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[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵刚 龚全 刘亚 赖见生 陈叶雨 杜军
为获得岩原鲤转录组信息，发掘功能基因，本研究采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序技术对岩原鲤全组织转录组进行测序。结果获得６４ ２５７ ９１８个ＥＳＴ序列，经拼接和组装得到８３ ２５２条单基因序列（ｕｎＩｇＥｎＥ），平均长度７８７ ｂｐ，长度范围２０１～１６ ５７２ ｂｐ。利用ｎＣｂＩ的蛋白质非冗余数据库（ｎｒ）对所有ｕｎＩｇＥｎＥ进行相似性搜索，共有３７ １５７条ｕｎＩｇＥｎＥ（４４．６３％）与数据库中的已知序列同源。利用ｂｌａＳＴ２ｇＯ ｖ２．５软件对ｕｎＩｇＥｎＥ进行注释，共得到２９ ９１９条（３５．９３％）注释基因，根据ｇＯ功能分类将其分为生物过程、细胞组分和分子功能３大类５６亚类。经ＫＯｇ．．．
关键词：
高通量测序 岩原鲤 转录组
[期刊] 林业科学
[作者]
邓敏捷 董焱鹏 赵振利 张晓申 范国强
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴萍 王晓宇 李青苗 郭俊霞 张松林 方清茂
【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。
关键词：
白芷 转录组测序 差异表达基因
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄勇 龚望宝 陈海刚 孙西红
运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王身昌 胡尚连 曹颖 徐刚
分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术进行转录组测序，对测序结果进行ｄｅ Ｎｏｖｏ拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ数据库中进行比对注释，此外，基于ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得８６ ５７５ ６３１条ＲｅＡｄＳ，ｄｅ Ｎｏｖｏ组装得到８４ ７４１条ｕＮｉＧｅＮｅＳ，共有４９ ８２９条被ＮＲ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ、ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体Ｎｏ．３０这２个测序．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈瑞 杨德强 赵长林
【目的】揭示天麻种植土壤真菌群落组成结构，天麻种植前后土壤真菌群落结构的变化及种完天麻种方竹后土壤真菌群落结构的变化，为研究天麻根际土壤微生态提供理论依据并为解决天麻连作障碍提供技术支持。【方法】基于高通量测序方法对采集的3组土样（原壤charlle 001、一麻壤charlle 002、方竹壤charlle 006）进行基因组DNA提取，PCR扩增，产物检测、纯化和定量，建库测序，数据分析，物种组成多样性分析及差异分析。【结果】3组土样中真菌主要类群为Ascomycota、Basidiomycota和Mortierellomycota三门真菌，其中Ascomycota真菌丰度普遍最大；3组样本特有真菌OTU：一麻壤>方竹壤>原壤；种水平下分析原壤charlle 001中主要优势真菌为Clitocybe sp.、Solicoccozyma sp.和Spirosphaera sp.，一麻壤charlle 002中主要优势真菌为Clavulinopsis sp.和Rosellinia sp.，方竹壤charlle 006中主要优势真菌为Trichoderma sp.；Clavulinopsis和Rosellinia在一麻壤charllle002中丰度极大在charllle001和charllle006中丰度极小；charlle001和charlle002组间真菌Mortierella相对丰度差异显著，charlle001和charlle006组间真菌Penicillium相对丰度差异显著；charlle002和charlle006组间物种差异Penicillium相对丰度差异显著。种植收获一茬天麻后土壤中真菌种类数量递增，群落结构发生变化，一麻壤中真菌ASV、特有真菌数目明显增大；一麻壤种植方竹后木霉菌显著增多；Clavulinopsis和Rosellinia部分真菌易引起天麻病害，而方壤中Trichoderma多用于病原菌生物防治。【结论】天麻不同种植土壤的真菌群落结构不同，种过一年天麻后土壤中病原菌增多，再种植方竹呈现修复作用，但具体修复机制还有待后续深入研究。
关键词：
高通量测序 物种丰度 天麻土壤 连作障碍
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘丽婷 温强 黄小春 刘琪璟
［目的］采用高通量测序技术ＩｌｌｕｍＩｎａ ｍＩ Ｓｅｑ２５０获得蕨类植物芒萁的孢子体转录组数据，以期为芒萁的生长、发育、代谢调控、微进化机制分析等提供重要的分子信息。［方法］应用生物信息学方法对测序获得的大量单基因簇（ｕｎＩｇｅｎｅ）进行基因功能注释、代谢途径及微卫星分析等。［结果］本研究共获得１８ ４６３ ２９６条序列读取片段（ｒｅａｄＳ），总碱基数为４．６２ｇｂｐ序列信息，经序列组装最终得到６３ １６９个ｕｎＩｇｅｎｅ，平均单条ｕｎＩｇｅｎｅ长度为８６３ ｂｐ，ｎ５０为１ ５８７ ｂｐ，其中分布在２００ ５００ ｂｐ长度区间ｕｎＩｇｅｎｅ占总数的５５．４％。数据库中的序列同源性比较表明，．．．
关键词：
芒萁 转录组 功能注释 微卫星
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王欣 刘必林 何骏杰 宋林玮
为深入了解柔鱼食性，探明其在食物网中的位置和生态功能价值，本研究根据2022年6—8月于西北太平洋公海采集的15尾柔鱼样本，采用高通量测序技术分析其食物组成。结果显示，15尾样品的高质量序列为646980条，通过聚类分析共得到624个运算分类单元（OTU），经筛选比对检测到的饵料类别共计65种，分属6门11纲22目37科51属。研究表明，柔鱼主要摄食头足类、鱼类以及多种浮游动物（包括磷虾类、介形类、水母类等）。优势饵料包括拟沙丁鱼、日本爪乌贼、北方拟黵乌贼、萤乌贼、尾棘背灯鱼等。柔鱼摄食范围广，饵料物种与海区的天然饵料有关；不同胴长组柔鱼表现出不同的摄食偏好。本研究通过柔鱼胃含物的全组成分析，对深度挖掘摄食与柔鱼生长、洄游、繁殖等生活史的关系有重要作用，同时为基于生态系统角度的柔鱼资源可持续开发和养护提供科学依据。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
邓丽丽 李德龙 蔡年辉 周军 孙琪 唐红燕 王大玮 许玉兰
以思茅松针叶为材料，采用ＩｌｌｕｍＩｎａ ＨＩｓｅｑ２０００平台测序，得到１２１ ８８２条无冗余的序列，对这些序列进行ｓｓＲ位点搜索，共获得３５３４个ｓｓＲ位点，出现频率为２．９％，分布平均距离２５ｋｂ。所搜索的ｓｓＲ以单核苷酸重复类型最多，其次为三核苷酸和二核苷酸，而四、五、六核苷酸重复类型较少（＜１％．．．
关键词：
思茅松 高通量测序 微卫星
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马雪萌 余成敏 赛小玲 刘贞 桑海洋 崔百明
【目的】建立一种批量分析T-DNA插入位点的简单、有效的方法。【方法】提供一种基于高通量测序技术的T-DNA插入位点的分析方法，将其命名为PSORA:Parallel sequencing of one round amplicons。首先对一轮交错式热不对称PCR(TAIL-PCR)的扩增产物进行高通量测序，随后通过生物信息学分析T-DNA插入位点，该方法降低了TAIL-PCR过程中对特异性扩增的要求。PSORA中使用的引物一侧为简并引物，另一侧为T-DNA特异性引物。在特异性引物的5’端设计6 nt的样品标签（Barcode），用于标记不同的转化事件。所使用的5个转基因烟草株系（L1、L6、L9、L15和L19）由农杆菌介导质粒pBI121转化获得。此外，通过标准PCR对PSORA的结果进行验证。【结果】利用PSORA对5个转基因株系的T-DNA插入位点进行分析，结果显示，L6含2个插入位点（NW＿015801367的36 316 bp处和NW＿015950898的42 202 bp处），L9、L15和L19各含1个插入位点（L9的插入位点为NW＿015943682的235 969 bp处；L15的插入位点为NW＿015802951的60 529 bp处；L19的插入位点为NW＿015863435的12 188 bp处），L1的插入位点未能成功获取。对生物信息学分析结果进行PCR验证，含不同插入位点的转基因株系之间可互为阴性对照，野生型（WT）作为空白对照，结果表明，在各转基因株系中均得到与预期一致的特异性扩增，该结果验证了PSORA的有效性。【结论】PSORA是一种分析T-DNA插入位点的有效方法，可以同时分析多个插入事件，相对于传统的染色体步移方法更简便、快速。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张剑 侯晓强 付亚娟
【目的】从分子水平上对珍稀濒危药用植物大花杓兰根际土壤细菌群落多样性进行初步探讨。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对大花杓兰根际土壤细菌16S rRNA基因的V3V4高变区片段进行测序,而后进行生物信息学分析。【结果】共得到166,847条16S rRNA基因序列。基于≥97%的相似度水平,通过聚类共获得1549个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)。大花杓兰根际土壤细菌在门、纲、目、科和属分类水平上的优势类群分别为变形菌门Proteob
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张振荣 田云霞 董琼娥 谭海燕 张丽芳 冯德党 赖泳红 杨俊誉 苏代发 崔晓龙 童江云
【目的】了解昆明地区冬草莓主要栽培品种白粉病病原菌的种类和离体后病原菌种群的变化。【方法】2019年2-4月在昆明市草莓白粉病爆发区3个不同地点取样,基于Illumina MiSeq高通量测序,对昆明地区3个冬草莓主要栽培品种章姬、红颜、桃香的白粉病患病部位表面的真菌群落组成与结构进行了分析,并将离体白粉病样品在人工气候箱中培养,温度25℃,光强1500 lx,光照时间12 h·d~(-1),培养7 d,检测长出的真菌群落组成,进而对比两类样品真菌群落组成与结构的变化。【结果】6个样品的真菌群落组成与结构分析结果基本相同,即在属水平上进行真菌群落组成与结构分析均显示98.8%以上是叉丝单囊壳属Podosphaera。2个离体白粉病样品在灭菌培养皿内培养7 d后,HL(地点3的红颜白粉果实和叶片)样品上长出许多浅绿色的粉状霉菌,其真菌群落组与结构分析显示为Penicillium(88.80%)、Cladosporium(9.38%)、Acremonium(1.44%)、others(0.25%);而ZH(地点2的章姬果实和叶片)样品上长出许多黑色粉层的霉菌,真菌群落组成与结构为Aspergillus(86.87%)、Acremonium(4.11%)、Cladosporium(1.25%)、others(0.23%)。实验结果表明,样品培养之后真菌群落组成与结构发生了显著变化。【结论】昆明地区冬草莓栽培种的白粉病病原菌为叉丝单囊壳属Podosphaera,不同草莓品种和感染部位的白粉病病原菌相同,是首次报道中国西南地区草莓白粉病病原菌种类。草莓白粉病病原菌感病的部位离开母体植株后,感染部位表面很快生长出其他真菌菌落,原白粉病原菌不再是优势菌群,说明草莓白粉病病原菌是活体营养寄生菌。该病原菌还表现出侵染周期长、侵染不同品种的不同组织的特性。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张灿灿 张丹丹 王志强 罗福广 文衍红 蒋明 李艳和
以养殖的铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)为研究对象，采用镜检和高通量测序技术分析其胃含物情况。结果显示：铜锈环棱螺的摄食率为86.87%,其胃含物以浮游植物和碎屑为主，其中胃内主要的食物成分是小球藻(Chlorella)和裸藻(Euglena),后肠中则以隐藻和颤藻为主；铜锈环棱螺胃内微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门等23门和盐单胞菌属(Halomonas)、乳球菌属(Lactococcus)、肉杆菌属(Carnobacterium)等88属组成，其中真菌类群主要由子囊菌门、担子菌门等5门和马拉色氏霉菌属(Malassezia)、曲霉菌属(Aspergillus)、被孢霉属(Mortierella)等50属组成。研究结果可为铜锈环棱螺饵料生物学和生态食物网研究提供基础资料，为开展其人工养殖提供基础生物学基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王佰涛 杨文玲 雷高 李珊珊 刘德海
【目的】探究不同地区魔芋根际土壤真菌群落多样性情况。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对昆明、南平、南阳地区魔芋根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和比较分析。【结果】测序共获得3770个OTUs，平均长度231 bp，南阳地区样品的香农指数较高，辛普森指数较低，说明该样品的真菌群落多样性较高，南阳地区样品的Chao指数和ACE指数均高于其他两地区样品，说明南阳地区样品真菌群落丰富度较高。昆明地区样品真菌群落在属水平上共有13个真菌优势菌属，主要包含被孢霉属（Mortierella）20.13%、赤霉属（Gibberella）6.07%、截盘多孢霉属（Truncatella）3.91%、镰刀霉属（Fusarium）3.25%等。南平地区样品真菌群落在属水平上共有22个真菌优势菌属，主要包含赤霉属（Gibberella）17.77%、亡革菌属（Thanatephorus）7.79%、隐囊菌属（Aphanoascus）4.22%、节担菌属（Wallemia）3.96%等。南阳地区样品真菌群落在属水平上共有25个真菌优势菌属，主要包含Paraboeremia属6.46%、被孢霉属（Mortierella）5.26%、新赤壳属（Neocosmospora）3.68%、木霉属（Trichoderma）3.60%等。并且通过比较分析，发现赤霉属、木霉属真菌群落丰度在3组样品中存在显著性差异（P＜0.05）。【结论】与昆明和南平地区采集样品对比分析发现，南阳地区魔芋根际土壤真菌群落多样性和丰富度最高。种植年限对魔芋种魔芋根际土壤真菌群落多样性影响较大，而海拔高度和经纬度对其影响较小。
关键词：
魔芋 真菌群落 高通量测序 多样性分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄思娟 黄崇银 曹俊杰 王永 刘兆颖
为研究饲喂钩吻对仔猪肾脏的影响,将10头健康雄性去势二元杂种(长白猪×大白猪)断奶仔猪,随机分为对照组和给药组,每组5只.对照组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮,给药组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮+2%钩吻全草粉末,连续饲喂45 d后,分别采集两组猪的肾组织,对其进行高通量测序,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分类及京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库分析.结果显示,两组肾脏中共有301个差异表达基因.与对照组相比,给药组有180个基因显著下调,121个基因显著上调,其中与代谢、转运相关的基因,如溶质载体家族2成员13(SLC2A13)、溶质载体家族35成员5(SLC35A5)、含黄素单氧化酶2(FMO2)、醛氧化酶1(AOX1)等出现显著下调(P<0.05).荧光定量PCR对差异表达基因进行验证,其结果与转录组学结果基本一致.表明饲喂钩吻对仔猪肾脏的物质转运和药物代谢有一定影响.
关键词：
高通量测序 钩吻 猪 肾脏
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