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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
林宇 王金成 迟元凯 鞠玉亮 王暄 李红梅
基于GenBank中根结线虫属的核酸序列,筛选了28S(D2/D3)、18S和ITS 3个不同的序列片段,利用遗传距离法和分子系统学方法评价其各自作为根结线虫条形码标记的可行性。结果显示:28S(D2/D3)、18S及ITS的核酸序列种内平均遗传距离分别为0.004 3、0.002 7和0.024,种间平均遗传距离分别为0.074、0.036和0.156,由于属内近缘种的影响,各分子标记的种内、种间遗传距离均有一定的重叠;基于K2P模型构建的3种分子标记NJ系统发育树显示,南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫均混合聚类,难以区分;经统计,28S(D2/D3)、18S及ITS对根结线虫属内不...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李佳 彭德良 黄文坤
采用线虫通用引物D2A和D3B对9个香蕉穿孔线虫种群的核糖体DNA28S大亚基的D2/D3区进行了扩增,获得的片段长度约为780bp,克隆测序后使用UPGMA法进行聚类分析和构建系统发育树。结果表明9个线虫种群D2/D3区核苷酸序列相似性为99.13%,其中8个群体的序列与越南报道的香蕉穿孔线虫近源种(Radopholus sp.7B VietNam)的D2/D3区核苷酸序列(DQ328712)相似性为97.46%,说明香蕉穿孔线虫D2/D3区具有较大的保守性。聚类分析结果表明,RSHN12r、RSSH、RSHL、RSHK、RSLZ、RSSZ、RSHN13、RSHN12p等8个种群聚为一类,亲...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
万新龙 李建洪 彭德良
用PCR方法扩增了16个不同地区和不同作物上根结线虫群体的ITS片段,并进行了克隆、序列测定分析和比对。结果表明:采自北京密云苦瓜和豇豆、北京通州月季以及山东胶州、烟台、潍坊花生上的6个根结线虫群体为北方根结线虫(Meloidogyne hapla),其ITS片段大小为772 bp;来自云南番茄、成都黄瓜和海南石榴上的3个根结线虫群体为爪哇根结线虫(M.javanica),其ITS片段大小为767 bp;来自河北廊坊番茄、北京海淀番茄和浙江黄瓜上的3个根结线虫则属于花生根结线虫(M.arenaria),其ITS片段大小为768 bp;而安徽和县、宿州的番茄以及太和桔梗上的3个根结线虫则属于南方...
关键词：
根结线虫 ITS-PCR 克隆 序列分析
[期刊] 实验技术与管理
[作者]
任瑶瑶 郑颖 柯家伟 姚雨庭 谢浈 蒋合众
利用DNA条形码分子诊断技术对几种虎耳草科药用植物进行鉴定并评价ITS2序列对虎耳草科植物鉴定的有效性，为虎耳草科植物鉴定提供一种新思路。于不同区域采集13份虎耳草科植物样本，提取基因组DNA后，利用ITS2序列扩增引物进行PCR扩增及测序，并从GenBank数据库中下载11条同属及同科序列。基于HHMer注释方法去掉两端区段获得ITS2序列，采用MEGA7.0软件进行序列长度、碱基含量对比，并基于K2P模型计算并分析种内、种间遗传距离，采用邻接法构建NJ系统进化树，采用靴带检验法（1000次重复）检验各分支的支持率，于ITS2数据库网站预测并比较ITS2序列的二级结构。结果显示，虎耳草科植物种间遗传距离大于种内遗传距离，能将各物种区分；系统进化树中各属分别聚为一支，同属内各物种大多分别聚为一小支，部分物种的鉴定需要进一步研究；各物种ITS2二级结构均存在不同差异，可对物种鉴定进行辅助分析。利用ITS2序列作为DNA条形码可有效地区分鉴别几种虎耳草科药用植物。
[期刊] 水产学报
[作者]
应成琦 张婷 李信书 田千桃 霍元子 马家海 徐韧 王金辉 何培民
2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象。实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对。结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔。18S rDNA序列分析结果也支持这个判断。根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
叶碧欢 李海波 叶卫邦 陈友吾
【目的】基于分子生物学手段,探讨可快速准确鉴别锈色粒肩天牛Apriona swainsoni幼虫与其他天牛幼虫的目标基因,为该保健昆虫的食药用安全提供保障。【方法】利用线粒体COⅠ、 COⅡ、 Cytb基因和28S细胞核基因的通用引物分别克隆获得4种基因片段,并进行同源序列检索、多重比对、序列信息分析及进化树构建。【结果】基因克隆最终获得锈色粒肩天牛4种基因序列的片段大小分别为817、 545、 434和1 088 bp。特殊位点分布结果显示:28S的保守位点占比最高,其后依次为Cytb、 COⅠ和COⅡ,变异率则正好相反。COⅠ、 COⅡ和Cytb基因片段的碱基组成和替换信息特点均表现为A+T含量>G+C含量,颠换高于转换,28S基因片段则表现为A+T含量
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王开杰 徐永江 柳学周 崔爱君 姜燕 王滨 方璐
为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑俊斌 张凤英 马凌波 陆亚男
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS)区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum)等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%~99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴平 卓侃 罗梅 廖金铃
采用同源克隆的方法,首次从能克服Mi-1抗性的象耳豆根结线虫(Meloidogyne enterolobii)中克隆了Cg-1同源基因,同时克隆了一个爪哇根结线虫无毒种群的Cg-1及其同源基因。基因序列比较结果显示,象耳豆根结线虫中不存在Cg-1基因,即象耳豆根结线虫中只具有不包含CAATGA片段的Cg-1同源序列,进一步表明Cg-1可能是一个无毒基因。对Cg-1基因序列分析的结果表明,Cg-1基因可能是通过其第三个开放阅读框(ORF)编码的多肽或结构性mRNA或两者共同行使生物学功能。
[期刊] 华北农学报
[作者]
毕燕会 邹丹燕 周志刚
通过基因克隆和序列测定,获得了海带(Laminaria japonica)配子体的18S rRNA基因序列,其长度为1 716bp,GenBank登录号为EU293553。以蓝藻为外类群,采用邻接法(NJ)对分属9个门的藻类的18S rRNA基因序列进行系统发育分析。结果显示,褐藻门的海带与蓝藻门的念珠藻Nostoc sp.PCC7120、红藻门的日本凋毛藻(Griffithsia japoni-ca)、绿藻门的莱哈衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)遗传距离依次为0.819,0.303和0.219;杂色藻类中,海带与隐藻门的蓝隐藻(Rhodomonas sp.CS24)...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
程汉良 彭永兴 王芳 孟学平 阎斌伦 董志国
对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)6种帘蛤科(Veneridae)贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为19...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王朋云
采用透射电镜对丛粒藻(Botryococcus braunii)藻株AGB-Bb02和AGB-Bb03进行了亚显微结构观察,以rbcL和18S rRNA序列为目标基因进行克隆,结合研究从GenBank获取的黄藻纲、绿藻纲和共球藻纲13株相关微藻的rbcL、18S rRNA基因序列,运用Clustal X 1.8和MEGA4.0软件进行分析,用邻接法构建了系统发育树,并计算bootstrap值以评估其可靠性。结果显示,丛粒藻细胞由多层细胞壁包被,细胞内壁和外壁的腔隙中含有烃类物质,独特而发达的内质网膜系统与细胞质膜部分相连,叶绿体基质类囊体平行紧贴、无基粒结构,脂滴的分布与内质网和叶绿体相关;A...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郝豆豆 张勇群 雷鸣 拉多
【目的】基于ITS2条形码技术鉴定藏药材苞叶雪莲,以保证药材质量,确保用药安全。【方法】对采自西藏林芝的苞叶雪莲进行DNA提取,PCR扩增得到ITS序列并测序;所有样品的ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(HMM)的注释方法获得,使用MAGE6.0进行多重序列比对,并构建进化树,同时预测苞叶雪莲ITS2序列的二级结构。【结果】苞叶雪莲及其近缘物种的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及ITS2二级结构能将苞叶雪莲及其近缘物种区分开。【结论】ITS2序列可以有效的鉴别苞叶雪莲及其近缘物种,可以为苞叶雪莲的安全用药及合理开发利用提供依据。
关键词：
苞叶雪莲 ITS2 DNA条形码
[期刊] 淡水渔业
[作者]
徐善良 周剑君 王丹丽 孙雪
采用PCR和DNA测序技术扩增和测序了2003~2008年间采自浙江省宁波、杭州、温州和金华4个地区7个地点桃花水母(Craspedacusta)核糖体小亚基rRNA(18S rRNA)基因,并与已知索氏桃花水母(Craspedacusta sow-erbyi)和中华桃花水母(Craspedacusta sinensis)18S rRNA基因序列进行了比对。结果显示:这7个地点的桃花水母与索氏桃花水母序列极为相似,相似度达99.67%~100%,遗传距离为0~0.002,而与同属中华桃花水母的遗传距离为0.013~0.015。分子系统学分析显示这7个地点桃花水母与索氏桃花水母分支的置信度高达1...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
施慧 许文军 徐汉祥 史海东
"牛奶病"是近年来秋、冬季三疣梭子蟹暂养过程中发生的一种危害较大的流行性疾病,患病蟹的体液和肌肉组织中有大量的酵母菌。根据GenBank中的假丝酵母菌的18S rRNA基因序列设计合成引物,用PCR扩增患"牛奶病"三疣梭子蟹上分离到的酵母菌的部分18S rRNA基因,PCR产物经纯化回收后克隆入pUCm-T载体,筛选出阳性克隆进行测序,测序结果与已发表的序列进行同源性比较,同时以蟹源弧菌和寄生虫的DNA样本为对照。结果,所测序列与GenBank中假丝酵母菌的18S rRNA基因的同源性为84.4%～100%。同时,仅从试验用酵母菌DNA样本中扩增出了532bp左右的特异性片段,其他对照样本均未...
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