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[期刊] 西南农业学报
[作者]
郝豆豆 张勇群 雷鸣 拉多
【目的】基于ITS2条形码技术鉴定藏药材苞叶雪莲,以保证药材质量,确保用药安全。【方法】对采自西藏林芝的苞叶雪莲进行DNA提取,PCR扩增得到ITS序列并测序;所有样品的ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(HMM)的注释方法获得,使用MAGE6.0进行多重序列比对,并构建进化树,同时预测苞叶雪莲ITS2序列的二级结构。【结果】苞叶雪莲及其近缘物种的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及ITS2二级结构能将苞叶雪莲及其近缘物种区分开。【结论】ITS2序列可以有效的鉴别苞叶雪莲及其近缘物种,可以为苞叶雪莲的安全用药及合理开发利用提供依据。
关键词：
苞叶雪莲 ITS2 DNA条形码
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李旦 周安佩 张德国 高健 何承忠 李永和
利用AFLP分子标记和DNA条形码技术,对采自贵州省兴仁县和贵州省安顺市的刺梨、无籽刺梨和光枝无籽刺梨共19份样本材料进行鉴定。结果表明:AFLP标记分析19个样本间的遗传相似系数在0.719 0 0.997 2之间,平均相似系数为0.936 5。采用UPGMA法进行聚类分析,将19个样本聚类为2组,刺梨为单独1组,其他18份样本为1组。DNA条形码分析结果显示ITS无变异位点,将4种叶绿体序列片段(psb A-trn H、atp F-atp H、psb I-psb K、trn L-F)合并后以联合序列作为数据分析的基础,19份样本的平均误差为0.000 6,除刺梨外,其他18份样本之间的遗传...
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
任瑶瑶 郑颖 柯家伟 姚雨庭 谢浈 蒋合众
利用DNA条形码分子诊断技术对几种虎耳草科药用植物进行鉴定并评价ITS2序列对虎耳草科植物鉴定的有效性，为虎耳草科植物鉴定提供一种新思路。于不同区域采集13份虎耳草科植物样本，提取基因组DNA后，利用ITS2序列扩增引物进行PCR扩增及测序，并从GenBank数据库中下载11条同属及同科序列。基于HHMer注释方法去掉两端区段获得ITS2序列，采用MEGA7.0软件进行序列长度、碱基含量对比，并基于K2P模型计算并分析种内、种间遗传距离，采用邻接法构建NJ系统进化树，采用靴带检验法（1000次重复）检验各分支的支持率，于ITS2数据库网站预测并比较ITS2序列的二级结构。结果显示，虎耳草科植物种间遗传距离大于种内遗传距离，能将各物种区分；系统进化树中各属分别聚为一支，同属内各物种大多分别聚为一小支，部分物种的鉴定需要进一步研究；各物种ITS2二级结构均存在不同差异，可对物种鉴定进行辅助分析。利用ITS2序列作为DNA条形码可有效地区分鉴别几种虎耳草科药用植物。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
高娅蓉 熊康宁 袁周伟 苑晓伟 谭超 陈晓晓 宋月华
【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025～0.044和0.024～0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王利华 罗相忠 王丹 李伟 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咸吉 聂现辉 艾文胜 孟勇 肖扬波 周楚人 彭逸斯 汪启明 彭国平
利用3种叶绿体DNA条形码序列ndhF、psbA–trnH、rps16对竹亚科植物17个属的98个竹种进行DNA条形码聚类分析,并对已知的43个耐盐竹种进行聚类分析。结果显示:3种DNA条形码序列对竹子具有良好的通用性,平均通用性在96%以上;psbA–trnH未能对瓜多竹外的竹亚科植物种属进行聚类,能对部分耐盐竹种进行聚类;ndhF、rps16条形码序列能对部分种属进行聚类,对牡竹属、箣竹属、苦竹属中包含的耐盐竹种聚类效果较好。
[期刊] 水产学报
[作者]
易啸 王攀攀 王军 苏永全 毛勇
对虾科包含有26个属,约有200多种对虾,由于同属内的对虾在形态上非常相似,只呈现细微的差别,因此使得只基于形态学对对虾科物种的鉴别非常困难。为确定DNA条形码技术在对虾科物种鉴别的可行性,本研究中,采用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因研究了32种对虾的核苷酸组成、对虾种间及种内遗传距离,用邻接法构建32种对虾COⅠ基因序列系统发生树。结果显示,对虾COⅠ基因组成偏倚明显,A+T含量(61.5%)显著高于G+C(38.5%)。基于Kimura双参数模型计算,32个物种的种内平均遗传距离为0.00
关键词：
对虾科 DNA条形码 COⅠ基因 鉴别
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陈月华 何培民 杨金权
为了探明如东海域浒苔藻团中附着的大量鱼卵的产卵鱼种,利用DNA条形码技术对其进行了物种鉴定。鉴定结果表明:鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼(Hyporhamphus sajori)COI基因片段序列之间无变异位点出现,遗传距离为0,而与其他颌针鱼目鱼类序列间差异达10.83%20.94%,遗传距离在21.9%26.4%之间;NJ分子系统发育分析显示鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼聚为单系群。因此,确定该海域浒苔藻团中产卵鱼类为沙氏下鱵鱼。在此基础上探讨了浒苔藻团附着大量黏性鱼卵现象的原因及其对近海鱼类资源恢复的启
关键词：
DNA条形码 沙氏下鱵鱼 浒苔 物种鉴定
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郭照良 郑小壮 陈文坚 郭国才 陈清华
为探索DNA条形码在沼虾属(Macrobrachium)种类鉴定中的可行性,对21种沼虾(亚洲群体7种和美洲群体14种)的COⅠ基因片段序列进行分析。结果显示:沼虾COⅠ基因组成偏倚明显,AT含量(57.74%)高于GC(42.26%),GC在各个密码子位点的含量由高到低分别为第1密码子位点(49.24%)、第2密码子位点(40.72%)、第3密码子位点(36.82%);基于Kimura2–Parameter模型分析21种沼虾的种间和种内平均遗传距离分别为0.753和0.005,种间平均遗传距离是种内遗传距离的150.6倍,符合HEBERT所推荐的鉴定不同物种的最小有效种间遗传距离为0.02以及种间遗传距离大于或等于10倍种内遗传距离的标准;在分子系统发育树中,NJ树和ML树的拓扑结构基本一致,亚洲种群和美洲种群分别以100%和82%的置信度形成2个姐妹支,并且同种沼虾都以较高的置信度聚集在同一分支内。研究结果证明,线粒体COⅠ基因能有效地对沼虾属的种类进行鉴别。
关键词：
沼虾属 DNA条形码 COⅠ基因 鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张楠 吴娜 郭华阳 朱克诚 刘永 李纯厚 杨静文 江世贵 张殿昌
以江门沿岸海域夏季采集到的鱼卵研究对象,利用DNA条形码技术分析鉴定鱼卵种类。本研究获得鱼卵个体有效线粒体COI序列信息217个,测序成功率为68.5%。经BOLD数据库比对分析,成功鉴定鱼卵5目14科19属20种(未知种2种);种内遗传距离为0~0.006,平均遗传距离为0.002,种间遗传距离为0.149~0.325,平均遗传距离为0.255,种间遗传距离为种内遗传的128倍;鱼卵样品以鲈形目数量最多,占51.8%;鲱形目次之,占24.8%;其中鱼卵优势种为黄斑鲾(Photopectoralis bindus)、日本鳀(Engraulis japonicus)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、粗鳞鮻(Chelon subviridis)、金钱鱼(Scatophagus argus)、龙头鱼(Harpadon nehereus)、亚洲(Sillago asiatica)。本次调查川山群岛东部海域获得鱼卵数量、鱼卵种类数均最多,是江门沿岸海域日本鳀、龙头鱼的主要产卵场;黄茅海、镇海湾西部水域均未获得鱼卵,可能与水域环境变化及陆源污染导致产卵环境破坏、亲体量减少有关。该研究结果揭示了江门沿岸海域夏季鱼卵分布格局,为其制定有效的产卵场保护措施提供依据,同时表明DNA条形码技术能有效地对鱼卵进行种类鉴定,可被广泛地应用于我国沿海海域鱼卵鉴定工作。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王开杰 徐永江 崔爱君 姜燕 王滨 柳学周 方璐 薛志勇 毛成全
为建立我国(鱼师)属鱼类快速有效的分子鉴别技术，从DNA条形码角度出发，分析了线粒体细胞色素b (Cyt b)、NADH脱氢酶(ND1和ND2)基因在黄条(鱼师) (Seriola aureovittata)、高体(鱼师) (Seriola dumerili)和五条(鱼师) (Seriola quinqueradiata)等(鱼师)属鱼类物种鉴定和系统进化以及地理区域鉴别中的适用性。结果显示，Cyt b基因表现出明显的A+T偏倚性，ND2基因序列突变速率较高，变异率为20.52%，ND2基因(H_(d)=0.900， P_(i)=0.082)的遗传多样性高于ND1 (H_(d)=0.874， P_(i)=0.077)和Cyt b (H_(d)=0.814，P_(i)=0.061)。比较了(鱼师)属鱼类3种基因序列的结构特征，基于ND1和ND2基因计算的(鱼师)属鱼类种间遗传距离都为种内遗传距离的10倍以上，但Cyt b基因对高体(鱼师)和几内亚(鱼师) (Seriola carpenteri)辨识力不足。系统进化分析显示，每个物种都形成单系分支，3个基因均能对我国3种(鱼师)属鱼类进行鉴别，且都可有效区别来自全球3个不同水域的黄条(鱼师)种群。因此，Cyt b、ND1和ND2基因不仅可作为(鱼师)属鱼类物种鉴定的有效DNA条形码，还可作为不同地理种群划分和种质资源科学保护的依据，为我国(鱼师)鱼养殖产业的持续健康发展和种质资源的可持续利用提供技术依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙忠利 王永良 程娇
中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与Gen Bank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
宫亚运 章群 曹艳 吕金磊 杨喜书
为探讨ＣＯⅠ基因作为ＤＮＡ条形码对绯鲤属（ＵｐｅＮｅＵｓ）鱼类鉴定的有效性，明确物种的分类地位，通过ＣＯⅠ基因５＇端６５２ ｂｐ序列研究中国南海绯鲤属的黑斑绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｔｒＡｇＵｌＡ）、马六甲绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｍＯｌＵＣＣｅＮｓｉｓ）、纵带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｂｖｉｔｔＡｔＵｓ）、黄带绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｓＵｌｐｈＵｒｅＵｓ）、吕宋绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｌＵｚＯＮｉＵｓ）以及条尾绯鲤（ＵｐｅＮｅＵｓ ｂｅＮｓＡｓｉ）６个种５６ ｉＮＤ标本的标准ＤＮＡ条形码序列的种内种间遗传距离，并构建分子系统树。研究表明：所测样品的碱基组成为ｔ：２９．２％，Ｃ：２９．６％，Ａ：２１．４％．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
于杰 闫化学 鲁振华 周志钦
【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。
关键词：
柑橘属 近缘属 DNA条形码 编码序列
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