGGE指纹图谱显示圆白鲳胃内容物、胃壁及肠壁有7条明显条带,肠内容物有6条明显条带,提示圆白鲳消化道可能存在着较丰富细菌群落;针对指纹图谱的聚类分析表明胃内容物及肠内容物细菌组成相似度最高达90.0%,而胃壁与肠壁的相似度相对较差达80%。半定量分析表明圆白鲳消化道菌群相对丰度的变异系数均大于47.4%,暗示圆白鲳消化道趋向于以一种或极少数种细菌占统治地位。
关键词：
圆白鲳 16SrDNA DGGE指纹图谱
[期刊] 水产学报
[作者]
聂志娟 徐钢春 程起群 张勇 杜富宽 顾若波
为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
裴鹏兵 陈洋 邓绍鸿 刘晓娟 钟名其 林琪 杜虹
本研究以07-2品系龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)为实验材料,提取自然条件下代表不同病变程度的健康、病间、白化藻体的附生菌DNA,经PCR扩增16S r DNA基因的V3可变区并进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分离V3片段,再对目的条带进行克隆鉴定。实验结果经数据化后计算龙须菜附生菌数目并比较附生菌菌群多样性,通过非度量多维尺度分析(n MDS)及多元梯度分析(RDA)来比较附生菌菌群组成相似性及优势菌群。实验结果表明,随着龙须菜病变程度的加深,附生菌菌落数及菌群多样性逐渐增加(P
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘芳 王道营 徐为民 诸永志 曹建民
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高菲 孙慧玲 许强 谭杰 燕敬平 王清印
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacte...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
叶诗尧 梁利国 谢骏
对采集自江苏、河南、福建等地淡水养殖区域的105株嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了基因分型,并探讨嗜水气单胞菌的基因型与区域分布及生态位的关联性。该实验以ERIC-PCR技术进行分型,应用Quantity one 4.6对电泳图谱进行分析,采用非加权配对法(UPGMA法)做遗传分析的树状图。结果表明,105株嗜水气单胞菌可分为28个基因型。其中,XV基因型的菌株相对最多,Ⅳ、Ⅺ、ⅩⅫ、ⅩⅩⅤ、ⅩⅩⅥ、ⅩⅩⅦ和ⅩⅩⅧ基因型的菌株相对最少。生态位背景来源相似的菌株有聚类趋势。此外,不同地域、不同生态位的嗜水气单胞菌也可能聚为同一种基因型。由此推断嗜水气单胞菌的基因型可...
关键词：
嗜水气单胞菌 ERIC-PCR 生态位
[期刊] 水产学报
[作者]
杨丽丽 何光喜 胡忠军 史文 刘其根 陈来生 王金鹏 杨卫明
为了解以鲢鳙占优势的千岛湖中浮游动物群落结构特征以及与水温、溶解氧等环境因子的关系,采用方差分析、典范对应分析等方法,对千岛湖河流区、过渡区、湖泊区3个地区的浮游动物种类、数量以及环境因子的月变化特征进行了调查。结果表明:2007—2008年,共鉴定出浮游动物115种,其中原生动物16种、轮虫51种、枝角类23种、桡足类25种。浮游动物密度在春季(2007年:840.9/L,2008年:850.5/L)形成高峰;生物量在春季(2007年:1.89mg/L,2008年:0.837 mg/L)和秋季(2007年:1.63 mg/L,2008年:0.802 mg/L)形成双高峰;现存量从河流区至湖泊...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘国栋 何光喜 刘其根 张峻德 陈来生 洪荣华 陈马康 童合一
为了解千岛湖大眼华鳊(Sinibrama macrops)的种群状况,于2008年7月-2009年4月在千岛湖采集了707尾实验样本,以其鳞片为材料进行年龄鉴定,对大眼华鳊种群的年龄、生长和繁殖特征进行了研究。结果表明:所获得的大眼华鳊样本年龄由雌性0+~5+(1~6龄)6个年龄组和雄性0+~4+(1~5龄)5个年龄组组成,雌雄的优势年龄组均为1+~2+龄(2~3龄),占总数的71.4%;体长范围为9.2~20.4 cm,体重范围为18~195 g;体长和体重生长关系式为W=0.0248L2.8985(r=0.9482);拟合的Von Bertalanffy方程为:Lt=24.04[1-e-0...
关键词：
大眼华鳊 年龄 生长 繁殖 千岛湖
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
盖建军 王丽卿 刘其根 陈马康 陈来生 任丽萍 洪荣华
研究了浙江千岛湖2004年浮游甲壳类的群落结构组成及现存量的时空变化。千岛湖浮游甲壳类主要由33种组成,其中桡足类14种,优势种为右突新镖水蚤(Neodiaptomus schmackeri)、特异荡镖水蚤(Neutrodiaptomus tumidus)、球状许水蚤(Schmackeria forbes)、近邻剑水蚤(Cyclops vicinuss)等;枝角类19种,优势种为透明溞(Daphnia hyaline)、象鼻溞(Bosminaspp)、短尾秀体溞(Diaphanosoma brachyurum)等。桡足类年平均密度为8.26±1.25 ind/L,年均生物量为0.13±0.09...
关键词：
千岛湖 枝角类 桡足类 生物密度 生物量
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张峻德 赵良杰 刘其根
利用线粒体COI基因序列,比较了千岛湖水库共栖的细鳞鲴(Xenocypris microlepis)和黄尾鲴(X.davidi)的遗传资源状况。结果显示,在532 bp的一致序列中,黄尾鲴碱基T、C、A、G平均含量分别为27.3%、18.0%、28.7%、26.0%;细鳞鲴分别为25.2%、19.6%、29.3%、25.9%。黄尾鲴种群的变异位点为5个,细鳞鲴种群变异位点为3个。多样性分析显示,黄尾鲴的遗传多样性高于细鳞鲴。在两个物种中各发现4个单倍型,黄尾鲴4个单倍型中,有3个是共享单倍型,而细鳞鲴中仅1个共享单倍型,黄尾鲴富文和临岐群体之间存在显著的分化(Fst=0.048 09),细鳞鲴...
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