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[期刊] 淡水渔业
[作者]
曾晓芸 杨宗英 田辉伍 汪登强
利用Mi-Seq高通量测序法,分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)的基因组微卫星序列,观察其微卫星的组成及其特征。结果显示:在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中,两碱基重复所占比例最多(83.15%),其中又以AC/TG类型为主。AAT和ATC是三碱基重复单元出现频率最多的,比例分别为56.01%和13.46%,高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2.73%,AAAG、AAAT和AGAT三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中,只发现3种重复序列,并且重复次数仅在1~2次内。使用引物设计软件Primer Premier V...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
倪守胜 杨钰 柳淑芳 庄志猛
为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其
关键词：
虾夷扇贝 二代测序 基因组 微卫星
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邓丽丽 李德龙 蔡年辉 周军 孙琪 唐红燕 王大玮 许玉兰
以思茅松针叶为材料，采用ＩｌｌｕｍＩｎａ ＨＩｓｅｑ２０００平台测序，得到１２１ ８８２条无冗余的序列，对这些序列进行ｓｓＲ位点搜索，共获得３５３４个ｓｓＲ位点，出现频率为２．９％，分布平均距离２５ｋｂ。所搜索的ｓｓＲ以单核苷酸重复类型最多，其次为三核苷酸和二核苷酸，而四、五、六核苷酸重复类型较少（＜１％．．．
关键词：
思茅松 高通量测序 微卫星
[期刊] 林业科学
[作者]
温强 徐林初 江香梅 李江 顾胤聪 徐立安 黄敏仁
采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重...
关键词：
山茶属 454高通量测序 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
黄飘逸 马海涛 喻子牛 张跃环 高红梅 彭建军
利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
冯延芝 李芳东 魏琦琦 莫文娟 王璐 黄地歌 傅建敏
对杜仲（Ｅｕｃｏｍｍｉａ ｕｌｍｏｉｄＥｓ）国审良种‘华仲６号’和‘华仲１０号’花后７０和１６０ｄ的种仁共４个样本进行转录组测序，对测序数据进行组装和功能注释分类，并对转录组获得的单基因簇（ｕｎｉｇＥｎＥ）进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉｓＥｑ～（Ｔｍ）２０００对杜仲样品进行转录组测序，采用软件ＴｒｉｎｉＴｙ进行组装；利用ＢｌａｓＴ软件将ｕｎｉｇＥｎＥ序列分别与ｎｒ、ｇｏ、ｃｏｇ和ＫＥｇｇ等数据库比对分析；利用ｍｉｓａ软件对转录组的９６ ４６９条ｕｎｉｇＥｎＥｓ进行ｓｓｒ搜索。结果表明：转录组测序分析，共得到７２ ７９１ ３９９个高质量的序列读取片段（ｃｌＥａ．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王艳梅 翟明普 马天晓 黄武刚 程丽莉
为了研究榛属(Corylus)植物种间及与虎榛(Ostryopsis davidiana Decne)间的同源性,利用Sanger末端终止法测序原理,在Beckman2000测序仪上,对榛属7种植物及虎榛的PCR产物进行了直接测序,并进行了同源性分析。结果表明:欧榛微卫星在榛属植物种间及虎榛属间具有高度的同源性,1个种已开发的微卫星引物可用于近缘种研究,榛属微卫星跨种(属)的转移为SSR分子标记的引物开发设计及利用提供了重要的参考;根据已知序列构建的系统进化树与目前所认知的榛属亲缘关系基本一致,从分子水平上为榛属植物研究提供了依据。
关键词：
榛属植物 虎榛 测序 同源性 微卫星
[期刊] 淡水渔业
[作者]
岳华梅 翟晴 宋明月 叶欢 杨晓鸽 李创举
采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序技术，对兴国红鲤（ＣｙｐｒＩｎｕｓ ＣａｒｐＩｏ ｖａｒ．ｓＩｎｇｕｏｎｅｎｓＩｓ）垂体和性腺等组织进行转录组测序分析，筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示：共获得１３ ６５２个微卫星标记，对所得位点进行分类，单核苷酸重复类型占４７．８６％，二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为３４．４３％、１６．３２％、１．２５％、０．１２％以及０．０２％。随机选取３０个ｓｓｒ位点进行ｐＣｒ验证，有２０对可以扩增出清晰稳定的条带。在２４个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析，结果表明，具有多态性的微卫星引物为９对。不同位点得到的等位基因范围为２～４，平均等位基因．．．
[期刊] 草业科学
[作者]
刘倩倩 谭宇尘 姚宝辉 康宇坤 苏军虎
利用第二代高通量测序技术对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)大脑组织进行转录组测序,筛选微卫星标记,分析其组成与特征,并检验其多态性,为高原鼢鼠微卫星标记的开发及后续研究等奠定基础。结果发现:在获得的29 090个微卫星标记中单核苷酸重复A/T是重复次数最多的类型(54.31%),其次为二碱基重复CA/TG (10.46%),其他碱基重复类型仅占16.79%。随机选取104个微卫星位点进行引物设计,发现有43个位点扩增成功。12个多态性位点经毛细管电泳检测发现,等位基因数为3～12个,观测杂合度(Ho)为0.263～0.937,平均值为0.651,期望杂合度(He)为0.285～0.844,平均值为0.600。使用Bonferroni校正后,有2个微卫星位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P 0.01)。多态信息含量(PIC)在0.251～0.816,全部为中度多态性(0.250 0.500)。这些微卫星标记为高原鼢鼠的亲权关系鉴定、种群遗传学等研究提供了基础数据。
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李凤雪 杜美荣 高亚平 王军威 张义涛 张志新 蒋增杰
滤食性贝类的食物来源广泛，包括浮游植物、有机碎屑、浮游动物等。为了更加细致地甄别滤食性贝类的食物组成，于2019年8月，以北方规模化典型养殖海湾——桑沟湾养殖的长牡蛎(Crassostrea gigas)为研究对象，运用Illumina高通量测序技术对长牡蛎的胃含物及所处养殖水体中的真核生物进行分析研究。结果显示，扩增18S rDNA V4区平均得到111359个有效序列短片段，在97%相似性水平上划分OTUs (Operat ional taxonomic units)，聚类后得到239个类别。其中，长牡蛎胃含物中的真核生物分属于34个门：绿藻门(Chlorophyta)、甲藻门(Pyrrophyta)、链形植物(Streptophyta)、硅藻门(Bacillariophyta)和原生动物(Protozoa)等为主要类群；所处养殖水体中的真核生物分属于37个门：绿藻门、脊索动物门(Chordata)、节肢动物门(Arthropoda)、甲藻门和硅藻门等为其主要类群。分析结果表明，浮游植物是长牡蛎的主要食物来源，链型植物和原生动物也有一定的贡献，分别占总食物贡献量的10.43%和4.11%。研究结果为深入认识滤食性贝类的摄食生态学及其在养殖生态系统物质循环和能量流动中发挥的作用提供了数据支撑。
[期刊] 水产学报
[作者]
姚雁鸿 孔令富 汪登强 何文辉 何力 余来宁
利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化。16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因。每个座位检测到3～8个等位基因不等。3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5。3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度...
关键词：
湘西盲高原鳅 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
丁海燕 朱明 彭冲 林根妹 汤志宏 王亚梅 杨官品
为有效管理和合理利用我国的泥鳅资源,用6个微卫星标记分析了安徽(AH)、甘肃(GS)、广东(GD)、广西(GX)、黑龙江(HLJ)、江苏(JS)和重庆(CQ)7个泥鳅群体的遗传多样性。6个微卫星摘自泥鳅微卫星连锁图谱,不存在连锁不平衡,在HLJ群体中处于哈代-温伯格平衡,适用遗传多样性分析。结果发现,6个微卫星共检测到69个等位基因,每位点7~16个,有效等位基因数(Ne)3.0~5.5个,观察杂合度为0.202~0.408,期望杂合度为0.673~0.820,揭示的多样性信息含量(PIC)在0.643~0.796。研究表明,7个泥鳅群体遗传多样性丰富。群体间遗传分化系数(Fst)达到0.49...
关键词：
泥鳅 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张金勇 何暮春 项子龙 柳淑芳 庄志猛
以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象，采用Micro Satellite (MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)位点信息。结果显示，在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点，分布在64,933条Unigene中，SSR位点发生频率为36.49%，出现频率为90.66%。其中，最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR所包含的重复基元中，A/T是单核苷酸的优势重复基元，AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。有66,004个重复基元长度≥20 bp，占SSR总数的40.91%，且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)SSR位点数量占优。以上结果表明，金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高，研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。
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