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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王富强 张建 温常龙 樊秀彩 张颖 孙磊 刘崇怀 姜建福
【目的】开发一组能够区分中国主栽葡萄品种的竞争性等位基因特异性PCR(KASP)分子标记,为中国葡萄品种保护、品种登记和市场维权等提供技术支撑。【方法】基于前人筛选的60个葡萄高多态性SNP位点,转化为KASP标记。分别使用23份代表性品种和76份主要栽培品种对转化成功的KASP标记进行初筛、复筛、验证,获得一组高质量的KASP标记,并用于构建76份葡萄品种的DNA指纹图谱。【结果】60个SNP位点有3个不具备基因组特异性,6个无法设计KASP-PCR引物,最终51个SNP成功转化为KASP标记,转化率达到89.47%。利用LGC-SNPline平台对23份代表性品种进行基因分型,51个KASP标记全部成功分型。基于次要等位基因频率(MAF)大于0.25、多态性信息含量(PIC)大于0.35、缺失率小于0.2、杂合率小于0.6等参数,初步筛选出27个优质KASP标记。使用构建指纹图谱的76份品种复筛出22个高质量KASP标记。22个KASP标记的缺失率均小于0.12,PIC均大于0.3,杂合率在0.4—0.6的标记占77.27%,MAF大于0.3的标记占95.45%。此外,利用这22个标记对同一品种不同树体提取的23份代表性品种的DNA扩增检测,前后两次检测分型结果稳定一致,表明这22个标记具有较好的重复性和稳定性。进一步将基于22个标记获得的76份葡萄品种分型结果转化为二元编码数据,得到76份葡萄品种的指纹图谱。经邻接聚类分析和群体结果分析,可将76份葡萄品种分为3类,并能正确区分二倍体和多倍体。仅用10个标记(VIT_15_18567587、VIT_6_4258638、VIT_8_3320936、VIT_12_22228357、VIT_11_19390306、VIT_16_17950801、VIT_18_11138668、VIT_12_739916、VIT_16_13454358、VIT_16_21202286)就能区分70份品种,其中有54份品种达到品种鉴定的标准(差异位点数≥2)。【结论】从60个葡萄SNP中成功转化51个KASP标记,并筛选出22个高质量KASP标记,构建了76份葡萄品种的SNP指纹图谱,首次验证了KASP技术在我国葡萄品种鉴定中的可行性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王玉娟 张彦 房经贵 刘崇怀 宋长年 孙欣
【目的】葡萄种质材料和品种的鉴定是葡萄种质资源研究和新品种保护的基础。本研究应用一种新的基于DNA分子标记的人工绘制品种鉴别示意图方法(manual cultivar identification diagram,MCID)对来源于不同国家和地区的72个葡萄品种进行鉴定。【方法】通过增加引物长度以及严格筛选PCR退火温度优化的RAPD技术体系,从35个长度为11个碱基的引物中筛选出6个条带清晰且多态性高的引物,进一步对72个葡萄品种进行PCR扩增获得DNA指纹,然后利用MCID法成功将将72个葡萄品种区分开来。【结果】利用这6条引物扩增的多态性谱带构建了72个葡萄品种的MCID。该葡萄MCID...
关键词：
葡萄 RAPD 品种鉴定
[期刊] 林业科学
[作者]
黄平 崔鹏娇 郑勇奇 张川红 于雪丹
以36个月季品种为材料,应用荧光SSR标记进行月季品种分子鉴定和品种间遗传关系研究。结果显示8个SSR位点检测出85个等位基因变异,等位基因变异范围为6～15个,平均每个位点产生10.6个等位基因变异。结合8个SSR位点,每个品种均具有独特的等位基因表现型,其中位点Ra043a品种鉴定的分辨率最高,产生32个等位基因表现型,区分所有品种最少需要2个SSR位点。品种间成对遗传相似度变幅介于0.105～0.791之间,聚类结果显示36个品种聚为6类;中国月季聚为一类,与其他月季品种存在遗传差异,起源相近月季品种分别聚为一类。研究认为SSR标记在月季品种鉴定中具备可行性,还可用于品种的遗传关系分析。...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王世杰 王雪婷 杜向前 陈洪刚 张会恰 杨敏生
【目的】利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种(系)进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。【方法】使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。【结果】11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530～0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种(系)的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。【结论】本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。
关键词：
杨树新品种 SSR标记 核心引物
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
包文慧 包杭盖 武阳 路东晔 张玉平 白玉娥 潘青华
【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证，为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料，筛选SSR荧光标记引物，采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因，获得相应的扩增带型，从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术，筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析，并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点，每对引物平均8.211个，有效等位基因（Ne）变化范围为1.263～12.568，平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547～2.664，平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32～0.917，平均值为0.603，观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）范围分别为0.208～0.920和0.133～0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637，显示出有较高的杂合度；遗传相似系数为0.85～0.98，且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄，遗传相似度较高，不同品系间基因交流较少；京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远，遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
凌晨 赵洪 颜军 马莹雪 冯艳芳 张靖立 李波 邓超 徐振江
为建立莴苣品种DNA分子快速鉴定技术体系，选择8个表型差异大、不同类型的莴苣品种，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳从245对引物中初筛出81对引物，对初筛引物添加荧光标记，另选择90个有代表性的莴苣品种，利用毛细管电泳复筛出22对核心引物，依据扩增片段大小为各引物选择了相应的参照样品，采集了233个莴苣品种的DNA指纹数据。结果表明，22对核心引物在233个莴苣品种中共检测到269个等位基因，每对引物检测到等位基因为4～22个，平均为12.23个，PIC值为0.37～0.89,平均为0.73。聚类分析结果表明，233个供试品种主要划分为茎用和叶用两大类群，叶用类群中结球莴苣聚成一类，半结球莴苣趋于聚成一类，散叶莴苣难以聚成一类。对核心引物未能区分开的6组15个品种进行田间种植对比鉴定，3对品种表型性状无明显差异被判定为相同品种，表型性状有明显差异的品种大部分性状表达状态相同或相近，为近似品种，表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果基本一致。此外，8组24个同名品种均能从分子上进行区分。利用筛选出的22对核心引物构建了233个莴苣品种的指纹数据库，建立了通用于茎用莴苣和叶用莴苣的品种鉴定技术体系，可用于莴苣品种和种质资源快速鉴定、遗传多样性分析和DUS测试辅助筛选近似品种等工作。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈豆豆 关利平 贺亮亮 宋银花 章鹏 刘三军
【目的】无核是鲜食葡萄的重要农艺性状,无核基因分子标记的准确性将影响无核葡萄早期选择的效果。本研究对前人开发的5个葡萄无核基因分子标记在183份葡萄材料中进行通用性鉴定,旨在明确各个分子标记的适用范围,为利用分子标记辅助无核葡萄育种提供参考依据。【方法】以96个葡萄品种(其中无核63个,有核33个)及‘红地球’ב黎明无核’87个F1单株(其中无核61株,有核26株)的叶片DNA为模板,利用已报道的5个葡萄无核基因分子标记(SCF27-2000、GSLP1-569、VMC7f2、p3_VvAGL11和5U_VviAGL11)的引物进行PCR扩增,采用1.5%琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳和8%聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测PCR产物,分析各个样品的无核特异条带,鉴定5个分子标记的准确率。【结果】SCAR标记GSLP1-569对96个葡萄品种的检测准确率为40.6%,无核检测率为63.6%。SCAR标记SCF27-2000对96个葡萄品种及87个F1杂交单株的检测准确率分别为71.9%和76.54%,无核检测率分别为70.5%和78.5%。SSR标记VMC7f2在96个葡萄品种中鉴定出8个等位基因,经卡方检验,189-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其检测准确率为85.4%,无核检测率为85.5%。SSR标记p3_VvAGL11在96个葡萄品种中鉴定出7个等位基因,经卡方检验,187-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其检测准确率为89.6%,无核检测率为90.7%,在F1杂交单株中其鉴定准确率为87.65%,无核检测率为91.1%,假阳性率为6.17%,假阴性率为6.17%。SSR标记5U_VviAGL11在96个葡萄品种中鉴定出17个等位基因,经卡方检验,306-bp等位基因与葡萄无核性状显著关联,其鉴定准确率为88.5%,无核检测率为90.6%,在F1杂交单株中检测准确率为88.89%,无核检测率为92.7%,假阳性率为4.94%,假阴性率为6.17%。【结论】SSR标记p3_VvAGL11和5U_VviAGL11在葡萄种质及遗传群体中无核分型的准确性及无核检测的效率较高,适用范围较广,在无核基因分子标记辅助选择中可以考虑优先使用。
关键词：
葡萄 无核性 分子标记 通用性 鉴定
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
朱骏驰 郭印山 刘镇东 李坤 杨晓旭 石广丽 牛早柱 李成祥 郭修武
葡萄是遗传上高度杂合的木本果树，获得真实性杂种是有效开展杂交育种及其他遗传学研究的重要基础。以玫瑰香×红地球杂交组合后代株系为材料，采用ＳＳＲ分子标记对杂交后代单株进行杂种真实性鉴定，筛选出在双亲间有特异位点的ＳＳＲ引物，对２１０株杂交后代进行了鉴定，结果表明：２１０株杂交后代中有１８３个单株具有父本和母本的特异性条带，并结合田间形态学分析，确定为真实性杂种。ＳＳＲ分子标记能够简单、高效的对葡萄杂交后代进行真实性鉴定。
关键词：
葡萄 杂交育种 SSR分子标记 杂种鉴定
[期刊] 林业科学
[作者]
邱帅 沈柏春 李婷婷 郭娟 王霁 孙丽娜 陈徐平 胡绍庆
【目的】为了解决桂花品种难以鉴定以及苗木生产和园林应用中品种混杂、以次充好和常规DNA指纹图谱无法很好地应用于品种鉴定的问题,提出一种基于随机森林算法和SRAP分子标记的桂花品种鉴定方法,以实现桂花品种简便、快速和准确的鉴定。【方法】以45个桂花品种或变异类型为材料,提取DNA,使用90对SRAP引物进行PCR扩增,以毛细管电泳技术采集扩增信息,筛选出多态性强、扩增结果稳定的引物,计算单对引物的多态信息含量(PIC)、带型数、有效带型数、分辨能力(D)、带型分布的卡方值(χ2)和无法区分的样品对数(x)。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘昆玉 徐丰 石雪晖 钟晓红 杨国顺 倪建军
运用SRAP标记对分布在湖南省内的21份刺葡萄资源进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明:从84对SRAP引物组合中筛选出的7个引物组合中共扩增出61条带,其中有34条稳定的多态性条带,多态性比率为55.7%;运用NTSYS软件计算出21份材料的成对遗传相似系数为0.80～0.99,在遗传相似系数0.92处可将全部材料划分为3个类群;UPGMA聚类分析表明,在湖南省境内分布的刺葡萄有6个基本类型,并推测出了农大1号至农大9号育种材料(2003年由湖南农业大学运用秋水仙素处理不同地区刺葡萄种籽得到的诱变材料,由于经过3次搬迁,现已遗失亲本档案)的亲本。
关键词：
刺葡萄 亲缘关系 SRAP标记
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李秀玲 梁桂东 邓俭英 李立志 思利华 邓杰玲
通过对维多利亚、白罗莎里奥、红玫瑰、美人指、金手指、奥古斯特、法国早红、黄意大利、夏黑无核、GL-1、黑王等11个葡萄品种在亚热带季风气候区的物候期观测、果实性状鉴定、室温贮藏及冷藏试验,筛选适宜在我国南方湿热地区栽培且果实品质优良、耐贮藏的葡萄品种。结果表明,GL-1、夏黑无核和维多利亚品种果实成熟期早,品质较佳,在亚热带地区栽培具有明显的市场比较优势;而美人指、金手指、红玫瑰、白罗莎里奥品种果实品质优、风味好,为高档优质葡萄的供选品种;奥古斯特、美人指、维多利亚、黄意大利等葡萄品种室温贮藏及冷藏(5℃)时间较长,是耐贮藏和长途运输的优良供选品种。
关键词：
葡萄品种 物候期 果实性状 贮藏时间
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张娟 王晓宇 田呈瑞 赵旗峰 马小河 唐晓萍 马婷婷 马锦锦
【目的】酚类物质不仅影响葡萄酒的感官质量,还决定葡萄酒的许多生理活性功能。通过对采自黄土高原产区的20种酿酒红葡萄品种中酚类物质的含量、种类,葡萄果实不同部位中酚类物质的差异进行研究,为有效改良酿酒工艺及酿酒葡萄的育种工作提供理论依据。【方法】以山西省农业科学院果树研究所(太谷)国家葡萄种质资源圃的20种酿酒红葡萄为材料,取样测定果粒大小及果形指数,葡萄皮、籽、果肉各部位重量及所占百分比,测定可溶性固形物含量,指示剂滴定法测定可滴定酸含量,比色法测定总酚、总黄烷醇、花色苷含量,高效液相色谱法(HPLC)测定果肉中单体酚含量。【结果】20种测定的酿酒葡萄品种的果形指数均高于0.95,即果形都为椭...
关键词：
葡萄 品种特性 酚类物质 酿酒
[期刊] 华北农学报
[作者]
王传堂 杨新道 于翔 张建成 刘光臻 徐建芝
利用10个中国花生品种,评估了AFL,SRAP,SSR和STS技术在区分相近来源花生品种上的应用效果。结果表明,AFLP和SRAP标记虽然可以揭示这些花生品种的遗传多样性,但在本研究采用的引物对条件下,单独使用任何一对引物不足以区分全部品种,提示我们需要考虑多对引物的配合,或者需要尝试更多的限制酶或引物对;从103对SSR或STS引物中筛选出9对引物,即Lec_1,Ah4_26,Ah4_4,SsS14,SHPAL_1,PG_71,PG_43,PM_36,PG_22,对所采用的10个花生品种的区分率均为100%。鉴于花生栽培种形态学、细胞学和生化标记贫乏,这9对高辨别力的SSR和STS引物对花生...
关键词：
花生 品种鉴定 分子标记
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵彦 陈源闽 廉勇 王勇 张艳萍 李敬起
分别以15个胡萝卜品种的混合DNA(由各品种15个单株的DNA等量混合)为模板筛选RAPD特异性引物,分析比较品种的特异性谱带,结果表明,从40条随机引物中筛选出S139,S140共2条随机引物可以通过特异性分子标记位点反映品种间的差异,通过RAPD分子标记引物的筛选、标记程序的完善、确定品种特异性标记谱带,可以进行胡萝卜品种的鉴定.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李益 马先锋 唐浩 李娜 江东 龙桂友 李大志 牛英 韩瑞玺 邓子牛
【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。
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