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[期刊] 中国水产科学  [作者] 高磊  鲍相渤  于思梦  李曌  李云峰  赫崇波  
为了探讨辽宁沿海非经济贝类野生种群的遗传多样性水平和遗传分化特征,本研究选取了托氏琩螺(Umbonium thomasi),利用基于简化基因组测序的基因分型技术(GBS)对辽宁黄渤海沿岸的5个群体进行了全基因组水平的SNP标记开发和遗传特征分析。本研究共获得1315987个SNP标记,发现这5个托氏琩螺群体的观测杂合度和期望杂合度分别为0.0851~0.1161和0.1424~0.1627,观测杂合度均低于期望杂合度,说明托氏琩螺群体存在杂合子缺失,有种群退化风险。C4-ZH群体可能因为外来物种的入侵而发生种群缩小和多样性降低。遗传分化研究发现, 5个托氏琩螺群体处于中等分化水平,其中C5-JZ群体因为区域保护原因与其他4个群体的分化程度相对较高,且通过群体遗传结构分析发现,C5-JZ群体与其他群体的基因交流较少,基于此本研究开发了3个C5-JZ群体的特征性SNP标记。本研究结果将有助于了解辽宁沿海非经济物种的多样性水平,为自然资源的保护和利用提供依据。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 王小萍  刘飞  李明红  张厅  赖谦  刘晓  熊元元  唐晓波  李春华  王云  
【目的】研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构,揭示其遗传分化特征。【方法】利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序,基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析。【结果】65份野生茶树测序共获得74.48 G数据,540 633 846条高质量reads,通过比对获得769 893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个,多态性位点比例(PPL)为57.33%,观测等位基因数(Na)为0.4267~0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514~0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632~0.1328和0.0404~0.1233,多态性信息含量(PIC)介于0.0312~0.1025,香农指数(Shi)为0.0576~0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042~0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群,而PCA分析则可划分为4个亚群。【结论】65份野生茶树遗传多样性指数较低,亲缘关系较近,存在频繁的基因交流。本研究可为后续表型性状关联分析和品种选育提供依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 张春梅  殷晓  李新岗  黄建  王长柱  练春兰  
【目的】在分子水平上研究酸枣遗传多样性和群体遗传结构,为酸枣种质资源的保存、利用及分子辅助育种提供依据。【方法】利用5对SSR引物对来自陕西黄河沿岸3个自然群体的50个不同酸枣样品进行了遗传多样性检验和群体结构分析。【结果】共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数为8~16,平均等位基因数为12.8。供试酸枣群体观测杂合度(Ho)为0.580~0.940,期望杂合度(He)为0.670~0.884,平均Ho和He分别为0.812和0.805;群体内变异(97%)远大于群体间变异(3%);群体间基因流指数(Nm)较高,平均为9.125。在遗传相似系数为78%时,供试的50个酸枣样品聚为3个类...
[期刊] 地域研究与开发  [作者] 周园  曹威威  杨迅周  闫思雨  刘家汝  郑劭颖  
从城市综合实力和绝对联系强度、相对联系强度两方面对引力模型进行了改进,利用改进的模型评价黄河下游沿岸18个地市2012—2018年的城市空间联系特征,分析其空间格局及演变。结果表明:黄河下游沿岸城市空间联系呈现出以济南、郑州为核心的城市组团特征,空间结构上呈现出"双核心四中心",进而可以将城市空间格局划分为五大组团:济南城市组团、郑州城市组团、安鹤濮城市组团、滨东城市组团和荷商城市组团。各组团间发展差异较大,亟需找准发展路径,实现差异化发展。
[期刊] 海洋水产研究  [作者] 庄志猛  韩志强  马爱军  柳学周  高天翔  
采用水平淀粉凝胶电泳技术检测黄海、渤海半滑舌鳎两个群体的同工酶组织特异性并分析和研究其群体遗传结构。结果表明,半滑舌鳎的眼、鳃、肌肉、心脏、肝脏、肾脏、脾脏、鳍条、脑等9种组织和器官对18种同工酶的表达呈现明显的组织特异性。对肌肉和肝脏两种组织的PGDH、MPI、IDHP、SOD、AAT、MDH、LDH、G3PDH、PGM、LAP、ADH、SDH和ALP共13种同工酶进行了遗传学分析,共记录16个基因座位。其中,黄海群体在4个基因位点(IDHP、PGM、G3PDH、SDH)、渤海群体在5个基因位点(IDHP、PGM、MDH2、SDH、ALP)表现为多态,黄海和渤海群体的多态位点比例分别为0.2...
[期刊] 草业科学  [作者] 王子玥  刘凌云  刘曼  常智慧  
苇状羊茅(Festuca arundinacea)是重要的冷季型草坪草和牧草,被广泛用于牧草生产、草坪绿化、生态修复等方面。本研究收集了36份不同来源苇状羊茅种质材料,利用表达序列标签–简单序列重复(EST–SSR)引物对材料进行遗传多样性分析,并结合种子表型特征,对它们的种质资源遗传多样性进行了综合评价与分析。结果表明:14对EST–SSR引物共扩增出140条带,多态条带总数为133条,多态带百分率95%;聚类结果具有一定的地域性趋势,但是不明显。当遗传距离在0.54时其聚类结果与种子特征的K均值聚类结果相似;欧洲群体的种子厚度和千粒重的变异系数最大,分别为25.02%和23.35%,其千粒重显著低于亚洲、北美洲群体(P <0.05)。多角度遗传分析表明36份材料具有高度异质性。本研究对苇状羊茅遗传资源的科学评价、核心种质创新和新品种选育具有重要意义。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 郭朋军  江新琴  俞存根  邓小艳  张平  许永久  
根据2015年11月(秋季)、2016年5月(春季)在舟山沿岸渔场开展的渔业资源调查中所获得的鱼类资料,采用群聚的物种相似性、多样性指数、RDA分析等方法,对该海域鱼类种类组成、生态类群、多样性和群聚特征进行了分析。结果显示,本调查共鉴定出鱼类81种,隶属于12目39科63属,以近海暖水种为主;Jaccard相似性指数为37.04%,处于中等不相似水平;优势种计算结果显示,春季优势种为六丝钝尾虾虎鱼(Amblychaeturichthyshexanema),渔获量占总渔获量的42.16%;秋季优势种为龙头鱼(Harpodon nehereus),占总渔获量的43.56%;春季多样性高于秋季,但2个季节的多样性指数平面分布相似,均为调查海域南部最低,越往北多样性指数越高,且东部海域高于西部海域;ANOSIM检验显示,各群落间差异极显著;相似性百分比(SIMPER)显示,蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、龙头鱼等7种,中华小沙丁鱼(Sardinella nymphaea)、鳀(Engraulis japonicus)、七星底灯鱼(Benthosema pterotum)等9种,分别是春、秋季各组群的典型种及造成鱼类群落结构差异的主要分歧种。RDA研究结果显示,盐度、温度是舟山沿岸渔场鱼类群落结构主要的环境影响因子。
[期刊] 资源与环境  [作者] 李春山  
地下卤水是一种赋存在松散砂层孔隙中可移动补给的液体矿产资源。作者分析了山东渤海沿岸浅层地下卤水的分布,成因及补给条件,并对开发现状和前景进行了探讨,为促进山东这一优势矿产资源的开发提出了积极建议,同时为领导决策提供了科学依据。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 江东  王旭  李仁静  赵晓东  戴祥生  柳正葳  
【目的】弄清我国柚类种质资源的起源与演化、群体遗传结构和多样性水平,高效利用柚类自然资源群体发掘与果实重要品质性状相关的基因,为柚类种质资源群体的遗传结构研究、起源演化和柚类种质创新提供重要的理论及实践依据。【方法】利用国家果树种质重庆柑橘资源圃中保存的具有广泛遗传多样性和不同地理来源的282份柚类资源作为材料,采用Eco R I限制性内切酶消化基因组DNA后构建GBS文库,然后进行Illumina HiSeq PE150二代测序获得短读序列,通过BWA软件将序列映射到柚参考基因组上,利用SAMTOOLS软件鉴定SNP位点。依据SNP的基因分型结果,进行主成分分析和群体结构分析,并采用邻接法构建系统演化树,分析亚群的遗传多样性水平。选择23个低酸种质和32个高酸种质构成两个群体进行Fst、XP-CLR分析,同时利用282个柚类种质的基因型数据与果实可滴定酸含量的表型数据进行GWAS全基因组关联分析。【结果】利用GBS简化基因组测序技术对282份柚类种质进行测序,获得201.66 Gb的原始测序数据,每个样本的平均测序数据量为0.72 Gb,经过测序深度为5×次要等位基因频率>0.01、Miss0.2的筛选条件过滤,最终获得121 726个高质量的SNP位点。主成分分析、群体结构分析和聚类分析均表明282份柚类资源可被分为6个亚群,其中柚与‘清见’杂交群体、葡萄柚等橘柚杂种群体可明显区别于其他真正柚类种质。不同地理来源和特定类型的柚类种质在遗传水平上存在明显差异,来源于泰国、越南等东南亚国家的柚类资源形成了较为独特的类群,与国内的沙田柚类、文旦柚类、垫江柚类等群体能够明显区分开。在中国南方的大部分柚类种质中有来自于越南柚的基因渗入,表明越南是柚的原始起源中心。另外,一些来源不清的柚类种质也通过GBS技术得以准确鉴定。Fst、XP-CLR选择性清除分析发现在7号染色体上的强烈选择信号区域中包含有丙酮酸脱氢酶复合物二氢硫辛酰赖氨酸残基乙酰转移酶(PDH-E2)和铝激活苹果酸转运蛋白(ALMT9),涉及柠檬酸的合成和运输。GWAS全基因组关联分析在2号染色体上鉴定了一个与果实酸度高度关联的区域。【结论】GBS技术为研究柚的系统发育和演化提供了一种可靠和高效的方法。本研究表明人工杂交育种、长期人工选择和驯化、地理隔离是形成不同类型柚类种质的驱动力,同时也是导致柚类种质遗传分化和多样性增加的重要原因。通过Fst、XP-CLR选择性清除和全基因组关联分析鉴定了多个与柚类果实柠檬酸含量相关的候选基因,为柚类的遗传改良和育种提供了重要的基因资源。
[期刊] 资源科学  [作者] 林叶彬  许映军  顾卫  卜丹阳  袁帅  黄树青  史培军  
密度是海冰资源的一个重要物理参数,它受许多因素的影响,有着较大的变动范围。本文以渤海沿岸连续两个年份的平整冰和堆积冰为研究对象,将海冰密度分为实密度和表观密度两种类型,并给出了相应的定义、实验和计算方法;通过一系列的实验和数据分析,得出渤海湾和辽东湾沿岸的海冰在密度分布方面具有一定的规律性。研究结果表明平整冰密度介于0.633-0.918g/cm3之间,堆积冰的密度变化范围为0.615-0.906g/cm3。在同一地点,不同年份的海冰密度大小存在差异,但是平整冰的实密度和表观密度均高于堆积冰。利用两种密度值计算得出的海冰空气孔隙率对于了解海冰性质的空间分布规律以及指导渤海海冰资源的开发利用具有...
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 罗福广  苏翔驹  区小玲  李斌  潘英  郑惠芳  覃志彪  
利用RAPD技术对管角螺(Hemifusus tuba Gmelin)4个自然群体(广西北海、广东湛江、浙江温州、江苏连云港)的遗传多样性进行了分析。所选择的19条有效引物在4个自然群体200个个体中总共产生182个扩增片段,片段数量为19 983个,片段大小在250~2 500 bp之间。其中每条引物可产生4~17条带,平均5.28个位点。4个自然群体共检测到149个多态位点,多态位点比例为81.87%,其中北海群体的多态位点比例最高,占66.48%,其次是湛江群体为47.25%,温州群体为44.51%,连云港群体为36.81%。4个群体中均未检测到各群体特有的扩增带。4个自然群体管角螺的N...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 孙际佳  何建国  刘丽  王海芳  卢薛  胥鹏  李桂峰  
以湖南和江苏的野生翘嘴鳜(Siniperca chuatSi)为基础群体选育了6个群体,包括4个家系选育群体和F_1、F_2两个群体选育群体。对4个家系选育群体的生长特性进行了分析,并利用微卫星标记技术对6个翘嘴鳜选育群体的遗传多样性进行了检测。分析结果表明,翘嘴鳜纯种家系的生长速度显著快于不同地理种群的杂交系,杂交系未表现出生长的杂种优势,家系群体的杂合性与生长性能不对应。4个家系选育群体的特有等位基因数量比两个群体选育群体高出约29.33%,表明不同地理种群翘嘴鳜家系的建立可以丰富翘嘴鳜选育群体的遗传多样性水平。翘嘴鳜选育群体间遗传分化显著(F_(St)=0.4388),两个群体选育群体与...
[期刊] 华北农学报  [作者] 孙玉江  闵令江  陈建兴  芒来  
为了摸清西南马遗传资源现状与特征,通过实地调查、网络分析及SPSS等数据处理得出如下结论:2006年西南马存栏291.1万匹,占全国总数40.46%,可能已经成为我国第一大生态类型马种;大理马、乌蒙马、文山马、百色马、建昌马、贵州马等西南马地方马种体尺结构由南向北、由东向西表现出逐渐偏重的趋势;西南马体尺结构紧凑,近似方形,以公马为例,体高、体长、胸围和管围分别为(115.19±7.10)cm、(114.11±8.29)cm(、132.22±9.94)cm和(15.17±1.15)cm;非密度制约因子如年无霜期、降水量、日照时数和平均气温等自然因素均与中国西南马体高呈强相关,对不同类群马的形成...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 徐博文   易霈霈   傅雪军   余进祥   余智杰   黄滨   龚海波   巫曦雅   兰若林  
过度的人为干扰导致棘胸蛙(Quasipaa spinosa)种质资源的衰退和遗传多样性的下降,成为亟待解决的问题。本研究旨在对我国棘胸蛙的不同地理群体进行种质鉴定,全面评估其种群的种质资源特性,并挖掘优良育种群体,为后续的群体选育和种质资源优化提供参考。研究采用单因素方差分析、主成分分析、聚类分析以及判别分析等方法,对来自贵溪(YJFGX)、宜丰(LHSYF)、于都(LHSYD)、泰宁(LHSTN)4个地理群体的120只棘胸蛙养殖个体的外部可量性状进行形态学分析,并结合简化基因组测序(RAD-seq)结果,对群体遗传差异进行分析。分析结果显示,4个地理群体在形态特征上存在差异,其中LHSYD群体与其他群体的差异最为显著。LHSTN群体和YJFGX群体间形态相似,未表现出明显分化。4个地理群体在体肢长度等相关指标中表现出较为普遍的雌雄差异,存在部分两性异形。根据形态特征, 4个群体大致可分为3大分支:LHSTN群体、YJFGX群体各为一分支,LHSYF群体和LHSYD群体组成一大分支。观测杂合度(Ho)为0.035~0.038,低于期望杂合度(He,0.103~0.129),近交系数为0.197~0.287,处于较高水平。LHSTN群体与其他几个群体,包括LHSYF (Fst值为0.303)、LHSYD (Fst值为0.277)和YJFGX(Fst值为0.276)群体之间,显示出较高的遗传分化。相比之下,LHSYF、LHSYD和YJFGX这三个群体之间的遗传分化程度则属于中等水平。综合分析表明:(1)棘胸蛙4个地理群体间存在一定程度的形态分化,但尚未达到亚种分化水平;(2)种群整体遗传多样性较低,遗传分化程度较高,遗传信息相对独立,这表明可以通过群体间的杂交来丰富本地种群的遗传信息,优化种质资源。研究结果可为棘胸蛙的保护和可持续利用提供科学依据。
[期刊] 水产学报  [作者] 刘永新  朱以美  刘英杰  高磊  方辉  韩刚  王玉芬  姜秀凤  刘海金  
为分析牙鲆自然群体的遗传多样性并筛选出能有效鉴定群体遗传特征的特异性微卫星标记,实验收集了渤海流域74尾野生个体组成实验群体。选择牙鲆24个连锁群上不同区域的72个微卫星标记进行遗传分析,其中,近着丝粒区域包含17个标记,连锁群中部包含19个标记,远着丝粒区域包含36个标记。结果显示:在连锁群不同区域上等位基因数(A)介于6.400~7.389,有效等位基因数(N e)介于4.469~5.129,Shannon多样性指数(I)介于1.565~1.683;观测杂合度(H o)、无偏倚杂合度期望值(H e)和多态信息含量(PIC)的范围分别为0.568~0.593、0.738~0.753和0.70...
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