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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈芸 刘旗 邓俊良 任志华 杨颜铱 高爽
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
韦玥瑞 李科南 张晓东 娜梅拉 娜仁花
研究不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃液细菌多样性及群落结构的影响。选择24只健康的8月龄、体重约25kg的内蒙古绒山羊母羊,随机分为4组,每组6只,分别为苜蓿组(G1)、苜蓿补饲精料组(G2)、玉米秸秆组(G3)和玉米秸秆补饲精料组(G4),试验期共25d,其中预饲期20d。在正式试验期第5天,经口腔采集瘤胃液,利用高通量测序技术进行瘤胃细菌多样性分析。结果表明:基于相似性>97%的原则,4组样品共产生1 399个操作分类单元(OTU),共享OTU 1 040个,约占总数的74.34%;各组α多样性指数指标无显著性差异(P>0.05)。各组门水平最优势菌为拟杆菌门,科水平最优势菌为普雷沃氏菌科,属水平最优势菌为普雷沃氏菌属,在所有占总细菌比例大于1%的瘤胃细菌中,G2组软壁菌门比例显著高于G3和G4组(P<0.05),G1组毛螺旋菌科比例显著(P0.05)。综合得出,不同饲粮类型条件下,内蒙古绒山羊最优势菌门为拟杆菌门,最优势菌科是普雷沃氏菌科,最优势菌属是普雷沃氏菌属;不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃菌群结构影响不明显。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姚文 朱伟云 韩正康 Antoon D L Akkermans Barbara Williams Seerp Tamminga
以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曾燕 倪学勤 曾东 简平 王剑 唐雨蕊
为探讨蒙古羊瘤胃液相和固相细菌的多样性,采用变性梯度凝胶电泳技术结合聚合酶链式反应(PCRDGGE)及条带的克隆测序,比较瘤胃液相和固相细菌的差异,同时采用聚类分析和主成分分析(PCA)方法分析瘤胃液相和固相细菌的多样性。结果表明:1)瘤胃液相和固相样品均含有物种丰富的细菌菌群,但液相比固相具有更高的平均条带数,分别为30条和24条;2)瘤胃液相样品比固相样品具有更高的多样性指数、均匀度和丰富度,其数值分别为3.45、0.90和30.20及3.23、0.84和24.62;3)同一动物个体瘤胃液相样品和固相样品聚类在一起,相似性系数均高达0.81;4)共性条带测序结果表明瘤胃的优势细菌主要是Un...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王梦芝 王洪荣 徐爱秋 张洁 陈旭伟
【目的】研究以稻草为主的日粮条件下徐淮白山羊瘤胃细菌和原虫的类群结构。【方法】以4只安装瘤胃瘘管的徐淮山羊为试验动物,PCR扩增瘤胃细菌16SrDNA序列,利用分子克隆与测序分析、细胞计数等技术,解析瘤胃细菌和原虫群体的类群组成。【结果】获得的细菌克隆基本归为两簇:与瘤胃球菌R.bromii YE282相似性为95%的XHGR1、与瘤胃R-7菌相似性为98%的XHGR3,XHGR2位于另立的R.flavefaciens簇。瘤胃球菌属细菌占细菌克隆总数的比例较高(33.33%),原虫生物量略低于细菌,占瘤胃生物总量的44.83%。群体主要有内毛属、双毛亚科、前毛属、头毛属和等毛科等原虫,其中内毛...
关键词：
山羊 稻草 瘤胃 细菌 原虫 群体
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金迪 王加启 卜登攀 赵圣国 胡小丽 赵静雯 卢玉飞 王丹丹 孙鹏
【目的】通过与苜蓿日粮比较,揭示秸秆日粮模式下瘤胃固液相细菌群落的独特结构。【方法】选择12头健康且体重相似的装有永久瘤胃瘘管的中国荷斯坦奶牛,分别饲喂以玉米秸秆(CS)和苜蓿、羊草、青贮玉米三者混合物(MF)为粗饲料组成的日粮,正饲期第13周连续3 d分12个时间点采集瘤胃固、液相内容物样品。提取微生物DNA后,利用PCR结合变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)分析细菌群落结构,并进行聚类分析及差异条带的测序分析。【结果】与MF组相比,CS组奶牛瘤胃固、液相细菌DGGE图谱条带的数目和光密度均有一定差异,两处理组都各有一些稍显优势的条带,CS组优势条带要少于MF组。与MF组相比,CS组液相细菌的...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
毛胜勇 王全军 姚文 朱伟云
在青干草日粮条件下 ,以 3头装有永久性瘤胃瘘管的本地山羊为试验动物 ,研究去除瘤胃厌氧真菌对山羊瘤胃消化代谢的影响。结果表明 :去除瘤胃厌氧真菌后 ,瘤胃中的氨氮浓度显著下降 (P 0 10 )。酶活性测定结果表明 ,瘤胃内羧甲基纤维素酶活力显著下降 (P
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
熊川 李小林 李强 郑林用
为了解野生羊肚菌的生境,研究其菌塘土壤细菌群落的结构与多样性,运用PCR–DGGE技术,对采集于凉山州冕宁县野生羊肚菌发生地的8个羊肚菌菌塘土样和2个非菌塘土样进行分析。结果表明:羊肚菌菌塘土壤与非菌塘土壤细菌群落的结构差异和多样性差异较大;菌塘土壤的多样性指数(H)和丰度(S)比非菌塘土壤的高;菌塘土壤中Thermosporotrichaceae、Myxococcaceae和Rhodospirillaceae等3科细菌在羊肚菌菌塘土壤中占据优势地位;羊肚菌菌塘土壤细菌多样性程度总体优于非菌塘土壤。
关键词：
羊肚菌 土壤 细菌 群落结构
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李永洙 杨燕 金太花 韩照清 井文倩 魏明吉 李富宽 吕慎金
为分析早期断奶对沂蒙黑山羊羔羊生长性能、盲肠短链脂肪酸含量和菌群多样性影响,选用0d沂蒙黑山羊羔羊36只,分为2组,对照组和试验组,每组18只羔羊。母乳组(B组)羔羊哺喂母乳,代乳粉组(R组)于8d起断奶,10d完全哺喂代乳粉,15d开始两组均饲喂开食料。在8、10、15、25、45和75d时每组随机屠宰3头羊并收集盲肠内容物,采用GC-MS检测方法分析短链脂肪酸含量以及高通量测序技术分析菌群多样性。结果表明:1)15d时R组羔羊体重极显著低于B组(P<0.01),而75d时显著高于B组(P<0.05),并且R组11～15d间日增重极显著低于B组(P<0.01),且在25d之后日增重均显著高于B组(P<0.05)。2)R组25d时乙酸、丙酸、丁酸、戊酸和异戊酸含量显著高于15d时(P<0.05),而B组45d时各类短链脂肪酸含量均显著高于25d时(P<0.05)。3)R组15d时Sobs、Ace、Chao1和25d时Shannon及Simpson均显著低于B组(P<0.05)。在门水平上,R组Firmicutes门相对丰度在25d时低于B组差异显著(P<0.05);Proteobacteria门相对丰度在10和45d时极显著高于B组(P<0.01);Bacteroidetes门相对丰度在75d时差异显著低于B组(P<0.05)。在属水平上,Butyricicoccus属相对丰度10d开始两组均显著减少(P<0.05),25d时极显著下降(P<0.01);R组Lactobacillus属相对丰度在15d时差异显著低于B组(P
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢文霖 杨燕 于龙飞 蒋萍 蒋海峰 罗金洲 余马
【目的】探究感病羊肚菌[Morchella esculenta (L.) Pers.]内生细菌的多样性、丰度及菌群功能。【方法】以健株羊肚菌为对照，提取感病程度为轻度、中度、重度及完全感病的羊肚菌内生细菌基因组总DNA，进行Illumina Miseq高通量测序，并对测序获得的内生细菌ASVs（Amplicon Sequence Variants）进行生物信息学分析，探究羊肚菌子实体感病过程中内生细菌的群落结构及其多样性。【结果】羊肚菌子实体内生细菌菌群丰度指数为：中度感病组>完全感病组>轻度感病组>重度感病组>健康组；多样性指数为：中度感病组>健康组>轻度感病组>重度感病组>完全感病组；均匀度指数为：健康组>重度感病组>轻度感病组>完全感病组>中度感病组。健株羊肚菌子实体内生细菌主要归类于变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），其中假单胞菌属（Pseudomonas）和黄杆菌属（Flavobacterium）为健株羊肚菌内生细菌中的优势属，分别占健株羊肚菌子实体内生细菌总数的46.92%和41.07%。感病羊肚菌子实体中假单胞菌属相对丰度随感病程度增加呈上升趋势，至重度时超过95%，而黄杆菌属相对丰度呈下降趋势，至重度时低于3%。此外，所有感病子实体中均有厚壁菌门（Firmicutes）的内生菌。【结论】对羊肚菌子实体内菌群的平衡调控，如对假单胞菌属内生细菌的抑制及黄杆菌属内生细菌的促生，可能有助于降低羊肚菌大面积病害和减产，保障羊肚菌稳产。
关键词：
羊肚菌 内生菌 多样性 群落结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
冯会利 石照应 田兴贵 曲月秀 主性 刘若余
以贵州黑山羊和黔北麻羊为材料,根据山羊MSTN基因序列(GenBank登录号:EF588035)设计1对引物,用PCR-RFLP法对该序列进行多态性分析。结果表明:PCR扩增片段207 bp处存在TTTTA的插入,导致出现1个DraI酶切多态性位点,黑山羊纯合野生型(AA)为优势基因型,杂合型(AB)和纯合突变型(BB)为非优势基因型,A等位基因为优势基因;黔北麻羊纯合野生型(CC)为优势基因型,杂合型(CD)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,C等位基因为优势基因。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨承剑 韦升菊 梁辛 梁贤威 邹彩霞
选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成。结果表明:试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列(17个OTUs)占总序列的97.0%,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97%;3个序列(2个OTUs)占总序列的3.0%,与已知细菌16S r...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵圣国 王加启 刘开朗 李旦 于萍
利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物PCR扩增并测序,揭示奶牛瘤胃尿素分解菌的多样性。提取本研究室前期鉴定的16个脲酶克隆的质粒,利用脲酶保守序列ureC引物和细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,将PCR产物连接到pMD19-T载体,转化E.coliJM109,挑取阳性克隆测序。利用Blast程序将序列与GenBank和RDP数据库进行比对,并使用Mega 4.0软件构建系统发育树。4个脲酶克隆含有脲酶保守序列ureC,系统发育树分析表明,U1、U5、U13和U15分别属于Firmicutes、ε-Proteobacteria、β-Proteobacteria和A...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李永洙 金太花 韩照清 夏春峰 晁洪雨 张乃锋 王世琴 刁其玉
【目的】研究饲喂代乳粉对早期断奶沂蒙黑山羊羔小肠发育、菌群多样性及葡萄糖转运载体基因表达的影响,为沂蒙黑山羊早期断奶羔羊的培育提供理论依据。【方法】将36只双胎沂蒙黑山羊羔羊分成2组,每组6个重复,每个重复3只。其中,对照组(Ⅰ组)羔羊随母哺乳至75日龄,试验组(Ⅱ组)于10日龄断奶后饲喂代乳粉。分别于试验的第10、15、25、45和75天称羔羊活体重以及屠宰后十二指肠、空肠、回肠重量,并收集各肠段内容物、黏膜组织样品。采用16S r DNA的PCR-DGGE技术和实时荧光定量PCR等方法,分析小肠菌群定植规律及葡萄糖转运载体(SGLT-1、GLUT-2)基因m RNA表达量。【结果】Ⅱ组羔羊45 d时平均日增重和空肠、回肠重量显著高于Ⅰ组(P0.05);上述基因表达量呈现肠段部位间差异,其中SGLT-1基因m RNA表达量变化空肠最大,十二指肠最低,而GLUT-2基因m RNA表达量变化十二指肠最大,回肠最低。【结论】饲喂代乳粉在第25天时可促进沂蒙黑山羊早期断奶羔羊空肠、回肠有益菌提前定植,并通过调控葡萄糖转运载体基因表达而引起葡萄糖吸收转运的改变,进而影响羔羊后期肠道组织及机体的生长发育。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曾燕 孙朋 倪学勤 杨杰 曾东 张洪瑜
为探讨瘤胃细菌多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术结合共性及特异性条带的克隆测序和聚类分析及主成分分析,对牛体外厌氧条件下瘤胃细菌在CMC、PCS、J、K培养基及37和50℃培养温度下的多样性进行研究。结果表明:1)37℃条件下不同培养基的DGGE图谱差异较大,虽然具有较高的平均条带数,CMC和K培养基样品分别为20和27条,但各样品间的相似性系数较低,J和CMC培养基间的相似性系数为0.84,J和PCS培养基间的相似性系数仅为0....
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